Ue issm 30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale gc faure 08/10/09

UE ISSM 7.30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale

• GC Faure 08/10/09

• Faculté de Médecine et CHU

• Laboratoire d’Immunologie, EA 4369

• Chargé de mission à la documentation UHP

Filière Médicale Francophone Nancy-Wuhan

• 2008

• Un nouveau diplôme universitaire (DU) associant Nancy et Wuhan

Diplôme d’Université (DU/DIU)

• Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale

• Intégré dans le cursus de Master
• Objectifs:
• Acquérir ou conforter les connaissances de base des méthodologies utiles à la pratique de la recherche médicale

DU: Thèmes abordés

• 3 modules de base

• Information scientifique et techniques de communication
• Bases de données, publications, projets de recherche
• Méthodes en biologie moléculaire, génomique, protéomique
• ADN, ARN, gènes, protéines…
• Méthodes en biologie cellulaire, d’organes et d’organisme
• Isolement, imagerie, cellulaire, de tissus, modèles animaux

DU: Illustration par le biais de projets en cours à Nancy

• 3 modules applicatifs

• Applications en recherche médicale
• Hémato-oncologie, Nutrition,
• Pathologies du vieillissement (cardiovasculaire, articulaire)
• Pathologies inflammatoires aigues et chroniques
• Applications en recherche chirurgicale
• Chirurgie robotique, coeliochirurgie, microchirurgie
• Greffes et transplantations
• Applications dans les biothérapies
• Thérapies cellulaires et génique
• Thérapies moléculaires innovantes

Programme 2009 (1)

• 8 octobre

• GC Faure Introduction, Chercher et Trouver, Lire et écrire
• J. Mistral Accès à la documentation au SCD

• 15 octobre

• C Philippe Génomique
• B Chenuel Physiologie et Systèmes biologiques

• 22 octobre

• C Nemos Transcriptomique/Protéomique
• J Felblinger Imagerie

• 29 octobre

• T Lecompte Hémostase
• P Rossignol Recherche clinique

Programme 2009 (2)

• 5 novembre

• MC Béné Cytomique (1)
• GC Faure Cytomique (2)

• 12 novembre

• T Lecompte Recherche clinique dans le SAPL
• J Hubert, P Eschwège Chirurgie robotique et Urologie

• 19 novembre

• C Baumann Santé publique
• B Namour Biochimie

• 26 novembre

• P Gillet Pharmacologie
• N Tran Chirurgie expérimentale

Chercher et trouver

• Des exemples, des méthodes

• Quelles recherches

• Recherche Médicale
• Recherche Chirurgicale
• Recherche Clinique
• Recherche Biologique
• Recherche Imagerie

Où fait-on de la recherche?

• Universités, Facultés, UFRs

• EPST (Inserm, CNRS, INRA, Inria…)
• EA (AERES)

• CHUs

• CIC, CEC, CIT, CICancer, CIB
• CRB, Thèques…
• Cancéropôles

• Industrie

• Laboratoires Pharmaceutiques
• Laboratoires Biotechnologies, Imagerie

Qui soutient la recherche?

• Les états

• Les organismes publics
• Les Ministères (Recherche, Enseignement supérieur, Industrie, Innovation)
• Les Régions
• L’Europe

• Les organismes privés

• Industrie
• Associations charitables
• Ligue, ARC, x Associations

Que fait-on en recherche médicale et chirurgicale?

• Faire des expériences?

• Faire des manipulations?

• Travailler dans un laboratoire?

• Travailler avec des animaux?

• Travailler avec des patients?

• Travailler dans un service hospitalier?

• Recueillir des données et faire des statistiques?

• Lire et écrire

Lire… et écrire

• Accéder à l’information

• Papier ou numérique

• Centres de documentation, bibliothèques,
• En ligne, via internet

• Sélectionner l’information

• Stocker l’information

• Utiliser l’information

Information scientifique et technique:

• Matière première

• du médecin, du scientifique, du malade, du consommateur

• Produit fini

• du médecin, du scientifique, du chercheur

• Produit à haute valeur ajoutée

• Produit à valeur stratégique

Un peu d ’histoire

• L ’information scientifique

• et technique

• un phénomène récent, un siècle environ
• du « savant fou »... aux équipes pléthoriques
• de la monographie,
• à la publication avec plusieurs centaines d ’auteurs

• Quel futur au 3ème millénaire?

Circulation de l’information scientifique

• Analogue au circuit de l’eau dans la nature

• les récepteurs reçoivent l’information sous forme variée, pluie, neige, grêle...
• les émetteurs produisent de l’information…
• celle-ci s’accumule dans des réservoirs, mer, lacs, neiges éternelles, glaciers
• les conservateurs stockent l ’information

Quelques questions

• Quels outils de recherche d’information utiliser???

• Quelles bases de données?

• Quels journaux?

• VULGARISATION
• SCIENTIFIQUE

La littérature scientifique

• Littérature en noir et blanc: les documents primaires

• Littérature en couleur: journaux et magazines

• Littérature grise

• Littérature multicolore: les catalogues commerciaux,

Quelles fonctions pour une revue scientifique?

• La dissémination de l’information

• Le contrôle de qualité de la recherche

• la constitution d’archives « canoniques »

• la reconnaissance portée aux auteurs

La forme JOURNAL est apparue la plus adéquate

• Regroupement d’articles dans un ensemble diffusé en bloc aux abonnés

• Parution à dates données, régulières

• Traitement des articles, qualité typographie, langage

• non modification après publication
• garantie de retrouver un article/référence

Apprendre à lire, à écrire

• Ce qu’on ne nous a jamais appris à la Fac!

• Apprendre à trouver

• connaître les bases de données
• apprendre à interroger ces bases

• Lire, sélectionner...

• sur les bases de données:
• TITRE, auteurs, mots-clés, résumé…

• Classer et retrouver...

Anatomie macroscopique d’un article scientifique:

• Titre «self-explaining»

• Auteurs (Noms, prénoms, titres...), Adresses

• Résumé (structuration)

• Mots Clés (indexation) Abréviations (etc!)
• Introduction (rationale)
• Matériel et méthodes (reproductibilité)
• Résultats (statistiques)
• Figures et tableaux (légendes, PAO, visibilité)
• Discussion (des résultats aux hypothèses)

• Références (normes à respecter)

• Remerciements (collaborations, financements)

Un exemple d ’article

• Format pdf, exemple

Apprendre à lire, à écrire

• Lire un article:Désordre de Lecture

• remerciements!,
• fin de l’introduction, ou début de la discussion,
• méthodes,
• références,
• légendes des figures et tableaux,
• introduction ou discussion,
• résultats

• Ecrire:..... au maximum 4 pages double interligne à l ’heure

Développement et physiologie d’un article scientifique

• Conception

• Fécondation in vitro ou sexualité de groupe

• Embryologie

• beaucoup plus long que chez les éléphants
• les avortements sont fréquents, et l’accouchement difficile
• beaucoup de partenaires, quelques bonnes fées et des accoucheurs

• Vie et mort d’un article

• beaucoup d’appelés, peu d’élus

Embryologie

• Bibliothèques et paillasses

• lecture, expérimentation, observation
• consignation dans un cahier

• Ordinateur, postes et publishers

• rédactions et écritures
• un manuscrit, soumission, éditeur, Peer Review, referees, refus ou!
• révisions, manuscrit, éditeur, referees, accepté!
• imprimeur, bon à tirer, publication, diffusion, bibliothèques

Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert

• Lieu de naissance

• Vie personnelle d’un article

• Etre lu par des chercheurs, médecins, journalistes, étudiants
• Etre compris
• Etre évalué, être CITE
• Rester inconnu, être oublié, ressusciter

Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert

• Vie sociale des articles

• Etre utile à ses auteurs (DEA, Thèse, Titres et travaux... position)
• Etre utile à son environnement (équipe, unité, université, ville, hôpital)
• ETRE EVALUE

Le Concept d’évaluation

• Distribution des fréquences de citation des articles scientifiques

• 1 citation: 56%
• 2-4: 24%
• 50-99: 1% cumulé: 99.56%
• 1000: 1300 / 32 728 729=0.00004

• Facteur d’impact…

• durée de citation...

L ’information grise

• Les Thèses

• Les Brevets et Normes

• Sites spécifiques

• Les Rapports publics

• Les Rapports privés

• Internet? Trop d’information tue l’information

La littérature multicolore

• Les catalogues des fabricants

• ex: SIGMA, R&D

• Les revues «interface»

• Les sites internet spécialisés

Bases de données: Medline, PuBMeD Pascal Current Contents, Web of Science Scopus

PubMed: le site est encore amélioré

Les opportunités de l ’électronique

• indexation en texte intégral

• outils de recherche intelligents

• inclusion de données actives

• liens hypertextes vers d’autres ressources

• open peer comments…living seminar

• multimédia

• utilisation du réseau

Numérisation: intérêt pratique

• A Nancy et ailleurs...

• des étagères et du PEB aux périodiques en texte intégral…
• marcher
• feuilleter
• «cliquer»

Sans bouger de chez soi!

• Regarder en haut à droite

• Elsevier, Academic Press,Wiley...

• Open access

Les Revues électroniques

• Qu’est ce qui a changé?

• l’accès au réseau, dans les universités, dans les Hôpitaux
• l’accès aux bases de données PUBMED (références, et résumés)
• l’accès aux éditeurs et aux instructions aux auteurs

• Qu’est ce qui va changer?

• le réseau
• les accès au document primaire ? et son format?
• les BU /SCD
• A qui sont ces articles ? QUI PAYE?

• Qu’est ce qui ne change pas?

• les end-users !
• les nécessités:
• de lire d’avoir des résultats, d’écrire...
• d’un peer-review

L’UMVF:

• Fédération Inter-Universitaire pour l’Université Médicale Virtuelle Francophone

• GIP FIU-UMVF
• MEN, MESR, MEFI
• JO 13 Aout 2003
• 33 Universités
• http://www.umvf.prd.fr/info/qui/presentation.html

L’UMVF: ses missions

• mettre en œuvre les technologies de l’information et de la communication pour l'enseignement (TICE) de la médecine en formations initiale et continue.

• Centre de ressources interactif dans le domaine de la santé
• Centre d’information et de prévention pour le public
• Diffusion et de promotion de la science médicale française dans le monde.

• produire des ressources documentaires venant en complément des cours.

• Etudiants de 2e cycle préparant les Epreuves Classantes Nationales (ECN)… une banque de données
• Plus d'une trentaine de campus numériques disciplinaires

• soutenue par

• la Conférence des Présidents d’Université
• la Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine.

Les Campus Numériques http://www.umvf.prd.fr/ressources/campus.php

• Plus de 45 en fait,

• Toutes disciplines du premier cycle

• Histologie-embryologie
• Microbiologie
• Statistiques

• à l’ECN

• Néphrologie
• Neurologie
• Rhumatologie…

ASSIM: RAISIL Réseau d’accès à l’information scientifique en ligne http://www.assim.refer.org

• Les questions du module 8 Immunologie

• De 112 à 127
• Une structure en briques de connaissance

• Des cas cliniques

• Des réponses

• Pas de QCMs

Doc’UMVF

• Nouvelle Page ECN 2010

• 345 items

• Plus de 2000 documents pédagogiques

• CISMEF Rouen

• S Darmoni
• JP Thirion

Autres ressources d’intérêt en langue française

• CNCI

• http://www.cnci.univ-paris5.fr/welcome.html
• Concours Médecins étrangers
• Annales QCM 2005-2007: 3x120
• http://www.cnci.univ-paris5.fr/medecine/Annales_ETR.html

• Les pages ECN de l’HAS +++

• http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant-national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d-emploi
• Mise à jour mensuelle

• ORPHANET++

Aimez vous les vidéos? Utilisez vous les podcast?

• UMVF: canal U

• http://www.canal-u.tv/themes/sciences_de_la_sante_et_du_sport

• Au NIH, cela dépasse l’internat

• NIH videocasting and podcasting
• http://videocast.nih.gov/

Les moteurs de recherche

• Google, Yahoo, Bing…

• Wikipedia?

• Nature Medicine 2007;13: 231-233

Other resources (en anglais)

• emedicine by WebMD

• http://emedicine.medscape.com/

• Sur PubMed

• OMIM
• Books
• PubMedCentral (Free archives)

Méthodes de travail!

• À L’Ecole

• Programmes… Examen

• En Recherche

• Cahier de laboratoire
• Electronic-lab-book

• A l’Université et tout au long de la vie

• Logbook
• Portfolio
• E-portfolio

Workplace-Based Assessment

• Assessing a trainee’s progress

• Assessing competences in laboratory procedures and clinical skills
• Assessing trainee’s skills in clinical examination
• Case-based discussions

• An hindrance: duration (5years) and diversity of training

• How to help trainees in acquiring skills and competences?

Portfolio: old and new words, evolving concepts in training

• From « Titres et travaux » to portfolio

• Logbook..
• Book
• Portfolio
• a tool for training and legitimation

E-portfolio: the future

• Usage of internet and web 2.0

• Access anywhere anytime

• UK: Wales

• Europe:Elfel project