Deciziile privind managementul de zi cu zi al Sitului Făgetul Clujului – Valea Morii sunt luate de Custode, în cadrul stabilit de legislație și contractul de custodie.
Deciziile finale legate de realizarea oricăror investiții sau proiecte se iau de către autoritățile de mediu, respectiv Agenția de Protecția Mediului Cluj, în baza prevederilor legale în vigoare, prin eliberarea avizelor/ acordurilor/ autorizațiilor de mediu. Custodele are obligația să analizeze impactul potențial și să își exprime punctul de vedere pentru toate proiectele și planurile de pe teritoriul ariei protejate, avizul acestuia fiind obligatoriu, conform legislației în vigoare.
Planul de management al sitului și Regulamentul final se avizează de către Agenţia pentru Protecţia Mediului Cluj-Napoca și Agenția Națională pentru Protecția Mediului şi se aprobă prin ordin al conducătorului autorităţii publice centrale pentru protecţia mediului şi pădurilor, cu avizul autorităţilor publice centrale interesate, stabilind cadrul în care va opera Custodele și regulile pe care acesta trebuie să le aplice.
Custodele consultă factorii interesați în legătură cu deciziile și activitățile importante prin intermediul internetului, anunțuri la primării și școli, întâlniri tematice.
Organul de decizie al Asociaţiei Natura Transilvaniei este Consiliul Director, format din Preşedinte și 2 Vicepreședinți.
Activităţile curente sunt coordonate de președinte și de fiecare responsabil de departament în parte - manager de proiect și custode desemnat. Controlul activităţilor şi finanţelor organizaţiei se efectuează de către Cenzor.
Obiectivul echipei de administrare este asigurarea conservării valorilor naturale din Situl Făgetul Clujului – Valea Morii prin aplicarea unui management adaptativ.