L’observation halieutique se trouve à l’orée de profonds changements tant par l’évolution des attentes suscitées par les perspectives de l’approche écosystémique des pêches (de l’évaluation des ressources exploitées vers une évaluation des écosystèmes exploités) dans un cadre européen de plus en plus formalisé (notamment dans la DCR4, et plus généralement à travers la stratégie marine pour l’environnement) qu’en raison de l’évolution des outils d’observation eux-mêmes (e.g. sondeur multifaisceaux halieutique). Le département est fortement impliqué dans la démarche d’observation halieutique à l’institut, que ce soit sur le plan méthodologique (expertise fondée sur ses compétences en statistiques et en modélisation), sur le plan des outils (par son expérience de mise en œuvre d’une grande diversité d’engins, de l’acoustique aux échantillonneurs de la macro- et de la microfaune, en passant par les méthodes visuelles et vidéo), sur le plan biologique (analyses biologiques, alpha-taxinomie) ou en mettant lui-même en œuvre des campagnes de surveillance halieutique (PelGas, IGA - volet halieutique). Le maintien d’une capacité d’observation apparaît indispensable dans un département d’écologie. Elle nécessite des compétences spécifiques, voire des compétences très spécialisées pour la mise en œuvre de certains outils et moyens d’investigation.
