Les animateurs des axes de coordination et de mutualisation et les responsables des projets mutualisés concernant le doctorat sont nommés par le Président de l’Université Paris Saclay, sur proposition du directeur du collège doctoral et après avis du conseil du collège doctoral. Ils mettent en œuvre les actions qui entrent dans le champ des missions du collège doctoral.
Le bureau du collège doctoral est composé du directeur du collège doctoral, des animateurs des axes de coordination et de mutualisation et des responsables des projets mutualisés. Le bureau se réunit aussi souvent que nécessaire. Il organise au quotidien les actions de coordination et de mutualisation.