Introduction 2 I. Présentation de l’Institut Pasteur 3
B. L’institut Pasteur en quelques chiffres
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- 1.Organisation générale de l’institut Pasteur
- 3.Applications de la Recherche
- 4.Le Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés
- II.Problématique générale de l’unité de Bio-Systémique Modélisation Ingénierie
B. L’institut Pasteur en quelques chiffres
200 chercheurs appartiennent à des organismes publics de recherche et sont directement rémunérés par le CNRS, l'INSERM, l'INRA…
Part prévisionnelle des revenus dans le budget 2002 : - Revenus des activités propres : 43% (redevances industrielles, ventes et services) - Dons, legs et produits du patrimoine : 26% - Subvention et contrats de services avec l'Etat : 31%
1.Organisation générale de l’institut PasteurVoir figure 1 sur la page suivante. 2.Recherche
La recherche porte également sur d'autres pathologies comme certains cancers, des maladies génétiques, neuro-dégénératives, et l'allergie. Principaux domaines de recherche : microbiologie, immunologie, biologie moléculaire, neurobiologie, génomique et post-génomique.
 
Figure 1 : Organisation générale de l’institut Pasteur. 3.Applications de la Recherche
4.Le Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés
Les instituts du réseau, parmi lesquels figure l'Institut Pasteur de Paris, sont fortement impliqués dans la santé publique des pays où ils sont implantés, en accord avec les autorités sanitaires locales : biologie médicale, vaccinations, veille microbiologique... La plupart sont reconnus comme centres de référence au niveau national ou dans le cadre de l'O.M.S. L'enseignement est une autre mission majeure des instituts du réseau qui forment de nombreux stagiaires des pays concernés ou étrangers. Les recherches qu'ils mènent, sur le terrain comme au laboratoire, concernent les maladies infectieuses (grippe, sida, arboviroses, paludisme, peste…) qui affectent leur pays d'accueil. A travers ce réseau, l'évolution de nombreuses maladies à travers le monde est minutieusement suivie par la communauté pasteurienne. II.Problématique générale de l’unité de Bio-Systémique Modélisation IngénierieLe stage s’est déroulé dans la structure « Bio-Systémique Modélisation Ingénierie» (BSMI) qui est une unité récente de l’Institut Pasteur, créée en 2001, et composée de deux directeurs de recherche ; Magali Roux-Rouquié, directeur de recherche-CNRS en assure la responsabilité. Pendant la période de mon stage, l’unité a accueilli un autre stagiaire sur le même sujet, Grégory Sautejeau, issu du DESS compétence complémentaire en informatique d'Evry. L'activité de l'unité Biosystémique Modélisation Ingénierie, s'établit sur une problématique de modélisation des processus considérant les systèmes biologiques comme des systèmes réactifs. Cette démarche s’inscrit dans le cadre général du paradigme systémique, centré sur l’action, et qui décrit l’activité d’une entité par la trajectoire de ses états, les transitions d’un état à un autre intervenant en réponse à un message de l’environnement interne ou externe de l’entité. Cette conception est très pertinente en biologie post-génomique, alors qu’il convient désormais de décrire et de comprendre le fonctionnement des composants des systèmes vivants. Le paradigme systémique et le formalisme qui lui est associé permettent de décrire une entité biologique en évolution dans son environnement et soumise à des évènements externes et internes qui conditionnent son comportement, lequel affecte à son tour son environnement. Cette conception est pertinente pour une représentation dynamique des fonctions biologiques décrites classiquement, dans le paradigme analytique classique, par des substantifs verbaux [M. Roux-Rouquié, J.-L. LeMoigne, C. R. Biologies 325 (2002) 419-430]. Différents formalismes permettent de décrire les états d’un système et son évolution, ils sont continus ou discrets, statiques ou dynamiques, déterministes ou stochastiques. La spécification des systèmes temps-réel peut être regroupée en deux familles de formalismes : d'une part, les méthodes algébriques et logiques en général spécifiques à une classe de problèmes (programmation par contraintes, équations différentielles cinétiques, etc.) et d'autre part, les langages graphiques formels tels que les réseaux de Pétri ou "Unified Modeling Language" (UML) qui permet de modéliser sans les dissocier la structure, la fonction et l'évolution d'un système. Au cours d’une précédente étude, l’équipe de recherche a montré que UML répondait aux critères d’un langage de modélisation systémique : diagramme d’état-transition, prise en compte de l’environnement, etc [M. Roux-Rouquié et al., International Conference The Science of Design, Software design, INSA-Lyon, 15-16 March (2002), In press]. Ces travaux permettent d'exprimer explicitement et d'organiser les différentes vues sous lesquelles un système biologique peut être appréhendé, vue statique des composants, vue synchronique des états, vue diachronique des changements d'états. La modélisation d'un processus (cycle cellulaire, voies de signalisation, etc.) résulte de l'articulation de ces trois vues. La mise en œuvre de ce projet est réalisée dans un cadre fortement interdisciplinaire et se conduit au travers de plusieurs collaborations avec :
En outre, notre projet participe à plusieurs manifestations d'intérêt dans le cadre :
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