Etre capable de concevoir un site web structuré, intégrant texte, graphisme et multimédia, avec une mise en page précise (aspect design), à l'aide de CSS essentiellement.
Outils d'analyse en bioinformatique : Structure des protéines et des acides nucléiques. Les bases de données en biochimie : Protein DataBase (PDB) , Nucleic Acid Database, SWISS-PROT, etc.). La base PDB : utilisation de l'interface, analyse et visualisation des structures. ENTREZ, Alignement de séquences. Modélisation et dynamique moléculaire de structures biochimiques
COMPETENCES VISEES
Recherche dans les banques de données structurales et les banques de données de séquences des protéines et acides nucléiques.
Modélisations des biomolécules par mécanique moléculaire.
ENSEIGNEMENTS
Matières enseignées
CM
TD
TP
Autres (spécifier)
Travail personnel étudiant
Charge horaire totale étudiant
Coef
CréditsECTS
Bioinformatique
10
10
20 h
40 h
1
3
MUTUALISATION
UE obligatoire pour le master :
Chemoinformatique
Peut constituer une UE optionnelle pour d’autres masters :
Traitement des interactions à longues distances (cutoff, Ewald, champ de réaction)
Effets de solvant sur la conformation de molécules. Modèles implicites (Born, Onsager, Kirkwood, Tomasi) et explicites de solvatation : application aux systèmes chimiques et biologiques.
Modélisation de structures cristallines, amorphes et de polymères. Approches mésoscopiques (continuum gradient, tight binding).
COMPETENCES VISEES
Comprendre les interactions moléculaires au sein de systèmes biologiques et chimiques. Savoir adapter les stratégies de modélisation aux systèmes étudiés.
ENSEIGNEMENTS
Matières enseignées
CM
TD
TP
Autres (spécifier)
Travail personnel étudiant
Charge horaire totale étudiant
Coef
CréditsECTS
Interactions dans les systèmes complexes
16
8
40 h
74 h
1
3
MUTUALISATION
UE obligatoire pour le master :
Chemoinformatique
Peut constituer une UE optionnelle pour d’autres masters :
Programmation sous UNIX, conception orientée objets, programmation orientée objets (C++, Java, O2C), bases de données orientées objets
03 90 24 24 37
laurent.michel@astro.u-strasbg.fr
M-S3
UE 1
TYPE D’UE
FINALITE (Recherche/Professionnelle)
INTITULE DE l’UE
Obligatoire
Recherche et Professionnelle
Chemoinformatique I
(gestion et traitement de données chimiques)
RESPONSABLE
NOM, Prénom
Discipline
Adresse
VARNEK, Alexandre
Chimie
4, rue B. Pascal
67070 Strasbourg
DESCRIPTION DES ENSEIGNEMENTS
Bases de données en chimie. ·
Modèle relationnel. Langage SQL. Architecture (Oracle/ISIS/Accord). Relations, attributs, molécules. Système de gestion de bases de données.
Bases de données bibliographiques (Chemical Abstracts, Science Citation Index, Pascal), physico-chimiques (Gmelin, Beilstein), spectroscopiques (SPECINFO), cristallographiques (Cambridge et Karlsruhe) et autres.
Création de bases de données chimiques en utilisant les logiciels ChemAxon, ChemFinder et ISISBase.
Représentation de structures par ordinateur.
Représentation de structures 1D, 2D et 3D par ordinateur.
Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires.
Chaînes SMILES et InChi. Empreintes moléculaires.
Pharmacophores.
Formats MOL, SDF, RXN et RDF
Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle.
Similarité et diversité de molécules.
Molécule comme objet dans l’espace chimique. Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de Tvetsky ; métriques Euclidienne et de Manhattan.
Recherche par similarité.
Méthodes d’analyse de groupement des objets chimique : clustering hiérarchique et non-hiérarchique.
Préparation de jeux de donnés diverses.
Chimie combinatoire théorique.
Génération de bibliothèques combinatoires : les approches « monomer-based » et « product-based ». Bibliothèques "ciblées" et "diversifiées". Logiciel ISIDA/CombiLib.
Outils de CambridgeSoft et d’Accelrys pour analyser et manipuler de données chimiques.
Etre capable de créer et/ou de gérer une base de données chimiques en utilisant les logiciels commerciaux. Acquérir des notions sur les principales méthodes de traitement et de création de données chimiques (recherche par structure/sous-structure et/ou par similarité, clustering, génération de bibliothèques combinatoires
