T. C. İStanbul cumhuriyet başsavciliğI (cmk' nun 250 Maddesiyle Görevli ve Yetkili Birim)

"Kontrol Dairesi" başlığı altında;

"Bu dairenin varlığından Ergenekon Örgütü Başkanı/Komutanından başkaca hiç kimsenin bilgisi olmaması kesin bir gerekliliktir. Operasyonlarda yer alması zorunlu olan bu dairede yer alan ajanların ilk görevi; operasyon alanı içinde bulunmak, operasyon esnasında temizleme ve ortadan kaldırma gibi işlemlerde doğabilecek sorunları çözümlemektir, ikinci bir görevleri, karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan veya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi BİR AJANI ÖLDÜRMEKTİR.

Bir ajanın sonu başlangıcında olduğunun ilk işareti, örgüte ve ajanlarına karşı sorumluluk alanında yarar sağlamamaya başladığı süreçtir.

Kontrol Dairesinde görevlendirilecek ajanlar, mutlaka Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinden ve özel operasyon ünitelerinden çok dürüst, güvenilir kişilerden seçilmelidir. Bu ajanlar merhametsiz olmalı ve bağımsız görev yapabilmelidirler. Emirleri doğrudan Ergenekon Komutan'ından almalıdırlar, üst yöneticiler ve örgüt personeli ile ajanları tarafından bilinmemelidirler." şeklinde çok katı örgüt içi hiyerarşik yapının bulunduğu ve ihanet eden örgüt elemanlarına karşı çok acımasız cezaların kurallarının konulduğu ve yine bu bölüm içerisinde ERGENEKON ÖRGÜTÜ BAŞKANI / KOMUTANINDAN denilmek suretiyle de ERGENEKON'un GİZLİ bir örgüt olduğu bizzat örgütün kural ve presinsiplerini belirleyen yöneticilerince de açıkça kabul edilmiş olduğu anlaşılmaktadır. Ayrıcalık tanınacak birimde hem görevlendirilecek şahısların Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinden ve özel operasyon ünitelerinden çok dürüst, güvenilir kişilerden olacağı belirtilmiş ve seçilen kişilerin (ajanların) merhametsiz olması, bağımsız görev yapabilmeleri emirleri doğrudan Ergenekon Komutan'ından almaları şart koşulmuştur. Bunun amacı da yapılacak operasyonlardan sonra ortadan kaldırma ve temizleme işlemleri için gerekli faaliyetlerin yapılması sebep olarak gösterilmiştir. Buradan da ERGENEKON terör örgütünün gerektiğinde kendi üyelerini dahi acımasızca öldürebileceklerini belirtmelerinden, örgütün yazılı katı kurallannm olduğu görülmektedir.

Şüpheli Fikret EMEK'in Özel Kuvvetler'den emekli olduğu, aramalar sırasında ele geçirilen patlayıcılar, el bombalan ve suikast silahını belirtilen amaçlarla gizlediği ve direk operasyon dairesi sözde komutanlığına bağlı olduğu, emekli olmasına rağmen hem (Zafer kod)Muzaffer TEKİN' den elde edilen gizli bilgi ve belgelerin yanısıra birçok gizli askeri bilgileri halen elinde tutmasının ERGENEKON terör örgütünün amaçlan arasında bulunan

istihbarat dairesi sözde komutanlığı biriminin amaç ve faaliyetlerine ulaşmak için bu bilgiler ile silahlan zulaladığı anlaşılmaktadır.

Aynca şüpheli Sevgi ERENEROL'dan elde edilen DERİN ERGENEKON isimli dokümanda "Özel Kuvvetler komutanlığı ERGENEKON'un göz bebeğidir ve özel bir yeri vardır." Şeklinde belirtilmiş olduğundan açıkça bu birimin ERGENEKON YAPILANMASI için ne kadar önemli olduğu anlaşılmaktadır.

Belgedeki aynmdan anlaşılacağı üzere örgütün iki ayağının olduğu, dört birimin başında asker, iki birimin başında da sivil şahsın bulunacağı kabul edilmiştir. Yine bu iki sivil şahsın yanlannda bir asistan ve bölüm uzmanı adı altında yardımcılannm bulunacağı belirtilmiş, örgütün sistematik olarak yapısı ortaya konulmuştur..