La qualité des eaux souterraines est surtout fonction de la nature même de son aquifère. Elle est souvent fonction de l’occupation des sols et des activités sus-jacentes.
En effet, le développement de l’agriculture comporte des risques de pollution réels. Les eaux souterraines sont vulnérables lorsque les types de sols ou la structure géologique favorisent un mouvement rapide vers le bas des eaux contaminées ; le risque de contamination est fonction de la profondeur de la nappe, les nappes profondes sont moins atteintes.
La pollution des nappes phréatiques par les usages urbains et par les déchets agro-industiels ou simplement par un usage immodéré des engrais chimiques et des pesticides utilisés par les sociétés de la place (CSS, GDS, SOCAS etc.) constitue une menace pour la ressource.
Les données sur la qualité des eaux souterraines recueillies auprès de la DGPRE8 ont permis de faire une synthèse cartographique de la qualité des aquifères à l’échelle des différents départements de la région. En fonction de la problématique rencontrée dans tel ou tel département, ces cartes confectionnées portent sur la minéralisation totale (TDS) des eaux et sur les teneurs en fer total.
Dans le département de Saint-Louis, les eaux de l’aquifère des sables du Quaternaire et du Continental Terminal au niveau, sont moins minéralisées et de plus meilleure qualité que celles des sables alluvionnaires. Par contre, les eaux de l’aquifère des sables alluvionnaires sont moyennement minéralisées (norme de l’OMS égale à 1500 mg/l) dans une bonne partie du centre du département avec un résidu sec très souvent inférieur à la limite de qualité requise pour eau de boisson. Par contre, dans les zones orientales et occidentale du département, les eaux sont très riches en sels minéraux avec des TDS sont supérieurs à 1500 mg/l.
Figure 22: Carte de la minéralisation totale des eaux de l’aquifère des sables alluvionnaires dans le département de Saint-Louis