Nom du Laboratoire/Service
Campagnes/essais à la mer, essais en bassins, embarquements
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3.10. Campagnes/essais à la mer, essais en bassins, embarquements : (Insérer dans ce chapitre l’annexe 11 complétée). Voir annexe 11. 3.11. Travaux sous-traités : Isis-fish est un simulateur de pêcherie complexe écrit en Java. Le projet a été initié à la demande de l'Ifremer et financé par celui-ci. L'analyse et la réalisation technique ont été confiées à différents partenaires :
4. Positionnement et rôle de l’Unité 4.1. Collaborations extérieures régionales, nationales et internationales : (Liste des entreprises, organismes, laboratoires de recherche publics ou privés avec lesquels l’unité a eu des collaborations significatives –en terme de résultats obtenus- en précisant les thèmes et programmes auxquels l’unité est rattachée. Les classer en trois rubriques : collaborations dans le cadre d’une convention, collaborations non conventionnées mais suivies sur les cinq années, collaborations non conventionnées et limitées). Bien que non formalisées dans le cadre de conventions, le département entretient de nombreuses collaborations :
4.2. Participations à des Commissions, Comités nationaux et internationaux : Participation à des réseaux de recherche régionaux, nationaux, internationaux, pôles de compétitivité, réseaux de recherche et d’innovation, réseaux d’excellence. RTP M3D : Réseau Thématique Pluridisciplinaire "Mathématiques et décision pour le développement durable » ; financé par le CNRS et mis en place à l’automne 2006 il a débuté en janvier 2008 ; MJ Rochet et V. Trenkel font partie des membres fondateurs. Ce réseau regroupe des chercheurs en sciences de l'univers, biologie, économie et mathématiques travaillant sur les modèles de gestion dans les domaines de l'écologie et l'environnement, des ressources naturelles, de la biodiversité et, plus généralement, du développement durable. Site web : http://cermics.enpc.fr/~delara/RTP_CNRS_2007/RTP_CNRS_web/ EUR-OCEANS est un réseau d’excellence co-financé dans le cadre du FP6 qui se propose de contribuer à l’intégration des organisations de recherches européennes dont les travaux portent sur le changement global et les écosystèmes pélagiques. Au total, 66 organismes de recherches répartis dans 25 pays en sont membres ; trois communautés de chercheurs s’y retrouvent : celles des écosystèmes pélagiques, des biogéochimistes et de l’approche écosystèmiques des ressources. P. Petitgas, M.J. Rochet sont impliqués au titre de « Principal investigator» (PI) sur le thème : « Ecosystem approach to marine resources ». Une thèse et un post doc ont été financés dans le cadre de EUR-OCEANS. Site web : http://www.eur-oceans.eu/ MarBEF est un réseau d’excellence fondé par l’Union européenne dans le cadre du FP6 qui comprend 94 Instituts européens en recherche marine. Son objectif est d’intégrer et de disséminer les connaissances et l’expertise sur la biodiversité marine, et de créer des liens entre chercheurs, industrie, clients et grand public. La contribution EMH se fait au travers d’un projet de recherche : « Causes and consequences of changing marine biodiversity : a fish and fisheries perspective » regroupant 20 instituts de recherche, et dont P. Lorance assure la co-coordination avec un chercheur danois. Site web : http://www.marbef.org/ AquaDEB est un groupement de recherche européen dont l’objectif est d’harmoniser les méthodes d’étude de la sensibilité de différentes espèces animales aquatiques à la variabilité environnementale d’origine naturelle ou anthropique, afin de comparer ces espèces et d’évaluer les conséquences de cette sensibilité à différentes échelles biologiques (individu, population, écosystème) et temporelles (cycle de vie, dynamique de population, évolution). Les méthodes utilisées au sein d’AquaDEB reposent le modèle des budgets d'énergie dynamique (DEB), qui permet de quantifier les échanges et les transformations d’énergie et de matière entre un être vivant et son environnement (bio-énergétique) et d’analyser la stratégie de répartition de l’énergie entre les différentes fonctions (croissance, reproduction, maintenance). Plusieurs chercheurs du département EMH participent à ce groupement de recherche et une des espèces retenues est l’anchois. Site web : http://www.ifremer.fr/aquadeb/ Mexico (Méthodes d'Exploration Informatique des modèles Complexes) est un réseau méthodologique regroupant des chercheurs de l'INRA, du Cemagref, de l'Ifremer, de diverses universités. Il vise à ouvrir les biologistes-modélisateurs au traitement statistique de leurs simulations et à une exploration raisonnée du comportement de leurs modèles, à initier de nouvelles recherches en statistique, à contribuer à la réflexion méthodologique en modélisation et à rendre ces méthodes accessibles aux modélisateurs. Plusieurs chercheurs EMH participent à ce réseau. Site web :http://www.avignon.inra.fr/mexico/index.php/Accueil
Echantillonnage et observations à la mer. Mise en œuvre de moyens océanographiques lourds (navires côtiers et hauturiers) pour des campagnes de recherche propres (acoustique halieutique, chalutage, échantillonnage de plancton, hydrologie, observations visuelles et vidéo) et coordination de campagnes multidisciplinaires. Maîtrise des outils mis à disposition sur les navires de recherche de l'Ifremer (Thalassa et navires côtiers) : acoustique, outils d'échantillonnage biologique (échantillonneur en continu d'œufs de poissons (CUFES), compteur laser de particules in situ (LOPC)), etc. Le département gère en outre des équipements propres en planctonologie (filets à plancton, échantillonneur supra-benthique, filet à neuston), en hydrologie (bathysondes et carrousel pour CTD et fluorimétrie) et en ichthyologie (chaluts d'échantillonnage). Acoustique. Sondeur portable. Logiciels Fishview et Movies+ pour l'interprétation des signaux acoustiques pour l'étude de la répartition, de l'abondance et de l'agrégation des poissons. Biochimie. Outils de détermination de l'état nutritionnel de stades larvaire et adulte de poissons ; mesures d'activités enzymatiques sur le mésozooplancton. Otolithométrie. Logiciel d'analyse d'image Visilog 5.0 et son extension TNPC (traitement des pièces calcifiées) pour la détermination de l'âge et des taux de croissance journaliers de larves et juvéniles de poissons (reconstitution d'histoires de vie). 5. Réponse à la demande sociétale, service rendu
Le projet MEQUAPRO (MEthodologie - QUAlité - PROduits) est coordonné par S. Mahévas. Il vise à une exploitation optimale des données collectées sur les ressources et les pêcheries dans le cadre du Système d'Informations Halieutiques. Il répond à des questions concernant la qualité des données recueillies, stockées, extraites et des produits qui découlent de leur traitement. Il anime, coordonne et dans certains cas réalise les développements méthodologiques correspondants.
5.3. Nombre total et liste des avis et expertises rendus, des missions de soutien en interne et en externe : – à joindre en annexe – Cf. compte rendu d’activité, section 2 ; le département participe à l’élaboration de réponses à des demandes d’expertises et d’avis aux niveaux régional, national et international. Il participe également à des groupes de travail en appui à la politique commune des pêches pour l’établissement de diagnostics sur les ressources et la formulation d’avis ou la mise en place de la réglementation sur la collecte de données (Data Collection Regulation ou DCR). La liste des participations à ces groupes est donnée dans le tableau ci-dessous.
5.4. Rapports et ouvrages scientifiques et techniques dont CD-Rom visant à la diffusion des résultats auprès des utilisateurs : (Nombre total de rapports, nombre total d’ouvrages, citer les principaux : 10 au maximum). Participation à la mise au point et à la réalisation du « bulletin des campagnes scientifiques » qui vise a rendre compte de l’état et de l’évolution des écosystèmes des plateaux du sud de la mer du Nord aux côtes orientales de la Corse à partir d’indicateurs basés sur les campagnes d’observation halieutique pilotées par l’Ifremer. Le bulletin s’appuie sur les résultats des recherches et les outils informatiques développés à EMH. Il a fait l’objet d’une enquête de satisfaction auprès des destinataires (DPMA, organisations professionnelles, administrations, etc.) en vue de son amélioration. Un site web a été créé pour présenter les résulats. Référence du bulletin : SIH-C, 2007. Poissons et incertébrés au large des côtes de France. Indicateurs issus des pêches scientifiques. Bilan 2004. Ifremer Nantes, EMH : 07-001, 84 p. 5.5. Rapports et ouvrages scientifiques et techniques dont CD-Rom, émissions télévisuelles, films, expositions visant à la diffusion des résultats auprès du public : 5.6. Constitution de sites web pour diffusion électronique de résultats : Sites créés par EMH : Site EMH : le département EMH à crée son propre site sur lequel sont disponibles diverses informations sur la composition de l’équipe, la liste des publications, etc. http://www.ifremer.fr/emh/ ISIS-Fish est un modèle de simulation spatial et saisonnier qui décrit la dynamique des ressources, de l’exploitation et de la gestion. Il a été développé à EMH pour explorer les conséquences d’un ensemble de mesures de gestion sur la dynamique des pêcheries. Il permet de comparer les impacts respectifs de mesures de gestion conventionnelles comme les Totaux Autorisés de Capture (TAC), des contrôles sur l’effort de pêche, des mesures techniques sur les engins et des mesures de gestion spatialisées (Aires marines protégées,…). La description du modèle, la documentation correspondante et le logiciel lui-même sont en libre accès à l’adresse suivante : http://www.ifremer.fr/isis-fish/index.html Indices de populations issus des campagnes de surveillance halieutique de l’Ifremer : Ce site créé par EMH présente des indices de populations calculés à partir des données du réseau de campagnes de surveillance halieutiques opérées par l’Ifremer (cf. ci-dessus, point 5.4). Il contient des informations relatives à 15 séries de campagnes et propose 8 indices pour et reposant sur l’abondance, le poids moyen individuel, la distribution des longueurs. http://www.ifremer.fr/SIH-indices-campagnes/ Projet FISBOAT : (Fishery independent survey based operational assessment tools) : ce projet de recherche supporté par l’Union européenne (FP6) et coordonné par P. Petitgas, a pour objectif de développer des outils utilisant les résultats de campagnes de recherche pour l’évaluation de stocks indépendamment des données provenant des flottilles de pêche commerciales et évaluer les capacités de ces outils à quantifier les effets de mesures de gestion. Le site met à disposition les différents rapports et documents de travail, une bibliographie sur le sujets, mais aussi des outils permettant le calculs de différents indicateurs (code R), des manuels, etc. http://w3.ifremer.fr/drvecohal/fisboat/index.htm Campagne PelGas : la campagne PelGas est une pateforme d’observatio de l’ensemble de l’écosystème du golfe de Gascogne (hydrologie, plancton, œufs et larves, poissons, oiseaux et mamifères marin). Un site web heberge toutes les données de la série des campagnes. Son accès est réservé aux participants aux campagnes. Contribution à des sites web Système d’information Halieutique (SIH) : le projet SIH constitue le réseau pérenne d’observation des ressources halieutiques et des usages associés. Au travers du projet MEQUAPRO (MEthodologie - QUAlité - PROduits), EMH a participé à la mise en œuvre de la démarche qualité du SIH : spécifications techniques pour les plans d’échantillonnage, la collecte, le stockage, l’accès aux données halieutiques, les restitutions internes et externes, ainsi qu’à l’élaboration d’indicateurs intégrés sur les pêcheries, la réalisation de synthèses à destination des acteurs de la filière pêche et du grand public. Ces documents sont disponibles sur le site du projet SIH : http://w3.ifremer.fr/isih/affichagePageStatique.do?page=accueil.htm Le projet MEQUAPRO a également développé son propre site intranet. 6. Formations données et reçues 6.1. Activités de formation : encadrement de stages, cours dispensés, etc. : (S’appuyer sur l’annexe 9, rappeler le nombre total d’encadrements par année de la période concernée et insérer ici l’annexe 12 complétée). Au total, 38 stagiaires ont été accueillis au département au cours de la période 2004-2007, soit environ 9 par an ; le nombre d’accueils est strictement limité par le montant des indemintés qui sont accordées chaque année à EMH pour rémunèrer les stagiaires. L’annexe 12 fournit la liste des formations dispensées par les membres du département. 6.2. Liste des formations non « diplômantes » suivies par les membres des équipes : (Insérer dans ce chapitre l’Annexe 13 complétée). Voir annexe 13 6.3 Formations « diplômantes » suivies - titres et Diplômes obtenus : (Préciser licences, Masters ou équivalents, Thèses et HDR, titres d’Ingénieurs et de Techniciens etc. obtenus par le personnel Ifremer pendant la période d’évaluation).
7. Prospectives à 4 ans (A rédiger en relation avec les différents Responsables de Thèmes concernés) Cette réflexion s’appuie sur les exercices de prospective menés au sein des programmes de l’Ifremer auquel a contribué le département, et en particulier sur la prospective du programme Démarche écosystémique pour une gestion intégrée des ressources halieutiques (Demostem, thème IV) pour l'orientation de la recherche halieutique à l'Ifremer2 ainsi que sur les documents relatifs à la gestion prévisionnelle des emplois et des compétences (GPEC). Elle a été menée, notamment pour ce qui concerne l’évolution des moyens, en concertation avec le responsable du thème 4. Elle ne préjuge pas des résultats des réflexions stratégiques en cours et des évolutions possibles en matière de recherche halieutique à l’échelle de l’Institut.
7.1.1 Des priorités pour la recherche halieutique Le secteur de la pêche est face au défi de sa viabilité à long terme dans un con,texte parqué par de profondes mutations (pleine exploitation ou surexploitation des ressources majeurs, croissance de la demande pour l’alimentation humaine, dégradation des milieux, effets du changement climatique, augmentation du coût du carburant, enjeux patrimoniaux, etc.). L’acuité du problème de l’usage durable des richesses de l’océan a incité à la mise en place d’une gouvernance élaborée et exercée dans un cadre multilatéral, en particulier sous l’égide des Nations Unies. Ainsi, différentes échéances jalonneront la décennie à venir : réduction du rythme d’appauvrissement de la biodiversité (2010), application de l’approche écosystèmique (2010), mise en place d’un réseau d’aires marines protégées (2012), restauration des stocks au niveau permettant d’obtenir un rendement maximal soutenable (2015). La recherche et l’expertise halieutique se trouve ainsi confrontée à des questions dont la nature se complexifie. La réflexion prospective du programme Demostem rappelle (Ifremer 2006) que « l’émergence de l’AEP infléchit l’identification des priorités en faveur d’investigations intégrées et pluridisciplinaires, notamment pour les raisons suivantes :
Pour répondre aux besoins de l’approche écosystémique des pêches, des progrès de la connaissance sont attendus dans cinq grands domainesError: Reference source not found :
7.1.2. Positionnement du Département EMH Dans le champ multidisciplinaire de l’Approche Ecosystèmique des Pêches (AEP), le département s’inscrit dans trois thématiques sur lequel il poursuit une ambition d’excellence européenne et internationale: l’écologie halieutique, la modélisation pour l’halieutique et l’observation halieutique. Son activité dans ces domaines est positionnée explicitement selon trois registres complémentaires : la recherche, l’expertise et l’animation scientifique, les deux derniers découlant du premier. Les trois thématiques du département : Les trois thématiques portées par le département contribuent à quatre des cinq domaines pour lesquels des progrès de connaissance sont attendus dans le cadre de l’AEP (fig. 1) : les populations exploitées, les écosystèmes, les outils et la dynamique de l’exploitation, avec des efforts particuliers vers les trois premiers domaines. 
Figure 1. Contribution actuelle du département EMH aux cinq domaines de connaissances requis pour le développement de l’AEP. En écologie halieutique, l’objectif est de caractériser et comprendre le fonctionnement des écosystèmes d’intérêt halieutique, d’en inférer sur les caractéristiques des habitats essentiels et de fournir ainsi des bases en vue du développement d’une gestion spatialisée des ressources et des usages. Les modèles de systèmes sélectionnés doivent répondre aux attentes du questionnement scientifique. Ils doivent être conservés sur une durée suffisamment longue pour permettre d’en appréhender les dynamiques temporelles. Dans un institut de recherche finalisée, ils doivent aussi permettre d’obtenir des résultats utiles à la gestion. Deux types de systèmes sont ainsi considérés en priorité par le département : le domaine pélagique de Gascogne (modèle anchois) et les nourriceries côtières (modèle sole). En modélisation pour l’halieutique, l'objectif est de développer une capacité à établir des diagnostics sur l'état des ressources et des écosystèmes exploités, et à fournir des avis quant aux implications à court ou moyen terme de telle ou telle option de gestion. Le département contribue au développement et au bon usage des méthodes d'analyse des données et des modèles mathématiques essentiels à l'halieutique. Les méthodes sont utilisés dans des approches mécanistes et statistiques pour (i) décrire les populations, les peuplements, les écosystèmes marins, les activités de pêche et leurs interactions y compris avec les habitats, (ii) comprendre et interpréter leur dynamique, (iii) fournir de nouveaux outils scientifiques utiles à la gestion des pêches dans une perspective écosystémique, notamment des indicateurs à intégrer dans des tableaux de bord. Pour soutenir ses travaux, le département est amené à développer des outils d’analyse et de simulation dédiés (e.g. le logiciel de simulation de pêcherie ISIS-Fish, le logiciel d’aide à l’évaluation combinant acoustique et chalutage Barracuda, une méthode de couplage physique - biologie pour l’évaluation des forçages environnementaux sur la dynamique des populations). Ces outils ont vocation à répondre aux besoins des recherches développées dans le département, y compris au travers de collaborations3, ainsi que dans certains cas aux besoins opérationnels. L’observation halieutique se trouve à l’orée de profonds changements tant par l’évolution des attentes suscitées par les perspectives de l’approche écosystémique des pêches (de l’évaluation des ressources exploitées vers une évaluation des écosystèmes exploités) dans un cadre européen de plus en plus formalisé (notamment dans la DCR4, et plus généralement à travers la stratégie marine pour l’environnement) qu’en raison de l’évolution des outils d’observation eux-mêmes (e.g. sondeur multifaisceaux halieutique). Le département est fortement impliqué dans la démarche d’observation halieutique à l’institut, que ce soit sur le plan méthodologique (expertise fondée sur ses compétences en statistiques et en modélisation), sur le plan des outils (par son expérience de mise en œuvre d’une grande diversité d’engins, de l’acoustique aux échantillonneurs de la macro- et de la microfaune, en passant par les méthodes visuelles et vidéo), sur le plan biologique (analyses biologiques, alpha-taxinomie) ou en mettant lui-même en œuvre des campagnes de surveillance halieutique (PelGas, IGA - volet halieutique). Le maintien d’une capacité d’observation apparaît indispensable dans un département d’écologie. Elle nécessite des compétences spécifiques, voire des compétences très spécialisées pour la mise en œuvre de certains outils et moyens d’investigation. Les métiers du département La recherche : l’activité de recherche constitue le cœur des métiers du département. Elle est fortement structurée en réseaux à travers des projets européens et des projets nationaux (ANR, etc.). Un certain nombre de ces projets sont arrivés à leur terme en 2007 (Fisboat, Because), d’autres seront poursuivis (DCR, Efimas, Eur-Oceans, Pêcheries côtières PDDL, Protect, etc.). De nouveaux projets émergent (Cafe, Chaloupe, Image, Reclaim, Uncover, Aframe, etc.). Cette dynamique est soutenue par une participation significative à des forums scientifiques nationaux et internationaux (conférence annuelle du Conseil international pour l’Exploration de la Mer, colloques spécialisés, etc.). Dans le prolongement de cette activité, le département entretient une contribution à la formation par la recherche (accueil de stagiaires, doctorants et post-doctorants, incitation à l’acquisition d’HDR). L’expertise scientifique : celle du département concerne aussi bien des domaines appliqués, comme les diagnostics sur les populations exploitées ou l’impact des extractions de granulats sur les habitats halieutiques, que des domaines méthodologiques (e.g. en application à la DCR). Par son expertise, le département peut aussi contribuer à l’orientation des stratégies européennes. Par construction, cette expertise s’exerce dans les domaines sur lesquels le département développe des actions de recherche. Il apparaît donc important de contenir l’implication du département dans l’expertise et la surveillance halieutique de façon à préserver sa dynamique d’innovation et de valorisation scientifique. L’animation scientifique : lors de sa création, les équipes constitutives du département ont opté pour un engagement multiforme dans les réseaux de recherche. Ainsi, le département assume la coordination d’une grande diversité de projets et d’actions de l’Ifremer5, dans le thème IV et plus modestement dans le thème II, associant des scientifiques de différents laboratoires de l’institut. Il convient de noter que cette animation scientifique, notamment à travers des ateliers, s’est d’une certaine façon substituée à la fonction de soutien méthodologique qu’exerçait l’ex-laboratoire Maerha auprès des autres laboratoires halieutiques. Au niveau national et au niveau européen, des chercheurs du département assument différentes actions d’animation scientifique (coordination de projets nationaux et européens, mandats dans des instances du Ciem, etc.). Des rapprochements plus formels avec d’autres structures ont été réalisés (réseau thématique du CNRS) ou en sont à une phase de contacts (avec Agrocampus Rennes). D’autre part, dans le prolongement de l’incitation de ses chercheurs à l’obtention d’HDR, le département s’est engagé dans l’école doctorale « Vie Agronomie Santé » de Rennes.
Les compétences actuelles à EMH En référence à la nomenclature des emplois à l'Ifremer, les compétences actuelles du département sont regroupées selon deux disciplines : les sciences de la vie (78 % de l'effectif) et les mathématiques appliquées (18 % de l'effectif). Sans prétendre enfermer chacun dans un champ de spécialité étroit, l'identification des contributions aux différentes spécialités (d'après la base d'information de la DRH) fournit une indication sur les grandes caractéristiques des profils de compétence actuellement existants. Ainsi, chez les cadres, les spécialités en sciences de la vie concernent principalement la biologie des populations et l'écologie, incluant une forte composante en halieutique (tabl. 1). Dans la discipline des mathématiques appliquées (4 cadres), les spécialités portent sur les bio-mathématiques (3 cadres), la modélisation et les statistiques. Les compétences du personnel technique se réfèrent en majorité aux sciences de la vie (4/5), incluant des spécialités en biologie des populations, en acoustique appliquée, en instrumentation et en gestion de données. Un technicien relève de la discipline informatique (spécialités informatique système et informatique de réseau). Tableau 1. Spécialités des cadres dans la discipline des sciences de la vie (d'après la base d'information de la DRH).
La pyramide des âges des cadres du département est typiquement bi modale, avec un mode légèrement supérieur à 55 ans, l'autre près de 40 ans (fig. 1). Les spécialités sont diversement représentées selon les âges. Ainsi, les spécialités de la discipline des mathématiques sont portées par les chercheurs les plus jeunes, alors que les chercheurs les plus âgés sont majoritairement spécialisés en biologie des populations et écologie (fig. 2). Il convient également de noter qu’une part importante des compétences du département en modélisation de la dynamique de populations directement appliquée à l’expertise halieutique est portée par des chercheurs appelés à se retirer à relativement court terme. 
Figure 1. Pyramide des âges à EMH 
Figure 2. Répartition des spécialités (spécialités 1 et 2) des cadres du département selon les classes d'âge. Cinq départs sont prévus en 2007 et 2008, quatre pour fin de carrière et un pour changement d'activité. Tous les cinq concernent des cadres exerçant dans la discipline des sciences de la vie : écologie halieutique (appliquée aux systèmes côtiers et aux systèmes démersaux des plateaux), ichthyoplancton, taxinomie. Deux nouveaux postes de chercheurs ont été créés au département en 2006. L’un relève d’une double compétence en physique et en biologie (couplage modélisation physique et écologie), l’autre présente une compétence en écologie des populations et des peuplements marins (centré sur l’analyse des réponses des populations et des communautés aux forçages anthropiques et environnementaux). Le second poste représente une première étape de reconstitution de compétences dans le département dans le domaine de l’écologie halieutique côtière pour lequel la demande s’avère de plus en plus pressante, tant au niveau national qu'européen (DCE, etc.). Il doit ainsi permettre de préserver le potentiel de développement d'actions de recherche originales et d’expertise basées sur des connaissances rassemblées dans le département pendant plusieurs décennies. 7.1.3. Les compétences à privilégier à EMH dans le dispositif Ifremer Le département a proposé de maintenir et développer des capacités de recherche dans les domaines disciplinaires suivants, tous étant tournés vers des applications concernant le questionnement halieutique : biologie et écologie des populations, océanographie biologique, biocénotique, modélisation dynamique, statistiques, biologie descriptive (zoologie, taxinomie, etc.), acoustique halieutique. Pour répondre à l’objectif exprimé ci-dessus et compte tenu des principaux départs d’ores et déjà intervenus ou attendus à court terme, les axes suivants ont fait l’objet d’une attention particulière.. Des compétences à renforcer : Les propositions ci-dessous tiennent compte des compétences actuelles du département et de leurs principales évolutions attendues à court terme. Certaines ont été retenues par la GPEC 2007-2010 et ont fait l’objet de propositions de postes, d’autres bien que non identifiés dans le cadre contraint de la GPEC n’en constituent pas moins des orientation que le département EMH considère comme importantes. Comportement des poissons dans les systèmes pélagiques L’installation du SMFH à bord du NRH Thalassa ouvre de nouvelles perspectives d’étude des structures biologiques, notamment des petits pélagiques à partir des écho-traces acquises par différents faisceaux et fréquences. Il s’agira de conjuguer les questions sur la biologie et le comportement avec les développements méthodologiques permis par des moyens d’observation innovants. L’activité de recherche afférentes inclut le protocole d’acquisition in situ des données, (Pelgas, etc.), l’interprétation des écho-traces en fonction des caractéristiques de l’antenne SMFH, la contribution aux spécifications d’un logiciel d’analyses des données du SMFH (Movies 3D SMFH), qui sera utilisé pour la caractérisation quantitative et qualitative des populations de poisson, par exemple pour la caractérisation des petits bancs, les indices d’agrégation 3D, les indices d'échappement, les images 3D multi-fréquences. In fine, l’enjeu est l’acquisition de connaissances sur l’organisation spatiale des poissons, la mise au point de méthodes d’identification des peuplements repérés par acoustique, le développement d’indices de qualité des évaluations et d’indicateurs de l’état des populations régulièrement échantillonnées. Dans le cadre de la GPEC, il a ainsi été identifié la nécessité de recrutement d’un chercheur en modélisation de l’organisation spatiale des bancs de poissons et leur caractérisation qualitative et quantitative à l’aide des fonctionnalités du SMFH. Interactions ressources halieutiques et habitats benthiques L'approche écosystémique des pêches nécessite d’étendre à la dynamique de leur environnement les recherches consacrées à la biologie des populations exploitées par la pêche. de prendre en considération une plus grande partie des écosystèmes au delà des seuls poissons exploités par la pêche. Si on considère les stocks benthiques et démersaux, la connaissance et la compréhension des processus à l’œuvre dans le domaine benthique doivent être approfondies, notamment les interactions trophiques entre espèces non exploitées et espèces cibles, ou encore l’identification des milieux (et la caractérisation de leurs propriétés) indispensables au succès des étapes de leurs cycles biologiques. L’enjeu est de renforcer la capacité de recherche sur les relations entre la production benthique et la production halieutique, et sur les impacts directs et indirects de la pêche sur les écosystèmes benthiques. La finalité est la pertinence des réponses concrètes aux engagements su SMDD 2002, en particulier le ralentissement des pertes de biodiversité (2010), et la mise en place d’un réseau d’aires marines protégées (2012). Les domaines à considérer en priorité sont les écosystèmes des plateaux continentaux et les habitats originaux et mal connus situés au-delà des accores. Le renforcement des compétences du département dans ce domaine est prévu dans la GPEC par le recrutement d’un chercheur qui développera des projets de recherche sur les interactions ressources halieutiques et habitats benthiques, dont les habitats essentiels du plateau continental, de la pente et du talus. Analyse et modélisation de l’activité de pêche En complément de la mobilisation de compétences sur l’étude des relations ressources-environnement, il est nécessaire de développer la capacité d’action du département sur la relation écosystème-exploitation. L’objectif est de renforcer le potentiel de recherche sur les usages des « biens et services écosystèmiques », spécialement l’exploitation de leur production biologique par la pêche. Le champ d’investigation est l’ensemble des types de pêche, aussi bien ceux pratiqués dans les systèmes côtiers que dans les systèmes hauturiers. Avec l’échéance proche (2012) de la mise en place d’un « réseau significatif d’aires marines protégées » (AMP) dans la ZEE communautaire et au-delà, les organismes en charge de la recherche halieutique doivent se doter des méthodes et moyens de définir quels « fragments d’écosystèmes » devront, dans un but de conservation des ressources vivantes et de la biodiversité, faire l’objet de restriction d’accès vis-à-vis de l’activité de pêche. Outre la capacité à produire des indicateurs et des synthèses utiles à l’autorité publique, ces mêmes organismes devront aussi posséder la capacité à évaluer les conséquences de décision de mise en place d’AMP, tant au plan biologique qu’au plan économique (articulation nécessaire avec les économistes du Département d’Economie Maritime). Le recrutement d’un chercheur spécialisé dans la modélisation de la dynamique spatiale du système ressources – flottilles, avec application pour l’aide aux décisions de gestion (en particulier la définition d’AMP) a été retenu par la GPEC. Les scénarios d’évolution pourront être simulés notamment à l’aide du logiciel ISI-FISH développé par le département. Observations et relevés à la mer, analyses de laboratoire La conduite d’observations et de relevés à la mer constitue une activité indispensable dans une unité d’écologie halieutique. Elle englobe la collecte, l’analyse et la gestion d’information de nature variée (biologique, physico-chimiques, sédimentologiques, etc.) ainsi que le pré-traitement des données. Il s’agit de maintenir une force opérationnelle à hauteur des atouts que représentent les capacités d’observation de l’Ifremer (campagnes du réseau de surveillance halieutique et campagnes spécifiques, qui alimentent la base de données « Harmonie » du système d’Information Halieutique (SIH). Compte tenu de l’essor des méthodes d’observation indirectes, de la sophistication et du potentiel des nouveaux moyens d’investigation (cf. SMFH), une attention particulière devra être portée aux compétences en recueil et analyse des données acoustiques. Un poste de « technicien acoustique » a ainsi été retenu dans le cadre de la GPEC. Ecologie et modélisation des réseaux trophiques Dans tous les systèmes exploités par la pêche, le fonctionnement des réseaux trophiques constitue un processus clé de la dynamique des populations. Pour appréhender ce compartiment, il s’avère nécessaire de développer les capacités de couplage entre les fonctions biologiques de croissance et de reproduction à l’échelle de l’individu et de la population avec les maillons trophiques de l’écosystème. Il s’agit de développer des modèles permettant de prédire les réponses biologiques au changement climatique ainsi que les changements d’habitats potentiels et utiles. Modélisation dynamique des relations environnement-ressources Les forçages climatiques écosystémiques et halieutiques modulent la réponse fonctionnelle des poissons (reproduction et croissance). Une modélisation dynamique du poisson est nécessaire pour la prévision de ces réponses. Il s’agira de développer des modèles du poisson permettant le couplage de ses fonctions biologiques (croissance et reproduction) avec la physique et les maillons trophiques inférieurs. Ecologie larvaire Alors que les variations environnementales (climat, habitats, etc.) peuvent avoir un effet déterminant sur les stades jeunes (œufs et larves) et conditionner la viabilité des populations d'intérêt halieutique, ces processus sont très peu étudiés à l'Ifremer (à part le cas notable de l'anchois). L'objectif est de renforcer les compétences dans ce domaine. L’objectif est d’analyser les relations entre distribution et production des populations halieutiques et les conditions environnementales, d’estimer l'impact des changements. Ecologie et modélisation du comportement Les poissons manifestent une capacité à apprendre, mémoriser et faire des choix. Une modélisation dynamique du couplage entre les poissons et leur environnement requiert de mieux comprendre et modéliser ces comportements spatiaux conférant un avantage sélectif, aux échelles de l'individu et du cycle de vie. Mission: Etudier et modéliser la part de comportement influençant les dérives larvaires, le choix des habitats et l'organisation spatiale des cycles de vie. Capacité d’observation à la mer Observations et relevés en mer constituent une activité indispensable en écologie halieutique. Il s'agit d'adapter la capacité opérationnelle du département aux nouveaux besoins, en particulier associés aux campagnes à la mer. Des personnels techniques (2) doivent venir renforcer les capacités du département pour la réalisation d’observations et de relevés à la mer, l’analyse et le traitement des données et des échantillons biologiques, notamment en soutien aux chercheur impliqués dans des projets sur les réseaux trophiques et l’écologie larvaire Des compétences en recul Ichthyoplanctonologie halieutique Le département EMH6 dispose d’une très longue expérience (plusieurs décennies) en ichthyoplanctonologie. Face aux départs de deux cadres d’EMH spécialistes dans ce domaine et à la perspective de création d’un pôle ‘Zooplancton’ à Boulogne-sur-mer, il est proposé de recentrer ces compétences dans le département EMH. Compte tenu de l’importance de ce compartiment pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes pélagiques, les recherches menées par le département dans ce domaine devront plus fortement s’appuyer sur des collaborations externes (futur pôle Zooplancton, mais aussi partenariats avec d’autres institutions, comme celui déjà engagé avec l’université de La Rochelle). Une compétence thématique sur ce compartiment ainsi qu’une capacité à développer des indices individuels devra toutefois être maintenue pour assurer le lien avec les partenaires. Ce choix impliquera également l’arrêt progressif de l’activité correspondante menée par EMH pour le projet IGA. Analyse biochimique L’importance de disposer d’indices individuels de condition pour caractériser le fonctionnement des écosystèmes pélagiques n’est plus à démontrer. Le département a acquis une compétence unique dans la mise au point d’indices d’état nutritionnel pour les larves et pour les adultes de poissons (ADN/C pour les larves, ARN/ADN pour les adultes) et d’indices descripteurs du fonctionnement de l’environnement biotique au travers du métabolisme du mésozooplancton (ATC, PK, Trypsine). Toutefois, celle-ci repose sur un seul chercheur. Depuis le départ de la technicienne chargée de ces analyses, le département a pris le parti de faire réaliser à l’extérieur les mesures d’activité de l’aspartate transcarbamylase (ATC). En revanche, le département considère nécessaire de préserver une capacité à réaliser a minima des indices individuels. Production scientifique et technologique Liste des travaux du laboratoire Ecohal diffusés en 2004 A - Bergeron J.-P., 2004. Contrasting years in the Gironde estuary (Bay of Biscay, NE Atlantic) springtime outflow and consequences for zooplankton pyruvate kinase activity and the nutritional condition of anchovy larvae: an early view. ICES J. Mar. Sci. 61: 928-932. A - Budzinski H., O. Mazéas, J. Tronczynski, Y. Désaunay, G. Bocquené & G. Claireaux, 2004. Link between exposure of fish (Solea solea) to PAHs and metabolites : Application to the "Erika" oil spill. Aquat. Living Resour. 17: 329-334. A - Claireaux G., Y. Désaunay, F. Akcha, B. Aupérin, G. Bocquené, H. Budzinski, J.-P. Cravedi, F. Davoodi, R. Galois, C. Gilliers, C. Goanvec, D. Guérault, N. Imbert, O. Mazéas, G. Nonnotte, P. Prunet, P. Sébert & A. Vettier, 2004. Influence of oil exposure on the physiology and ecology of the common sole Solea solea: Experimental and field approaches. Aquat. Living Resour. 17: 335-351. A - Gilliers C., R. Amara, J.-P. Bergeron & O. Le Pape, 2004a. Comparison of growth and condition indices of juvenile flatfish in different coastal nursery grounds. Environmental Biology of Fishes 71: 189-198. A - Le Pape O., D. Guérault & Y. Désaunay, 2004. Effect of an invasive mollusc, American slipper limpet Crepidula fornicata, on habitat suitability for juvenile common sole Solea solea in the Bay of Biscay. Marine Ecology Progress Series 277: 107-115. A - Planque B., P. Lazure & A.M. Jégou, 2004a. Detecting hydrological landscapes over the Bay of Biscay continental shelf in spring. Climate Research 28: 41-52. A - Planque B., P. Lazure & A.-M. Jégou, in press. Typology of hydrological structures modelled and observed over the Bay of Biscay shelf. Scientia Marina. A - Planque B., P. Lazure & A.M. Jégou, soumis. Typology of hydrological structures modelled and observed in the Bay of Biscay. Oceanol. Acta XXX: 000-000. A - Poulard J.-C., F. Blanchard, J. Boucher & S. Souissi, accepté. 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Historical fluctuations of spawning area of anchovy (Engraulis encrasicolus) and sardine (Sardina pilchardus) in the Bay of Biscay from 1967 to 2004. ICES CM Q (01): 21 + annexes. D - Chen C.-S., G.J. Pierce, J. Wang, J.-P. Robin, J.-C. Poulard, J. Pereira, A.F. Zuur, P.R. Boyle, N. Bailley, D.J. Beare, I. Sobrino & L. Orsi Relini, 2004. The apparent disappearance of Loligo forbesi from the south of its range in the 1990s: trends in Loligo spp. abundance in the Northeast Atlantic. ICES CM 34: 24. D - Planque B., E. Bellier & P. Lazure, 2004b. Potential spawning habitat of sardine (Sardina pilchardus) and anchovy (Engraulis encrasicolus) in the Bay of Biscay. ICES CM Q (02): 27. D - Poulard J.-C. & J.-C. Mahé, 2004. Structure and spatial distribution of fish assemblages in the Celtic sea. Working Paper to 2004 ICES Working Group IBTS. 14 p. E - Gilliers C., O. Le Pape, R. Amara, J. Morin & Y. Désaunay, 2004b. 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Vérin, 2004. L'état des communautés exploitées au large des côtes de France. Application d'indicateurs à l'évaluation de l'impact de la pêche. Ifremer. Ifremer/DRV/RH/RS/04-001. 170 p. I - Delesmont R., J.M. Dewarumez, B. Hitier, G. Le Fèvre-Lehoërff, A. Lefèbvre, C. Luczak & D. Woehrling, en cours. Surveillance écologique et halieutique. Site de Gravelines. Novembre 2001 - Octobre 2002. Ifremer, Brest. Rapport scientifique et technique. DEL/BL/03.X. 170 p. I - Drévès L., L. Lampert, J. Martin, C. Abernot Le Gac, J.D. Gaffet, M. Rumebe & I. Schlaich, 2004. Surveillance écologique et halieutique du site électronucléaire de Flamanville, année 2003. Ifremer, Plouzané. RST-DEL/SR/04.04. 176 p. I - Halgand D., M.-L. Cochard, L. Dorobisz, J. Huet, P. Monbet, M. Rumèbe & H. Thillaye du Boullay, 2004. Surveillance écologique et halieutique de l'environnement marin du site de la centrale de Penly (Manche est) : année 2003. Ifremer, Nantes. Rapport définitif. DRV/RH/DT/04-01. 150 p. I - Woehrling D., 2004. Le référentiel taxinomique du Système d'information halieutique de l'Ifremer. Ifremer, Nantes. DRV/RH/DT/04-04. 13 p. J2 - Désaunay Y., 2004b. Campagne MISOLRE 2003. Ifremer, Nantes. Fiche technique de fin de campagne pour les navires côtiers Ifremer. 17 p. J3 - Cloarec A., 2004. Description de la fonctionnalité de nourricerie des secteurs côtiers et estuariens à partir des peuplements suprabenthiques. Ifremer, Nantes. Mémoire de fin d'études pour l'obtention du Diplôme d'Agronomie Approfondie (DAA) Spécialisation Halieutique. 31 + annexes p. J3 - Delalande C., 2004. Caractérisation des bancs de poissons pélagiques par acoustique : classification à partir de descripteurs morphologiques, bathymétriques et énergétiques. Ifremer, Nantes. Rapport de stage de fin d'études présenté pour l'obtention du Diplôme de Technicien Supérieur de la Mer (DTSM). 42 + annexes p. J4 - Lampert L. & D. Woehrling, 2004. Charte IGA. Prescription pour la réalisation des rapports de surveillance du programme Impact des Grands Aménagements (IGA). IFREMER, Nantes. RST 04/04 LERN/ECOHAL. 32 p. J4 - Petitgas P., 2004a. Classification des profils hydrologiques des campagnes PelGas 2000-2003. Ifremer, Nantes. Note interne Ecohal. 13 p. J4 - Petitgas P., 2004b. Distance et classification de matrices de population. Ifremer, Nantes. Note interne Ecohal. 17 p. J4 - Planque B., 2004a. Ressources halieutiques, exploitation durable et valorisation. Prospective thématique. Ifremer, Nantes. Document de travail. 6 p. L - Allain G., 2004. Modélisation biophysique pour la prévision du recrutement. Couplage stochastique d'un modèle individu-centré de croissance larvaire avec un modèle hydrodynamique 3D pour développer un indice de recrutement de l'anchois dans le golfe de Gascogne. Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Nantes. Thèse Doctorale Vie-Agro-Santé. 184 p. P2 - Blanchard F., J. Boucher & J.-C. Poulard, 2004a. 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P2 - Poulard J.-C. & F. Blanchard, 2004a. Impact of climate change on the fish community structure of the eastern continental shelf of the Bay of Biscay. ICES Symposium on "The Influence of Climate Change on North Atlantic Fish Stocks". P2 - Poulard J.-C. & F. Blanchard, 2004b. Spatio-temporal distribution of hake in the Bay of Biscay. BECAUSE Meeting, Athens, 1 - 4 November 2004. Poster p. P2 - Rochet M.-J., V.M. Trenkel, J. Bertrand, R. Bellail, F. Coppin, O. Le Pape, J.-C. Mahé, J. Morin, J.-C. Poulard, I. Schlaich, A. Souplet & Y. Vérin, 2004. Is the impact of fishing on the fish communities around France increasing ? Poster. Symposium "Quantitative ecosystem indicators for fisheries management". Q2 - Planque B., 2004b. Programme National Environnement Côtier. Proposition pour une Action Transversale. Couplage hydrodynamique et écologie: modèles et méthodes. Réponse à l'appel d'offre 2004. Ifremer, Nantes. Réponse à un appel d'offres. 46 p. X - Planque B., E. Bellier & P. Lazure, 2004c. Modelling potential spawning habitat of sardine (Sardina pilchardus) and anchovy (Engraulis encrasicolus) in the Bay of Biscay. 25 + annexes.
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