La biologie au centre de calcul Pascal Calvat



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tarix29.07.2018
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#61993


La biologie au centre de calcul

  • Pascal Calvat

  • Centre de calcul


Plan

  • Travailler au CC à distance

  • Ouverture du CC à la bio

  • Quelques exemples de projets

  • Le projet Lynda



Se connecter au centre de calcul



L’espace de travail

  • Système d’exploitation: Scientific Linux 3

  • Système de fichier partagé AFS  un espace pour les données personnelles (HOME)  un espace pour les logiciels communs à un groupe

  • Lancement de calculs courts sur ferme interactive

  • Lancement de calculs lourds sur la ferme de calcul



Architecture du CCIN2P3

  • Espace disque semi-permanent

  •  NFS, AFS, GPFS

  • Stockage sur cartouches adapté aux gros fichiers

  •  HPSS

  • Stockage dans bases de données relationnelles

  •  ORACLE, MYSQL, POSTGRES



SRB: Système de virtualisation de stockage de données



La ferme de calcul



Capacité stockage en 2007



La bio au CC

  • Le centre de calcul est ouvert officiellement à la biologie depuis 2002

  • 1 activité nouvelle qui représente au centre l’équivalent de 1 FTE/an

  • Mise en place des projets sur une approche bottom-up avec approbation du directeur du CC



La bio au CC

  • Organisme de rattachement des labos

  • CNRS: IN2P3 et SDV

  • CEA

  • Université Lyon1 et Lyon2

  • Hôpitaux (HCL, Salpetrière)

  • INSA de Lyon

  • INSERM

  • Génopôle

  • Un chercheur en biologie peut appartenir jusqu’à 5 organismes !!!!!



La bio au CC

  • 9 groupes de recherche autour de la cellule

  • - Phylogénie, protéine (BBE, IBCP, IGBMC)

  • - Morphogenèse (BIOMERGENCE, BIOSYS)

  • - Cellule souche (CGMC)

  • - Docking (IGL)

  • - Cancer (Ligue contre le Cancer)

  • - Polyarthrite rhumatoïde (Genopole Evry)

  •  soit un total de 90 utilisateurs



Les groupes de biologie

  • 7 groupes de recherche dans le biomédical

  • - Neuroscience IRMf, TEP, MEG (ISC, CERMEP)

  • - Cancer du sein (LIRIS)

  • - Cardiologie (CREATIS)

  • - Monte-Carlo TEP avec Gate (IQR, IMXGAM)

  • - Imagerie 2D-3D par rayons X (CNDRI)

  •  soit un total de 78 utilisateurs



Consommation en calcul



Stockage sur disque



Nombre d’utilisateurs en bio



Quelques exemples de calcul en bio…



Quelques exemples…



Quelques exemples…



Quelques exemples…



Lynda: SPM (traitement image)

  • SPM99, SPM2, SPM5, PSPM

  • Matlab version 2006b (Java)

  •  270 jetons sur serveur flexlm du CC-IN2P3

  • SPMJob interfacé avec PSPM et SRB

  •  64 CPU sur la ferme pistoo



Lynda: Push de données CERMEP vers CC



Lynda: Exécution automatique du traitement sur le PC BIRNy



Conclusion

  • Le centre de calcul dispose de solutions efficaces et scalables pour le biomédical

  • SRB est certainement le système de stockage le plus adéquate pour le partage et stockage de données personnelles

  • Question?



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