Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
KARTAL ALAÇAM GÖNÜL
Tez Adı :Arpa (Hordeum Vulgare L.) Doku Kültüründe Sukkula Retrotranspozon Hareketlerinin Belirlenmesi

Danışman : Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Doç.Dr. Tijen OĞRAŞ

Doç.Dr. Yıldız AYDIN

Doç.Dr. Ercan ARICAN

Doç.Dr. İbrahim İlker ÖZYİĞİT

Arpa (Hordeum Vulgare L.) Doku Kültüründe Sukkula Retrotranspozon

Hareketlerinin Belirlenmesi
Retrotranspozonlar genomda dinamik elementlerdir ve bir çok organizmanın genomunda yüksek oranda bulunur. Retrotranspozonlar otonom olmalarına karşın hareket için diğer elementlerin gen ürünlerini kullanan otonom olmayan retrotranspozonlar da vardır. Bazı stres koşulları retrotranspozonların etkinliğini uyarır. Doku kültürü, stres koşullarından biri olarak kabul edilir. Bu çalışmada, Sukkula (otonom olmayan bir retrotranspozon) polimorfizmi, 3 mg/l dikamba içeren MS besi yerinde aynı embriyodan kökenlenen farklı kültür zamanlarındaki (40 ve 80 günlük) kalluslarda incelenmiştir. Olgun arpa embriyoları (Hordeum vulgare cv. Tokak 157/37) kallus oluşumu için kültüre alınmış ve her 20 günde bir altkültürlenmiştir. Aynı kültür zamanında farklı embriyodan oluşan bireysel kalluslar arasında polimorfizmi analiz etmek için üç deney seti kurulmuştur. Polimorfizm, retrotranspozonlar arası çoğaltım polimorfizmi (IRAP) ve primer bağlanma bölgeleri arası çoğaltım yöntemi (iPBS) teknikleri ile Sukkula’ya özel iki farklı primer kullanılarak yapılmıştır. Kültüre alınmamış beş olgun embriyo kontrol olarak kullanılmıştır.
Kültüre alınmamış embriyolarda % 14 polimorfizm oranı gözlenirken 40 günlük ve 80 günlük kalluslarda IRAP analizi sonrasında sırasıyla %61 ve %0 polimorfizm oranları bulunmuştur. iPBS analizleri ile kültüre alınmamış materyallerde polimorfizm oranı % 29, 40 günlük ve 80 günlük kalluslarda sırası ile %58 ve %70 oranında polimorfizm görülmüştür. Sonuçlar, doku kültürü koşullarının ve kallus yaşlarının Sukkula retrotranspozon hareketlerini etkilediğini ve tüm bireyler üzerinde aynı etkiyi göstermediğini ortaya koymaktadır. Bilindiği kadarıyla bu çalışma, kallus gelişimi açısından arpada Sukkula’nın aktivitesinin belirlenmesi için IRAP ve iPBS tekniklerinin kullanıldığı ilk çalışmadır.