Sitrans système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes



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tarix04.01.2022
ölçüsü445 b.
#58263


SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes

  • Daniel CRISAN


Contexte



Besoins informatiques

  • Saisie/Consultation des données

  • Bibliothèques de techniques utilisées au cours d’une expérience

  • Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, données brutes, etc.…)

  • Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides



SITRANS - spécifications

  • Objectif : Suivi des expériences « puces à ADN »

    • Saisie
      • « Cahier de laboratoire » électronique
    • Publication
      • Diffusion Web
      • Compatibilité avec le format MIAME
    • Consultation
  • Caractéristiques

    • Ergonomie
    • Importation des fichiers externes
    • Gestion des profils utilisateurs (chercheur, étudiant, visiteur, administrateur)


Architecture n-tiers



Schéma UML de la Base de Données



Les couches applicatives



La couche présentation



La couche présentation



La couche présentation



Etat d’avancement

  • Fait

    • Choix de l’architecture de SITRANS
    • Conception de la Base de Données
    • Conception des couches applicatives « Saisie données »
  • En cours

    • Développement des couches applicatives «Saisie données» (échéance nov. 2003)
  • A faire

    • Conception et développement des couches applicatives «Consultation données» (échéance fév. 2004)
    • Tests de SITRANS (échéance mars 2004)
    • Formation des utilisateurs (échéance mars 2004)
    • Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)


Gestion du projet

  • Réunions de projet

    • Bimensuelles avec l’équipe « Informatique »
    • Mensuelles avec l’équipe « Biologie »
  • Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans

    • Documents en accès public : description du projet, description d’une expérience « puces à ADN »…
    • Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…


Conclusion et perspectives

  • CDD

  • Poursuite

    • Une thèse débute
      • visualisation de données de gros volumes
    • Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet
      • schéma commun pour le partage de données du transcriptome et d’outils de traitement
      • spécification d’une architecture de médiation






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