1500-yillarga kelib, turmush sharoiti qiyinlashib, sogʻligi zaiflashib qolganiga qaramay, shoir ijoddan toʻxtamadi. 1501-yilning boshida Navoiy kasallikdan vafot etdi. Butun Hirot xalqi oʻzining buyuk shoiri bilan xayrlashishga chiqdi va 7 kun motam tutdi.
Navoiy oʻz ijodi bilan oʻzbek adabiyotining soʻnggi rivojini belgilabgina qolmay, Movarounnahr va Xurosonning butun maʼnaviy madaniyati taraqqiyotiga juda katta taʼsir koʻrsatdi. Uning asarlari, sheʼriyati qayta-qayta koʻchirilib, xalq orasida keng tarqalib, shoirlar uchun maktab vazifasini oʻtadi, madrasalarda keng oʻrganildi.
Alisher Navoiy ijodi, uning ilmiy tahlili boʻyicha soʻnggi yillarda qator taniqli tadqiqotchilar ish olib bordilar va bugungi kunda ham Navoiyning merosi koʻpgina olimlarimizni ilhomlantirib keladi. Hozir maktablar, xiyobonlar, koʻchalar buyuk shoirimiz nomi bilan yuritiladi. Uning nomida Oʻzbekiston Davlat mukofoti ham taʼsis etilgan.
