2003-cü ildə İlham Əliyev AR-nın Baş naziri təyin edildi. Milli Məclis Azərbaycan Respublikası Seçki Məcəlləsini qəbul etdi. Bu Məcəllədə beynəlxalq təşkilatların tövsiyə və təklifləri nəzərə alınmışdır. 2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkilərində İlham Əliyev 76,84%, İsa Qənbər 13,97%, Lalə Şövkət 3,5% səs almışdılar. Heydər Əliyevin davamçısı İlham Əliyev AR-inin prezidenti seçilmişdir. 2003-cü il dekabr ayının 12-də görkəmli dövlət və siyasət xadimi Heydıər Əliyev vəfat etdi. 2005-ci ilin aprelində Milli Məclis "Heydər Əliyev" ordenin təsis edilməsihaqqında qanun qəbul etdi. Bu ordenlə ilk dəfə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev və türk xalqalarının görkəmli xadimi Doğramacı təltif olundu. 2005-ci il mayın 10-da Bakı şəhərində Heydər Əliyevin əzəmətli heykəli qoyuldu. 2005-ci il noyabrında zərbaycan Respublikasının Milli Məclisinə seçkilər keçirildi.