Rețeaua hidrografică a Sitului Făgetul Clujului – Valea Morii aparține râurilor Someșul Mic și Arieș.
Pe teritoriul sitului se regăsesc următorii afluenți ai Someșului Mic: Valea Boșor, Valea Gârbăului, a Pleșcăi și Valea Popii, care colectează apele de pe versanții nordici al Dealurilor Feleacului. Afluenții râului Arieș sunt Valea Morii și Valea Căprioarei.
B.2.4. Clima
Potrivit clasificării climatologice a lui W. Köppen clima Sitului Făget se încadrează în zona climatului temperat continental răcoros fără un sezon secetos bine individualizat şi cu veri moderate. În luna cea mai caldă temperatura lunară multianuală nu depăşeşte 22 oC, iar în cel puţin patru luni din an temperatura medie lunară se află peste 10 oC; sezonul cald şi cel rece sunt bine delimitate din punct de vedere termic. Ttemperatura medie lunară a lunii celei mai calde se află peste 10 °C, iar în cazul lunii celei mai reci sub -3 oC.
Luna cea mai caldă este iulie - 18,7°C -, iar luna cea mai rece este ianuarie - -3,9 °C. Repartiţia temperaturii aerului pe verticală este caracterizată mai ales de inversiunile de temperatură. Ele pot să apară în orice anotimp, dar au frecvența maximă în intervalul octombrie - ianuarie.
Numărul mediu anual de zile cu îngheţ în zona sitului, este de 119 medie, respectiv 118. La staţia meteorologică Cluj-Napoca data medie de producere a primei zile cu îngheţ este 8 octombrie, iar cea a ultimei zile cu îngheţ este 24 aprilie, rezultând un interval cu îngheţ de 188 de zile.
Din punct de vedere ecologic, lungimea sezonului de creştere, adică numărul zilelor cu temperatura medii peste 5,5 °C, are un rol semnificativ. În regiunea studiată, lungimea medie a sezonului de creştere este de 240 de zile.