Kalkınma Ajansları Tarafından Mali Destek Sağlanan Projeler Kapsamındaki İhaleler için İsteklilere talimatlar

Söz. Ek-2: Teknik Şartname (İş Tanımı)

İŞ TANIMI (TEKNİK ŞARTNAME) STANDART FORMU (Söz. EK:2a)

_{(Hizmet Alımları için)}

Sözleşme Adı: 6.1.Kişiye Özgü Tedavi ve Moleküler Onkoloji Merkezi Bilimsel Danışmanlık Hizmet Alımı

Referans no: ________________

<sub>1. ARKA PLAN

1.1. Projeniz hakkında genel bilgi

Günümüzde kanser tedavisinde tatmin edici sonuçlara ulaşılamamasının bazı önemli nedenleri vardır. En önemli sebeplerden biri her kanser hastasında kanserli dokunun özelliklerinin farklı olmasıdır. Dolayısıyla, bu özelliklerden dolayı bütün kanserli bireylerde ilaç tedavisine karşı hassasiyet veya direnç noktasında farklı tepkiler ortaya çıkar. Kanser tedavisini zorlaştıran önemli noktalardan biri de budur. Sıklıkla, tedavi başlangıcında tümör hacmini azaltan bir kemoterapi ajanına karşı zamanla ilaç direnci gelişebilir veya kanser tedavisi tamamlandıktan sonra nüks gelişebilir. Bu sorunların üstesinden gelmek amacıyla hastanın kanser dokusu çalışılarak daha akılcı tedavi yaklaşımları geliştirilebimektedir. Bu doğrultuda, kanserli hastalardan alınan dokulardan izole edilen DNA yeni nesil dizileme (Next Generation Sequencing (NGS)) tekniği ile dizilenerek, detaylı karakterizasyonu ile hastaya özel durum ortaya konabilmektedir.
Yeni nesil dizileme sistemi, moleküler tanı olarak somatik ve germ-line mutasyonların gösterilip klinik tanı ile birleştirilmesi sonucu moleküler tümör ve ilaç profilleme ve yatkınlık karakterizasyonları mümkün olmaktadır. Yeni nesil dizileme sistemi gen dizisinde mevcut değişimleri yüksek işlem hacimli yüzde oranlarında tarama yaparak kesinlik, hassasiyet ve spesifiklik ile göstermektedir. Bu sebep dolayısıyla global çerçevede kanserde gen mutasyonu analizinde altın standart araç/metot olarak kabul görmektedir. Daha önce tanımlanmış ya da yaygın olan mutasyonların gösterilebilir olması yanında popülasyon düzeyinde epidemiyolojik olarak daha önce hiç tanımlanmamış nadir gen değişimlerinin de bu sistem ile gösterilebilir olması klinik tanının özellikle destek istediği noktalarda gerekli ihtiyacı kesinlik ve hassasiyet ile doldurmaktadır. Yeni nesil dizileme analizi sonrasında diagnostik, prognostik, terapötik ve prediktif ilişkilendirme analizleri çeşitli veritabanları kullanılarak bulunan gen değişimlerinin benign (iyi) ve malign (kötü) özellikli olup olmadığı rapor edilebilmektedir.
Kanser tanı ve tedavisinde uygulanan bu kişiye özel yaklaşımın tüm aşamalarının ülkemizde yapılabilmesine olanak sağlayacak altyapı ve diğer bileşenlerin oluşturulmasını hedefleyen bu proje, kanserli dokuların DNA dizilenmesinin yeni nesil dizileme tekniği ile yapılarak, gerekli biyoinformatik analizler ve kanserle ilgili genlerdeki mutasyonların varlığını ve çözüm önerilerini içeren detaylı ve uzman onaylı rapor aşamalarını içermektedir. Bu proje kapsamnında verilecek yerli kanser dizileme hizmeti sayesinde kanser hastalarına kişiye özel erken tanı ve tedavi imkanı sunulması ve gereksiz ilaç kullanımı nedeniyle yapılan harcamların engellenmesi hedeflenmektedir.

1.2. Sözleşme Makamı hakkında genel bilgi

Sözleşme makamı TÜBİTAK MARMARA TEKNOKENT A.Ş; MARTEK A.Ş’ dir.

2. SÖZLEŞME HEDEFLERİ

2.1 Hizmet sağlayıcıdan beklenen sonuçlar

Bu sözleşmenin temel hedefi, sözleşme makamının belirlediği hastanelerden doku ve/veya kan örneklerinin toplanması, Kanser panelleri kullanılarak yeni nesil dizileme teknolojisi ile DNA dizilemesinin yapılması ve elde edilen dizilerin biyoinformatik analizlerinin yapılarak kanserle ilgili genlerdeki mutasyonları, diğer bulguları ve bunlara yönelik klinik çalışmaları ve tedavi önerilerini içeren detaylı kanser dizileme analiz raporu hazırlamasıdır.

2.1.2. Her bir doku ve/veya kan örneği için sürecin sonucunda elde edilecek çıktılar aşağıda verilmiştir:</sub>

1. 
   _{Kanser gen panel kitleriyle Yeni Nesil Dizileme cihazından elde edilecek ham DNA dizilerinin elde edilmesi.}
   
2. 
   _{DNA dizi ham verisinin biyoinformatik analizi sonucu elde edilecek varyant listesi, özellikleri, açıklamaları ve detaylı analizleri.}
   
3. 
   _{DNA dizileme verilerinin biyoinformatik analiziyle kanserle ilişkili genlerdeki varyasyonların (SNP,delesyon, insersiyon, dinükleotid, kopya sayısı, yapısal değişiklikler, mikrosatelit instabilite) listesi, bunlarla ilgili yurt içi ve dışında devam eden klinik çalışmaların dökümünü ve hasta mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini, bulunan mutasyonların klinik korelasyonlarını ve endikasyona göre FDA ve/veya SGK da onaylı olan veya olmayan farmakolojik tedavi önerilerini içren uzman onaylı kanser dizleme analiz raporu.}
   
4. 
   _{Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen paneli ve diğer genetik analizlerin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idareye ait olduğu biyoinformatik yazılım hazırlanması.}
   

<sub>3. İŞİN KAPSAMI

3.1. Genel

Hizmet sağlayıcı, sözleşme makamının belirlediği hastane onkologlarından doku örneklerinin alınarak DNA analizi sonucu elde edilecek raporun hazırlanmasına kadar olan sürecin ana aşamaları:</sub>

1. 
   _{Örnek toplama: Hastalardan ilgili uzmanlarca alınarak parafine gömülmüş doku ve/veya kan örneklerinin idare tarafından belirlenecek kurum ve kuruluşlardan toplanması.}
   
2. 
   _{DNA dizileme: Alınan doku ve/veya kan örneklerinin kanser gen panelleri kullanılarak yerli kurum ve veya laboratuvarlarda yeni nesil dizileme teknolojsiyle dizilenmesi.}
   
3. 
   _{Biyoinformatik analiz: Yeni nesil dizileme cihazı tarafından fastq formatında üretilen dizileme ham verisinin işlenerek kanser gen panelinde yer alan genlerdeki varyantların (Tek nükleotidli varyantlar, delesyon, insersiyon, amplifikasyon, translokasyon, mikrosatelit karararsızlık ve tümör yükü) bulunması özelliklendirilmesi ve analizi.}
   
4. 
   _{Raporlama: Özelliklendirilen varyantların listelendiği, klinik bilgiler ışığında anlamlandırıldığı, yorumlandığı ve varsa yurt içi ve dışı devam eden klinik çalışma listesinin , farmakolojik çözüm önerilerinin verildiği uzman tarafından onaylı bir raporun hazırlanacaktır. Kanser dizileme raporu idarenin istediği formata göre hazırlanacaktır. Hazırlanan rapor, yurt içi ve dışında devam eden klinik çalışmaların dökümünü ve hasta mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini, bulunan mutasyonların klinik korelasyonlarını ve farmakolojik çözüm önerilerini kapsayacaktır. Ayrıca raporda endikasyona göre FDA ve/veya SGK da onaylı olan ve olmayan tedavi önerileride bulunacaktır.}
   
5. 
   _{Biyoinformatik analiz yazılımı: Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen paneli ve diğer genetik analizlerinin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idarede olacağı bir biyoinformatik yazılım hazırlanacaktır.}
   

_{3.2. Detaylı faaliyetler listesi}

1. 
   _{Doku örneklerinin toplanması: Parafine gömülü doku ve/veya kan örnekleri hizmet sağlayıcı firma tarafından idarenin belirlediği kurum ve kuruluşlardan toplanacaktır.}
   
2. 
   _{DNA dizileme:}
   

1. 
   _{Hasta örneklerinden izole edilen gDNA dan kanser gen panelleri ve yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak ham DNA dizisi elde edilecektir.}
   
2. 
   _{DNA izolasyonu dizileme hizmetine dahil olacaktır.}
   
3. 
   _{Dizileme idare arafından temin edilecek kanser gen panel kitleri ile Türkiye’de yerli bir kurum veya laboratuvarda NGS teknolojisi kullanılarak yapılacaktır.}
   
4. 
   _{Dizileme işlemi sonrasında elde edilen ham DNA dizi verileri uygun koşullarda depolanmalıdır ve bu depolama için herhangi bir ücret talep edilmemelidir.}
   
5. 
   _{Ham DNA dizi verileri cihazdan bcl formatında çıkmalı ve analiz için fastq dosya türüne çevrilmelidir.}
   
6. 
   _{Yeni Nesil Dizileme cihazında koşturulabilecek sayıda ve tekrar kullanılabilir kalitede örnek var ise çalışmaya başlanmalıdır.}
   

3. 
   _{Biyoinformatik analiz: Yeni nesil dizileme cihazı tarafından fastq formatında üretilen ham dizileme verisinin işlenmesi süreci, kalite kontrolü ve ayıklanması, hizalama, varyant bulma, varyant anotasyonu, varyant filtreleme/önceliklendirme aşamalarının yer aldığı bir iş akışıyla gerçekleştirilmelidir.}
   

1. 
   _{Kalite kontrol aşaması, PHRED kalite skorları kullanılarak tüm okumalarda yer alan nükleotidlerin kontrol edilmesi, ortalama kalite skorunu sağlamayan okumaların ayıklanması ve başlangıcında veya son kısmında kalitesiz nükleotidler barındıran okumaların bu kısımlarının kırpılması işlemlerini de içermelidir. Q30 değeri > %75 değeri geçen kalitede okumalar analize alınmalıdır.}
   
2. 
   _{Hizalama aşaması, kalite kontrol aşamasından geçmiş verinin insan genomuna hizalanarak parçaların (okumaların) birleştirilmesi işlemini içermelidir.}
   
3. 
   _{Varyant bulma ve sınıflandırma aşaması, hizalanmış verinin referans genomla karşılaştırılması sonucu bulunan varyant tiplerinin listelenmesi (tek nükleotidli varyantlar, delesyon (deletion), insersiyon (insertion), amplifikasyon (copy number), translokasyon, mikrosatelit karararsızlık (microsatellite instability) ve tümör yükü (tumor burden) işlemini içermelidir. Varyant anotasyonu aşaması, bulunan varyantların popülasyon sıklığı, amino asit değişikliğine yol açıp açmaması, potansiyel patojenik etkisi, bilinen klinik hastalık ilişkileri bilgilerinin ilgili veritabanlarından toplanarak bir tablo haline getirilmesi işlemini içermelidir.}
   
4. 
   _{Varyant filtreleme/önceliklendirme: Kanser hastalıklarına özel varyant görülme sıklık bilgilerinin ve klinik bilgilerin kullanılarak bir önceki aşamada anotasyonu yapılan varyantların filtrelenmesi işlemini içermelidir. Filtreleme aşamasında, klinik bilgi sağlayan en az üç farklı veritabanından bilgi çekilmelidir.}
   

4. 
   _{Raporlama: Analiz Raporu idarenin istediği formata göre hazırlanacaktır. Hazırlacak rapor, yurt içi ve dışı devam eden klinik çalışmaların dökümünü ve hasta mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini, bulunan mutasyonların klinik korelasyonlarını ve farmakolojik çözüm önerilerini kapsamalıdır. Ayrıca raporda endikasyona göre FDA ve/veya SGK da onaylı olan ve olmayan tedavi önerileri bulunmalıdır.}
   
5. 
   _{Biyoinformatik analiz yazılımı: Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen paneli ve diğer genetik analizlerinin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idarede olacağı bir biyoinformatik yazılım hazırlanacaktır.}
   

_{3.3 Sonuçlar:}

1. 
   _{Doku örneklerinin toplanması: İdarenin belirlediği kurum ve kuruluşlardan hizmet sağlayıcı firma tarafından toplanmış parafine gömülü doku ve/veya kan örnekleri.}
   
2. 
   _{DNA dizileme: Toplanan doku örneklerinin DNA’sı kanser gen panel kiti ve Yeni Nesil Dizileme sitemi ile dizilenerek biyoinformatik analizlere hazır fastq formatında ham DNA dizi verisi.}
   
3. 
   _{Biyoinformatik analiz: Örneklerin DNA sından elde dilen ham DNA dizisi öncelikle vcf formatına dönüştürüldükten sonra biyoinformatik analiz yazılımlarıyla analiz edilip ilgili kanser genlerindeki filtrelenen/önceliklendirilen varyantların (SNP,delesyon, insersiyon, dinükleotid, kopya sayısı, yapısal değişiklikler, mikrosatelit instabilite, tümör burden) listesi ve özellikleri.}
   
4. 
   _{Raporlama: İdarenin istediği formata göre hazırlanmış, öncelikle bulunan varyantların (SNP,delesyon, insersiyon, dinükleotid, kopya sayısı, yapısal değişiklikler, mikrosatelit instabilite) listesini içerecektir. Hazırlanacak rapor, yurt içi ve dışı devam eden klinik çalışmaların dökümünü ve hasta mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini, bulunan mutasyonların klinik korelasyonlarını, farmakolojik çözüm önerilerini ve endikasyona göre FDA ve/veya SGK da onaylı olan ve olmayan tedavi önerilerini ihtiava eden onaylı uzman onaylı rapor.}
   

6. 
   _{Biyoinformatik analiz yazılım hazırlama: Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen panelleri ve diğer genetik analizlerinin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idarede olacağı fonksiyonel bir biyoinformatik yazılım.}
   

<sub>4. LOJİSTİK VE ZAMANLAMA

4.1. Hizmetin sağlanacağı yer:

Doku örneği toplama: İstanbul veya Kocaeli

Dizileme ve Raporlama: Gebze/Kocaeli

4.2. Başlama tarihi ve uygulama süresi

Bu hizmet alım sözleşmesi her iki tarafça imzalandığı tarihte yürürlüğe girecek olup bir yıl içerisinde tamamlanacaktır.

5. GEREKLİLİKLER

5.1. Personel

Bu hizmet alımı kapsamında yüklenici firmanın yeni nesil dizileme, biyoinformatik analiz, raporlama ve biyoinformatik yazılım hazırlama konularında yeterli sayıda, nitelik ve tecrübede teknik personele (Biyolog, Moleküler Biyolog, Biyoinformatikçi, Yazılımcı, Tıbbi biyoloji ve Genetik uzmanı) sahip olması tercih sebebidir ancak yüklenici firma ilgili hizmet aşamalarının her biri için personel yeterliliğine sahip diğer yerli kurum, kuruluş, laboratuvar veya firmalardan hizmet alabilecektir. Bu konuda detaylar aşağıdaki başlıklar altında verilmiştir.

5.2. Diğer Gereklilikler</sub>

1. 
   _{Doku örneklerinin toplanması: Yeni Nesil Dizilemede kullanılacak parafine gömülü doku örnekleri dizileme yapılmak üzere idarenin belirleyeceği kurum ve kuruluşlardan toplanacaktır.}
   
2. 
   _{DNA dizileme: DNA dizileme işlemi idarenin temin edeceği kanser gen panelleri kullanılarak aşağıdaki özelliklere sahip yerli bir kurum, kuruluş veya laboratuvarlarda idare tarafından istenecek dizileme derinliğinde yapılmalı veya yaptırılmalıdır.}
   

1. 
   _{DNA dizileme işleminin yapılacağı kurum veya laboratuvar Yeni Nesil Dizileme için kullanılan HiSeq 2500 ve üstü platformlara ve gerekli tüm cihaz donanım alt yapısına sahip olmalıdır.}
   
2. 
   _{DNA dizileme işleminin yapılacağı kurum veya laboratuvarda Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında veya eşdeğer bir alanda lisans veya lisansüstü eğitim almış uzman personel bulunmalıdır.}
   
3. 
   _{DNA dizileme işleminin yapılacağı kurum veya laboratuvar personeli, Yeni Nesil Dizileme sistemleri konusunda (örnek hazırlama, yeni nesil dizileme cihazı çalıştırma, cihaz sonuçlarını ham veriye dönüştürme) en az 4 yıl tecrübeye sahip olmalıdır.}
   
4. 
   _{DNA dizileme işleminin yapılacağı kurum veya laboratuvarın DNA dizileme sonuçlarını güvenli olarak depolayabilecek yüksek kapasiteli serverları bulunmalıdır.}
   
5. 
   _{DNA dizileme işleminin yapılacağı kurum veya laboratuvarın daha önce tüm genom, ekzom, RNA ve hedef bölge dizileme tecrübesi olmalıdır.}
   

3. 
   _{Biyoinformatik analiz:}
   

1. 
   _{Yüklenici veya yüklenicinin hizmet aldığı firma Genom-ölçekli veri işleme konusunda bilgi sahibi ve somut çıktılar üretmiş, biyoinformatik alanında tecrübeli olmalıdır.}
   
2. 
   _{Yeni nesil dizileme cihazı tarafından fastq formatında üretilen ham dizileme verisinin işlenmesi süreci, kalite kontrolü ve ayıklanması, hizalama, varyant bulma, varyant anotasyonu, varyant filtreleme/önceliklendirme aşamalarının yer aldığı bir iş akışıyla gerçekleştirilmelidir.}
   
3. 
   _{Varyant bulma ve sınıflandırma aşaması, kanser panellerinin limitleri dahilinde, hizalanmış verinin referans genomla karşılaştırılması sonucu bulunan varyant tiplerinin listelenmesi (tek nükleotidli varyantlar, delesyon (deletion), insersiyon (insertion), amplifikasyon (copy number), translokasyon, mikrosatelit karararsızlık (microsatellite instability) ve tümör yükü (tumor burden) ve analizini içermelidir. Varyant anotasyonu aşaması, bulunan varyantların popülasyon sıklığı, amino asit değişikliğine yol açıp açmaması, potansiyel patojenik etkisi, bilinen klinik hastalık ilişkileri bilgilerinin ilgili veritabanlarından toplanarak bir tablo haline getirilmesi işlemini içermelidir.}
   

_{Varyant filtreleme/önceliklendirme: Kanser hastalıklarına özel varyant görülme sıklık bilgilerinin ve klinik bilgilerin kullanılarak bir önceki aşamada anotasyonu yapılan varyantların filtrelenmesi işlemini içermelidir. Filtreleme aşamasında, klinik bilgi sağlayan en az üç farklı veritabanından bilgi çekilmelidir.}

4. 
   _Raporlama:
   

1. 
   _{Kanser Dizileme Analiz Raporu idarenin istediği formata göre hazırlanacak olup ve uzman genetikci tarafından onaylı olacaktır. Yüklenici hazırlanacak raporun anlamlandırma ve yorumlanmasını gerçekleştirecek, imza yetkisine sahip tıbbi biyoloji/genetik uzmanı personele sahip olmalı veya bu uzmanlığa sahip personel barındıran kurumlardan hizmet almalıdır.}
   
2. 
   _{Rapor, işlenmiş yeni nesil DNA dizileme verilerinden biyoinformatik analizlerle elde edilen kanserle ilişkili genlerdeki varyasyonların (SNP,delesyon, insersiyon, dinükleotid, kopya sayısı, yapısal değişiklikler, mikrosatelit instabilite) listesini ve analiz sonuçlarını içermelidir.}
   
3. 
   _{Rapor, yurt içi ve yurt dışı devam eden klinik çalışmaların dökümünü ve hasta mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini, bulunan mutasyonların klinik korelasyonlarını, farmakolojik çözüm önerilerini ve endikasyona göre FDA ve/veya SGK da onaylı olan ve olmayan tedavi önerilerini içermelidir.}
   

5. 
   _{Biyoinformatik yazılım hazırlama:}
   

<sub>Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen panelleri ve diğer genetik analizlerin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idarede olacağı fonksiyonel bir biyoinformatik yazılım hazırlayarak idareye teslim edecektir.

5.3. Hizmet sağlayıcı tarafından temin edilecek ekipman ve olanaklar.

Bu sözleşme kapsamında mal alımı yapılmayacaktır. Yüklenici tarafından idarenin kanser dizileme sonuçlarını ve raporlarını takip edip görüntüleyebileceği şifreli bir websayfası hazırlanacak veya hazırlatılacaktır.

6. YÖNETİM / KONTROL VE NİHAİ ONAY

6.1. Denetleyici

Deniz YAYLA

6.2. Performans göstergelerinin tanımı</sub>

1. 
   _{Doku örneklerinin toplanması: Yeni nesil dizileme için yeterli miktarda ve özellikte doku ve/veya kan alınması.}
   
2. 
   _{DNA dizileme: Yüklenicinin her bir doku örneği için yeni nesil dizileme işlemini (örnek hazırlamadan ham veri oluşturma aşamasında kadar) en fazla 15 gün içinde tamamlanması gerekmektedir. Doku örneklerinin en az %90’ının yeterli kalitede dizilenmiş olmalıdır (dizileme sonucunda oluşan ham veride yer alan okumaların ortalama PHRED skorları kontrol edilerek, kalitesiz kısımların ayıklanmasından sonra ortalama skorların >28 olarak elde edilebilmesi ve ortalama 10x okuma derinliğinde kaliteli ham veri kalması).}
   
3. 
   _{Biyoinformatik analiz:}
   

1. 
   _{Kullanılacak iş akışının her bir aşamasında, literatürde kabul gören yöntemlerin kullanılması (ham veri kalite kontrolü ve ayıklanması, hizalama, varyant bulma, varyant anotasyonu, varyant filtreleme/önceliklendirme aşamaları iş akışında yer almalıdır).}
   
2. 
   _{Kullanılacak iş akışının, literatürde ham verisi ve işlenmiş verisi yer alan en az iki yeni nesil dizileme veriseti üzerinde doğrulanması.}
   
3. 
   _{Ham veriyi işleyecek iş akışının en fazla 15 gün içinde tamamlanabilmesi.}
   
4. 
   _{Bulunan varyantların anotasyonunda ve filtrelenmesinde varyant alel sıklığı verisi sunan en az üç veritabanının karşılaştırmalı kullanılması,}
   
5. 
   _{fastq formatındaki Yeni Nesil DNA Dizileme ham verileri vcf formatına dönüştürülerek gerekli biyoinformatik yazılımlarla örnek DNA’sındaki kanserle ilgili genlerdeki varyasyonların (SNP, Delesyon, İnsersiyon, Dinükleotid, Kopya Sayısı, Yapısal değişiklikler, mikrosatelit instabilite ve tümör yükü) varlığı kanser gen panellerinin limitleri dahilinde analiz edilmelidir.}
   
6. 
   _{Bulunan varyantların yer aldığı genom bölgeleri (intron bölgesi, ekzon bölgesi veya amino asit değişikliğine sebep olan ekzon bölgesinde yer almaya göre) sınıflandırılmalıdır}
   
7. 
   _{Hizmet sağlayıcı proje kapsamındaki örnekler için isteğe bağlı ilave biyoinformatik analiz yapabilmelidir.}
   

4. 
   _Raporlama:
   

1. 
   _{Kanser dizi analiz raporu sözleşme makamının istediği formata göre hazırlanacaktır. Hazırlanacak raporda, işlenmiş yeni nesil DNA dizileme verilerinden biyoinformatik analizlerle elde edilen kanserle ilişkili genlerdeki filtrelenen/önceliklendirilen varyasyonların (SNP,delesyon, ekspresyon, insersiyon, dinükleotid, kopya sayısı, yapısal değişiklikler, mikrosatelit instabilite) listesi, bunlarla ilgili literatürdeki yurt içi ve dışı devam eden klinik çalışmaların dökümünü ve hasta mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini, bulunan mutasyonların klinik korelasyonları, bunlarla ilgili farmakolojik çözüm önerilerini ve endikasyona göre FDA ve/veya SGK da onaylı olan ve olmayan tedavi önerilerinin bulunacaktır.}
   
2. 
   _{Hazırlanan en az iki örnek raporun içerdiği klinik bilgi ve farmakolojik çözümlerin doğruluğu açısından bağımsız bir kuruluş tarafından incelenerek doğruluğunun teyit edilmelidir.}
   
3. 
   _{Yüklenici tarafından verilecek hizmetle ilgili tüm veriler ve raporların iadare tarafından izlenebileceği bir web sayfası hazırlanacaktır.}
   

5. 
   _{Biyoinformatik yazılım hazırlama:}
   

<sub>Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen panelleri ve diğer genetik analizlerin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idarede olacağı fonksiyonel bir biyoinformatik yazılım hazırlayarak idareye teslim edecektir.

6.3. Özel gereksinimler ve şartlar</sub>

1. 
   _{Kanser Gen panelleriyle yapılacak yeni nesil DNA hizmeti en az Illumina Hiseq2500 sistemine sahip yerli bir kurumda ve laboratuvarda yaptırılmalıdır.}
   
2. 
   _{Hizmet kullanılmasına karar verilen panelin yetenekleri kapsamında değerlendirilecektir.}
   
3. 
   _{Hizmet sağlayıcı istenildiğinde ilave biyoinformatik analizler yapabilmelidir.}
   
4. 
   _{Sözleşme süresi sonunda yüklenici tarafından kanser gen panelleri ve diğer genetik analizlerin yapılabileceği yeni, yerli ve kullanım haklarının idarede olacağı fonksiyonel bir biyoinformatik yazılım hazırlayarak idareye teslim etmesi beklenilmektedir.}
   
5. 
   _{Bu proje kapsamında alınmış olan 100 adet kit ile çalışılabilecek numune kadar rapor üretilecektir. Ödemeler kullanılan kit başına yapılacaktır. Ödemelerin toplamı iş bu sözleşme toplam tutarını geçmeyecektir.}
   

Söz. Ek-3: Teknik Teklif

TEKNİK TEKLİF (Hizmet Alımı ihaleleri için) (Söz. EK: 3a)

<Serbest formatta aşağıdaki bilgileri içeren ve İş Tanımı (Şartname) ile uyumlu olarak teklifinizi hazırlayınız>.

• 
  Hizmet için öngörülen yaklaşımın ana hatları (Organizasyon ve Metodoloji)
  
• 
  Hazırlık safhası da dahil faaliyet planı
  
• 
  Faaliyetlerin zamanlaması
  
• 
  Teklif sahibinin vermekte olduğu hizmetler ile ilgili bilgi, belge, broşür, vs.
  
• 
  Çalışacak uzmanların özgeçmişleri (CV)
  

Fiyat teklifi ayrı zarfa konmalı ve kapalı olarak Teknik Teklif ile birlikte teslim edilmelidir.

İsteklinin Kaşesi

Yetkili İmza

İsteklinin Kaşesi

Söz. Ek-4: Mali Teklif

(İhale kapsamında tekliflerin sunulması aşamasında Mali Teklifler ayrı bir zarf içerisinde kapalı olarak sunulacaktır)

Hizmet Alımı İhaleleri İçin

MALİ TEKLİF FORMU Söz. EK:4a

Sözleşme başlığı : … … … … … … … … … Temini (yapılacak işin adı yazılacaktır)

Yayın referansı (Gazete ilanı ise gazete adı ve tarihi-Davet Mektubu ise davet mektubu tarihi ve size ulaşma tarihi yazılacaktır): … … … … … … … … …

(Teklif Veren) İsteklinin adı : … … … … … … … … …

Teklif Edilen Hizmet	Hizmetin Bedeli (TL)	Hizmetin Gerçekleştirileceği tarih aralığı
	…….. TL (KDV dahil mi:Evet/Hayır)
	…….. TL (KDV dahil mi:Evet/Hayır)
	…….. TL (KDV dahil mi:Evet/Hayır)

İsteklinin Kaşesi:

Yetkili kişi adı soyadı:

Yetkili İmza:

(Varsa toplam teklif fiyatı ile ilgili bütçe dökümü ve çalışma günlerine ilişkin zaman çizelgesi de aşağıdaki formlara uygun olarak sunulmalıdır.)

Hizmet İhaleleri için Bütçe Dökümü ve Çalışma Günleri Çizelgesi

a.4.1

Her uzman kategorisi için birim ücretleri, arızi harcamalar için ön gördüğünüz miktar karşılığını giriniz

	Hesaplanan çalışma günü sayısı	Ücret (TL) /çalışma günü)	Tutar (TL)
	A	B	AxB
ÜCRETLER (genel giderler dahil):
Uzun dönem uzmanlar
- Takım lideri
- Kıdemli uzmanlar
- Kıdemsiz uzmanlar
Kısa dönem uzmanlar
- Kıdemli uzmanlar
- Kıdemsiz uzmanlar
Toplam ücretler (genel giderler dahil):
ARIZİ HARCAMA KARŞILIĞI
TOPLAM SÖZLEŞME BEDELİ

“Çalışma günleri ”

Sözleşmenin uygulama süresi boyuca her kategorideki uzman için hesaplanan çalışma günlerini giriniz.

Uzman Kategorisi	Ay
	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	Toplam
Uzun dönem uzmanlar
- Takım lideri
- Kıdemli uzmanlar
- Kıdemsiz uzmanlar
Kısa dönem uzmanlar
- Kıdemli uzmanlar
- Kıdemsiz uzmanlar

İsteklinin Kaşesi

Yetkili İmza

Söz. Ek-5: Standart Formlar ve Diğer Gerekli Belgeler

İSTEKLİ TÜZEL ve MALİ KİMLİK FORMU
Gerçek kişi mi?

Tüzel kişi mi?


Gerçek Kişiler İçin

Adı-Soyadı :
TC Kimlik No :
Tebligat Adresi :
E-posta: Cep: Tel: Faks:

 

Tüzel Kişi ise Türü:

Kamu Kuruluşu

 
Borsa

 
Birlik

 
Adi Şirket

 
Limited Şirket

 

Mahalli İdareler

 
Dernek

 
Kooperatif

 
Kollektif Şirket

 
Anonim Şirket

 

Oda

 
Vakıf

 
OSB/Sanayi Sitesi

 
Komandit Şirket

 
Diğer

 
Tüzel Kişi Tam Adı/Unvanı :
Yetkili Temsilci Adı Soyadı :
Yetkili Temsilcinin Unvanı :
E-posta adresi: Cep: Tel:

 

Tüzel Kişi Tebligat Adresi :

Posta Kodu: İlçe: İl:
E-posta: Tel: Faks:

 

Vergi Numarası :

Vergi Dairesi Adı:

Ticaret Sicil Numarası :
Ticaret Sicil Kayıt Yeri :
Ticaret Sicil Kayıt Tarihi :

Banka Hesap Bilgileri (Vadesiz- Cari - TL Hesabı)

Banka Adı :
Şube Adı : Şube Kodu :
Hesap No :
IBAN : _ _ _ _ /_ _ _ _ /_ _ _ _ /_ _ _ _ /_ _ _ _ /_ _ _ _ /_ _

*Hesap cüzdanı fotokopisi ek yapılmalı ya da banka hesap bilgileri banka yetkilisince onaylanmalıdır.

Kaşe ya da Mühür
Yetkili Temsilcinin
Adı-Soyadı :
Görevi/Unvanı :
Tarih :
İmza :
KİLİT PERSONELİN MESLEKİ DENEYİMİ Söz. Ek-5c
ÖZGEÇMİŞ

(Azami 3 sayfa + 3 sayfa ek)

Sözleşmede önerilen pozisyon:

1. Soyadı:

2. Adı:

3. Doğum yeri ve tarihi:

4. Tabiyeti:

5. Medeni durumu:

Adres (telefon/faks/e-posta):

6. Eğitim:

Eğitim Kurumlaır:
Tarih: (ay/yıl) tarihinden (ay/yıl) tarihine kadar
Derece:

7. Yabancı Dil

(1’den 5’e kadar bir ölçeğe göre, 5 en iyi):

Dil	Okuma	Konuşma	Yazma

8. Mesleki kurumlara üyeliği:

9. Diğer yetenekler (mesela bilgisayar bilgisi, vb.):

10. Mevcut pozisyon:

11. Mesleki deneyim süresi:

12. Kilit özellikleri:

13. Bölgesel deneyimi:

Ülke/Bölge/Şehir	Tarih: (ay/yıl) tarihinden (ay/yıl) tarihine kadar)	Projenin adı ve kısa tanımı

14. Mesleki deneyim:

Tarih: (ay/yıl) tarihinden (ay/yıl) tarihine kadar
Yer
Şirket/kurum
Pozisyon
İş tanımı

15. Diğerleri:

15a. Yayınlar ve seminerler:

15b. Referanslar:

İmza ....................................................

(istekli adına imza atmaya yetkili kişi ya da kişiler)

Tarih ............................................

ORTAK GİRİŞİMLER HAKKINDA BİLGİ Söz. Ek-5e

(İhaleye ortak girişim ya da konsorsiyum olarak teklif sunulacaksa istekli bu formu dolduracaktır.)

1 Adı ......................................................................................

2 Yönetim kurulunun adresi .................................................. .................................................................................................. Teleks .......................................................... Telefon .........................Faks ..................................E-posta .....

3 Sözleşme Makamının bulunduğu devletteki temsilcisi, eğer varsa (yabancı bir lider ortağı olan ortak girişim / konsorsiyumlar için) Ofis adresi ........................................................................... .................................................................................................. Teleks .......................................................... Telefon ..............................Faks .........................................

4 Ortakların isimleri i) .............................................................................................. ii) .............................................................................................. iii) .............................................................................................. vb. ............................................................................................

5 Lider ortağın adı .................................................................................................. ..................................................................................................

6 Ortak girişim/konsorsiyumun oluşumu ile ilgili anlaşma i) İmza tarihi: ................................................................ ii) Yeri: ................................................................................... iii) Ek – ortak girişim / konsorsiyum sözleşmesi

7 Ortakların her biri tarafından yapılacak işlerin türü de belirtilerek ortaklar arasında önerilen iş bölümü (% olarak) .................................................................................................. .................................................................................................. .................................................................................................. .................................................................................................. ..................................................................................................

İmza ....................................................

(istekli adına imza atmaya yetkili kişi ya da kişiler)
Tarih ............................................

Bölüm C: Diğer Bilgiler

Bölüm D: Teklif Sunum Formu

Bölüm D. Teklif Sunum Formu

Bu form, teklifi veren firma tarafından kendine ait bilgiler girilerek doldurulacaktır. Firmaya ve teklife özgü bilgiler dışındaki genel hükümler değiştirilemez. Bu form eki beyannamenin genel metni değiştirilemez.



< İsteklinin Anteti>

Teklif verilen işin/işlerin adı: < ….. ……. >

Sözleşme Makamının (ihale yapan kurum/firmanın) adı:………………….

Teklif teslim formunun bir adet imzalanmış aslı (mali kimlik formu, tüzel kişilik formu ve sunulması gereken diğer beyannameler de dahil) <rakam> kopyasıyla birlikte teslim edilmek üzere hazırlanmış olmalıdır.

1. 
   İSTEKLİNİN KİMLİĞİ
   

Tüzel kişiliğin ad(lar)ı ve adres(ler)i

2. 
   İLETİŞİM KURULACAK KİŞİ (bu teklif için)
   

   Adı Soyadı
   Firma Adı
   Adres
   Telefon
   Faks
   e-mail

3. 
   BEYANNAME(LER)
   

Teklifin tarafı olarak, bu formun 1. maddesinde tanımlanan tüzel kişilik, ekteki formatta kullanılan imzalı beyannameyi teslim etmelidir.

4. 
   TAAHHÜTNAME
   

Ben, yukarıda adı geçen isteklinin imza atmaya yetkili kişisi olarak, yukarıda belirtilen ihale süreci için hazırlanan ihale dosyalarını okuyup kabul ettiğimizi, hiçbir koşul ve kısıtlama öne sürmeden beyan ederim. İhale dosyasında belirlenen <hizmetleri sağlamayı / malları tedarik etmeyi / yapım işini üstlenmeyi>, Teknik Teklifimizi oluşturan aşağıdaki belgeler ve mühürlenmiş ayrı bir zarfla teslim edilen Mali Teklifimize dayanarak teklif ediyoruz.

• 
  Mali ve Ekonomik Durum Belgeleri
  
• 
  Uzmanlık Alanı ve Deneyim Belgeleri
  
• 
  Planlar – Çizimler (sadece yapım işleri için)
  
• 
  Organizasyon ve Metodoloji (sadece hizmet alımları için)
  
• 
  Kilit uzmanlar (Kilit uzmanların listesi ve özgeçmişlerden oluşur) (hizmet alımları ve istenmiş ise diğer alımlar için)
  
• 
  İsteklinin beyannamesi (teklifi konsorsiyum veriyorsa, her konsorsiyum üyesinden bir adet olmak üzere)
  
• 
  Her Kilit uzmanın imzaladığı münhasırlık ve müsaitlik bildirimi (sadece hizmet alımları için)
  
• 
  İhalenin kazanılması halinde ödemelerin yatırılacağı banka hesabının ayrıntılarını içeren doldurulmuş mali kimlik formu
  
• 
  Doldurulmuş Tüzel Kişilik Formu
  

Bu teklif, İsteklilere Talimatların 25. maddesinde belirtilmiş olan geçerlilik süresince geçerlidir.
İstekli adına.

Adı Soyadı
İmza
Tarih

Beyanname Formatı

(Teklif teslim formunun 3. Maddesinde belirtilen beyanname formatı)

Sayın Yetkili,

TEKLİF SAHİBİNİN BEYANI

Yukarıda belirtilen ihale davet mektubunuza atfen, biz, olarak,

• 
  İşbu teklifi bu ihale için <liderliği tarafımızca üstlenilmiş olarak / bireysel olarak> sunduğumuzu ve aynı ihaleye verilen tekliflerde başka bir şekil ve formda katılımcı olmadığımızı;
  
• 
  İsteklilere Talimatlarda sayılan, ihalelere katılımcı olmamızı engelleyen durumlardan birine dahil olmadığımızı;
  
• 
  İsteklilere Talimatlarda açıklanan yasak fiil ve davranışlarda bulunmayacağımızı ve etik kurallara uyacağımızı ve özellikle teklif teslim dönemi içerisinde diğer adaylar ya da ihale kapsamındaki kimselerle mevcut ya da potansiyel hiçbir çıkar çatışması ya da bağlantı içinde olmadığımızı;
  

1. 
   Başvuru formunda yalnızca kendi tüzel kişiliğimizin kaynak ve deneyimine dair bilgiyi sağladığımızı;
   
2. 
   Teklif süreci ya da sözleşmenin uygulanmasının herhangi bir aşamasında, üstte belirtilen durumlarda herhangi bir değişiklik olması halinde, Sözleşme Makamını hemen bilgilendireceğimizi ve
   
3. 
   Bu teklif sürecinde kasti olarak verilen herhangi bir yanlış ya da eksik bilginin, bu ihaleden ya da Kalkınma Ajansları tarafından finanse edilen diğer ihalelerden hariç tutulmamızla sonuçlanacağını kabul ettiğimizi,
   

beyan ederiz.

Teklifimizin kabulü halinde, gerekirse, İsteklilere Talimatlarda açıklanan ihale dışı bırakılma durumlarından herhangi birine dahil olmadığımızı, yasal belgelerle ispatlamayı taahhüt ediyoruz. Formların ve delil niteliğindeki belgelerin üzerlerindeki tarih, son teklif teslim tarihinin 180 gün öncesinden daha eskiye ait olmayacaktır.

İstendiği takdirde, bu ihale dosyasında belirtilen teklif için gerekli seçim kriterleri ile ilgili, mali ve ekonomik durumumuzun sürekliliği ve teknik - mesleki kapasitemiz hakkında kanıt sağlamayı taahhüt ediyoruz.

İhale kararının bildirilmesinden sonra, 15 takvim günü içinde bu kanıtı sağlayamamamız ya da eksik / yanlış bilgi vermiş olmamız durumunda ihale kararının hükümsüz sayılacağından haberdar olduğumuzu bildiririz.

Saygılarımla

Hizmet Alımı İhalelerinde Kilit Uzmanlar İçin Münhasırlık ve Müsaitlik Taahhüdü

<Bu beyanın metni değiştirilemez. Yalnızca ihale duyurusu referans numaranızı ekleyiniz. Süre başlangıç bitiş tablosu uzman tarafından doldurulup form imzalanacaktır.>

YAyın referansı:____________________

Aşağıda imzası olan ben, yukarıda belirtilen hizmet ihalesinde yer almak üzere isteklinin adı ile katılmayı kabul ettiğimi beyan ediyorum. Bu teklif seçildiği takdirde, özgeçmişimin sunulduğu konum için öngörülen aşağıda belirtilen süre ya da sürelerde çalışmak istediğimi ve çalışabileceğimi beyan ediyorum:

Başlangıç	Bitiş
< 1.sürecin başlangıcı >	< 1. sürecin bitişi >
< 2.sürecin başlangıcı >	< 2. sürecin bitişi >
< vb. >

Doğu Marmara Kalkınma Ajansı tarafından finanse edilen ve yukarıdaki sürelerde benim hizmetimi gerektirecek başka bir projede yer almadığımı teyit ederim.

Bu bildirimi yaparak, bu ihale sürecine teklif veren başka bir istekliye kendimi aday olarak göstermeyeceğimi kabul ediyorum. Eğer bunu yaparsam, ihale sürecinden dışlanacağımın ve tekliflerin reddedilebileceğinin farkındayım. Ayrıca, Kalkınma Ajansları tarafından finanse edilen diğer teklif ve sözleşme süreçlerinden ihale dışı bırakılmaya maruz kalabileceğimi de biliyorum.
Bunlara ek olarak, bu teklifin başarılı olması halinde, hastalık ya da benzeri önemli bir sebep haricinde, görevimin ve hizmetlerimin başlaması beklenen tarihte olmam gereken yerde mevcut olmamam durumunda, Kalkınma Ajansları tarafından mali destek sağlanan diğer teklif ve sözleşme süreçlerinden dışlanacağımın ve ayrıca ihale kararının geçersiz ve hükümsüz sayılacağının tam olarak bilincinde olduğumu onaylarım.

Adı Soyadı
İmza
Tarih

1^ 21.01.2011 tarihli ve 15 sayılı Müsteşarlık Olur’u m.13 ile değiştirilmeden önceki düzenleme: “Tüm ihalelerde, mali teklifleri, sözleşme için kullanılabilecek azami bütçeyi aşan teklifler elenecektir”.

2^ 21.01.2011 tarihli ve 15 sayılı Müsteşarlık Olur’u m.14 ile değiştirilmeden önceki düzenleme: “Teknik açıdan yeterli olan tüm tekliflerin sözleşme için ayrılan azami bütçeyi aşması;”.

3^ Yüklenici olan taraf şahıs olduğu durumlarda.

4^ Geçerli olan hallerde. Şahıslar için, kimlik numarası, pasaport ya da eşdeğer diğer belge numarasını belirtiniz.