ERGENEKON terör örgütünün ana dokümanlarında ve örgüt içi dokümanlarda;
a)İstihbarat Dairesi,
b)Operasyon Dairesi,
c)Analiz ve Değerlendirme Dairesi, (Sözde Komutanlıkları), d)Örgüt İçi Araştırma Dairesi (Sözde Komutanlıkları),
1- ERGENEKON dokümanında
1). AMAÇ, KAPSAM VE YÖNTEM
l/a). AMAÇ
"Bu çalışmanın amacı, Atatürk ilkeleri doğrultusunda biçimlendirilmiş, Kemalizm'in tek, gerçek ve içtenlikli koruyucusu (sözde) Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde faaliyet gösteren Ergenekon'un re-organizasyonuna katkıda bulunabilmektir." Denilmiş ise de Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde böyle bir oluşumun bulunmadığı bizzat Genel Kurmay Başkanlığının dosyada mevcut yazılarıyla belirtilmiştir.
(sözde) TSK bünyesi içinde faaliyet gösteren Ergenekon'un sorunlarının belirlenmesi ve giderilmesine yönelik gözlem, tespit, karşılaştırma ve önerilere yer verilmekle yetinilmeyip, yepyeni bir yapılanma örneği önerilmektedir.
Böylelikle, Ergenekon'un 21. yüzyıl koşullarına uygun re-organizasyonu
doğrultusunda analiz yapılarak, bir araştırma, geliştirme ve yeni yapılanma raporu hazırlanmıştır.
Şeklindeki ibarelerden ERGENEKON terör örgütünün sürekli olarak kendisini Türk Silahlı Kuvvetlerinin bünyesindeymiş gibi göstermek suretiyle kendisine taban kazanmayı ve örgütün hakim konumda olduğunu göstermek için Türkiye Cumhuriyeti'nin Ordusunun bu işin içinde olduğunu vurgulamak ihtiyacı hissetmişlerdir.
Aynca ERGENEKON dokümanının Gizlilik Prensibi başlıklı bölümünün altında;
l/e). GİZLİLİK PRENSİBİ
Ergenekon, (sözde) Türk Silahlı Kuvvetleri'nin değerli personeli dışında entelektüel ve her meslekten seçkinlerin de içinde yer alacağı "sivil" personelden yararlanmakla karşılaştığı ve bundan sonra karşılaşacağı en önemli sorunlann üstesinden gelmekte güçlük çekmeyecektir. ABD'nin birçok istihbarat biriminin örgütlenmesinde "Masonik" benzeri bir yapılanmaya gidilmiş olmasının nedenleri arasında, istihbarat birimlerinin karşılaştığı sorunlann üstesinden gelmede kendi içinde yer alan zengin insan kaynaklanna sahip olunması amacı yatmaktadır
Şeklindeki ibarelerden de örgütün sivillerle bazı askeri şahısların yönetiminde masonik yapılanma benzeri bir yapılanma olduğu, bizzat örgütü tarif eden ve prensiplerini belirleyen ERGENEKON dokümanından anlaşılmaktadır. Buradan da