1. Siyasî: Islah’ın kurucularından Zeynel Abidin Efendi hem bir şeyh hem bir müderris hem de bir siyaset adamıdır. Mensubu olduğu Hürriyet ve İtilaf Fırkası, İttihat ve Terakki Fırkası’na rakip olarak doğmuştu. İttihatçıların siyasi rekabet sebebiyle Zeynel Abidin Efendi’ye karşı olmaları onun kurduğu eğitim müessesesi Islah-ı Medâris’e de tavır takınmaları Islah’ın sonunu getirdi.
2. İlmî: Islah, medreselerin ıslahına yönelik sivil bir hareket olarak Konya ve İstanbul’da kısa sürede etkisini gösterince İttihat ve Terakki Fırkası’nın hükümeti yönlendirmesiyle benzer bir medresenin “Daru’l-Hilafeti’l-Âliye” adıyla önce İstanbul’da sonra da şubelerinin Konya gibi Anadolu’da açılması diğer medreseler gibi Islah’ın da kapatılmasına sebep oldu. Dönemin Şeyhul İslamı 8 Ekim 1913 tarihli yayınladığı meşihat belgesiyle92 Konya Islah-ı Medâris’in 43 maddelik nizamnamesini yürürlükten kaldırması Islah’ın resmi kapatılma sürecini başlattı. İttihatçıların girişimiyle Islah’ın kurucusu Zeynel Abidin Efendi de Bursa Gemlik’e sürgüne gönderildi, müdürü Ahmed Ziya Efendi altı ay kadar hapiste tutuldu.93
