2011 YÜksek lisans tez özetleri

SÜSLÜ Kadir Gökhan

Danışman : Yrd. Doç. Dr. Bedia PALABIYIK

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Mezuniyet Yılı : 2011

Tez Savunma Jürisi : Yrd. Doç. Dr. Bedia PALABIYIK

Prof. Dr. Avni KURU

Prof. Dr. Şule ARI

Doç. Dr. Gülruh ALBAYRAK

Prof. Dr. Sezai TÜRKEL

Schizosaccharomyces pombe'de oksidatif stres yanıtı ile glukoz baskılaması ilişkisinin genom boyutunda araştırılması

Basit yapılı bir şeker olan glukoz, birçok organizma tarafından tercih edilen karbon ve enerji kaynağı ve aynı zamanda bir sinyal molekülüdür. Ökaryotik organizmalar, glukoz algılanması ve sinyal iletiminde rol oynayan çok sayıda karmaşık yollara ve düzenleme mekanizmalarına sahiptirler. Hücresel ve çevresel bir takım stres faktörlerine karşı verilen yanıtta metabolik adaptasyon, glukoz algılanması ve sinyal iletimi gibi süreçler önemli rol oynamaktadır. Bu bağlamda, hücrede oluşan oksidatif stres yanıtı ve glukoz metabolizması arasındaki ilişkinin aydınlatılmasını hedefleyen çalışmalar hız kazanmıştır.

Bu çalışmada, S. pombe’de glukoz baskılaması ile oksidatif stres yanıtı arasındaki ilişkide rol oynayan gen veya genlerin tespit edilmesine yönelik, farklılık gösterim tekniği kullanıldı. Bu amaçla, glukoz baskılamasına dirençli konstitütif invertaz mutantı (ird11h^-), yabani ırkla (972h^-) karşılaştırılarak kullanıldı. Yabani ve mutant hücrelerden total RNA izolasyonu yapıldı ve oligo-dT primerler kullanılarak total RNA’lardan cDNA’lar sentez edildi. Bu cDNA’lardan rastgele/oligo-dT primer kombinasyonu kullanarak PZR ürünleri elde edildi. Bu ürünler poliakrilamid jelde yürütülerek anlatımları farklı olan genler saptandı. Ardından ikinci PZR yapılıp, kontrol edildi ve dizi analizleri yaptırıldı. Nükleotid dizilemeleri yapılan cDNA’ların, S. pombe genom veritabanında gerçekleştirilen BLAST analizleri ile mannoz-1-fosfat guanil transferaz enzimini kodlayan mpg1 geni ve 60S ribozomal proteini olan L3’ü kodlayan rpl302 geni elde edildi. Son olarak, farklılık gösterimi ile elde edilen genlerin anlatım profilleri Gerçek Zamanlı PZR (GZ PZR) yöntemi kullanılarak kontrol edildi.

Genel gen anlatımında görevli rpl302 geninin anlatım seviyesinin stres altındaki hücrelerde (ird11 ve yabani tip) belirgin bir şekilde düştüğü (sırasıyla, 0,6 ve 0,5 kat), oysa mpg1 geninin anlatımının önemli bir değişime yol açmadığı belirlendi. Stres uygulanmayan koşulda, ird11’de rpl302 geninin anlatımının yabani tipinkiyle karşılaştırıldığında 1,8 kat artmış bulundu. Benzer şekilde, ird11’deki mpg1 geninin anlatımının yabani tipinkinden istatistiki olarak yüksek (1,3 kat) olduğu bulundu. Bu bulgular, bu iki genin ird11’deki oksidatif stres toleransında rol oynayabileceğini düşündürdü. Dahası, glukoz baskılamasına dirençli konstitütif invertaz mutantının (ird11), glukoz algılama/sinyal ve oksidatif stres yanıt yolaklarındaki çalışmalar için uygun bir model olabileceğini desteklemektedir.