Lpro bloque alors la traduction des messagers de la cellule en attaquant le facteur d'initiation cellulaire eIF4GI (initiation factor 4GI) au niveau de la séquence sequence Asn-Leu-Gly--Arg-Thr-Thr. Elle assure donc deux clivage sur des substrats nettement différents. Des mutations inactivant le clivage de eIF4GI nes ont pas affectées par le blocage de l'autoclivage. L'analyse de modification de la partie C-terminale indiquent que le clivage est un mécanisme intramoléculaire. W Glaser et al.; Journal of Biological Chemistry 276 (21SEP01) 35473-35481.
112 Le virus Borna est un virus de cheval causant une maladie connue depuis des siècles en Allemagne (Borna est une localité proche de Leipzig) et en Suisse. Il cause une méningoencéphalite mortelle, précédée de ce que les hommes appelleraient une dépression nerveuse. Il peut se répliquer sans cytolyse dans le système nerveux central de la souris. On vient de montrer qu'on peut y bloquer cette infection en exprimant les interférons ou ß dans les astrocytes. Ces cytokines stimulent la transcription, mais bloque la réplication du virus en gelant la polymérase dans sa configuration transcriptionnelle. P Staeheli et al.; Journal of Virology 75, n°17 (SEP01) 8216-8223.
113 La protéine du virus de la maladie hémorrhagique du lapin (le calicivirus utilisé comme cunicide en Australie), qui se lie au génome (VPg) a été exprimée chez Escherichia coli. Elle est, en effet, normalement uridylée. C'est la tyrosine 21 qui permet ce couplage au génome. A Machin et al.; Journal of Biological Chemistry 276 (27JUL01) 27787- 27792.
Les Productions Microbiennes
115 La régulation de l'expression des gènes est souvent sommairement conçue comme un ensemble d'interrupteurs binaires comme les bits des ordinateurs en position "0" ou "1", bien que divers dispositifs comme l'atténuation viennent assouplir cette position.
L'observation de la séquence de l'opéron tryptophane indique qu'entre le promoteur-opérateur et le gène de structure trpE existe une séquence (dite leader) codant un peptide de 14 aminoacides. Ce peptide contient deux codons tryptophane sur les quinze (le 15° est le codon initiateur de la formylméthionine). La présence des codons tryptophane est la clé du mécanisme de régulation. Plus il y aura de tryptophane et plus le tARN correspondant, tARNTrp, pourra être chargé, puis se fixer sur les codons du messager du peptide leader et, ainsi, démasquer la structure terminatrice. Ce mécanisme est sensible à la concentration de tryptophane sous sa forme utilisable dans la cellule, c'est-à-dire chargé sur les tARN correspondants. On a donc, dans l'atténuation, un couplage entre transcription et traduction qui complète la mesure de la concentration de tryptophane au niveau du répresseur qui ne devient fonctionnel qu'en présence du tryptophane.
Un système radicalement différent vient d'être décrit chez Bacillus subtilis par le groupe de Yanofsky, qui avait découvert le mécanisme chez E.coli.
B.subtilis utilise pourtant les mêmes enzymes qu'E.coli pour fabriquer du tryptophane et on y retrouve l'atténuation, faisant intervenir également une séquence leader. Mais la séquence leader n'est pas transcrite. L'atténuation est gouvernée par la protéine, TRAP (Tryptophan-activated trp RNA binding Attenuation Protein) qui capte directement la concentration intracellulaire de tryptophane plutôt que la proportion de tARNTrp chargée ou non. La protéine comporte 11 sous-unités en poulie et chaque sous-unité fixe une molécule de tryptophane. La séquence leader du messager de l'opéron s'enroule autour de la poulie et ceci masque la structure antiterminatrice pour faciliter la formation d'une structure terminatrice. TRAP est donc une protéine liant l'ARN et sensible au tryptophane, qui bloque ou libère la transcription en fonction de la concentration de tryptophane.
Mais la protéine TRAP est elle-même régulée par une protéine appelée AntiTRAP (AT) qui inhibe TRAP en l'empêchant de se lier à l'ARN leader du messager, mais aussi au site de fixation des ribosomes empêchant ainsi la traduction. Anti-TRAP est, elle, codée par un opéron qui est, lui, sous la commande du tRNATrp non chargé. A Valbuzzi et al.; Science 293 (14SEP01) 2057-2059.
L'opéron le gène de AT et le gène de la tryptophanyl tRNA synthétase sont, tous deux précédés par une séquence leader interagissant avec le tRNATrp non chargé.
En fait malgré les apparences les systèmes d'E.coli et de B.subtilis utilisent des procédés dont le principe est le même. Lire le commentaire de R Losick et al.; p. 2018-2019.
116 Le numéro de Juillet de Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology 3 (JUL01) contient plusieurs articles sur le système de transport des sucres appelé système PTS (PhosphoTransferase System, en fait phosphoeno/pyruvate:sugar phosphotransferase est plus explicite). Ce dernier comporte un canal sucre-spécifique constitué par l'enzyme II, qui est une perméase à trois composants A, B et C, et un système général fournissant l'énergie de transfert avec l'enzyme I, une phosphotransférase, et Hpr (Histidine phosphocarrier protein) transférant le phosphate du phosphœnolpyruvate sur le sucre..
La structure tridimensionnelle du complexe du PTS a été établie. A Peterkofsky et al.; p. 347-354. La structure en solution du domaine N-terminal de l'enzyme I et de HPr ainsi qu'entre HPr et enzyme IIAGlc (spécifique du glucose) a été décrite. L'interface entre HPr et enzyme I, IIAGlc et la glycogène phosphorylase a révélé qu'une même surface de HPr est impliquée dans toutes ces interactions. De la même façon, une surface de IIAGlc ainteragit avec HPr, IIBGlc et une glycérol kinase.On a donc un motif structural bien particulier au PTS.
Il existe cinq enzymes I homologues et six homologues de HPr chez E.coli. On détecte également des éléments uniquement régulateurs du PTS dans les opérons de l'azote avec rpoN et ptsP, et une protéine régulatrice à trois domaines dans l'opéron dha du catabolisme de la dihydroxyacétone. On détecte 21 complexes de l'enzyme II. Sept d'entre eux appartiennent à la famille des transporteurs de fructose, sept à celle du glucose (Glc) family, et sept aux autres familles. JH Tchieu et al.; p. 329-346.
L'intervention des protéines HPr et IIAGlc du PTS dans la régulation du catabolisme des sucres est admise, aussi bien chez les bactéries Gram+ que Gram-. On a, en particulier, étudié en détail son intervention dans les priorités d'utilisation des sucres, par exemple en tenant compte de la disponibilité des sucres dans le milieu et des capacités métaboliques de la cellule. Ce sont les diverses formes phosphorylées de HPr qui interviennent à ce niveau. MG Gunnewijk et al.; p. 401-413.
La régulation du transport des galactosides fait intervenir l'exclusion de l'inducteur et la modulation de l'activité du transporteur. C'est l'exclusion de l'inducteur qui est l'objet de l'étude de M Kuroda et al.; p. 381-384. La forme non phosphorylée de la perméase IIAGlc donc du glucose inhibe le transport des galactosides en se fixant directement sur le transporteur. Les acides aminés responsables de l'interaction avec la perméase IIAGlc dans les transporteurs de lactose et de melibiose d'Escherichia coli et Salmonella typhimurium ont été identifiés. On en conclut qu'il existe plusieurs sites d'interaction le long de la molécule.
L'utilisation du glucose par E.coli fait intervenir trois voies distinctes de transport, dont deux font intervenir un système PTS. La première est la plus courante chez les souches "sauvages " et fait intervenir, au delà du système PTS, l'opéron fructose. Une seconde voie commune à plusieurs sucres (en fait surtout le mannose avec les gènes manXYZ), n'est fonctionnelle que si l'ensemble des composants est surexprimé. La dernière voie est indépendante du PTS, et ne peut être révélée que chez des mutants dépourvus des deux voies précédentes. Le fructose diffuse alors à travers la membrane grâce à une isoforme de la perméase majeure du PTS, mais avec une phosphorylation indépendante par l'ATP grâce à une manno(fructo)kinase codée par une ORF (phase de lecture potentielle) cryptique de 1032 pb sans fonctions connues auparavant. HL Kornberg; Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology 3 (JUL01) 355-359.
117 La structure du système PTS de l'actinomycète Corynebacterium glutamicum a été analysée par des chercheurs d'Erlangen-Nurnberg. Les enzymes communes EI et HPr ont été caractérisées. Un mutant d'EI démontre des effets pleïotropes dans l'utilisation du carbone. Des mutants ne sachant pas utiliser glucose et fructose présentent des défauts dans les perméases respectives constituées par l'enzyme II. Ceci entraîne, d'ailleurs des défauts de pompage du glutamate extérieur, ce qui indique une intervention du PTS dans la régulation du métabolisme général du carbone. Cependant chez cette bactérie particulière on ne détecte aucune HPr kinase/phosphatase. S Parche et al.; Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology 3 (JUL01) 423-428.
Les auteurs ont utilisé les données publiées sur le génome de Corynebacterium diphtheriae pour localiser les éléments de ce système PTS. Plusieurs gènes ont été repérés: ceux de l'enzyme I (ptsI) et HPr (ptsH), et l'enzyme IIABC (fruA) ainsi qu'une fructose 1-phosphate kinase (fruK); on trouve également un gène codant l'enzyme IIAB du fructose/mannitol et celui d'une nouvelle protéine HPr-like, ptsF. Cette dernière protéine est curieuse, car elle comporte une fusion avec une protéine sans fonction connue. On trouve enfin le gène d'une enzyme IIBCA (ptsG) spécifique du glucose. S Parche et al.; p. 415-422.
119 La chimiotaxie bactérienne dépend de modifications des chimiorécepteurs, et en particulier de leur méthylation ou non au niveau de glutamates par la méthyltransférase CheR et la méthylesterase CheB.
Cette dernière est un régulateur à deux domaines, dont la phosphorylation du domaine régulateur entraîne l'activation du domaine catalytique. On sait que chez E.coli et Salmonella typhimurium, un pentapeptide C-terminal particulier du chimiorécepteur joue un rôle essentiel dans la méthylation et la déméthylation. Chacune des deux enzymes se lie au pentapeptide avant de le modifier. Seul le site utilisé par CheR avait été localisé. On vient de le faire pour CheB où il se situe à l'articulation des domaines régulateur et catalytique. Cette localisation est nettement différente de celle sur CheR qui se situe dans le domaine catalytique. AN Barkanov et al.; Journal of Biological Chemistry 276 (31AUG01) 32984-32989.
122 Les chercheurs de SIGA Research ont créé un site intergénique d'insertion de gènes hétérologues dans Streptococcus gordonii en vue d'en faire un vecteur, et ont optimisé les conditions d'expression d'un tel transgène. CA Franke et al.; Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology 3 (OCT01) 545-555.
123 On admet que deux plasmides dits "incompatibles" ne peuvent persister simultanément dans E.coli à cause de l'identité des structures de réplication. Des chercheurs de Beijing montrent que si on transforme une même cellule avec deux de ces plasmides, chacun porteur d'un gène de résistance à un antibiotique différent et qu'on cultive les cellules en présence de ces deux antibiotiques, ils sont maintenus pendant au moins 14 heures du fait de la double pression de sélection. Ceci permet une co-expression de transgènes. Ils ont ainsi co-exprimé les deux sous unités DFF45 et DFF40 du facteur de fragmentation humain (une DNAse activée par les caspases). Ceci a permis d'obtenir un produit soluble associant les deux sous-unités, alors que la production individuelle entraîne une précipitation des sous-unités isolées. W Yang et al.; Protein Expression & Purification 22 (AUG01) 472-478.
124 La production lactique en vue de celle de polylactates est surtout assurée, actuellement, par des bactéries lactiques. L'US Patent 6 268 189 du 24JUL01 de l'USDA couvre la surexpression de la lactate déshydrogénase chez Rhizopus oryzae permettant une amélioration (30%) de la production d'acide lactique. Le problème restant est celui des sous-produits inintéressants. L'avantage est que les milieux de cultures sont moins chers que ceux des bactéries lactiques.
Le groupe de l'USDA-ARS a déja utilisé la technique chez E.coli et Saccharomyces cerevisiae. Il travaille avec Archer Daniels Midland au titre d'un CRADA (Cooperative Research and Development Agreement). Industrial BioProcessing 23 (SEP01).
126 Certains précurseurs de protéines sont synthétisés sous forme de préproprotéines, où le peptide signal est suivi par un propeptide qui doit encore être clivé avant de donner la protéine définitive. La production de protéines hétérologues chez les bactéries lactiques réputées pour leur absence de pathogénicité est tentante. Il faut, cependant, optimiser la production et la sécrétion de ces protéines. Ceci a été réalisé chez Lactococcus lactis par les chercheurs de l'INRA à Jouy, en utilisant la nucléase de staphylocoque (Nuc) comme modèle. Ils ont étudié l'effet de modification du peptide signal d'exportation ou de la séquence propeptidique sur la sécrétion. Les propeptides peuvent influencer la sécrétion. Les propeptides des protéases (longs propeptides de classe I) ont été bien étudiés, tandis que les propeptides courts de classe II comme ceux de la nucléase de Staphylococcus aureus, la barnase de Bacillus amyloliquefaciens ou l'amylase de Bacillus subtilis sont moins connus. Le propeptide de Nuc (NucB) est présent dans la paroi de cette bactérie Gram+, alors que la protéine définitive (NucA) est sécrétée dans le milieu. Ceci n'est cependant pas observé dans d'autres hôtes comme L.lactis ou Corynebacterium glutamicum.
Le remplacement du signal peptidique d'origine (SPNuc) par celui de la protéine Usp45 de L.lactis améliore considérablement la sécrétion, mais sans intervenir sur le dépliement de la protéine pour faciliter le passage transmembranaire, car la protéine conserve son activité enzymatique, alors que le peptide signal d'origine inactive momentanément l'activité. Par contre la délétion de la partie propeptidique bloque la sécrétion. Les auteurs avaient déjà utilisé un propeptide synthétique remplace avantageusement le propeptide d'origine. Ce peptide a été modifié. Les versions acides ou neutres sont les plus efficaces, tandis que les versions alcalines dépriment la sécrétion. Une combinaison du peptide signal d'Usp45 et de ces propeptides sont une combinaison profitable pour la sécrétion de protéines hétérologues chez L. lactis. Y Le Loir et al.; Applied and Environmental Microbiology 67 (SEP01) 4119-4127.
L'expression de la protéine Bax, modulatrice de l'apoptose, est très toxique pour E.coli. On peut masquer, au moins partiellement, cette cytotoxicité en fusionnant la protéine en amont une partie de la co-chaperone GroES, celle qui comporte la boucle interagissant avec la chaperone GroEL,. La culture sur ethanol à 2%, qui est connu pour stimuler la production de GroEL et de DnaK, réduit encore la toxicité et permet une bonne production. MI Donnelly et al.; Protein Expression & Purification 22 (AUG01) 422-429.
128 Le domaine fixant la choline de la partie C-terminale de l'amidase LYTA (C-LYTA) de Streptococcus pneumoniae a une forte affinité pour les amines tertiaires. On peut l'utiliser pour purifier par affinité en une seule étape des protéines produites dans Pichia pastoris en fusionnant C-LYTA avec la protéine à purifier. J Caubin et al.; Biotechnology and Bioengineering 74 (20JUL01) 164-171.
129 L'addition N-terminale (amont) de peptides facilite souvent l'expression et la purification de protéines hétérologues chez Escherichia coli. Il est donc intéressant de disposer de protéases permettant l'ablation de ces peptides auxiliaires. Des chercheurs australiens ont monté de telles protéases lytiques recombinantes s'attaquant à des dodécapeptides synthétiques contenant des motifs sélectionnés. Le rendement est fortement amélioré par rapport à celui obtenu avec la subtilisine H64A. S Lien et al.; Biotechnology and Bioengineering 74 (20AUG01) 335-343.
131 Les systèmes de régulation de l'expression des gènes de production des acides aminés aromatiques des-protéobactéries ont été étudiés par des mathématiciens de Moscou. Le triplement des gènes de DAHP-synthase a eu lieu avant la divergence des Entérobacteriacées, Vibrionacées et Alteromonadacées. Le site régulateur allostérique des DAHP-synthases a été identifié. Il est altéré chez AroH des Buchnera, symbiotes des pucerons, chez qui la production du tryptophane n'a plus aucun des systèmes de régulation classiques. Selon eux la DAHP-synthase de Bordetella pertussis est probablement soumise à un contrôle en retour par la phénylalanine, et celle de Corynebacterium glutamicum est probablement inhibée par la tyrosine. Selon les auteurs, E.coli est la bactérie qui a le système de régulation le plus élaboré de toutes les bactéries qu'ils ont étudiées. EM Panina et al.; Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology 3 (OCT01) 529-543.
132 Une nouvelle souche recombinante d'E.coli productrice de poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalérate-co-3-hydroxyhexanoate) est décrite par SJ Park et al.; Biotechnology and Bioengineering 74 (05JUL01) 82-87. Elle fait appel aux gènes de synthèse des polyhydroxyalacanoates issus d'Aeromonas.
Une nouvelle stratégie de régulation multivariable des concentrations d'alcools dans la production des polyhydroxyalcanoates par Paracoccus denitrificans est décrite dans S Chanprateep et al.; Biotechnology & Bioengineering 74 (20JUL01) 116-124.
Il s'agit, dans ce cas, du poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalérate ou P(HB-co-HV) qui est le BioPo™ mis au point dans un passé lointain par ICI) et la stratégie est basée sur la régulation de la distribution des flux métaboliques de deux alcools (éthanol et n-pentanol).
Une étude similaire a été menée par des chercheurs australiens chez des E.coli recombinantes pour la production de poly(3-hydroxybutyrate ou PHB) sur glucose. Ils ont établi la cinétique de production et les niveaux requis d'activités enzymatiques et de métabolites intermédiaires (notamment d'acétyl-CoA). On retrouve, en réalité, les données obtenues sur la bactérie dont la voie est originaire, Ralstonia eutropha. Aucune des enzymes prise isolément n'est prépondérante dans les flux et les rapport NADPH/NADP, comme leurs concentrations cumulées n'ont d'importance. Par contre le rapport acétylCoA/CoA est très important. Une des contributions majeures à la production rapide de PHB est la limitation en oxygène qui déclenche une cascade d'évènements secondaires comme l'arrêt du cycle de Krebs et l'accroissement du ratio acétyl-CoA/CoA. RJ van Wegen et al.; Biotechnology & Bioengineering 74 (05JUL01) 70-81.
133 Gluconobacter oxydans est voisin des Acetobacter. C'est un aérobie obligatoire. Gluconobacter adore les milieux sucrés comme les fruits, où il cause diverses altérations, dont des brunissements liées à des oxydations incomplètes, et les boissons, même alcoolisées. Il possède des polyols déshydrogénases. Il est utilisé pour la production de D-sorbitol à partir de L-sorbose, d'acide D-gluconique et d'acides 5-céto- et 2-cétogluconiques à partir de D-glucose, ainsi que de dihydroxyacétone à partir de glycérol, liées à ses capacités d'oxydations incomplètes. On trouvera une revue sur le métabolisme de cette bactérie et ses utilisations industrielles dans A Gupta et al.; Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology 3 (JUL01) 445-456.
Les Protéines et les Enzymes
134 La production d'enzymes thermophiles dans des hôtes eux-mêmes thermophiles est actuellement envisageable. C'est le cas de la bactérie Thermus (celle dont est issue la Taq polymérase de la PCR). Elle a l'avantage de pousser bien (temps de doublement de 2 heures) dans des milieux simples entre 45° et 85°. Ce qui manque, c'est le pilotage de l'expression dans Thermus et d'autres microorganismes thermophiles. La firme Thermogen a breveté une technique de révélation de promoteurs dans ces conditions sous l'US Patent 6 294 358 (25SEP01).
Un exemple de telles productions est celle de la ß-galactosidase de T.thermophilus TH125 dont le gène agaT a été inactivé au préalable pour éviter le bruit de fond par des chercheurs islandais. O Fridjonsson et al.; Applied and Environmental Microbiology 67 (SEP01) 4192-4198.
Les auteurs ont été confrontés, dans l'utilisation du melibiose (un ß-galactoside) et du galactose, à des effets polaires de l'inactivation par l'insertion. Ils ont dû construire un vecteur (AgaT Gal+ Kms) permettant l'utilisation du galactose en aval de l'hydrolyse du mélibiose et rendant la cellule kanamycine-sensible pour permettre la sélection.
La ß-galactosidase d'un Bacillus stearothermophilus a été exprimée dans Thermus mais il a fallu sélectionner des plasmides plus stables, et à nombre de copies plus élevé pour obtenir une production décente.
135 Le numéro d'Août de Current Opinion in in Biotechnology est traditionnellement consacré aux protéines.
I Xenarios et al.; p.334 339 comparent les bases de données sur les interactions entre protéines. La majorité des données acquises jusqu'à présent sont issues de travaux invividuels ne concernant qu'un tout petit nombre de protéines. Les techniques à doubles-hybrides avec leurs multiples variantes ont fait avancer les choses. J Pelletier et al.; p.340 347 analysent les techniques permettant de déterminer ces interactions à partir de bibliothèques combinatoires (voir §1 ).
La connaissance des structures se développe rapidement avec l'accélération de l'acquisition des données. U Heinemann et al.; p.348 354 examinent les différents aspects de la détermination de la structure en insistant sur les techniques à haut débit.
L'ingéniérie raisonnée des protéines exige une haute définition de cette structure. L Baltzer et al.; p.355 360, décrivent les avancées récentes dans la conception raisonnée de protéines synthétiques capables de reconnaître un ligand donné, et ayant une activité enzymatique pas trop ridicule.
L'évolution dirigée est un thème banalisé actuellement. AL Kurtzman et al.; p.361 370 font une revue de ce que recouvre cette notion. Elle insiste particulièrement sur l'intérêt de réarrangements à partir de mutants préalablement sélectionnés.
M Lehmann et al.; p.371 375 (de Hoffmann-LaRoche) discutent de l'intérêt de l'utilisation des alignements de séquences par rapport aux deux précédents groupes de techniques. L'article concerne essentiellement la stabilité de protéines ou de domaines protéiques. La présence d'acides aminés conservés dans une famille de protéines homologues serait une indication de leur importance dans la stabilité des protéines. L'illustration de cette approche est fournie par l'introduction d'une thermostabilité dans des protéines comme p53 par le groupe de Fersht (PV Nikolova et al.; Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (08DEC98) 14675-14680), et confirmée par le même groupe par la construction de mini-chaperones GroEL (Q Wang et al.; Protein Science 8 (OCT99) 2186-2193 ou Q Wang et al.; Journal of Molecular Biology 298 (19MAY00) 917-926).
Activité et stabilité ont été les questions posées à propos des replis protéiques à structures en barillets (ß)8 (également appelés TIM pour Triose phosphate IsoMérase) présentes dans 10% de toutes les enzymes à structure connue, et qui assurent au moins 18 fonctions enzymatiques différentes, ce qui explique cet engouement. B Höcker et al.; p.376 381 de l'EMLab à Hamburg, consacrent une revue à ce sujet. On y trouve l'analyse de trois enzymes de la synthèse du tryptophane qui, toutes trois, contiennent cette structure (TrpA TrpC et TrpF).
TrpF est monomérique et thermolabile chez la plupart des mésophiles, mais dimérique et très thermostable chez Thermotoga maritima. Ce dimère est stabilisé par de nombreuses interactions hydrophobes. Deux longues boucles entre l'hélice 2 et le barillet ß3 s'insèrent dans des cavités de l'autre molécule du dimère. On a construit des variants monomériques en réduisant la longueur de la boucle de deux acides aminés et en remplaçant la Phe55 par un glutamate créant une répulsion électrostatique. A faibles concentrations la molécule reste monomérique et instable, à fortes concentrations la molécule se dimérise plus facilement et devient thermostable.
TrpF et TrpC catalysent deux étapes successives de la synthèse du tryptophane et partagent donc un intermédiaire commun. Le groupe de Fersht a converti la spécificité d'action de l'une des enzymes en l'autre, utilisant l'existence de cet intermédiaire commun et en modifiant la structure (ß)8 (voir le Bulletin d'Avril 2000 ou MM Altamirano et al. Nature 403 (10FEB00) 617-622)
Chaque fois qu'on essaye d'"améliorer" une enzyme, il faut disposer d'un crible pour identifier les variants intéressants. Ceci peut être réalisé en conférant avec ces variants un avantage sélectif pour les cellules qui les produisent. C'est une technique laborieuse. On peut accélérer les choses en identifiant et analysant directement les molécules à l'état individuel. P Schwille et al.; p.382 386 , du Max Planck et de DIREVO Biotech de Köln, décrivent les méthodes optiques disponibles.
P Soumillion et al.; p.387 394, de Louvain décrivent les avancées dans deux domaines liés: la création de bibliothèques élargies de protéines enzymatiques mutantes, et leur criblage à haut débit. La première partie rassemble des données classiques sur la génération de diversité. La seconde fait état de nouvelles techniques à haut débit comme la détection thermographique qui permet de sélectionner l'énantiosélectivité par la chaleur dégagée. L'utilisation de la spectrométrie de masse pour caractériser les produits d'une hydrolyse de substrats pseudoénantiomériques marqués permet d'analyser un millier d'échantillons par jour. L'utilisation de l'électrophorèse capillaire permet de passer 7 000 échantillons par jour, en mesurant l'excès d'une énantiomère (résultats malheureusement publiés dans une revue que je n'ai pas pu me procurer). On peut également mesurer l'activité à la surface de cellules par la technique FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) qui consiste en un transfert d'énergie entre deux molécules fluorescentes quand elles sont proches assez longtemps (c'est relatif). Il faut cependant freiner l'hydrolyse pour remplir cette condition.
KD Wittrup; p.395 399, de MIT, consacre sa revue aux techniques d'exhibition. L'utilisation de cellules exhibant une protéine donnée est limitée par l'étape limitante de la transformation, ce qui limite la taille de la bibliothèque analysable à 108 à 1012 échantillons, suivant le type cellulaire.
On peut éviter le recours à la transformation cellulaire en utilisant l'exhibition sur ribosomes et les fusions ARN-peptides. Des bibliothèques allant jusqu'à 1014 membres ont, ainsi, été constituées (P Amstutz et al.; p.400 405 du groupe Plücktun de Zürich).
Dans l'interaction entre ligands et protéines, tous les atomes du ligand n'ont pas besoin d'interagir avec la protéine, mais ils positionnent ceux qui vont intervenir dans cette interaction. Ils constituent le squelette (scaffold) pour maintenir une conformation adéquate du ligand. C'est ce qu'on observe dans la partie variable des anticorps qui maintient les CDRs (Complementary Determining Regions) à distance adéquate de l'antigène cible. On a construit au cours des dernières années de tels squelettes indépendants de ceux des immunoglobulines. RC Ladner et al.; p.400-410 de Dyax Corp..
On trouvera enfin une revue sur l'utilisation industrielle d'hydroxylases dans leur contexte naturel, celui de la cellule, pour des synthèses pour l'industrie chimique. WA Duetz et al.; p.419 425 de l'ETH de Zürich.
137 ThermoGen, filiale de MediChem Life Sciences, et McGill University annoncent un accord exclusif de licence sur le criblage à haut débit d'enzymes basé sur la technique de Romas Kazlauskas qui utilise une méthode simple de pHmétrie. PRNewswire (05SEP01). La technique inclue dans la licence permet de mesurer de façon précise l'énantiosélectivité directement avec le substrat et sans avoir à faire intervenir des analogues (voir §135 ).
L'US Patent 6 294 374 (25SEP01) octroyée au Scripps Research Institute décrit la production de synthons permettant la production d'antibiotiques grâce à des anticorps catalytiques contre un ß-dicétohaptène et ayant une activité aldolase donnant lieu à une réaction aldol et rétro-aldol énantiosélective. Les antibiotiques produits sont des épothilones normalement produits par des myxobactéries.139 Les ribozymes (ARNs catalytiques) dépendent souvent de protéines pour leur activité (RNAse P comportant la protéine P indispensable au clivage des tARNs par exemple), bien que la plupart des ribozymes sélectionnés in vitro en soient indépendants. On avait déjà montré un renforcement de l'activité enzymatique en présence de co-facteurs les plus hétéroclites comme la théophylline, et on avait, par ailleurs, démontré qu'un co-facteur comme la tyrosyl tARN synthétase mitochondriale de Neurospora crassa est nécessaire à la fonction d'autoépissage de l'intron ND1.
Une équipe de l'University of Texas at Austin a construit des ribozymes dépendant de la même tyrosyl tARN synthétase ou du lysozyme de blanc d'œuf et dont l'activité est augmentée de plusieurs milliers de fois. En réalité le but de l'opération n'est pas tant d'améliorer l'efficacité du ribozyme, mais de détecter des protéines ayant une configuration particulière leur permettant d'activer des ribozymes servant de marqueurs dans des microréseaux. MP Robertson et al.; Nature Biotechnology 19 (JUL01) 650 655.
140 Une protéase à sérine alcaline d'un lombricien (Lumbricus rubellus) a été caractérisée et son cDNA séquencé. Pourquoi aller chercher cette enzyme si loin? C'est parce que cette protéase est très stable et, surtout, résiste bien aux solvants organiques. Il en existe six isozymes. Le cDNA de la plus intéressante (F-III-2) a été exprimé chez Pichi pastoris et code un enzyme fibrinolytique. M Sugimoto et al.; Bioscience Biotechnology & Biochemistry 65 (JUL01) 1575-1580.
142 Des chercheurs japonais ont étudié l'efficacité de la thermolysine (une métalloprotéase) pour la synthèse de dipeptides. Ils ne se sont pas seulement intéressés à l'activité au pH optimal, car l'activité peut varier pour une même enzyme, en fonction du substrat, et ils ont suivi l'activité de synthèse de l'enzyme en suivant la courbe activité /pH pour divers produits. Si le pHopt de la thermolysine est de 7,0, il peut être de 5,8 pour la F-AspPheOMe) et de 7,3 pour la Z-ArgPheOMe). Y Murakami et al.; Biotechnology & Bioengineering 74 (05SEP01) 406-415.
143 L'acyl carrier protein (ACP) interagit avec diverses enzymes durant la synthèse des acides gras ou des phospholipides. Certains de ses acides aminés sont impliqués dans les interactions avec les acides gras fixés sur la phosphopantéthéine. L'Ile-54 et la Phe-50 maintiennent la conformation de l'ACP. L'Ala-59 st probablement directement impliquée dans la stabilisation de la structure en se fixant sur la chaîne acylée, l'activité de l'acyl-ACP synthétase nécessitant la conformation d'origine de l'ACP. La myristoyl-ACP thioestérase est, par contre, insensible à la structure du donneur de chaines acylée. AS Flaman et al.; Journal of Biological Chemistry 276 (21SEP01) 35934-35939.
144 La souche psychrophile KB700A d'un Pseudomonas qui pousse à 5° produit une lipase. Une bibliothèque génomique de la bactérie a été exprimée chez E.coli. Ceci a permis de caractériser son gène (1 422 pb) après criblage sur un milieu avec tributyrine comme substrat. Il code une protéine de 474 aminoacides. La séquence est identique à 90% avec une lipase de Pseudomonas fluorescens. L'enzyme exige du CA++ pour être pleinement active. Elle est surtout active pour les positions 1(3) du triglycéride. Sa Topt est de 35° et elle est relativement plus thermolabile que ses homologues. N Rashid et al.; Applied and Environmental Microbiology 67 (SEP01) 4064-4069.
145 Des chercheurs d'Argonne, Genencor et Eastman Kodak utilisent de l'ADN d'organismes non cultivables pour trouver de nouvelles 2,5-dicéto-D-gluconate réductases. Ce type d'enzymes est utile pour la production d'un intermédiaire dans la production de la vitamine C à partir du glucose.
Il faut, par la voie chimique, sept étapes (épimérisation sélective, oxydation et lactonisation) dont cinq sont supprimées par une bioproduction.
Le procédé commercial actuel (procédé Reichstein) couple une seule étape biologique oxydation biologique de sorbitol en sorbose par un Gluconobacter, suivie de modifications complexes du sorbose bloqué en acide ascorbique. L'US Patent 5 817 490 du 06OCT98 d'Eastman Kodak (associée à Genencor) couvre un procédé alternatif utilise la conversion biologique du glucose en acide 2-céto-L-gulonique qui est ensuite lactonisé en acide ascorbique. Le glucose est d'abord converti en 2,5-dicéto-D-gluconate par des oxydases endogènes. Ce dernier est ensuite réduit enzymatiquement par une 2,5-dicéto-D-gluconate réductase hétérologue issues de Corynebacterium. On n'en connaît que deux, et elles sont assez peu efficaces et instables. Deux des enzymes produites à partir des ADNs prélevés dans l'nevironnement ont une activité catalytique supérieure avec un Km beaucoup plus faible que celui des Corynebacterium, et l'une d'entre elles est plus thermorésistante. Les deux enzymes acceptent NADH et NADPH comme co-substrat. Les auteurs recherchent d'autres enzymes.
147 La production d'acétate de cellulose (qui a remplacé le nitrate de cellulose trop explosif) pour les films photographiques exige des celluloses débarrassées des hémicelluloses (mannanes et xylanes) qui rendent le film trouble au dessus de 1,6% de mannanes et 2,7% de xylanes.
Actuellement la plupart des pulpes utilisées à cette fin sont produites par le procédé des sulfites acides à plus haute température et à acidité plus élevée que pour les pâtes à papier classiques. On ne peut pas utiliser le procédé Kraft conventionnel (le bois est chauffé en milieu alcalin en présence de sulfure de sodium), car il stabilise les hémicelluloses qui ne sont plus dissoutes en milieu alcalin. Le procédé Kraft à préhydrolyse comporte un traitement acide avant l'hydrolyse alcaline classique du procédé Kraft conventionnel. Une extraction alcaline à froid complète l'élimination de l'hémicellulose résiduelle.
De bonnes xylanases simplifieraient le procédé. C'est l'objet de l'US Patent 6 254 722 du 03JUL01) de North Carolina State University. Le procédé comporte trois étapes : deux hydrolyses alcalines à basse température, de part et d'autre d'un traitement par la xylanase de 40 à 70°.
148 Le groupe de R Croteau à Washington State University a isolé et breveté les gènes de la ß farnesène synthase de la menthe Mentha piperita et l'ont exprimé dans E.coli pour produire de grandes quantités de cette phéromone d'aphides. US Patent 6 258 602 du 10JUL01.
L'Agroalimentaire
150 Normalement la levure de boulanger préfère glucose et fructose comme substrats carbonés, c'est le résultat de ce qu'on appelle la répression catabolique. Cette dernière inhibe la transcription des gènes impliqués dans l'utilisation des autres sucres (comme saccharose, maltose, ou galactose) quand glucose ou fructose sont présents. La protéine Mig1P est le principal acteur de cette régulation. .
La transcription des gènes impliqués dans l'utilisation des sucres non fermentescibles fait intervenir le complexe Hap qui est réprimé par Mig1p. Les levures de boulangerie sont usuellement cultivées sur mélasses (donc riches en saccharose qui est clivé en glucose et fructose par une invertase), ce qui sélectionne les souches utilisant bien le saccharose pour la multiplication cellulaire aérobie, et il faut encore les sélectionner pour la fermentation de la pâte où la production de CO2 est le but recherché.
L'invertase est codée par les gènes SUC. Elle est active sur saccharose et raffinose (fructose-glucose-galactose). L'expression de ces gènes est réprimée quand la concentration du milieu en glucose est élevée.
Le 2-Déoxy-D-glucose (DOG), est un analogue toxique du glucose qui est utilisé pour sélectionner des mutants dérégulés pour le glucose. Ainsi des mutants industriels isolés sur galactose et résistants au DOG fermentent rapidement et complètement le lactose en éthanol après clivage en glucose et galactose.
De tels mutants isolés sur maltose et DOG présentent un phénotype MAL dérégulé et n'attendant pas que la totalité du glucose soit consommée pour s'attaquer au maltose (absence de ce que l'on appelle la diauxie), mais ces souches sont osmosensibles et n'acceptent pas bien le saccharose.
Des mutants spontanés de Saccharomyces cerevisiae résistants aux DOG plus actifs dans les pâtes riches en sucre ont été sélectionnés sur raffinose plutôt que sur maltose et DOG et caractérisés par des chercheurs de Sevilla. Ces levures sont plus efficaces sur mélasses et lèvent plus fortement et plus vite des pâtes sucrées en conditions industrielles. Les qualités organoleptiques des pâtes levées avec ces levures sont, par ailleurs, améliorées. Elles sont, par contre moins efficaces sur la pâte à pain classique.
AM Rincon et al.; Applied and Environmental Microbiology 67 (SEP01) 4279-4285.
151 Les glycosidases sont importantes dans l'arôme des vins, car elles libèrent notamment les composés terpéniques conjugués sous forme de glycosides. Le rôle de la flore secondaire des levures des grappes de raisin dans cette conversion enzymatique dans le moût a été étudié. A Mendes Ferreira et al.; Journal of Applied Microbiology 91 (JUL01) 67-71 et ML Strauss et al.; p. 182-190. Ce sont surtout des Kloeckera, Candida, Debaryomyces, Rhodotorula, Pichia, Zygosaccharomyces, Hanseniaspora et Kluyveromyces.
Le but de tels recherche est d'améliorer la qualité de vins à partir de cépages peu aromatiques. De telles pratiques sont surtout intéressantes pour des vins de qualité disons moyenne, qui ne sont pas en forte expansion et économiquement peu profitables. Dans la publication ci-dessus c'est plutôt d'une addition des levures secondaires dans les starters de fermentation œnologiques qu'il s'agît.
153 La technique de diffusion sur agar est utilisée pour détecter la production de substances diffusibles inibitrices comme les bactériocines. Elle ne permet pas de détecter des interactions fines et des effets différentiels qui peuvent être importants dans des cultures mixtes. Les chercheurs de l'INRA à Jouy ont monté un crible biologique appliqué à Lactobacillus delbrueckii. La technique utilise le surnageant de ses cultures qui est appliqué, en culture liquide, à des bactéries voisines et compétitrices. Les effets sur la croissance sont mesurées. L.delbrueckii VI1007 produit, en conditions microaérobies, au moins trois substances inhibitrices sur des bactéries lactiques en sus de l'acide lactique. Il s'agit du peroxyde d'hydrogène et d'un complexe de type bactériocine peptidique et thermosensible de plus de 50 kDa. Un troisième composant freine spécifiquement la croissance de Streptococcus thermophilus. M van De Guchte et al.; Journal of Applied Microbiology 91 (JUL01) 147-153.
154 Les peptides qui apparaissent à la suite de protéolyses limitées lors de la maturation des fromages à pâte cuite de type Emmental ont été caractérisés par des chercheurs de l'INRA à Rennes. La plupart dérivent des caséines S1 et caséines ß, très peu des caséinesS2 et k. Ils ont essayé de déterminer les protéases en cause. En dehors du rôle connu de la plasmine sur les caséines ß et S2, deux autres protéases semblent impliquées dans l'hydrolyse des caséines S1. Il s'git de la cathepsine D qui provient du lait et de protéases pariétales des starters thermophiles utilisé pour ce type de fromages. Les peptidases des starters restent actives après le traitement thermique, et pendant toute la maturation, contrairement à ce qui se passe pour celles des bactéries propioniques, également utilisées dans ces fabrications. V Gagnaire et al.; Journal of Agricultural & Food Chemistry 49 (SEP01) 4470-4473.
155 La dynamique du métabolisme du pyruvate chez Lactococcus lactis a été étudiée dans des conditions de fort et faible taux de dilution. A forts taux de dilution on a une production homolactique (c'est à dire uniquement d'acide lactique). A faibles taux de dilution on a plutôt conversion du pyruvate en divers acides organiques (formate, acétatate plus particulièrement) et éthanol. Quand on effectue des élévations ou abaissements par étape de ce taux, c'est surtout la pyruvate formate-lyase (PFL) qui est affectée. Son activité est modulée à la fois au niveau de la transcription et de la configuration allostérique de l'enzyme. CR Melchiorsen et al.; Biotechnology and Bioengineering 74 (20AUG01) 271-279.
156 Deux souches de Lactococcus lactis ssp. cremoris, différant par la présence ou l'absence du plasmide d'utilisation du lactose ont été étudiées sur substrat lactose par des chercheurs de l'INSA-INRA-CNRS à Toulouse. C Garrigues et al.; Biotechnology and Bioengineering 74 (20JUL01) 108-115. Quand le plasmide est présent la fermentation homolactique est régulée par le flux catabolique via le rapport NADH/NAD+ qui inhibe l'activité de la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase. Ceci entraîne un engorgement en amont juste après le clivage de C6 en C3, avec accumulation de glycéraldéhyde-3-phosphate et dihydroxyacétone-phosphate, et inhibition de la pyruvate formate lyase. Inversement la lactate déshydrogénase est fortement activée. C'est l'inverse qui a lieu dans le cas de la souche sans plasmide lactose sur ce substrat.
Beaucoup plus que le rythme de la glycolyse elle-même, c'est donc les flux catabolique et anabolique qui sont affectés et la mesure porte sur le rapport NADH/NAD+ qui est élevé quand le catabolisme est le plus actif, et vice-versa.
157 La production d'exopolysaccharides sur microfiltrat de lait par Propionibacterium acidi-propionici DSM 4900 est analysée par des chercheurs de Rennes et Nancy. N Gorret et al.; Journal of Applied Microbiology 91 (MAY01) 779-787 et p.788-796. L'addition d'extrait de levure est nécessaire. La production de polysaccharides a lieu durant la phase de croissance. Le milieu après fermentation présente une viscosité appréciable. Cette bactérie agréée dans le domaine alimentaire semble prometteuse pour un épaississement in situ.
160 La fermentation microbienne de l'orge au cours du maltage est étudiée par Cargill avec la Katholieke Universiteit Leuven. Elle et destinée à améliorer la qualité du malt pour la brasserie. On augmente ainsi l'activité ß-glucanase et xylanase de l'orge, ce qui améliore la fragmentation de l'albumen après maltage. Un Rhizopus est ensemencé pour la production de ces enzymes. Ces enzymes semblent survivre au touraillage (le séchage progressif à chaud pour empêcher le malt en germination d'aller trop loin dans l'utilisation des réserves du grain qui seront bien utiles pendant la phase de fermentation). I Noots et al.; Journal of Agricultural & Food Chemistry 49 (AUG01) 3718-3724.
161 On trouve souvent, dans les additifs pour la boulangerie, de la farine de caroube. On vient de montrer que la caroubine (un mélange protéique issu des graines de caroube) a des propriétés rhéologiques qui s'apparentent à celles du gluten. Elle est encore plus hydrophile que le gluten et dépend moins de l'hydratation pour sa structure. Le gluten permet la panification en donnant, après pétrissage, des feuillets et des fibrilles qui encagent les bulles de CO2 produites par la fermentation des sucres de la pâte. Y Wang et al.; Journal of Agricultural & Food Chemistry 49 (JUL01) 3414-3429. Les Grands Moulins de Paris doivent être dans le coup.
164 Des chercheurs japonais de Mukogawa Women's University cherchent à fabriquer du vin avec des champignons, sous prétexte qu'ils contiennent une alcool déshydrogénase comme vous et moi. Avec Pleurotus ostreatus, on arrive à une concentration d'alcool de 12,2% . Avec Agaricus blazei on n'arrive qu'à 8% mais il y a beaucoup de ß-D-glucanes, ce qui est bon contre le cancer. Celui fabriqué avec Flammulina velutipes est bon contre la thrombose. T Okamura et al.; Bioscience Biotechnology & Biochemistry 65 (JUL01) 1596-1600. Ces vins se vendront donc en pharmacie, car on ne parle pas de l'arôme.
165 L'extraction de l'huile d'olive produit une très grande quantités d'eau effluente polluée qui sont le plus souvent rejetées telles quelles. Ces eaux contiennent cependant des polyphénols et des antioxydants naturels qui pourraient être commercialisés. On en trouve entre 1,50 et 4 grammes par litre d'eau usée. N Mulinacci et al.; Journal of Agricultural & Food Chemistry 49 (AUG01) 3509-3514.
166 L'acide linoléique conjugué (CLA voir également §88) est proné pour toutes sortes de vertus. Il modifie la composition des acides gras dans la graisse et les muscles du porc, au cours de la croissance, et traités ou non par l'hormone de croissance.
Si on remplace l'huile de maïs par le CLA dans les aliments, on accroît la teneur en acide stéarique et on diminue celle en acides oléique et linolénique dans le muscle lattisimus. Un traitement combiné CLA + hormone de croissance (GH) accroît le pourcentage des acides linoléique et arachidonique et réduit celui en acides palmitique et oléique. Le CLA accroît, par contre, le pourcentage des acides palmitique et stéarique des adipocytes en réduisant ceux des acides oléique, linoléique, linolénique et arachidonique. Le tissu adipeux sous-cutané perd de l'acide palmitique, tandis que la GH + CLA accroit le pourcentage d'acide linoléique. TG Ramsay et al.; Journal of Animal Sciences 79 (AUG01) 2152-2161.
Son addition aux aliments pour porcins en finition à 0,75% de l'aliment total améliore l'efficacité nutritionnelle (350 g/kg aliment au lieu de 330 g/kg pour les témoins). La viande est moins grasse, le gras dorsal étant de 2,34 cm versus 2,84 cm pour le témoin au niveau de la 10° côte, etc…Il n'y a pas de corrélation entre le génotype concernant la sensibilité au stress et l'effet du CLA. BR Wiegand et al.; Journal of Animal Sciences 79 (AUG01) 2187-2195.
167 Un remplacement total des tourteaux de soja avec des farines de poisson dans l'alimentation de vaches laitières (Hosltein américaines) améliore la qualité du lait en accroissant le taux protéique et la teneur en acides gras comme les acides linoléique conjugué, transvaccénique et autres insaturés. AA Abu-Ghazaleh et al.; Journal of Dairy Science 84 (AUG01) 1845-1850.
169 On ajoute de l'acide ascorbique dans les mayonnaises. Dans celles enrichies en huile de poissons, l'acide ascorbique est supposée limiter l'oxydation des graisses provoque une libération de fer à tous les pHs, mais surtout aux pHs acides qui ponte probablement les lipoprotéines, lipovitelline et phosvitine. Le fer Fe3+ est réduit en Fe2+ qui catalyse l'oxydation des lipides. On a donc un effet opposé à celui recherché. C Jacobsen et al.; Journal of Agricultural & Food Chemistry 49 (AUG01) 3947-3956.
170 Fabriquer des fromages maigres appétissants n'est pas facile. Dans le cas du Cheddar, on constate l'apparition de défauts de flaveur. C'est probablement le catabolisme des acides aminés aromatiques qui en est la cause. Des chercheurs d'Utah State University ont essayé de déterminer la contribution de Brevibacterium linens. C'est un des microrganismes très important dans la maturation du fromage. Elle est minimale. M Ummadi et al.; Journal of Dairy Science 84 (AUG01) 1773-1782.
172 L'activité antioxydante des boissons excitantes thé, café, chocolat et tisanes à l'échelle de la tasse est analysée par des chercheurs de Nestlé. Le café soluble (évidemment le Nescafé) semble particulièrement efficace. Mettre du lait ne change rien. Le café Robusta est plus efficace que l'Arabica plus fin, dans le grain vert, mais la torréfaction annule cette différence. M Richelle et al.; Journal of Agricultural & Food Chemistry 49 (JUL01) 3438-3442.
Les Probiotiques
173 Lactobacillus acidophilus et des lactobacilles apparentés comme L.gasseri sont des membres de notre flore intestinale. Ils sont commercialisés comme probiotiques et pourraient être utilisés comme vecteurs vaccinaux.
L'intégration chromosomique est le point faible dans nos techniques de modification de ces bactéries. Une méthode pour obtenir de telles insertions chromosomiques site-spécifiques chez Lactobacillus acidophilus et Lactobacillus gasseri est décrite dans WM Russell et al.; Applied and Environmental Microbiology 67 (SEP01) 4361-4364
La sécurité alimentaire
175 L'oléine de l'huile de karité (Butyrospermum parkii) a plusieurs utilisations dont comme huile de friture, margarine, etc….Les effets sur la reproduction du rat sont publiés dans P Baldrick et al.; Food and chemical toxicology 39 (SEP01) 923-930. Aucun effet topxique n'a été constaté même à de très fortes doses dans l'alimentation (7,5 g/kg/jour). Les effets carcinogènes avaient été écartés dans une précédente publication (voir le Bulletin de Septembre §109).
176 L'acide gallique est un antioxydant phénolique naturel dérivant de l'hydrolyse des tannins. Sa non-nocivité est parfois contestée. Des chercheurs indiens l'ont essayé à des doses élevées (g/Kg) chez la souris. Même à ces doses les chercheurs indiens n'ont pu déceler aucun signe de toxicité. K Rajalakshmi et al.; Food and chemical toxicology 39 (SEP01) 919-922
177 La fréquence des résistances aux antibiotiques dans les microorganismes contaminants alimentaires augmente. Une résistance à plusieurs antibiotiques est décelée dans 0,6% des isolats de Listeria monocytogenes et de 19,5% de ceux de Listeria innocua. Aucune n'a été observée chez Listeria seeligeri et Listeria welshimeri. Ce sont des résistances à la tétracycline et à la pénicilline qui sont les plus fréquemment observées. On n'observe donc pas de résistances aux antibiotiques à usage humain chez L.monocytogenes, mais de telles résistances sont observées chez d'autres espèces qui pourraient servir de sources. D Walsh et al.; Journal of Applied Microbiology 91 (APR01) 517-522.
178 Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 est beaucoup plus sensible à l'effet toxique du propionate quand le cycle du 2-méthylcitrate est bloqué. Une mutation additionnelle dans le gène de la citrate synthase restaure la sensibilité. C'est donc elle qui est respnsable de la sensibilité au propionate. Elle assure la condensation du propionyl-CoA et de l'oxaloacétate en 2-méthylcitrate. L'enzyme doit donner un métabolite toxique. AR Horswill et al.; Journal of Biological Chemistry 276 (01JUN01) 19094-19101.
179 La plus grande fréquence d'isolement de Listeria innocua par rapport à L.monocytogenes dans les viandes n'est pas liée aux milieux d'isolement utilisés. Cela vient d'être vérifié. G Duffy et al.; Journal of Applied Microbiology 91 (JUN01) 994-999.
180 On trouvera dans un article de chercheurs de Strasbourg et de Millipore une technique de dénombrement rapide des Listeria dans le lait basée sur la chimioluminescence. DJ Vidon et al.; Journal of Applied Microbiology 91 (JUN01) 988-993. Il s'agit d'une chimioluminescence naturelle amplifiée par le luminol.
181 Les souches cliniques de Campylobacter jejuni restent plus facilement viables à basses tempéartures que les souches d'élevages aviaires, bien que toutes ne se répliquent plus au dessous de 31°. Leur résistance à la congélation est souche-spécifique, indépendamment du type considéré. Cette capacité de survie a des conséquences dans la chaîne alimentaire, et comme la bactérie est la cause d'entérites mais surtout du syndrome nerveux de Guillain-Barré, il serait intéressant de raffiner ces données. KF Chan et al.; Applied and Environmental Microbiology 67 (SEP01) 4186-4191.
L'Environnement
182 Des chercheurs allemands, autrichiens et suédois ont suivi sur une longue période la structure des populations microbiennes à la surface des
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