Ue issm 30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale gc faure 08/10/09



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UE ISSM 7.30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale

  • GC Faure 08/10/09

  • Faculté de Médecine et CHU

  • Laboratoire d’Immunologie, EA 4369

  • Chargé de mission à la documentation UHP


Filière Médicale Francophone Nancy-Wuhan

  • 2008

  • Un nouveau diplôme universitaire (DU) associant Nancy et Wuhan



Diplôme d’Université (DU/DIU)

  • Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale

    • Intégré dans le cursus de Master
    • Objectifs:
      • Acquérir ou conforter les connaissances de base des méthodologies utiles à la pratique de la recherche médicale


DU: Thèmes abordés

  • 3 modules de base

    • Information scientifique et techniques de communication
      • Bases de données, publications, projets de recherche
    • Méthodes en biologie moléculaire, génomique, protéomique
      • ADN, ARN, gènes, protéines…
    • Méthodes en biologie cellulaire, d’organes et d’organisme
      • Isolement, imagerie, cellulaire, de tissus, modèles animaux


DU: Illustration par le biais de projets en cours à Nancy

  • 3 modules applicatifs

    • Applications en recherche médicale
      • Hémato-oncologie, Nutrition,
      • Pathologies du vieillissement (cardiovasculaire, articulaire)
      • Pathologies inflammatoires aigues et chroniques
    • Applications en recherche chirurgicale
      • Chirurgie robotique, coeliochirurgie, microchirurgie
      • Greffes et transplantations
    • Applications dans les biothérapies
      • Thérapies cellulaires et génique
      • Thérapies moléculaires innovantes


Programme 2009 (1)

  • 8 octobre

    • GC Faure Introduction, Chercher et Trouver, Lire et écrire
    • J. Mistral Accès à la documentation au SCD
  • 15 octobre

    • C Philippe Génomique
    • B Chenuel Physiologie et Systèmes biologiques
  • 22 octobre

    • C Nemos Transcriptomique/Protéomique
    • J Felblinger Imagerie
  • 29 octobre



Programme 2009 (2)

  • 5 novembre

    • MC Béné Cytomique (1)
    • GC Faure Cytomique (2)
  • 12 novembre

    • T Lecompte Recherche clinique dans le SAPL
    • J Hubert, P Eschwège Chirurgie robotique et Urologie
  • 19 novembre

    • C Baumann Santé publique
    • B Namour Biochimie
  • 26 novembre

    • P Gillet Pharmacologie
    • N Tran Chirurgie expérimentale


Chercher et trouver

  • Des exemples, des méthodes

  • Quelles recherches

    • Recherche Médicale
    • Recherche Chirurgicale
    • Recherche Clinique
    • Recherche Biologique
    • Recherche Imagerie


Où fait-on de la recherche?

  • Universités, Facultés, UFRs

    • EPST (Inserm, CNRS, INRA, Inria…)
    • EA (AERES)
  • CHUs

    • CIC, CEC, CIT, CICancer, CIB
    • CRB, Thèques…
    • Cancéropôles
  • Industrie

    • Laboratoires Pharmaceutiques
    • Laboratoires Biotechnologies, Imagerie


Qui soutient la recherche?

  • Les états

    • Les organismes publics
      • Les Ministères (Recherche, Enseignement supérieur, Industrie, Innovation)
      • Les Régions
      • L’Europe
  • Les organismes privés



Que fait-on en recherche médicale et chirurgicale?

  • Faire des expériences?

  • Faire des manipulations?

  • Travailler dans un laboratoire?

  • Travailler avec des animaux?

  • Travailler avec des patients?

  • Travailler dans un service hospitalier?

  • Recueillir des données et faire des statistiques?

  • Lire et écrire



Lire… et écrire

  • Accéder à l’information

  • Papier ou numérique

    • Centres de documentation, bibliothèques,
    • En ligne, via internet
  • Sélectionner l’information

  • Stocker l’information

  • Utiliser l’information



Information scientifique et technique:

  • Matière première

    • du médecin, du scientifique, du malade, du consommateur
  • Produit fini

    • du médecin, du scientifique, du chercheur
  • Produit à haute valeur ajoutée

  • Produit à valeur stratégique



Un peu d ’histoire

  • L ’information scientifique

  • et technique

    • un phénomène récent, un siècle environ
    • du « savant fou »... aux équipes pléthoriques
    • de la monographie,
    • à la publication avec plusieurs centaines d ’auteurs
  • Quel futur au 3ème millénaire?



Circulation de l’information scientifique

  • Analogue au circuit de l’eau dans la nature

    • les récepteurs reçoivent l’information sous forme variée, pluie, neige, grêle...
    • les émetteurs produisent de l’information…
    • celle-ci s’accumule dans des réservoirs, mer, lacs, neiges éternelles, glaciers
    • les conservateurs stockent l ’information


Quelques questions

  • Quels outils de recherche d’information utiliser???

  • Quelles bases de données?

  • Quels journaux?

    • VULGARISATION
    • SCIENTIFIQUE






La littérature scientifique

  • Littérature en noir et blanc: les documents primaires

  • Littérature en couleur: journaux et magazines

  • Littérature grise

  • Littérature multicolore: les catalogues commerciaux,





Quelles fonctions pour une revue scientifique?

  • La dissémination de l’information

  • Le contrôle de qualité de la recherche

  • la constitution d’archives « canoniques »

  • la reconnaissance portée aux auteurs



La forme JOURNAL est apparue la plus adéquate

  • Regroupement d’articles dans un ensemble diffusé en bloc aux abonnés

  • Parution à dates données, régulières

  • Traitement des articles, qualité typographie, langage

    • non modification après publication
    • garantie de retrouver un article/référence


Apprendre à lire, à écrire

  • Ce qu’on ne nous a jamais appris à la Fac!

  • Apprendre à trouver

    • connaître les bases de données
    • apprendre à interroger ces bases
  • Lire, sélectionner...

    • sur les bases de données:
      • TITRE, auteurs, mots-clés, résumé…
  • Classer et retrouver...



Anatomie macroscopique d’un article scientifique:

  • Titre «self-explaining»

  • Auteurs (Noms, prénoms, titres...), Adresses

  • Résumé (structuration)

    • Mots Clés (indexation) Abréviations (etc!)
    • Introduction (rationale)
    • Matériel et méthodes (reproductibilité)
    • Résultats (statistiques)
    • Figures et tableaux (légendes, PAO, visibilité)
    • Discussion (des résultats aux hypothèses)
  • Références (normes à respecter)

    • Remerciements (collaborations, financements)


Un exemple d ’article

  • Format pdf, exemple



Apprendre à lire, à écrire

  • Lire un article:Désordre de Lecture

    • remerciements!,
    • fin de l’introduction, ou début de la discussion,
    • méthodes,
    • références,
    • légendes des figures et tableaux,
    • introduction ou discussion,
    • résultats
  • Ecrire:..... au maximum 4 pages double interligne à l ’heure





Développement et physiologie d’un article scientifique

  • Conception

    • Fécondation in vitro ou sexualité de groupe
  • Embryologie

    • beaucoup plus long que chez les éléphants
    • les avortements sont fréquents, et l’accouchement difficile
  • Vie et mort d’un article

    • beaucoup d’appelés, peu d’élus


Embryologie

  • Bibliothèques et paillasses

    • lecture, expérimentation, observation
      • consignation dans un cahier
  • Ordinateur, postes et publishers

    • rédactions et écritures
    • un manuscrit, soumission, éditeur, Peer Review, referees, refus ou!
    • révisions, manuscrit, éditeur, referees, accepté!
    • imprimeur, bon à tirer, publication, diffusion, bibliothèques


Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert

  • Lieu de naissance

  • Vie personnelle d’un article

    • Etre lu par des chercheurs, médecins, journalistes, étudiants
    • Etre compris
    • Etre évalué, être CITE
      • Rester inconnu, être oublié, ressusciter


Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert

  • Vie sociale des articles

    • Etre utile à ses auteurs (DEA, Thèse, Titres et travaux... position)
    • Etre utile à son environnement (équipe, unité, université, ville, hôpital)
      • ETRE EVALUE


Le Concept d’évaluation

  • Distribution des fréquences de citation des articles scientifiques

      • 1 citation: 56%
      • 2-4: 24%
      • 50-99: 1% cumulé: 99.56%
      • 1000: 1300 / 32 728 729=0.00004
  • Facteur d’impact…

  • durée de citation...





L ’information grise

  • Les Thèses

  • Les Brevets et Normes

    • Sites spécifiques
  • Les Rapports publics

  • Les Rapports privés

  • Internet? Trop d’information tue l’information



La littérature multicolore

  • Les catalogues des fabricants

    • ex: SIGMA, R&D
  • Les revues «interface»

  • Les sites internet spécialisés





Bases de données: Medline, PuBMeD Pascal Current Contents, Web of Science Scopus



PubMed: le site est encore amélioré



Les opportunités de l ’électronique

  • indexation en texte intégral

  • outils de recherche intelligents

  • inclusion de données actives

  • liens hypertextes vers d’autres ressources

  • open peer comments…living seminar

  • multimédia

  • utilisation du réseau



Numérisation: intérêt pratique

  • A Nancy et ailleurs...

    • des étagères et du PEB aux périodiques en texte intégral…
    • marcher
    • feuilleter
    • «cliquer»


Sans bouger de chez soi!

  • Regarder en haut à droite

  • Elsevier, Academic Press,Wiley...

  • Open access



Les Revues électroniques

  • Qu’est ce qui a changé?

        • l’accès au réseau, dans les universités, dans les Hôpitaux
        • l’accès aux bases de données PUBMED (références, et résumés)
        • l’accès aux éditeurs et aux instructions aux auteurs
  • Qu’est ce qui va changer?

        • le réseau
        • les accès au document primaire ? et son format?
        • les BU /SCD
          • A qui sont ces articles ? QUI PAYE?
  • Qu’est ce qui ne change pas?

    • les end-users !
    • les nécessités:
      • de lire d’avoir des résultats, d’écrire...
      • d’un peer-review


L’UMVF:

  • Fédération Inter-Universitaire pour l’Université Médicale Virtuelle Francophone

    • GIP FIU-UMVF
      • MEN, MESR, MEFI
      • JO 13 Aout 2003
    • 33 Universités
    • http://www.umvf.prd.fr/info/qui/presentation.html


L’UMVF: ses missions

  • mettre en œuvre les technologies de l’information et de la communication pour l'enseignement (TICE) de la médecine en formations initiale et continue.

    • Centre de ressources interactif dans le domaine de la santé
    • Centre d’information et de prévention pour le public
    • Diffusion et de promotion de la science médicale française dans le monde.
  • produire des ressources documentaires venant en complément des cours.

    • Etudiants de 2e cycle préparant les Epreuves Classantes Nationales (ECN)… une banque de données
    • Plus d'une trentaine de campus numériques disciplinaires
  • soutenue par

    • la Conférence des Présidents d’Université
    • la Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine.


Les Campus Numériques http://www.umvf.prd.fr/ressources/campus.php

  • Plus de 45 en fait,

  • Toutes disciplines du premier cycle

    • Histologie-embryologie
    • Microbiologie
    • Statistiques
  • à l’ECN

    • Néphrologie
    • Neurologie
    • Rhumatologie…


ASSIM: RAISIL Réseau d’accès à l’information scientifique en ligne http://www.assim.refer.org

  • Les questions du module 8 Immunologie

    • De 112 à 127
    • Une structure en briques de connaissance
  • Des cas cliniques

  • Des réponses

  • Pas de QCMs



Doc’UMVF

  • Nouvelle Page ECN 2010

  • 345 items

  • Plus de 2000 documents pédagogiques

  • CISMEF Rouen

    • S Darmoni
    • JP Thirion


Autres ressources d’intérêt en langue française

  • CNCI

    • http://www.cnci.univ-paris5.fr/welcome.html
    • Concours Médecins étrangers
      • Annales QCM 2005-2007: 3x120
      • http://www.cnci.univ-paris5.fr/medecine/Annales_ETR.html
  • Les pages ECN de l’HAS +++

    • http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant-national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d-emploi
    • Mise à jour mensuelle
  • ORPHANET++



Aimez vous les vidéos? Utilisez vous les podcast?

  • UMVF: canal U

    • http://www.canal-u.tv/themes/sciences_de_la_sante_et_du_sport
  • Au NIH, cela dépasse l’internat

    • NIH videocasting and podcasting
    • http://videocast.nih.gov/


Les moteurs de recherche

  • Google, Yahoo, Bing…

  • Wikipedia?

    • Nature Medicine 2007;13: 231-233


Other resources (en anglais)

  • emedicine by WebMD

    • http://emedicine.medscape.com/
  • Sur PubMed

    • OMIM
    • Books
    • PubMedCentral (Free archives)


Méthodes de travail!

  • À L’Ecole

    • Programmes… Examen
  • En Recherche

    • Cahier de laboratoire
    • Electronic-lab-book
  • A l’Université et tout au long de la vie

    • Logbook
    • Portfolio
    • E-portfolio


Workplace-Based Assessment

  • Assessing a trainee’s progress

    • Assessing competences in laboratory procedures and clinical skills
    • Assessing trainee’s skills in clinical examination
    • Case-based discussions
  • An hindrance: duration (5years) and diversity of training

  • How to help trainees in acquiring skills and competences?



Portfolio: old and new words, evolving concepts in training

  • From « Titres et travaux » to portfolio

    • Logbook..
    • Book
    • Portfolio
      • a tool for training and legitimation


E-portfolio: the future

  • Usage of internet and web 2.0

    • Access anywhere anytime
  • UK: Wales

  • Europe:Elfel project




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