Există două teorii contrare, dezbătute aprig de istoriografia oficială română și de cea oficială maghiară si europeana: Continuitatea daco-romană - după retragerea romană din provincie, populația dacă romanizată (dacoromanii) continuă să trăiască în Transilvania, pe întreg parcursul marilor migrații. Teoria migrației (europene) românești - romanii (imperialii), ar fi decimat complet pe daci în războiul din anii 105-106 și tot ei s-ar fi retras cu toții după 170 de ani la sud de Dunăre, după care românii după 900 de ani ar fi migrat din Balcanii vestici (unde erau state slave) până în Transilvania condusă ("luată") de unguri în secolul XII. Desigur această maghiară teorie, ridică multiple întrebări logice, între care una este crucială: cum se poate explica faptul că poporul român (vorbitorii de limba română) ar fi putut "regăsi" după 900-1000 de ani, în sec.XII (la presupusa "reîntoarcere"), teritorial vorbind, exact aceeași țară locuită cu 1000 de ani înainte de strămoșii dacoromani și daci, și anume Dacia antică. Cele două versiuni diferite par să se îndrepte în ultimul timp spre o soluție de mijloc. Vezi și:Originea românilor
Triburile maghiare au intrat în Bazinul Panonic, aflat la vest de interiorul Arcului Carpatic unde este situată Transilvania, spre sfârșitul secolului IX, în anul 896, când s-au stabilit în câmpia Panoniei. Ocuparea Transilvaniei (maghiară: Erdély, germană: Siebenbürgen) a debutat spre mijlocul secolului al X-lea, când două triburi maghiare - Gyula și Kende -, pătrund, venind dinspre Câmpia Panoniei, pe văile râurilor Mureș și Someș (inferior,de vărsare). Tribul Kende și-a stabilit centrul de putere în Câmpia Tisei (ung. Alföld), deci în Bazinul Panonic. Tribul Gyula și-a ales ca reședință anticul Apulum, locuit la această dată de slavi și de autohtoni români și denumit Bălgrad (lat. Bellegrad) și, respectiv, Bălgrad, localitate cunoscută azi sub numele Alba Iulia. O nouă etapă în procesul cuceririi Transilvaniei debutează în primii ani ai secolului XI, când, în anul 1003, regele Ștefan I (Istvan I) ocupa cetatea Bălgrad (ung. Gyulafehérvár), îl ia în captivitate pe Gyula și supune teritoriul de locuire al tribului autorității Regatului Ungariei. Acum sau, mai probabil, spre mijlocul secolului XI se produce o deplasare a hotarului regatului spre estul și sud-estul Transilvaniei. Pentru câteva decenii, granița regatului va fi stabilită temporar, pentru câteva decenii, pe o linie care, venind dinspre est, urma cu aproximație valea râului Târnava Mare și se continua, spre vest, pe valea râului Secaș. În primele decenii ale secolului XII liniile fortificate de graniță (ung. gyepű) ale statului maghiar urmau, în zona centrală a sudului Transilvaniei, cursul râului Olt. Deplasarea graniței statale pe linia naturală de demarcație a Transilvaniei, formată de lanțul Munților Carpați, și încheierea procesului ocupării sale s-a produs spre sfârșitul secolului al XII-lea. În secolele XII și XIII, în regiunile din sud și nord-est au fost așezați de către regii maghiari, din considerente de ordin militar, coloniști germani numiți sași. Influența germană a devenit mai marcantă la începutul secolului XIII, când, în anul 1211, regele Andrei al II-lea al Ungariei i-a chemat pe cavalerii teutoni pentru a proteja Transilvania de invaziile cumanilor. Alungarea cavalerilor teutoni în anul 1225 a diminuat forța de apărare a Trasilvaniei de sud-est, expunând Țara Bârseiinvaziei mongole din primăvara anului 1241.
Stema Transilvaniei
Administrația Transilvaniei se afla în mâinile unui guvernator regal, sau voievod, care controla la mijlocul secolului XIII întreaga regiune. Societatea era împărțită în trei "națiuni" privilegiate, maghiarii, secuii și sașii, fiecare având 7 unități administrative: 7 județe maghiare, 7 scaune săsești, 7 scaune secuiești. (Vezi și partea de jos din Stema Transilvaniei). Aceste națiuni, totuși, își aveau corespondentul mai degrabă în domeniul social, decât în împărțirea strict etnică. Deși clasa neprivilegiată a iobagilor era formată majoritar din români, conținea și câțiva sași, secui sau maghiari. Puțini au reușit să ajungă la rangul de nobili, printre care se numără și Iancu de Hunedoara (János Hunyadi în maghiară), căpitan și regent al Ungariei și erou în războaile turcești, care era de descendeță română. După înăbușirea în 1437 a unei revolte țărănești ("Revolta de la Bobâlna") cele trei "națiuni" și-au înnoit uniunea; rebelii au fost reprimați cu cruzime, iar sclavia a devenit mai fermă ca niciodată. Fiul lui Iancu de Hunedoara, transilvăneanul Matei Corvin a devenit unul dintre cei mai mari regi ai Ungariei. După ce principala armată ungară și regele Ludovic al II-lea au fost învinși în Bătălia de la Mohács (1526), Ioan I Zápolya, voievod al Transilvaniei, a profitat de puterea sa militară și s-a proclamat cap al partidului naționalist ungar, opunându-se succesiunii lui Ferdinand de Austria (mai târziu Împăratul Ferdinand I) la tronul ungar. Ioan I a fost ales rege al Ungariei, în timp ce un alt partid îl recunoștea pe Ferdinand. În lupta pentru putere, Zápolya s-a bucurat de sprijinul sultanului Suliman I, care după moartea lui Zápolya (1540) a invadat Ungaria centrală cu pretextul oferiri unei protecții fiului fostului rege, Ioan al II-lea. Ungaria era în acel moment împărțită în trei secțiuni: Ungaria de vest, sub autoritate habsburgică, Ungaria centrală, sub autoritate turcească și semi-independenta Transilvanie, în care influențele austriece și turcești s-au luptat preț de aproape două secole pentru supremație.
Mihai Viteazul
Magnații unguri din Transilvania au recurs la o politică de duplicitate pentru a păstra independența. Familia Báthory, care a venit la putere după moartea lui Ioan al II-lea (1571), a condus Transilvania sub suzeranitate turcă și austriacă (până în 1602), însă domnia sa a fost întreruptă de incursiunea voievodului Mihai Viteazul al Țării Românești și de intervenția militară austriacă. După marea victorie împotriva turcilor de la Călugăreni din 1595, Mihai a câștigat controlul asupra Transilvaniei în 1599, prin lupta de la Șelimbăr, în care a învins armata lui Báthory. În mai 1600, el a cucerit Moldova, unind pentru prima dată cele trei principate române. Totuși unirea română nu a durat prea mult, fiindcă Mihai Viteazul a fost asasinat la 9 august1601. În 1604, Ștefan Bocskay a condus o revoltă împotriva autorității austriece, fiind recunoscut în 1606 de împărat ca prinț al Transilvaniei. Domnia succesorilor săi, în special cea a lui Gabriel Bethlen și cea a lui Gheorghe I Rákóczi a adus epoca de aur în Transilvania. Principatul a devenit centrul culturii ungare și al umanismului, principalul bastion al Protestantismului în Europa de Est și singura țară europeană în care romano-catolicii, calviniștii, luteranii și unitarienii se bucurau de libertate religioasă totală. Statutul creștinilor ortodocși și al credincioșilor mozaici din Transilvania era acela de "tolerați", adică neavând una din cele patru religii oficiale ("recepte") ale principatului, aveau totuși dreptul să-și practice cultul și să-și construiască biserici respectiv sinagogi. Astfel,cele mai vechi biserici ortodoxe din Transilvania datează din sec. al XV-lea (bisericile de piatră din Țara Hațegului, de la Densuș, Râu de Mori etc.), iar cele mai vechi sinagogi datează din sec. al XVII-lea (sinagoga din Alba Iulia etc.). După înfrângerea turcilor în apropiere de Viena (1683), Transilvania s-a luptat zadarnic cu influența austriacă în creștere, iar alianțele cu Turcia în timpul domniei lui Emeric Thököly și cu Franța în timpul lui Francisc II Rákóczi s-au dovedit a fi fatale pentru independența sa. În 1711, controlul austriac a fost stabilit definitv asupra Ungariei și Transilvaniei, Habsburgii cumulând funcția de principi ai Transilvaniei și numind în Transilvania guvernatori proprii. Transformarea Transilvaniei din principat în mare principat în anul (1765) a fost mai mult un gest formal. Presiunea autoritățiilor birocratice habsburgice a erodat gradual independența tradițională a Transilvaniei. În 1791, românii ardeleni au elaborat o petiție pentru Împăratul Iosif al II-lea în scopul recunoașterii lor ca cea de-a patra "națiune", precum și a egalității lor religioase, dar Dieta Transilvaniei a respins petiția lor, lăsându-i pe români în vechea lor stare, aceea de "tolerați", alături de armenii, evreii și grecii din Transilvania.