Composition du comité scientifique

Galan M^1, Razzauti-Sanfeliu M^1, Bernard M^2, Charbonnel N^1, Brouat C^1, Tamisier L^1, Desclaux A^1, Cosson J-F^1 ^1 CBGP (UMR INRA / IRD / Cirad / Montpellier SupAgro), Campus de Baillarguet, Montpellier, France ^2 GABI, Sigenae, Domaine de Vilvert, Jouy-en-Josas, France

O5 – Utilisation de la metagenomique 16s pour la surveillance de l’emergence de zoonoses bacteriennes dans les populations animales
Depuis plus de 10 ans, les technologies de séquençage haut-débit de nouvelle génération (NGS : Next-Generation Sequencing) ont permis un bond phénoménal dans l’accès aux données de génomiques et transcriptomiques. Ces technologies permettent d’obtenir en quelques heures/jours plusieurs millions de séquences clonales pour des coûts relativement accessibles. En particulier, ces caractéristiques ont permis des avancées remarquables dans la description de la diversité des communautés bactériennes pour des échantillons environnementaux. La stratégie la plus efficace repose sur l’amplification par PCR et le séquençage NGS d’un code-barre moléculaire, une région du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S universel chez les bactéries. Nous avons détourné cette approche, appelée métagénomique 16S, pour cribler sans a priori des genres bactériens potentiellement responsables de zoonoses dans des populations naturelles d’animaux. Nous avons adapté le protocole de Kozich et al. (2013) permettant d’indexer et de multiplexer plusieurs centaines d’échantillons sur séquenceur MiSeq (Illumina). Plusieurs populations de rongeurs et de tiques, connues pour être réservoirs de zoonoses et provenant d’Europe, d’Asie et d’Afrique ont été criblées pour la région V4 de l’ARNr 16S. Une stratégie de filtration et de validation des taxons bactériens a été élaborée pour garantir la qualité des résultats. Grace à cette approche, de nombreuses bactéries zoonotiques des genres Bartonella, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Orientia, Ricketsia, Leptospira, Mycoplasma, etc … ont été mise en évidence. On observe des niveaux de prévalence variables selon les populations, ainsi qu’un fort taux de coinfection chez les tiques et les rongeurs.