"Ergenekon" isimli yapılanmanın görünüşte devletin yeniden yapılandırılarak iktidara ulaşmak şeklinde özetlenebilecek bir amaca sahip olduğu, dokümanlarda görülmekle birlikte;
Yapılanmanın, amacına ulaşabilmek için "naylon terör guruları oluşturularak, terör dünyasına yön verilmesi", " ülke çıkarları ve mevcut rejim ilkelerine aykırı ideolojilere sahip siyasilerin engellenebilmesi için "suikast" inde kullanılabileceğine ilişkin bilgi " , "kişisel çıkarlar adına siyasete yönelmiş ve hedefe ulaşabilmek adına her şeyi mubah sayabilen siyasilerin engellenebilmesi için; geriye kalan tek yolun suikast" olduğuna ilişkin saptama, içte ve dışta ortak ve benzer idealler doğrultusunda faaliyet gösteren, ulusal ve uluslar arası, legal ve illegal örgütler ile işbirliğine yönelmenin kaçınılmaz bir zorunluluk" olduğuna ilişkin bilgi ve "karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan veya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi bir ajanı öldürmeyi" kabul eden anlayış göz önüne alındığında; "Ergenekon" yapılanmasının amaçlarına ulaşabilmek için salt demokratik ve yasal stratejilere yönelmeyeceği, nihai hedefinin "iktidar olmak" ile birlikte bu hedefine yasal olmayan yöntemlerle ulaşmayı planladığı görülmektedir.
Bu kapsamda "Ergenekon" yapılanmasının temel hedefinin yasal olmayan faaliyetleri ile Devlet otoritesini kendi amaçları doğrultusunda baskı altına almak, O' nu yönlendirmek şeklinde tezahür eden siyasal bir hedef olduğu söylenebilir.
