Formulaire pour demande d' homologation cati



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2. Organisation du Cati



2.1. Description du collectif de travail
Produire à cet effet, en utilisant le fichier Excel en annexe:

- la liste nominative des agents participant au collectif de travail :

nom, prénom, matricule, corps, grade, emploi type, fonctions informatiques actuelles, bénéfice actuel éventuel de la PFI, pour les personnels temporaires la date de fin de leur contrat.


Matricule

Nom usuel

Prénom

Code Grade

Centre

Unité

PFI

Code emploi

SPE BAP E

115428Q

BAA-PUYOULET

Patrice

AI

23 CR CLERMONT FERRA

0203 BF2I

ANALYSE

E3A21

19577E

CARRERE

Sébastien

IR2

31 CR TOULOUSE

0441 LIPM

ANALYSE

E1B22

110934F

COTTRET

Ludovic

IR2

31 CR TOULOUSE

0441 LIPM

ANALYSE

E1E25

17373J

DA ROCHA

Martine

AI

21 CR PACA

1355 ISA

ANALYSE

E3B22

111066Z

DEHNE GARCIA

Alexandre

IE2

24 CR MONTPELLIER

1062 CBGP

ANALYSE

E2B22

19745M

DELEURY

Emeline

IR2

21 CR PACA

1355 ISA

CHEF DE PROJET

E1B22

20891H

DORKELD

Franck

IR2

24 CR MONTPELLIER

1062 CBGP

ANALYSE

E1B22

15502A

GAUTHIER

Jean-Pierre

IEHC

30 CR RENNES

1349 IGEPP

ANALYSE

E2B22

15086Y

GOUZY

Jerome

IR2

31 CR TOULOUSE

0441 LIPM

CHEF DE PROJET

E1B22

122044G

GSCHLOESSL

Bernhard

IR2

24 CR MONTPELLIER

1062 CBGP

ANALYSE

E1B22

14109L

HUARD

Alain

ATP2

34 CR ANGERS-NANTES

1345 IRHS




E5XP1

17454X

LEGEAI

Fabrice

IE2

30 CR RENNES

1349 IGEPP

ANALYSE

E2B22

15579J

MORISON

Nicolas

AI

21 CR PACA

0406 AE

ANALYSE

E3C23

15205C

PIRY

Sylvain

IE1

24 CR MONTPELLIER

1062 CBGP

ANALYSE

E2B22

99604Q

SALLET

Erika

IE2

31 CR TOULOUSE

0441 LIPM

ANALYSE

E2B22

114928X

SENINET

Imène

IE2

24 CR MONTPELLIER

1333 DGIMI

ANALYSE

E2B22

14609E

SIMON

Adeline

IE2

11 CR VERSAILLES

1290 BIOGER CPP

ANALYSE

E2B22

BV BAP E

19089Z

FIZAMES

Cécile

IE2

24 CR MONTPELLIER

0386 B&PMP

ANALYSTE

E2B22

18738S

GARCIA

Virginie

IE2

22 CR BORDEAUX

1332 BFP

ANALYSTE

E2B22

15340Z

TAUZIN

Marc

TREX

24 CR MONTPELLIER

1199 LPF

ANALYSTE

E4X21

21844T

TRAN NGOC DANH

Joseph

AI

11 CR VERSAILLES

1318 IJPB

ANALYSTE

E3B22

BAP A INRA, BAP E CNRS ou Chercheurs en Bioinformatique




BLANCARD

Dominique

IRHC

22 CR BORDEAUX

1065 SAVE










BRIAND

Martial

AI

34 CR ANGERS-NANTES

1345 IRHS




A3A23




LE BERRE

Alain

TREX

11 CR VERSAILLES

1290 BIOGER CPP










COURCELLE

Emmanuel

IR1 CNRS

31 CR TOULOUSE

0441 LIPM

Chef d’exploitation

E




RANCUREL

Corinne

IE2 CNRS

21 CR PACA

1355 ISA

ANALYSTE

E




DANCHIN

Etienne

CR1
INRA

21 CR PACA

1355 ISA










COLELLA

Stephano

CR1

INRA


23 CR CLERMONT FERRA

0203 BF2I










CHARLES

Hubert

MdC INSA-Lyon

23 CR CLERMONT FERRA

0203 BF2I







2.2. Modes d’organisation et de gouvernance prévus du Cati

(Organisation du travail et contraintes de service éventuelles, processus d’orientation et d’arbitrage, champs de responsabilité du responsable de Cati, modalités de dialogue entre le Cati et les DUs des personnels appartenant au Cati, affectation des moyens …)
Gouvernance
La responsabilité du CATI sera assumée par Jérôme Gouzy (IR SPE). Le responsable rendra compte à l’autorité du CATI.
L’autorité du CATI aura pour double rôle de valider la pertinence des projets et des réalisations par rapport aux stratégies scientifiques des départements et de garantir la cohérence de ses activité par rapport à l’organisation et à l’animation de la bioinformatique aux seins des départements, à l’INRA et en France.
Elle sera composée de :

  • Olivier Le Gall, Chef du Département Santé des Plantes et Environnement (SPE)

  • Frédéric Gaymard, Chef du Département Biologie Végétale (BV)

  • Christine Gaspin qui anime la Cellule Bioinformatique et représente l’INRA au sein de nombreuses instances nationales et internationales.

  • Sébastien Aubourg, Directeur de Recherche à l’Unité de Recherche en Génomique Végétale, expert bioinformatique en biologie végétale.


Modes d’organisation 
Nos missions conduisent la plupart d’entres nous à mener simultanément plusieurs projets de durées, de périmètres et de portée variables, et ce dans des contextes divers (Equipe, Laboratoire, Plateau, Plateforme, projet ANR, projet LABEX, projet Investissement d’Avenir, etc.). Certains contextes sont souples mais d’autres sont largement contraints par des engagements contractuels pris lors de la réponse à l’appel d’offre ou simplement contraints par la compétition/collaboration scientifique internationale. De plus, il est important de noter que de nombreux projets du CATI ont démarré avant cette période d’homologation et que beaucoup d’entre eux auront une durée de vie plus importante que les 4 ans de l’homologation.
Cette variabilité se déclinant au niveau de l’organisation des projets, il semble, d’une part, difficile de définir un mode d’organisation « modèle » pour l’ensemble des projets du CATI et d’autre part de faire comme si l’organisation CATI pouvait ne pas tenir compte des organisations déjà existantes.
C’est pourquoi, nous proposons de structurer notre activité sur la base de projets, mais chacun des projets CATI (existant ou nouveau) aura une durée de vie propre, un périmètre et un mode de fonctionnement propre, sous la responsabilité du responsable du projet.
La mise en œuvre de méthodologies de génie logiciel permettant la meilleure réactivité et la satisfaction des utilisateurs ainsi que l’utilisation de bonnes pratiques de développement seront encouragées. Leur diffusion ne rentre pas dans le cadre du CATI étant donné que cet objectif fait déjà partie des missions des PEPI et de la formation permanente. Les choix liés à la gestion du processus de développement seront donc faits projet par projet et seront laissés au libre arbitre de chaque responsable de projet.
Trois types de projets sont et seront mis en œuvre par le CATI.
Les « projets phares », qui sont pour la plupart les ressources bioinformatiques identifiées comme critiques lors des audits du système d’information. Ce sont généralement des outils d’analyse ou des bases de données à durée de vie longue et à visibilité nationale ou internationale.
Une liste représentative de projets phares en cours est proposée en Annexe.
Les « projets structurants » couvriront au moins deux des trois axes déclinés par le CATI. Ce seront principalement de nouveaux projets.
Par exemple un projet centré autour des approches de phylogénomique et de génomique comparative pourrait couvrir les trois axes car ce sont des méthodes et outils utilisés aussi bien pour annoter les génomes, caractériser la biodiversité mais également pour transférer les connaissances entre espèces.
Un autre projet inter axes possible serait le projet de caractérisation par séquençage génomique de plusieurs centaines de représentants de la Collection Française de Bactéries associées aux Plantes (CIRM-CFBP) d’Angers (projet soumis à l’AIP Bioressources par P. Portier).
Les projets structurants seront également abordés d’un point de vue technologique (interoperabilité, applications orientés services, metacatalogues, moteurs de recherche, etc.) afin de mettre en place une architecture distribuée qui permettra, à terme, d’intégrer les différents types de données et niveaux de connaissances.
Un exemple de projet technologique structurant en cours de prototypage est décrit en Annexe (projet ‘BBRIC Workspace’), il s’agit de la mise en place d’un environnement partagé pour la gestion à long terme des résultats d’analyses, l’optimisation et la mesure de l’activité de service que nous assumons.
Le troisième type de projet pourrait s’intituler « Projet de développement d’expertise ». Il s’agirait de travailler seul ou à plusieurs en vue de développer et/ou formaliser une expertise technique ou méthodologique rare pour en faire bénéficier tout le CATI. Cela pourrait être purement informatique (ex : programmation GPU, virtualisation, évaluation de solutions « cloud ») ou sur un type d’analyse de données très pointu. Les experts du CATI qui auront formalisé leur expertise (documents, formations) joueront un rôle de référence important pour garantir le niveau de compétences global du CATI. Ce rôle et cette contribution à la communauté CATI seront reconnus et mis en valeur à chaque fois que le responsable du CATI sera sollicité pour donner son avis sur les agents. D’autre part, les expertises développées et formalisées dans le CATI seront proposées pour une plus large diffusion aux PEPIs. La mise en place de tels projets pourra se faire soit de façon spontanée soit pour mettre en place une réponse efficace et pertinente à un nouveau problème partagé par de nombreux projets scientifiques.
Interaction avec les DU
Afin de formaliser le « label CATI » des nouveaux projets avec les DU des participants, le porteur du projet fera la demande de labellisation auprès du responsable du CATI. A cet effet, à travers une fiche synthétique, il présentera les objectifs, la durée, les moyens, l’effort en ETP du projet. Si le projet est validé, le responsable du CATI signera et enverra le document aux DU concernés qui pourront alors valider ou pas la participation de leurs agents au projet.
Animation Inter-CATI bioinformatique
Il s’agit d’une mission de la cellule bioinformatique institutionnelle au sein de laquelle le responsable de CATI proposé est nommé, c’est pourquoi nous ne prévoyons rien dans ce sens dans le présent document.
2.3. Moyens prévus pour le fonctionnement du Cati

(Fonctionnement courant, modalités d’obtention de compétences temporaires additionnelles, modalités éventuelles de participation à des contrats de recherche, modalités de mise à niveau des équipements, etc.) (environ 15 lignes).
Actuellement, les CATI ne sont pas une structure administrative pouvant apparaitre comme partenaire de projets non INRA (ex : ANR). C’est pourquoi nous solliciterons nos départements de tutelle pour financer les actions de coordination du CATI et de diffusion de l’information (ex : journées thématiques). Concernant le financement des projets, nous candidaterons soit dans le cadre des appels d’offre internes des départements mais aussi aux appels d’offre ciblés informatique de INRA (AO Base de Données par le passé). Pour certains projets majeurs et génériques, nous serons certainement amenés à soumettre hors appel d’offre mais dans ce cas nous demanderons le soutien de la cellule bioinformatique nouvellement crée.

De plus, notre activité s’inscrivant entièrement dans l’activité de nos unités d’affectation, une partie des ressources obtenues sur des contrats ANR ou investissements d’avenir sera utilisée au bénéfice des projets du CATI (ex : matériels).


III. Demande d’homologation
Avis argumenté du responsable du Cati
La première génération de CATI a permis d’effectuer un premier pas dans la structuration de l’informatique au sein de l’INRA en se focalisant sur le regroupement d’informaticiens travaillant sur des problématiques proches. Or, la biologie intégrative nécessite une intégration des différents niveaux d’analyse, ce qui implique que les méthodes et les outils informatiques nécessaires soient mis en place pour analyser les données mais aussi pour stocker et représenter informations et connaissances. Les systèmes informatiques dont nous aurons besoin devront permettre des analyses multi-niveaux en intégrant des données de natures hautement hétérogènes (données moléculaires  données phénotypiques). Le CATI BBRIC regroupe deux communautés d’informaticiens qui se sont structurées à travers les CATI BIPAS et CAPGEN mais qui désormais doivent et vont converger pour concevoir et mettre en place les systèmes informatiques intégrés sur lesquels les recherches de nos départements s’appuieront.

Le capital dont nous disposons déjà est riche de nombreux outils et bases de données (cf Annexes) que nous devons continuer à maintenir et à faire évoluer car plusieurs de ces ressources critiques nécessitent un investissement sur le long terme. En outre nous devons assumer une lourde mais cruciale activité de service dans le domaine de l’analyse massive des données de séquences. Mais malgré cette activité d’ingénierie lourde et récurrente, nous allons utiliser le cadre du CATI BBRIC, et le large panel de compétences informatiques que nous représentons, pour optimiser notre activité actuelle mais aussi pour concevoir et mener les nouveaux projets informatiques qui constitueront les briques avec lesquelles nous pourrons construire le système d’information qui contribuera à répondre aux défis scientifiques auxquels nos départements sont confrontés.

Nos compétences informatiques, notre conscience aigüe des besoins de la communauté servie, l’organisation que je me propose de coordonner, nos résultats, nos projets menés et à mener me conduisent à demander l’homologation de BBRIC comme « Centre Automatisé de Traitement de l’Information » INRA.


Fait à Castanet-Tolosan

Le 6 juin 2012

Signature : Jérôme Gouzy



Certificat du(des) département(s), direction(s) dont dépend le Cati

Je, soussigné(e)




Olivier Le Gall

Chef du Département Santé des Plantes et Environnement







certifie la mission informatique exercée par le collectif de travail





Bioinformatique, Biodiversité, Représentation et Intégration des Connaissances  (BBRIC)



et demande l’homologation de ce collectif en tant que Cati de l’INRA.




Fait à

Le

Signature :

Certificat du(des) département(s), direction(s) dont dépend le Cati

Je, soussigné(e)




Frédéric Gaymard

Chef du Département Biologie Végétale







certifie la mission informatique exercée par le collectif de travail





Bioinformatique, Biodiversité, Représentation et Intégration des Connaissances  (BBRIC)



et demande l’homologation de ce collectif en tant que Cati de l’INRA.




Fait à

Le

Signature :

Annexes
Projets développés et maintenus par les membres du CATI


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