Dispoziţiile care reglementează confidenţialitatea sunt prevăzute de articolul 11 al Regulamentului E-PRTR în coroborare cu articolul 4 alineatul (2) din Directiva 2003/4/CE.
Articolul 11: Confidenţialitatea datelor
Ori de câte ori un stat membru consideră informaţia confidenţială de în conformitate cu articolul 4 din Directiva 2003/4/CE a Parlamentului European şi a Consiliului din 28 ianuarie 2003 privind accesul publicului la informaţia de mediu (JO L 41, 14.2.2003, p.26), acesta trebuie să indice , în raportul lui conform articolului 7 alineatul (2) al prezentului regulament pentru anul de raportare în cauză, separat, pentru fiecare complex industrial care solicită confidenţialitate, tipul de informaţie pentru care se păstrează confidenţialitatea, tipul de informaţie pentru care se păstrează confidenţialitatea şi motivele pentru care se păstrează confidenţialitatea.