| ARSLANCAN Gözde
Tez Adı : Nocodazole Molekülünün Konformasyonel Yapısı Ve Titreşimsel Spektrumlarının Analizi
Danışman : Doç. Dr. Kubilay BALCI
Anabilim Dalı : Fizik
Programı : Atom ve Molekül Fiziği Programı
Mezuniyet Yılı : 2013
Tez Savunma Jürisi : Doç.Dr. Kubilay BALCI
Prof.Dr. Gönül BAŞAR
Prof.Dr. Ayşen E. ÖZEL
Doç.Dr. Yasemin AKKAYA
Prof.Dr. Sevim AKYÜZ
Nocodazole Molekülünün Konformasyonel Yapısı Ve
Titreşimsel Spektrumlarının Analizi
Bu tez çalışmasında, bir antineoplastik ajan olan nocodazole molekülünün oda sıcaklığındaki kararlı konformerleri teorik moleküler modelleme yöntemi kullanılarak incelendi. Kararlı konformerlerin belirlenmesi amacıyla yapılan konformasyon çalışmasının ilk adımını MM2 kuvvet alanı ile gerçekleştirilen moleküler mekanik ve moleküler dinamik hesaplamalar oluşturmuştur. Ardından, bu düşük teori düzeyinde gerçekleştirilen ön hesaplamalardan elde edilen konformerlerin her birisi için önce HF/6-311++G(d,p) ardından, sırasıyla MP2/6-31G(d), B3LYP/6-31G(d), B3LYP/6-311++G(d,p) ve B3LYP/cc-pvTZ teori düzeylerinde elektronik yapı hesaplamaları gerçekleştirildi.
Elde edilen hesaplama sonuçları güçlü molekül içi hidrojen bağı etkileşmelerinin nocodazole molekülünün konformasyonel çeşitliliğini önemli ölçüde sınırlandırdığını ve serbest haldeki molekülün oda sıcaklığında en az sekiz adet kararlı konformere sahip olduğunu ortaya koymuştur. Aynı teorik sonuçlara göre, belirlenen konformerlerden ikisi diğerlerine kıyasla 1 - 5 kcal/mol arasında değişen değerler ile daha düşük enerjidedir ve buna bağlı olarak belirgin derecede daha kararlıdır. Molekülün kaydedilen deneysel titreşimsel spektrumlarına ağırlıklı katkıyı sağlayacağı belirlenen bu iki konformerin titreşim modları ve ilişkili IR ve Raman spektral verileri harmonik titreşici modeliiçinde hesaplandı.
Harmonik titreşici yaklaşımı içinde B3LYP/6-31G(d) teori düzeyinde hesaplanan kuvvet alanı, dalgasayıları, IR ve Raman şiddet değerleri literatürde “SQM FF” olarak adlandırılan ampirik bir ölçekleme yaklaşımı kullanılarak iyileştirildi. Ayrıca, literatürde “İkili ölçek çarpanı” olarak adlandırılan bir diğer ampirik ölçekleme yöntemi kullanılarak B3LYP/6-31G(d), B3LYP/6-311++G(d,p), B3LYP/cc-pvTZ teori düzeyinde hesaplanan harmonik dalgasayıları üzerinde ölçekleme (deneyle uyumlu hale getirme) işlemi yapıldı. Elde edilen iyileştirilmiş teorik titreşimsel spektral verilerin ışığında, molekülün oda sıcaklığında kaydedilen deneysel IR ve Raman spektrumlarında gözlenen temel bandların doğru bir işaretlemesi gerçekleştirildi.
Dostları ilə paylaş: |
