Glavni urednik



Yüklə 3,67 Mb.
səhifə18/56
tarix23.01.2018
ölçüsü3,67 Mb.
1   ...   14   15   16   17   18   19   20   21   ...   56

Diplomski radovi:



1.

Biškupić, Krešimir. Oblikovanje sustava inteligentne analize podataka temeljeno na knjižnici komponenata / Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07.2003, 71 str. voditelj: Bogunović, Nikola.

2.

Bjelopetrović, Radomir. Poboljšanje strojnog učenja razvrstavanja kombinacijom algoritama / Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.04.2003, 63 str. voditelj: Bogunović, Nikola. Mrđa, Branislav. Oblikovanje interaktivnih mrežnih usluga zasnovanih na proširenoj Java Servlet tehnologiji / Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.04.2003, 94 str. voditelj: Bogunović, Nikola.



Kolokviji i seminari održani u Institutu “Ruđer Bošković”:

Gamberger, Dragan: Otkrivanje znanja u skupovima podataka, 5.12.2003.


Marić, Ivan: Raspodijeljeni sustav za mjerenje protoka, 5.12.2003.
Michieli, Ivan: Analiza nelinearnih šumnih vremenskih serija: Rekonstrukcija kaotičnog rješenja, 5.12.2003.
Ristov, Strahil: Sustav za kompresiju i potpuno pretraživanje staticke baze podataka, s primjerom na telefonskom imeniku Republike Hrvatske, 17.6.2003.
Vojnović, Božidar: Minimizacija pogreške «timinga» slučajnih impulsnih signala, 5.12.2003

Znanstveno i stručno usavršavanje u inozemstvu:

Ristov, Strahil: International Summer School on Computational Biology, Warsaw University, Varšava, Poljska, 31.8.- 5.9.2003


Sudjelovanja na kongresima:



MIPRO 2003, MEĐUNARODNI SKUP

Opatija, Hrvatska, 19.5.-23-5.2003.


Sudionici: Bogunović, N.
Prilozi:

Pek, E., Bogunović, N., Formal verification of communication protocols in distributed systems, predavanje, znanstveni rad


Grudenić, I., Bogunović, N., BDD based algorithms for computing state transitions, predavanje, znanstveni rad

25th INTERNATIONAL CONFERENCE ON INFORMATION TECHNOLOGY INTERFACES, ITI 2003

Cavtat, Hrvatska, 16.6.-19.6.2003.


Sudionici: Ristov, Strahil
Prilozi:

Ristov, Strahil; Lauc, Davor: A System for Compacting Phonebook Database,



18th DUBROVNIK INTERNATIONAL COURSE & CONFERENCE ON THE INTERFACES AMONG MATHEMATICS, CHEMISTRY AND COMPUTER SCIENCES MATH/CHEM/COMP/2003

Dubrovnik, Hrvatska, 23.6.-28.6.2003.


Sudionici: Maksimović, Aleksandar
Prilozi:

Lugomer, Stjepan; Maksimović, Aleksandar; Mihaljević, Branka; Toth, Atilla; Horvath, Eniko: Coherent selforganization of target surface in laser-matter interactions, poster



DRUGI ZNANSTVENO-STRUČNI SKUP PROGRAMSKI SUSTAV MATHEMATICA U ZNANOSTI, TEHNOLOGIJI I OBRAZOVANJU PRIMMATH [2003]

Zagreb, Hrvatska, 25.9.-26.9.2003.


Sudionici: Maksimović, Aleksandar
Prilozi:

Maksimović, Aleksandar; Vojnović, Božidar: Izdvajanje fraktalnog skupa točaka iz slike,



6th INTERNATIONAL MULTI-CONFERENCE INFORMATION SOCIETY IS 2003, INTELLIGENT AND COMPUTER SYSTEMS

Ljubljana, Slovenija, 13.10.-17.10.2003.


Sudionici: Ristov, Strahil
Prilozi:

Ristov, Strahil; A Note on Indexing DNA and Protein Sequences,


9th CONFERENCE ON ARTIFICIAL INTELLIGENCE IN MEDICINE EUROPE

Protaras, Cipar, 18.10.-22.10.2003.


Sudionici: Gamberger Dragan
Prilozi:

Gamberger, D.; Lavrač, N. Analysis of gene expression data by logic minimization approach



IV SIMPOZIJ HRVATSKOG FIZIKALNOG DRUŠTVA

Zagreb, Hrvatska, 13.11.-15.11.2003.


Sudionici: Maksimović, Aleksandar
Prilozi:

Lugomer, Stjepan; Maksimović, Aleksandar; Mihaljević, Branka; Toth, Atilla; Horvath, Eniko: Razvoj vrtloznosti u uvjetima Richtmyer-Meskhow nestabilnosti,



Posjete inozemnih stručnjaka Institutu “Ruđer Bošković”:

Daniel J. Strauss, Institut fur Neue Materialen, Saarbrucken, Njemačka, 4.11.-20.11.2003



Znanstveni skupovi u organizaciji Instituta “Ruđer Bošković”:

EUROPEAN CONFERENCE ON PRICIPLES AND PRACTICE IN KNOWLEDGE DISCOVERY IN DATABASES (PKDD2003)

Cavtat, Hrvatska, 22.9.-26.9.2003.
EUROPEAN CONFERENCE ON MACHINE LEARNING (ECML2003)

Cavtat, Hrvatska, 22.9.-26.9.2003.



Poslijediplomska i dodiplomska nastava:



Dodiplomska nastava:
DIGITALNI SUSTAVI

Diplomski studij elektrotehnike, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Bogunović, Nikola

Predavač(i): Bogunović, Nikola


FORMALNI POSTUPCI U OBLIKOVANJU RAČUNALNIH SUSTAVA

Dodiplomski studij računarstva, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Bogunović, Nikola

Predavač(i): Bogunović, Nikola


OPTIČKE KOMUNIKACIJSKE MREŽE

Elektrotehnika, Radiokomunikacije i profesionalna elektronika, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Medved Rogina, Branka; Šipuš, Zvonimir

Predavač(i): Medved Rogina, Branka; Šipuš, Zvonimir


OPTIČKI KOMUNIKACIJSKI SUSTAVI, LABORATORIJSKE VJEŽBE

Elektrotehnika, Radiokomunikacije i profesionalna elektronika, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Šipuš, Zvonimir

Predavač(i): Medved Rogina Branka


OPTOELEKTRONIČKI SKLOPOVI, LABORATORIJSKE VJEŽBE

Elektrotehnika, Radiokomunikacije i profesionalna elektronika, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Šipuš, Zvonimir

Predavač(i): Medved Rogina, Branka


POLICIJSKA OPERATIVNA TEHNIKA

Studij kriminalistike, Policijska akademija, Visoka policijska škola u Zagrebu

Voditelj(i): Medved Rogina, Branka; Posavec, Boris

Predavač(i): Medved Rogina, Branka; Posavec, Boris


TEHNIKE EKSPERTNIH SUSTAVA

Diplomski studij računarstva, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Bogunović, Nikola

Predavač(i): Bogunović, Nikola



Poslijediplomska nastava:
OTKRIVANJE ZNANJA U MEDICINSKIM DOMENAMA

doktorski studij, Medicinski fakultet, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Gamberger, Dragan; Kern Josipa

Predavač(i): Gamberger, Dragan; Šmuc, Tomislav; Kern, Josipa


OTKRIVANJE ZNANJA U SKUPOVIMA PODATAKA

Poslijediplomski studij, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Bogunović, Nikola

Predavač(i): Bogunović, Nikola


PREDSTAVLJANJE ZNANJA U INFORMACIJSKIM SUSTAVIMA

Poslijediplomski studij, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

Voditelj(i): Bogunović, Nikola

Predavač(i): Bogunović, Nikola


http://www.irb.hr/hr/str/zfk/
ZAVOD ZA FIZIČKU KEMIJU

DIVISION OF PHYSICAL CHEMISTRY
Predstojnik/ca: Dr. sc. Aleksandar Sabljić

Tel. ++385 1 4561 089, e-mail: sabljic@irb.hr



Ustroj zavoda:
Laboratorij za kemijsku kinetiku i atmosfersku kemiju, dr. sc. Dunja Srzić, voditeljica laboratorija
Laboratorij za radiokemiju, dr. sc. Nada Filipović-Vinceković, voditeljica laboratorija
Grupa za teorijsku kemiju, dr. sc. Tomislav Živković, voditelj grupe
Laboratorij za kemijsku i biološku kristalografiju, dr. sc. Biserka Kojić-Prodić, voditeljica laboratorija
Laboratorij za magnetske rezonancije, dr. sc. Boris Rakvin, voditelj laboratorija
Laboratorij za analitičku kemiju, dr. sc. Ivan Habuš, voditelj laboratorija
Tajništvo, Albina Baruškin, tajnica

Program rada:

Tijekom 2003. godine, suradnici Zavoda su objavili vrijedne znanstvene rezultate iz atmosferske kemije, kemijske kinetike, strukturne kemije, teorijske kemije, modeliranja fizičkih i kemijskih procesa te različitih područja bioznanosti. Značajan dio rezultata objavljen je u vrhunskim međunarodnim znanstvenim časopisima iz područja kemije kao što su Journal of the American Chemical Society, Chemistry-A European Journal, Journal of Physical Chemistry, Journal of Organic Chemistry, Biochimica et Biophysica Acta. Gotovo svi suradnici Zavoda daju značajan doprinos u dodiplomskoj i poslijediplomskoj nastavi na Sveučilištima u Zagrebu, Rijeci, Splitu i Osijeku. Pored toga, članovi Zavoda su tijekom 2003. godine organizirali i dva vrhunska međunarodna znanstvena skupa. Svi opisani doprinosi postignuti su u okviru tradicionalne intenzivne međunarodne suradnje s vrhunskim znanstvenim institucijama kao što su Harvard University, Rice University, Pacific Northwest Laboratory, Free University Berlin, Hebrew University of Jerusalem. U okviru programa rada dan je kratak prikaz najznačajnijih znanstvenih doprinosa tijekom 2003. godine. Potpuniji opis ovih doprinosa, kao i drugih važnih rezultata istraživanja, dani su kroz opise pojedinih znanstvenih projekata.

Molekularni magneti su središnja tema mnogobrojnih eksperimentalnih i teorijskih istraživanja zbog moguće primjene u kvantnim računalima. U planarnom bakrenom kompleksu Cu3(O2C16H23)1.2C6H12 istraživano je sprezanje spinova bakra lociranih na vrhovima istostraničnog trokuta. Na ovom modelnom sustavu molekularnih magneta EPR spektroskopijom istovremeno je detektirano osnovno singletno i više kvartetno stanje u širokom temperaturnom intervalu (12K-300K). Dobiveni parametri imaju značajnu ulogu u daljnjem razumijevanju kompleksnijih magnetskih sustava.

Za razvoj efikasnih metoda prijenosa lijekova ugrađenih u liposome do ciljanih stanica, od primarnog značaja je poznavanje fizikalno-kemijske prirode međudjelovanja farmakološki aktivnih biomolekula s liposomima. Metodama elektronske spinske rezonancije proučavani su peptidi imunomodulatorske aktivnosti; peptidoglikanmonomer i adamantantripeptidi ugrađeni u liposome.

Pripravljene su nove dimerne površinski aktivne tvari (PAT) i istražena je uloga strukture molekule dimerne PAT na strukturu supramolekule. Najvažniji parametar koji određuje svojstva asimetričnih dimernih PAT je duljina hidrofilnog poveznika. Variranjem duljine hidrofilnog poveznika moguća je manipulacija sa strukturom micela, mezomorfnih stanja i uređenjem kristala. U smjesama suprotno nabijenih ionskih PAT (katanionski sustavi) i smjesama ionska PAT i biopolimer suprotnog naboja, studirane su različite supramolekule, od sfernih do crvolikih micela, “divovskih” vezikula i planarnih lamelnih struktura.

Elektronska struktura anti-HIV lijeka AZT i antimalarika artemizina određena je primjenom fotoelektronske spektroskopije i kvantno-kemijskih računa. Rezultati ovih istraživanja pomoći će da se objasne mehanizmi njihove biološke aktivnosti, kao i u pripravi novih poboljšanih anti-HIV i antimalarijskih lijekova. Pripravljena je i nova serija Pd(II) i Pt(II) kompleksa s različitim ligandima, te im je određena struktura. Ispitat će se njihova potencijalna antitumorska i katalitička svojstva. Reakcijska dinamika stvaranja ciklopaladiranih kompleksa praćena je NMR i UV-Vis spektroskopijama i razriješen je mehanizam ciklopaladacije.

Mjerenjem primarnih reakcija degradacije kloriranih fenola, važne skupine zagađivala, s OH-radikalima utvrđeno je stvaranje novih međuprodukata. Pokazano je da nastaje adukt OH-radikala na C-3 poziciji fenolnog prstena te su mu određena fizička i kemijska svojstva. Nastali međuprodukt posjeduje izuzetnu stabilnost koja je rezultat intramolekularne vodikove veze.

Karakterizirana je površina apoB-100 proteina lipoproteinskih čestica male gustoće (LDL) preko dostupnosti slobodnih tiolskih skupina apoproteina upotrebom različitih spektroskopskih metoda. Rezultati ukazuju na ulogu gangliozida u interakciji s LDL-om naročito u odnosu na moguću oksidativnu modifikaciju tih čestica u dijabetesu. Fluorescencijom je utvrđeno da ganglioizidi imaju zaštitno djelovanje u modelnoj in vitro oksidaciji LDL čestica.

Članovi Grupe za teorijsku kemiju bili su aktivni u razvoju općih formalizama, algoritama i modela te njihove primjene u različitim područjima kemije, fizike i bioznanostima. Razvijen je efikasan postupak za izbor najznačajnijih deskriptora za linearne i nelinearne regresijske modele. Također je razvijena i metodologija za in silico pripravu poliheksnih nanocjevčica kao i ispitivanje njihovih svojstava. Provedeno je detaljno ab initio CASSCF/CASPT2 istraživanje reakcijskog mehanizma i kinetike adicije ozona na fluoreten u plinskoj fazi. Koristeći četverodimenzionalane plohe potencijalne energije u normalnim koodinatama, istraživana je dinamika intramolekularne vodikove veze u malonaldehidu i acetilacetonu.

Research programme:

Division research teams have published valuable contributions in atmospheric chemistry, chemical kinetics, structural chemistry, theoretical chemistry, modeling of physical and chemical processes, structural and chemical analyses, and in biosciences. A significant part of results was published in the highest ranking chemistry journals: Journal of the American Chemical Society, Chemistry-A European Journal, Journal of Physical Chemistry, Journal of Organic Chemistry, Biochimica et Biophysica Acta. Division contributes extensively to undergraduate and graduate education and have rich tradition in organizing highly regarded scientific conferences. All this is achieved within traditionaly international collaboration with Harvard University, Rice University, Pacific Northwest Laboratory, Free University Berlin, Hebrew University of Jerusalem, to mention a few. In this section, only the most exciting research contributions made during 2003. will be briefly described. Their detailed description, as well as other valuable results, will be presented within specific research project.

Single molecule magnets (SMM) are focus of many experimental and theoretical studies. They exhibit the novel phenomenon of quantum tunneling of magnetization. In SMM, a single molecule can exhibit a hysteresis loop and, hence, can be the basis of memory storage at molecular level, and possibly, quantum computation. A sensitive method based on EPR spectroscopy is developed for measuring magnetic field near the surfaces of molecular magnet Mn12-acetate. This method has potential to become an accurate, efficient and inexpensive screening tool for probing properties of highly magnetic molecules, i.e. potential molecule magnets.

Immunostimulating compounds enhance the immune response of the host to an antigen. Such compounds are particularly useful in stimulating the immune response to weak antigens and vaccines. EPR spectroscopy was used to study the interactions of immunostimulating compounds, peptidoglycan monomer and structurally related adamantyltripeptides with multilamellar liposomes. The strong interactions of adamantyltripeptides with negatively charged multilamellar liposomes make them good candidates for immunostimulating agents in vivo.

The design to the surfactants with specific qualities, is an imperative in understanding the relationships between surfactant structure and their supramolecular organization (micelles, vesicles, liotropic liquid crystals). Such relationships are studied by interdisciplinary approach on a novel generation of surfactants, the dissymmetric geminis. It was found that the length of hydrophobic spacer is a critial parameter for their structural and amphotropic properties and that its increase modifies the supramolecular structure from wormlike to spherical micelles. Thus, it is possible to manipulate the arrangement of surfactants in micellar, mesomorphic and crystalline states and, consequently, to design surfactants with desirable characteristics.

The electronic structures of anti-HIV drug AZT and antimalarial drug artemisinine are resolved by photoelectron spectroscopy and quantum-chemical calculations. Results of this study will help to clarify the mechanisms of their biological activity, as well as to derive impoved anti-HIV and antimalarial agents.

A series of novel Pd(II) and Pt(II) complexes with various ligands have been prepared and characterized. Their antitumor activity and catalytic properties will be evaluated. Furthermore, the reaction dynamics of metal-ligand interactions and mechanism of cyclopalladation reactions are investigated by NMR and UV-Vis spectroscopies.

In the effort to elucidate mechanism of oxidative degradation of halogenated phenols, a major class of environmental pollutants, we have acquired direct experimental evidence for the formation of a new transient, the OH radical adduct at the C-3 position, a species of particular stability gained by the intramolecular hydrogen bonding, and have determined its physical and chemical properties.

Sparteine, the prototype of the family of bisquinozilidine alkaloids, and its derivatives have been extensively investigated due to their important biological activity. Furthermore, sparteine is extremely well-suited as a chiral bidentate ligand for metal complexation and asymmetric synthesis. In order to get a through picture of their variety of steric preferences, a combined theoretical and experimental investigation into the molecular and electronic structure of sparteins, their mono- and di-protonated forms, as well as their tricyclic precursors, was carried out.

In molecular enzymology the focus was on discovery of new biocatalyst and its optimization. A novel lipase from Streptomyces rimosus was characterized by MALDI mass spectrometry. Theoretical methods for predicting enantioselectivity of the lipase have been worked out.

The experimental evidence for the apo B protein domain structuring in low density lipoprotein (LDL) is given by accessibility of free thiols groups using specific spin labeling and EPR spectroscopy. The protective role of gangliosides in model LDL oxidation is confirmed by fluorescence spectroscopy and is attributed to their interference with lipid-protein interactions.

Members of Theoretical Chemistry Group have been active in developing theoretical frameworks, algorithms and models, as well as in their application in various areas of physics, chemistry and biosciences. A general formalism for the exact treatment of the influence of an infinite quantum system on the single eigenstate of a finite quantum system is developed. This approach applies to any interaction of the isolated eigenstate with the surrounding media, however strong. An efficient algorithms has been derived for the selection of the most important variables/descriptors in linear and non-linear multi-regression models. A method for generating and studying properties of novel in silico polyhex nanotubes is developed, too. Ab initio multiconfigurational CASSCF and CASPT2 methods were employed in studying the reaction mechanisms and kinetics of the gas-phase ozone addition to fluoroethene. The spectroscopy and dynamics of intramolecular hydrogen bond in malonaldehyde and acetylacetone have been investigated by the application of the four-dimensional potential energy surfaces described in normal coordinates.



Projekti u sklopu zavoda:


0089036

STRUKTURA I DINAMIKA (BIO)MOLEKULA, Biserka Kojić-Prodić, voditelj projekta

0098030

SVOJSTVA I PONAŠANJE ATMOSFERSKIH MIKROKONSTITUENATA, Tomislav Cvitaš, voditelj projekta

0098031

POVRŠINSKI AKTIVNE TVARI, PROCESI U OTOPINAMA I NA MEĐUPOVRŠINAMA, Nada Filipović-Vinceković, voditelj projekta

0098032

REAKTIVNOST I REAKCIJSKI MEHANIZMI, Dunja Srzić, voditelj projekta

0098033

ISTRAŽIVANJA KEMIJSKE REAKTIVNOSTI I FEMTOSEKUNDNIH PROCESA, Aleksandar Sabljić, voditelj projekta

0098034

RAZVOJ I PRIMJENA MODELA U KEMIJI I BIOINFORMATICI, Trinajstić Nenad, voditelj projekta

0098035

STRUKTURNA I BIOLOŠKA ISTRAŽIVANJA NOVIH KOMPLEKSNIH SPOJEVA, Ljerka Tušek-Božić, voditelj projekta

0098037

BIOFIZIKA MEĐUDJELOVANJA LIPOPROTEINA I AKTIVNIH TVARI, Greta Pifat-Mrzljak, voditelj projekta

0098038

ELEKTRONSKA SPINSKA REZONANCIJA U SUSTAVIMA S PARAMAGNETSKIM ČESTICAMA, Boris Rakvin, voditelj projekta

0098039

MODELIRANJE NOVIH UGLJIKOVIH MATERIJALA, Ante Graovac, voditelj projekta

0098040

MEĐUDJELOVANJE BIOMEMBRANA S AMINOKISELINAMA I PEPTIDIMA, Vesna Nöthig-Laslo, voditelj projekta

0098041

MULTIDISCIPLINARNA SEDIMENTOLOŠKA ISTRAŽIVANJA, Halka Bilinski, voditelj projekta

0098042

MATERIJA U EKSTREMNIM UVJETIMA, Slobodan Bosanac, voditelj projekta

0098043

OPIS I PONAŠANJE KVANTNIH SISTEMA U INTERAKCIJI, Tomislav Živković, voditelj projekta

0098142

RAZVOJ ANALITIČKIH METODA I KOMBINATORNE KEMIJE U SINTEZI BIBLIOTEKA PEPTIDA, Ivan Habuš, voditelj projekta

Oznaka: 0089036


STRUKTURA I DINAMIKA (BIO)MOLEKULA

STRUCTURE AND DYNAMICS OF (BIO)MOLECULES
Voditelj/ica projekta: dr. sc. Biserka Kojić-Prodić

Tel. ++385 1 4680126   e-mail: kojic@irb.hr



Suradnici na projektu:
Branimir Bertoša, dipl. inž. kemije, znanstveni novak
Marija Herceg, doktorica kem. znanosti, viša znanstvena suradnica
Biserka Kojić-Prodić, doktorica kem. znanosti, znanstvena savjetnica
Ivana Leščić, magistrica kem. znanosti, znanstvena novakinja
Marija Luić, doktor geol. znanosti, viša znanstvena suradnica
Zoran Štefanić, dipl. inž. fizike, mlađi asistent
Sanja Tomić, doktorica kem. znanosti, viša znanstvena suradnica
Aleksandar Višnjevac, doktor kem. znanosti, znanstveni suradnik
Dušica Vujaklija, doktor tehničkih znanosti, znanstvena suradnica, (konzultant)

Tehnički suradnici:
Lidija Prežec, peračica suđa (25%)

Suradnici iz druge ustanove:
Zrinka Banić-Tomišić, doktorica kem. znanosti, Istraživački institut Pliva
Jasenka Pigac, doktor tehničkih znanosti, Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Program rada i rezultati na projektu:

Metodama rendgenske difrakcije i računalne kemije, molekularne kompjutorske grafike i spektroskopije, kao i primjenom bioloških testova, prati se odnos molekularne strukture i ponašanja biološki aktivnih spojeva i njihovih analoga. Prepoznavanje biološki aktivnih molekula (molecular recognition) na temelju karakterističnih strukturnih parametara, posebno aktivnog mjesta u (makro)molekuli ili njene (bio)aktivne konformacije, uz poznavanje fizičko-kemijskih svojstava, koristi se kao doprinos razumijevanju bioloških procesa na molekularnoj i atomnoj razini. Detaljno poznavanje molekularne strukture spojeva u kristalu i otopini omogućava praćenje i objašnjenje mehanizama kemijskih i bioloških reakcija realnih i modelnih sustava. Pri molekularnom (kompjutorskom) modeliranju koristi se: molekularna mehanika, molekularna dinamika, Monte Carlo metoda, zatim kombinacija kvantno-mehaničkih metoda i spomenutih pristupa, te QSAR analiza (ili SAR i QSPR). Izučavaju se interakcije malih molekula s proteinima (supstrati i inhibitori) i nukleinskim kiselinama, te interakcije protein∙∙∙protein. Na temelju rezultata rendgenske strukturne analize i metoda molekularnog modeliranja prate se intramolekularne i posebice intermolekularne - nekovalentne interakcije. Nekovalentne interakcije bitne su: u kristalnim strukturama, pri nastajanju supramolekularnih spojeva, i općenito pri udruživanju molekula tj. stvaranju (makro)molekularnih ansambla. Pri tim interakcijama i enzimskim katalizama (hidrolaze) izuzetno su važne vodikove veze koje su predmet našeg istraživanja.

Veoma koncentrirano se radi na uvođenju metoda proteinske kristalografije i pratećih analitičkih metoda potrebnih za čišćenje proteina, kao i složenih računskih pristupa za studij međudjelovanja supstrata i enzima i predviđanja enentioselektivnosti bakterijskih lipaza.

Sustavno se priređuju podaci za QSAR analizu biljnog hormona rasta auksina (indol-3-octene kiseline) i njegovih analoga. Na temelju sličnosti interakcijskih polja auksina (matematički pristup temeljen na sposobnosti auksinskih molekula da učestvuju u neveznim interakcijama s potencijalnim proteinskim receptorom) i srodnih molekula i predviđenih logP i logD vrijednosti, razlikuju se aktivne od neaktivnih molekula. U suradnji s Grupom za genetiku i dinamiku bioaktivnih molekula objašnjeni su nekonzistentni literaturni podaci o auksinskoj aktivnosti 2-metilindol-3-octene kiseline i 2-etil homologa: biološki testovi pokazali su auksinsku aktivnost metil-homologa, dok su etil-homolog zabilježili kao inaktivan. Naša su strukturna istraživanja pokazala da su autori radili biološke testove na 3-(3-metilindol-2-il)propionskoj kiselini, misleći da imaju 2-etilindol-3-octenu kiselinu. Priredili smo i karakterizirali 2-etil i 2-propil-homologe i potvrdili njihovu biološku aktivnost i time otklonili nejasnoću u literaturi. Taj primjer jasno ukazuje na važnost jednoznačne strukturne karakterizacije supstancija koje se podvrgavaju biološkim testovima. Samo vjerodostojni biološki testovi mogu biti svrsishodan temelj QSAR pristupu. Na temelju bioloških testova i analizom sličnosti interakcijskih polja utvrđeno je da su ti auksinski analozi na granici između slabih i jakih auksina. U svakom slučaju, 2-alkil supstitucija smanjuje auksinsku aktivnost; rezultati konformacijske analize izvedeni iz kvantno-kemijskih računa i simulacija molekularne dinamike ukazuju da alkilna supstitucija u položaju 2 indol-3-octene kiseline utječe na rotaciju CH2COOH skupine i time možda utječe na biološku aktivnost. Pripravljen je i strukturno karakteriziran peracetilirani β-muramil laktam-(1→4)-GlcNAc disaharid; njegov nezaštićeni analog je sastavni dio peptidoglikana bakterijske spore. Izvedena je konformacijska analiza disaharida u kristalu i otopini metodama rendgenske difrakcije, NMR spektroskopije i molekularnog modeliranja. Rezultati pokazuju da je opažena relativno slobodna gibljivost oko glikozidne veze, koja omogućava laku prilagodbu receptoru, što je u skladu s opažanjima drugih autora na raznim prirodnim β-(1→4) disaharidima. Objavljivanjem tih rezultata zaključen je bogat znanstveni ciklus dr. D. Keglević, s kojom smo surađivali na strukturnoj karakterizaciji peptidoglikana i analoga. Metodom rendgenske difrakcije izučava se skupina retropeptida s oksalilnim mostom. Analizom složenih sistema vodikovih veza u sustavno modificiranoj seriji spojeva, odgovornih za stvaranje supramolekularnih tvorevina, pokušava se objasniti nastajanje gelova i njihova organizacija na molekularnoj razini. Praćen je odnos strukture i aktivnosti C-2-sulfonamido pirimidin nukleozida.

Tijekom studija enzimske aktivnosti lipaza, u suradnji s nekoliko istraživačkih skupina u zemlji i inozemstvu, izolirana je i biokemijski karakterizirana izvanstanična lipaza bakterije Streptomyces rimosus. Uspješno kloniranje omogućilo je dobivanje obimnije količine enzima i time opsežnije biokemijsko istraživanje i eksperimente kristalizacije proteina. Razvijen je kvantitativni model za predviđanje enzimske enantioselektivnosti, temeljen na usporedbi energije vezanja COMBINE analizom. Izučavan je utjecaj kristalografski određene molekule vode (u blizini aktivnog mjesta enzima) na predviđanje enantioselektivnosti lipaze. Model je primijenjen na testiranje enantioselektivnosti lipaze bakterije Burkholderia cepacia prema racematima 3-(ariloksi)-1,2-propandiola u postupku aciliranja. Započeto je izučavanje vezivanja izvanstanične ribonukleaze i njenog kompleksa s inhibitorom (barnase-barnstar) na 64 mutanta (QSAR) i COMBINE pristupom. Postignuti rezultati u području proteinske kristalografije i modeliranja omogućavaju interdisciplinarni pristup u izučavanju realnih i modelnih bioloških sustava.

Izložen interdisciplinarni pristup istraživanja daje temelj za pripravu novih spojeva unaprijed zadanih svojstava, efikasnih biokatalizatora, i pridonosi razumijevanju bioloških procesa na molekularnoj i atomnoj razini. Takav interdisciplinarni pristup moguć je zahvaljujući uspješnoj znanstvenoj suradnji s više laboratorija našeg instituta kao i međunarodnoj suradnji.

Rendgenska strukturna analiza uspješno je primijenjena u određivanju trodimenzionalne strukture novih supramolekularnih, organskih i kompleksnih spojeva. Pripravljen je kompleks Cu(II) s 3-supstituiranim 5-(2’piridil)-1,4-benzodiazepin-2-onom koji je karakteriziran spektroskopskim metodama i rendgenskom strukturnom analizom. U suradnji sa Zavodom za organsku kemiju Fakulteta za kemijsko inženjerstvo i tehnologiju izučavane su fotokemijske transformacije supstituiranih 2,2’-(1,2-fenilendivinilen)-dipirola.



Yüklə 3,67 Mb.

Dostları ilə paylaş:
1   ...   14   15   16   17   18   19   20   21   ...   56




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©muhaz.org 2020
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə