SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes
Daniel CRISAN
Contexte
Besoins informatiques
Saisie/Consultation des données
Bibliothèques de techniques utilisées au cours d’une expérience
Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, données brutes, etc.…)
Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides
SITRANS - spécifications
Objectif : Suivi des expériences « puces à ADN »
Saisie
« Cahier de laboratoire » électronique
Publication
Diffusion Web
Compatibilité avec le format MIAME
Consultation
Valorisation des informations
Caractéristiques
Ergonomie
Importation des fichiers externes
Gestion des profils utilisateurs (chercheur, étudiant, visiteur, administrateur)
Architecture n-tiers
Schéma UML de la Base de Données
Les couches applicatives
La couche présentation
La couche présentation
La couche présentation
Etat d’avancement
Fait
Choix de l’architecture de SITRANS
Conception de la Base de Données
Conception des couches applicatives « Saisie données »
En cours
Développement des couches applicatives «Saisie données» (échéance nov. 2003)
A faire
Conception et développement des couches applicatives «Consultation données» (échéance fév. 2004)
Tests de SITRANS (échéance mars 2004)
Formation des utilisateurs (échéance mars 2004)
Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)
Gestion du projet
Réunions de projet
Bimensuelles avec l’équipe « Informatique »
Mensuelles avec l’équipe « Biologie »
Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans
Documents en accès public : description du projet, description d’une expérience « puces à ADN »…
Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…
Conclusion et perspectives
CDD
Finalisation du développement et mise en exploitation de SITRANS
Poursuite
Une thèse débute
visualisation de données de gros volumes
Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet
schéma commun pour le partage de données du transcriptome et d’outils de traitement
