La biologie au centre de calcul Pascal Calvat

La biologie au centre de calcul

• Pascal Calvat

• Centre de calcul

Plan

• Travailler au CC à distance

• Ouverture du CC à la bio

• Quelques exemples de projets

• Le projet Lynda

Se connecter au centre de calcul

L’espace de travail

• Système d’exploitation: Scientific Linux 3

• Système de fichier partagé AFS  un espace pour les données personnelles (HOME)  un espace pour les logiciels communs à un groupe

• Lancement de calculs courts sur ferme interactive

• Lancement de calculs lourds sur la ferme de calcul

Architecture du CCIN2P3

• Espace disque semi-permanent

•  NFS, AFS, GPFS

• Stockage sur cartouches adapté aux gros fichiers

•  HPSS

• Stockage dans bases de données relationnelles

•  ORACLE, MYSQL, POSTGRES

SRB: Système de virtualisation de stockage de données

La ferme de calcul

Capacité stockage en 2007

La bio au CC

• Le centre de calcul est ouvert officiellement à la biologie depuis 2002

• 1 activité nouvelle qui représente au centre l’équivalent de 1 FTE/an

• Mise en place des projets sur une approche bottom-up avec approbation du directeur du CC

La bio au CC

• Organisme de rattachement des labos

• CNRS: IN2P3 et SDV

• CEA

• Université Lyon1 et Lyon2

• Hôpitaux (HCL, Salpetrière)

• INSA de Lyon

• INSERM

• Génopôle

• Un chercheur en biologie peut appartenir jusqu’à 5 organismes !!!!!

La bio au CC

• 9 groupes de recherche autour de la cellule

• - Phylogénie, protéine (BBE, IBCP, IGBMC)

• - Morphogenèse (BIOMERGENCE, BIOSYS)

• - Cellule souche (CGMC)

• - Docking (IGL)

• - Cancer (Ligue contre le Cancer)

• - Polyarthrite rhumatoïde (Genopole Evry)

•  soit un total de 90 utilisateurs

Les groupes de biologie

• 7 groupes de recherche dans le biomédical

• - Neuroscience IRMf, TEP, MEG (ISC, CERMEP)

• - Cancer du sein (LIRIS)

• - Cardiologie (CREATIS)

• - Monte-Carlo TEP avec Gate (IQR, IMXGAM)

• - Imagerie 2D-3D par rayons X (CNDRI)

•  soit un total de 78 utilisateurs

Consommation en calcul

Stockage sur disque

Nombre d’utilisateurs en bio

Quelques exemples de calcul en bio…

Quelques exemples…

Quelques exemples…

Quelques exemples…

Lynda: SPM (traitement image)

• SPM99, SPM2, SPM5, PSPM

• Matlab version 2006b (Java)

•  270 jetons sur serveur flexlm du CC-IN2P3

• SPMJob interfacé avec PSPM et SRB

•  64 CPU sur la ferme pistoo

Lynda: Push de données CERMEP vers CC

Lynda: Exécution automatique du traitement sur le PC BIRNy

Conclusion

• Le centre de calcul dispose de solutions efficaces et scalables pour le biomédical

• SRB est certainement le système de stockage le plus adéquate pour le partage et stockage de données personnelles

• Question?