Bojxona organlarining asosiy vazifalari quyidagilardan iborat:
1)yuridik va jismoniy shaxslarning huquqlari hamda qonun bilan muhofaza etiladigan manfaatlarini himoya qilish;
2)O‘zbekiston Respublikasining iqtisodiy manfaatlarini himoya qilish va o‘z vakolati doirasida uning iqtisodiy xavfsizligini ta’minlash;
3)bojxona siyosatini ishlab chiqish va amalga oshirishda ishtirok etish;
4)bojxona haqidagi qonun hujjatlariga rioya etilishini nazorat qilish;
5)bojxona to‘lovlarini undirish;
6)bojxona nazoratidan o‘tkazilishi kerak bo‘lgan tovarlar va transport vositalari shunday nazoratdan o‘tkazilishini ta’minlash;
7)bojxona haqidagi qonun hujjatlari buzilishining, shu jumladan kontrabandaning oldini olish, uni aniqlash va ularga chek qo‘yish;
8)tashqi iqtisodiy faoliyatga doir bojxona statistikasini hamda tovar nomenklaturasini yuritish;
9)O‘zbekiston Respublikasi xalqaro shartnomalarining bojxona ishiga oid qismidan kelib chiqadigan majburiyatlar bajarilishini ta’minlash.
Bojxona organlarining huquqlari 1)Bojxona organlari o‘z vakolatlari doirasida quyidagi huquqlarga egadir:
2)tovarlar va transport vositalarini, qonun hujjatlarida nazarda tutilgan hollarda esa, jismoniy shaxslarning o‘zini ko‘zdan kechirish;
3)yuridik va jismoniy shaxslardan ko‘zdan kechirish uchun tovarlar va transport vositalarini, shuningdek zarur hujjatlarni taqdim etishni talab qilish;
4)valyuta nazoratini amalga oshirish;
5)moliya, bank va boshqa tashkilotlardan, shuningdek yuridik va jismoniy shaxslardan eksport-import operatsiyalarini amalga oshirish bilan bog‘liq bo‘lgan axborot va hujjatlarni hamda qonun hujjatlarida belgilangan boshqa axborotni olish;
6)bojxona nazoratidan o‘tkazish maqsadida tovarlar hamda boshqa buyumlardan namuna va nusxalar olish;
7)bojxona nazoratidan o‘tkazilishi lozim bo‘lgan tovarlar saqlanayotgan hududlarga va binolarga belgilangan tartibda kirish;
8)bojxona haqidagi qonun hujjatlarining buzilishiga doir materiallarni belgilangan tartibda ko‘rib chiqish hamda jismoniy va yuridik shaxslarni qonun hujjatlariga muvofiq javobgarlikka tortish;
9)bojxonaga oid huquqbuzarliklarning bevosita predmeti bo‘lgan tovarlar va transport vositalarini qonun hujjatlarida belgilangan hollarda va tartibda ushlab turish hamda olib qo‘yish;
10)eksport qilinishi man etilgan buyumlar va mahsulotlar O‘zbekiston Respublikasidan tashqariga olib chiqib ketilayotganda: shuningdek aksiz markalari qo‘yilmagan tamaki mahsulotlari va alkogolli ichimliklar O‘zbekiston Respublikasi hududiga olib kirilganda, transportirovka (xalqaro tranzit bundan mustasno) qilinganda va saqlanganda ularni (xo‘jalik yurituvchi subyektlarga nisbatan sud tartibida) musodara etish to‘g‘risida qaror qabul qilish;
11)surishtiruv o‘tkazish va tezkor-qidiruv faoliyatini amalga oshirish;
12)bojxonaga oid huquqbuzarliklarni aniqlashga xizmat qiladigan texnikaviy va maxsus vositalarni qo‘llash.
13)Bojxona organlari qonun hujjatlarida nazarda tutilgan boshqa huquqlarga ham egadirlar.