Ali Pedaqoji İnstitut yaradılarkən fəaliyyət göstərən 3 şöbədən biri fizika-riyaziyyat şöbəsi olmuşdur. İlk dekan Peterburq Universtetinin məzunu, prof. M.Əfəndiyev olmuşdur. Şöbənin fizika bölməsində dos. R.M.Məlikov, N.Q.Berq və başqaları çalışmışdır. Keçən əsrin 30-cu illərində şöbə fizika –riyaziyyat fakültəsi adlandırılmış və fakültəyə professor A.Q.Abbaszadə dekan təyin edilmişdir.
Fizika-riyaziyyat fakültəsi 1968/1969-cu tədris ilində iki müstəqil fakültəyə - fizika və riyaziyyat fakültələrinə ayrılmışdır. Fizika fakültəsinin ilk dekanı dos. Teyfur Xasməmmədov (1968-1971) olmuşdur.
Fizika fakültəsinə:
dos. Əlisa Əhmədov (1971-1975)
prof. Ələkbər Kərimov (1975-1981)
prof. Kamal Hüseynov (1981-1984)
dos. Mikayıl Əliyev (1984-1987)
prof. Edil Eyvazov (1988-1989)
prof. İsgəndər Cəfərov (1989-1995) rəhbərlik etmişlər.
Fizika fakültəsinə 1996-cı ilin mart ayından professor Mirzəli Murquzov rəhbərlik edir.