Moskva müqaviləsi. Qars konfransı. 1920-ci ilin payızında Naxçıvanda Veysəl paşanın komandanlığı ilə türk qoşunları və bolşeviklərin XI Qızıl Ordu hissələri yerləşirdi. Beləliklə,Naxçıvan məsələsi Türkiyə ilə RSFSR arasında danışıqlar mövzusuna çevrildi. Nəticədə, 1921-ci il martın 16-da Moskvada RSFSR ilə Türkiyə arasında “Dostluq və qardaşlıq haqqında” Moskva müqaviləsi imzalandı. Müqavilənin hazırlanması zamanı Türkiyə Naxçıvan məsələsinə böyük əhəmiyyət verdi. Atatürk Naxçıvanı “Türk qapısı” adlandırdı, çünki Naxçıvan Azərbaycanla Türkiyə arasında ən yaxın məsafə idi. Moskva müqaviləsinin 3-cü maddəsinə görə, tərəflər müqaviləyə əlavədə nəzərdə tutulan sərhədlər daxilində, Azərbaycanın himayəsi altında, Naxçıvan vilayətinin muxtar ərazi olmasına razılıq verirdilər, bu şərtlə ki, Azərbaycan bu ərazini üçüncü dövlətə güzəştə getməyəcək. Beləliklə, Naxçıvan məsələsinin Azərbaycanın xeyrinə həll olunmasında Türkiyə böyük rol oynadı. Rusiya Naxçıvanı Azərbaycanın tərkib hissəsi hesab etdikdən sonra Türkiyə qoşununu Naxçıvandan çıxardı.
Naxçıvan məsələsi 1921-ci il sentyabr-oktyabr aylarında Qars şəhərində Türkiyə, RSFSR, Cənubi Qafqaz respublikaları (Azərbaycan, Gürcüstan, Ermənistan) nümayəndələrinin iştirakı ilə keçirilən konfransda da müzakirə olundu və 1921-ci il oktyabrın 13-də Türkiyə, Azərbaycan SSR, Gürcüstan SSR, RSFSR və Ermənistan SSR tərəfindən bağlanmış Qars müqaviləsində də yer aldı. Qars müqaviləsinin 5-ci maddəsi və 3-cü əlavəsinə əsasən, Naxçıvan Azərbaycan ərazisi kimi təsdiqləndi. O yalnız Azərbaycan və yaxud Türkiyəyə aid ola bilərdi, 3-cü dövlətə onun güzəştə gedilməsi qəbul edilməz sayılırdı. Müqaviləyə əsasən Naxçıvanın sərhədləri və gələcək statusu qəti müəyyən edildi.
1922-ci ilin yazında Naxçıvan haqqında Əsasnamə qəbul olundu. Əsasnaməyə əsasən 1922-ci ilin yazında Naxçıvan Sovet Sosialist Respublikası (NSSR) yaradıldı və NSSR-ə Azərbaycanın tərkibində muxtar respublika statusu verildi.1923-cü ilin fevralından dekabrın sonuna kimi Naxçıvan Azərbaycan SSR-in tərkibində muxtar ölkə olmuşdur.1923-cü il dekabrın 31-də Azərbaycan SSR Mərkəzi İcraiyyə Komitəsi Naxçıvan ölkəsinin yenidən Azərbaycan SSR-in tərkibində Naxçıvan SSR-ə çevrilməsi haqqında qərar qəbul etdi.
Ermənistanın Naxçıvanı ələ keçirmək cəhdləri baş tutmadı və 09 fevral 1924-cü il tarixdə Azərbaycan SSR-in tərkibində Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikası yaradıldı. 1929 - 1931-ci illərdə Ordubad və Zəngilan rayonlarının kəndləri alınaraq burada Ermənistanın Mehri rayonu yaradıldı. Beləliklə, Naxçıvan ərazisi Azərbaycandan aralı salındı.Bu eyni zamanda Azərbaycanın Türkiyə ilə yaxınlaşmasında da maneəyə çevrildi.