Commercialization and transfer assistance program

New HPV Diagnostic Assay Presented by Dr Ivan Brukner Dr Damian Labuda Hôpital Sainte-Justine

COMMERCIALIZATION AND TRANSFER ASSISTANCE PROGRAM

Ministère du Développement Économique, de l’Innovation et de l’Exportation

Le 26 septembre 2008

Table des matières

Table des matières 2

CONTENTS OF THE GRANT APPLICATION 1

1.GRANT APPLICATION FORM 1

2.PROJECT SUMMARY MAXIMUM THREE PAGES (in French) 1

3.PRINCIPAL RESEARCHER: PRESENTATION AND CONTACT INFORMATION 2

4.DESCRIPTION OF THE TECHNOLOGY 3

4.1.Background - HPV as etiological agent of cervical cancer. 3

4.2.Technology developed and scientific basis 4

4.3.Current development status of the technology – functional prototype 6

4.4.Scientific value 8

5.INTELLECTUAL PROPERTY 8

5.1.Invention disclosure 8

5.2.Previous disclosure and/or anterior art 10

5.3.Freedom to operate analysis (FTO) 12

5.4.Revenue sharing 14

6.TECHNOLOGY DEVELOPMENT PLAN 15

6.1.Identification of current stage of technology development. 16

6.2.Remaining Steps and Time to Market 18

6.3. Technical and technological challenges to be met and anticipated progress 18

6.4.Objectives sought 23

6.5.Type of activities to be carried out 24

6.6.Work plan and timetable 30

6.7.Deliverables and result indicators 30

6.8.Decision-making milestones (go/no go) for measurable and clearly identified results 31

6.9.Proposal for granting the subsidy according to the decision-making milestones reached 32

7.RESEARCH TEAM 32

8.ESTABLISHMENT’S PROJECT MANAGER (In French) 33

9.PARTNER ORGANIZATION 34

9.1.Role, experience and qualifications of the partner organization in conjunction with the project 34

9.2.Description of the partner organization's project selection process 35

9.3.Professional who will support the valorization process 35

10.POTENTIAL MARKET 36

10.1.Business opportunity: Cervical cancer prevention program and HPV screening. 37

10.2.Technological competition and benchmarking 38

11.COMMERCIALIZATION STRATEGY 42

11.1.Commercialization of the assay in Canada – Warnex partnership 42

11.2.Commercialization of the assay in Africa – Continental Diagnostic partnership 43

11.3.Other partnership and future development 44

12.PRO FORMA BUDGET (in French) 44

12.1. Coûts du projet de maturation technologique 44

12.2. Montage financier 46

12.3.Documents démontrant la nature des engagements des partenaires financiers 46

12.4.Démonstration que les autres sources de financement possibles ont été prises en considération 47

13.OUTSIDE OPINIONS 48

13.1.Evaluator 1 48

13.2.Evaluator 2 64

Letters of support 71

Annex 1. Extended patent searches and comments 73

Annex 2. Analysis of documents cited in the PCT research report 80

Annex 3. Curriculum vitae – Research team 83

Annex 3.1. Ivan Brukner’s CV 84

Annex 3.2. Damian Labuda’s CV 92

Annex 3.3. Maja Krajinovic’s CV 113

Annex 4. 121

CONTENTS OF THE GRANT APPLICATION

1. GRANT APPLICATION FORM

Please see attached form.

2. PROJECT SUMMARY MAXIMUM THREE PAGES (in French)

Le projet proposé par le CHU Sainte-Justine consiste à développer d’un point de vue commercial leur nouvelle méthode de sélection de sondes spécifiques, nommée « hybridation itérative » dans le cadre d’un essai fonctionnel pour le diagnostic du virus du papillome humain (VPH) pouvant être utilisé au sein d’un laboratoire de diagnostic clinique au Québec et en Afrique du Sud. Cette technique permet le typage efficace de génomes montrant de hauts niveaux de similitudes de séquences. À l’heure actuelle, dans le cas du dépistage et du typage du virus du papillome humain (VPH), il n’existe aucun système de sondes offrant une solution de diagnostic dont l’éventail soit complet et satisfaisant. Pour parvenir à améliorer la conception des sondes d'hybridation, les chercheurs se sont attaqués au problème de leurs spécificités et leur pouvoir discriminatoire.

Leur méthode peut être étendue pour générer un système diagnostic qui repose sur l'hybridation d’acides nucléiques de courtes séquences étroitement liées. Au lieu d'ajuster les conditions d'hybridation à la sonde, un ensemble de sondes est sélectionné de manière à fonctionner dans les conditions d'hybridation. Cette méthode permettant d'obtenir une détection spécifique offre une plus grande efficacité et un plus large éventail d'applications. Un ensemble de 39 sondes spécifiques pour chacun des types de VPH ciblés a été testé. Les résultats obtenus à partir d’échantillons cliniques positifs pour le VPH, y compris les six types les plus fréquents (6, 11, 16, 18, 31 et 33), montrent que ces sondes permettent la discrimination de tous les sous-types. Ainsi, les résultats démontrent que cette stratégie permet de détecter des changements de 3-7 nucléotides entre les différents amplicons / types, en conditions d'hybridation à température ambiante et dans un tampon PCR adapté.

La preuve de concept préclinique ayant été réussie, la prochaine étape réside dans la validation à l’aide d’échantillons cliniques. Une fois cette preuve de principe obtenue, la technologie pourra alors être adaptée dans un outil de détection et de typage plus général.

Le but du projet est donc de développer et de valider la technique de « l’hybridation itérative » dans le cadre d’un test diagnostic en :

1. 
   Effectuant une validation de l’essai prototype sur des échantillons cliniques;
   
2. 
   Élaborant un format de l’essai dont le design facilitera la commercialisation. L’objectif étant d’en arriver à un essai de typage du VPH qui soit simple, efficace et peu coûteux;
   
3. 
   S’assurant le respect des exigences réglementaires afin de permettre une commercialisation rapide de l’essai;
   
4. 
   Optimisant le format commercial de l’essai pour une plus grande sensibilité et une plus grande spécificité;
   
5. 
   Validant la performance de l’essai commercial final à l’aide d’échantillons cliniques.
   

Plusieurs raisons justifient que nous entreprenions ce projet, dont les avantages très concurrentiels de la méthode qui sont:

1er) Capacité d'adaptation et haut pouvoir discriminatoire: Bien que plusieurs trousses de diagnostic pour la détection et / ou de typage soient actuellement disponibles sur le marché ou décrits dans la littérature, la grande variété de techniques disponibles pour la détection et la sous-typage des ~ 40 types de virus du papillome humain (VPH) au niveau des muqueuses démontre le fait qu'aucune autre d’entre elles n’offrent une solution complète à ce problème.

2e) Faibles coûts et facilité d'emploi: Il existe deux obstacles importants et inter liés ralentissant le typage universel dans la population en générale, soit la complexité technique de l'essai et le prix par dosage. Cette technique, lorsqu’intégrée à un outil diagnostic, ne nécessite ni instruments coûteux, ni personnel hautement qualifié. En outre, cette méthode offre la possibilité d'unifier les tests de diagnostic pour les différents agents pathogènes dans les mêmes conditions de réaction qui, à terme, conduira à des tests de diagnostic qui soient plus simples, rapides et moins coûteux.

3.