2. 1989–1990- yillardagi Boltiqbo’yi, Kavkazorti va Farg’ona vodiysidagi millatlararo ziddiyatlar. Respublikalardagi ijtimoiy-iqtisodiy va mafkuraviy-siyosiy sohadagi yirik tafovutlar ularda yagona va bir vaqtda amalga oshiriladigan islohotlarni yo’qqa chiqarar, ularda yangi mafkuraviy-siyosiy yo’nalishning ishlab chiqilishi esa ularning mustaqillikka bo’lgan intilishlariga nisbatan ancha nomutanosib edi. Bu jarayon 1988- yildan boshlanib, 1990- yilda ko’pgina respublikalarda ro’y berdi va 1991- yilning oxiriga kelib, sotsialistik yo’lga sodiq bo’lgan kommunistlar faqatgina Belorussiya, Ozarbayjon va Tojikistonda hokimiyat tepasida qolgan edi. Bu respublikalarning suverenitet va mustaqillik e’lon qilishlaridan ham ko’ra SSSRdagi sotsializmga yo’naltirilgan davlatchilikka qattiqroq zarba berildi. Undan faqatgina xarobalar qoldi, xolos. O’sha paytda respublikalarning mafkuraviy-siyosiy uzoqlashuvining ahamiyatini xalqlar u yoqda tursin, balki ba’zi rahbarlar anglamagan bo’lsa-da, aynan shu narsa yagona davlat parchalanishini qaytmas jarayonga aylantirdi.
Respublikalar uchun mustaqillikka va suverenitetga erishish, ayniqsa, mafkuraviy siyosiy yo’lni o’zgartirish oson bo’lmadi, Gorbachev Siyosiy Byuro, Markaziy qo’mita, KPSSning s’yezd va konferensiyalari, hamda xalq deputatlari s’yezdi respublikalarning suverenitetga ega bo’lishlariga iloji boricha qarshilik ko’rsatdi. Siyosiy Byuro va MKning milliy siyosatga bag’ishlangan plenumlaridan birida, partiya syezdlari tomonidan Sovet rahbariyatining bir qator elatlarga nisbatan yo’l qo’ygan xatolari sharhlab berildi, “Lenincha milliy siyosat”ga kiritilgan tuzatishlar tushuntirildi. Ularning rahbarlari milliy harakat o’choqlarida bo’lishdi, MKning Boltiqbo’yi respublikalari bo’yicha maxsus komissiyasi tuzildi. Gorbachev respublikalarga tobora ko’proq ahamiyat berardi. Ittifoqning partiya va sovet organlari respublikalarning rahbarlari va xalqlariga qaratilgan ko’p sonli murojaatlarida va ommaviy axborot vositalari orqali respublikalarning SSSRdan tashqari yashay olmasligini va muvaffaqiyatli qayta qurish va xalqlar farovonligi uchun Ittifoq davlatini saqlab qolish zarurligini isbotlashga harakat qilishardi. Ittifoqdosh va muxtor respublikalar erkinligini kengaytirish, Ittifoq markaziga esa faqat umumiy muammolarni hal qilish vakolatini berish taklif qilindi. Ammo shu bilan birga sotsialistik yo’lning ustunligi, yagona davlatning oliy rahbariyati belgilovchi jamiyat manfaatlari himoya qilinardi. Ilgarigidek milliy manfaatlar ustunligi – millatchilik va sotsialistik yo’ldan voz kechish qat’iy qoralanar edi. Bu esa kelishmovchiliklarning sababi edi.
1988–1990- yillarda Yerevan, Stepanokert, Dushanbe, Tbilisi, Boku va bir qator boshqa shaharlarda mustaqillik tarafdorlariga qarshi qurolli kuchlar ishlatildi, qurollangan maxsus qismlar safarbar qilindi. Buning oqibati yuzlab qatl etilganlar, yaradorlar va hibsga olinganlardan iborat bo’ldi. Ammo qurolli kuchlar qarshilikka va parchalanayotgan tuzumga qarshi bo’lganlarning kuchayib borayotganligiga duch keldi. Hatto yirik ommaviy namoyishlar qo’shinlar yordamida bostirilgan Yerevan, Dushanbe va Bokuda milliy harakatlar yangi kuch bilan alanga oldi.