2011 YÜksek lisans tez özetleri

Fusarium Graminearum Ve Fusarium Culmorum İzolatlarının Mikrosatellit Markırları İle Genetik Tiplendirmesi

Bu tez çalışmasında Samsun Ondokuz Mayıs Üniversitesi ve İran İsfahan Teknoloji Üniversitesi kültür koleksiyonlarından sağlanan, buğday, arpa ve mısır bitkilerinde hastalığa yol açan elli iki izolatın (otuz bir F. graminearum, yirmi bir F. culmorum) moleküler düzeyde tanımlanması ve bu iki türün genomunda yaygın olmayan üç mikrosatellit bölgenin (Ms-Fg97, Ms-Fg98 ve Ms-Fg103) taşıdığı tekrar ünite ve sayı değişiminin yol açtığı çeşitliliğin belirlenmesi hedeflendi. Bu amaçla saf kültürlerdeki Fusarium izolatları alem, grup ve tür düzeyinde, sırasıyla 28S rRNA geni, tri5 geni ve iki farklı SCAR markırı (UBC85 ve OPT18) çoğaltılarak tanımlandı. Otuz bir izolatın F. graminearum’a, yirmi bir izolatın ise F. culmorum’a ait olduğu belirlendi. Literatür bilgilerine göre Ms-Fg97, Ms-Fg98 ve Ms-Fg103 markırları sırasıyla (CCTA)₈, (GCAA)₆ ve (TG)₁₉ tekrar motiflerini taşımaktadır. Bu tez çalışması ile üç mikrosatellit lokusu bakımından tüm izolatların homozigot olduğu belirlendi. Ms-Fg97 markırı F. graminearum sh1 ve F. culmorum F13 izolatlarında çoğaltılamadı. Polimorfik mikrosatellit markırları sadece F. graminearum izolatlarından elde edildi. Rastgele seçilen monomorfik ve polimorfik on iki DNA fragmenti dizi analizine gönderildi. F5 ve sh14 izolatlarında çoğaltılan Ms-Fg97 ve Ms-Fg98 mikrosatellit bölgeleri referans genomun (Gibberella zeae PH-1) kontigleri ile (3. kromozom, 3. süperkontig; 5. kromozom, 2. süperkontig) %100 benzerlik gösterdi. Diğer izolatlar da referans genomla yüksek düzeyde homoloji (%86- %98) gösterdi, ancak beklenen allel boyutuna sahip olan izolatlar ve G.zeae PH-1 genomu arasında tekrar motifi ve sayısı bakımından çeşitlilik belirlendi. F5 izolatının Ms-Fg97 mikrosatellit bölgesindeki (CCTA)₈ ünitesi referans genomla tamamen identik bulundu. Ms-Fg98 markırının sh14 izolatında (GCAA)₆ yerine (GCAA)₄ tekrar motifi ile, Ms-Fg103 markırının ise F5 izolatında (TG)₁₉ yerine (TC)₁₉ motifi ile temsil edildiği ve her iki tekrar motifini taşıyan mikrosatellit bölgelerin referans genoma ait aynı bölgeler ile yüksek oranda benzerlik gösterdiği ortaya kondu. Beş izolatta (F7, sh14, 4F, 56, T9,) tekrar motifi aynı olmasına karşın, tekrar sayısında farklılık belirlendi. Ayrıca diğer beş izolata (F9, T7, 2F, 3F, F3) ait mikrosatellit motifinin G. zeae PH-1 genomundan farklı biçimde taşındığı gösterildi. Bu yüksek lisans tezi Türkiye ve İran’da, tahıllarda hastalığa yol açan Fusarium izolatlarında taşınan mikrosatellit lokusları ve tekrar motif ve sayısı arasındaki genetik çeşitliliği göstermektedir.