Le attività di Ricerca nell'Università Telematica Internazionale UNINETTUNO sono gestite e dirette a livello centrale dall'Ateneo e, a livello più specialistico, dalle singole Facoltà. L'Ateneo destina alle attività di ricerca una quota del budget annuale, come da redazione del bilancio. In particolare, destina ad esse il 30% delle entrate riferite alle tasse di iscrizione degli studenti. A queste si aggiungono le entrate dei progetti di ricerca finanziati a livello nazionale ed internazionale.
