Université Louis Lumière Lyon 2 Faculté de Géographie, Histoire de l’Art, Tourisme

ibid., p. 40. Ces lois n’évolueront pas selon lui sur le fond mais seulement sur la forme, dans leur formalisme. Ce qui est d’ailleurs souhaitable. C’est pourquoi ce sont des lois de la nature.

2 [Prusinkiewicz, P., 1998], p. 114.

3 [Kurth, W., 1995], p. 12.

4 [Kurth, W., 1995], p. 2.

1 Même si son système est plus simple du fait de la limitation de son objet d’étude, le rhizome, on constate donc qu’aux mêmes dates que de Reffye, Bell propose une solution de simulation stochastique très similaire. Dans l’article de 1976, Bell se félicite d’avoir pu utiliser autre chose que des plotters, à savoir un des premiers écrans graphiques du MIT ; ce qui lui a permis de simuler, de manière dynamique et sur la même image, la disparition par pourriture des parties du rhizome tombées en sénescence. Voir [Bell, A. D., 1976], p. 5. On le sait, ce n’est pas avant 1989 que de Reffye a pu bénéficié d’une telle technologie graphique, soit 13 ans plus tard.

2 [Bell, A. D., 1976], p. 5 : “Results concerning spatial arrangements must be presented by the computer in a visual manner as a graphic display, rather than as a string of coordinates, if the proximity of the plants is to be appreciated.”

3 Comme Prusinkiewicz, du point de vue de l’informaticien qu’il est originellement, il considère qu’il faut privilégier la recherche de formalismes concis et proches de l’explication plutôt que de la description. Voir sa page de présentation datant de 2003 du Plant Modelling Group de Göttingen, accessible à l’adresse http:///www.uni-forst.gwdg.de/~wkurth/pro_wk.html.

1 Ils ne sont sensibles qu’à l’état de la cellule précédente ou suivante. Notre remarque.

2 “To take care of endogenous and exogenous factors like sunlight, mechanical stimuli, nutrient supply or water status, some kind of sensitivity is necessary. Classical context sensitive L-systems turned out to be unsatisfactory because there exist non-local interactions between plant parts (e. g. overshadowing) influencing growth. To this purpose, global sensitivity was introduced, i. e. conditional rules can have access to the complete geometrical context of the structure just generated”, [Kurth, W., 1995], p. 5.

3 Comme AMAP, Kurth se réclame d’ailleurs de l’article fondateur de James White (1979) : « The Plant as a Metapopulation ».

4 “…a collection of a large number of simple units which corresponds to the organs of the tree”, [Perttunen, J., Sievänen, R., Nikinmaa, E., Salminen, H., Saarenmaa, H. et Väkeva, J., 1996], p. 87.

5 [Perttunen, J., Sievänen, R., Nikinmaa, E., Salminen, H., Saarenmaa, H. et Väkeva, J., 1996], p. 96.

1 [Godin, C. et Caraglio, Y., 1998].

2 [Godin, C. et Caraglio, Y., 1998], p. 37.

3 Dans sa thèse de 1990 intitulé « Proposition d’une cadre algorithmique unifié pour la compréhension de la parole continue», Godin proposait en effet déjà une « architecture intégrée » de modèles de manière à permettre une communication intensive des différents modèles habituels de reconnaissance de la parole à différents niveaux. Sous la direction de Bernard Dubuisson (UTC), il avait travaillé à produire des principes algorithmiques susceptibles d’établir des ponts entre les techniques numériques de bas-niveau et les techniques de reconnaissance symbolique de haut-niveau. Le but de cette unification était déjà de chercher une manière d’optimiser les systèmes intégrés dans le cas de la reconnaissance de la parole.

4 Ce glissement est très net dans ses dernières publications. Il cherche à interfacer de nombreux autres modèles de façon à pouvoir les comparer sur des bases objectives, c’est-à-dire quantifiables. Voir [Kurth, W., 2002] et [Dzierzon, H. et Kurth, W., 2002].

1 “Thus an improved intersubjectivity to reduce the bias in our perception of ecological reality is the aim”, [Dzierzon, H. et Kurth, W., 2002], p. 46.

2 [Kurth, W., 2002], p. 99.

3 Voir [Fournier, C., 2000], p. 1.

4 [Fournier, C., 2000], p. 1. Cet argument provient aussi du fait que la thèse est financée par le programme « Développement de procédés agricoles sobres et propres » de l’Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie (ADEME).

5 Voir [Andrieu, B., 1997], pp. 22-26.

1 Cette loi est accessible dans la littérature écophysiologique depuis 1983 : voir [Fournier, C., 1997], p. 205.

2 De Reffye prétend ainsi que ses propres sous-modèles reflètent tous en revanche d’authentiques caractéristiques élémentaires des plantes, quelque chose comme des « lois de la nature ». En ce sens, il voit une grosse différence entre le travail de l’équipe d’Andrieu et la sienne. Pourtant cette notion de « loi de la nature » est sans doute très discutable : à quelle échelle doit-on la prendre ? On a vu qu’il en était hanté dès le moment où, en 1974, il décida que les probabilités de floraison du caféier étaient des « caractères génétiques » à part entière. Les lois phénoménologiques et locales (au niveau d’un organe) de l’écophysiologie sont-elles pourtant si différentes de nature que celles de la ramification aléatoire du méristème ? On le voit : la problématique (et l’angoisse corrélative) du déracinement est de nouveau reprise à cette échelle plus fine. De Reffye n’est pas du tout un partisan du fictionnalisme dans le modélisme, on l’aura finalement compris.

3 Le terme de « multi-modélisation » a été introduit en 1989 par l’informaticien canadien (d’origine turque) Tuncer Ibrahim Ören dans un contexte de réflexion sur les paradigmes de simulation informatique à destination des systèmes essentiellement technologiques et industriels. Il s’agissait de désigner par là une infrastructure de simulation capable de combiner différents types de modélisation dont, au départ, des modélisations avec équations différentielles et des modélisations discrètes. Il a été repris et élaboré, aux cotés de la notion de « multi-formalisme » à partir de 1991 et 1993 par des spécialistes en simulation comme Herbert Praehofer puis Bernard P. Zeigler. Voir [Zeigler, B. P., Praehofer, H. et Gon Kim, T., 1976, 2000], pp. 227-229. Depuis lors, ce concept s’est appliqué plus largement en écologie et en sociologie où la simulation individus-centrée s’était déjà développée à partir de la fin des années 1980. Sur la multi-modélisation en écologie, voir [Duboz, R., 2004], p. 16-17. Sur la simulation individus-centrée en général, voir [Ferber, J., 1995, 1997], en écologie, voir [Grimm, V., 1999] et [Amblard, F., 2003].

1 Cette structure de recherche de type « Laboratoire mixte » international n’est pas une nouveauté. C’est un axe important de la politique du CNRS depuis les années 1960. En ce qui concerne l’INRIA, créé en 1967 dans le cadre de la mise en œuvre du « Plan Calcul », le but plus particulier est de parvenir à des débouchés industriels. L’article 2 du décret 85-831 du 2 août 1985 rappelle en outre qu’une des missions de l’INRIA est « d’organiser des échanges scientifiques internationaux ».

1 [Reffye (de), Ph., Goursat, M., Quadrat, J.-P. et Hu B. G., 2003], p. 109.

2 La probabilité de la sous-structure peut être construite à partir de la simulation stochastique intégrale. Ainsi on peut comparer empiriquement la variabilité simulée par AMAPsim et la variabilité simulée par le modèle mixte à sous-structures stochastiques. Voir [Kang, M. Z., Reffye (de), Ph., Barczi, J.-F. et Hu, B. G., 2003], p. 5 : les deux différents types d’images produites sont indiscernables à l’œil, dans le réalisme de leur variabilité.

3 [Kang, M. Z., Reffye (de), Ph., Barczi, J.-F. et Hu, B. G., 2003], p. 4.

4 [Yan, H. P., Reffye (de), Ph., Le Roux, J., Hu, B. G., 2003], pp. 118-122.

5 Doté d’un processeur Intel Pentium 4 fonctionnant à 1700Mhz et avec une mémoire système de 256Mo. Voir [Kang, M. Z., Reffye (de), Ph., Barczi, J.-F. et Hu, B. G., 2003], p. 4.

6 [Zhan, Z., Reffye (de), Ph., Houllier, F. et Hu, B. G., 2003], p. 236.

1 Précisons que lors de l’AIP INRA/AMAP de 1993, ce sont les chercheurs du CIRAD qui avaient été obligés de faire eux-mêmes les mesures de terrain pour des travaux qui étaient parfois à destination des seuls chercheurs de l’INRA…

2 [Zhan, Z., Reffye (de), Ph., Houllier, F. et Hu, B. G., 2003], p. 241.

3 METhode, Algorithmes et Logiciels pour l’AUtomatique. Projet dirigé par Maurice Goursat, Directeur de Recherche à l’INRIA. Il a pris la suite de Jean-Pierre Quadrat, Directeur de Recherche à l’INRIA, ancien directeur d’un projet similaire intitulé META2 de 1987 à 1999. Tous les deux sont spécialistes en méthodes d’optimisation, notamment au moyen d’approches stochastiques.

4 [Reffye (de), Ph., Goursat, M., Quadrat, J.-P. et Hu, B. G., 2003], p. 109-111.

5 Voir le site http://www.scilab.org.

er Voir le rapport d’activité du CIRAD de 1998, in [CIRAD, 1999], p. 9 : « Le CIRAD redéfinit sa stratégie d’alliance » [ Titre du chapitre]. Plus loin, on lit « Le CIRAD s’est donc résolument engagé dans une campagne de contractualisation au sein d’unités mixtes de recherche avec les université et les écoles d’enseignement agronomique. » À l’époque, Guy Paillotin est Président du Conseil d’administration. Alain Pavé est Président du Conseil scientifique. Bernard Bachelier est Directeur général. Et Alain Coléno est représentant du ministre de l’éducation nationale, de la recherche et de la technologie au sein du Conseil d’administration.

1 UMR 5120 du CNRS, UMR 931 de l’INRA et R 123 de l’IRD. Selon le site de l’Université de Montpellier II, ses objectifs en 2003 sont désormais d’« Évaluer la variabilité de l'architecture des plantes dans une perspective de sélection ou d'amélioration génétique. Comprendre, modéliser et simuler le fonctionnement intégré des plantes et des peuplements végétaux afin de prédire leur production en quantité et en qualité. Représenter les paysages et leur évolution dans une perspective d'aménagement et de gestion des espaces ruraux et urbains. Développement des logiciels de simulation de la croissance des arbres et des peuplements. » Ce site est accessible à l’adresse suivante : http://www.montpellier123.com/pages/fiche-complete.php?num=98. En octobre 2003, l’UMR compte 43 agents permanents.

1 Ainsi en est-il des travaux sur les QTL (Quantitative Trait Loci). Ce sont des loci de gènes qui codent pour des traits quantitatifs, donc en particulier pour des tailles de caractères morphologiques. En 2000, des chercheurs allemands de l’Institut de Génétique des Plantes de Gatersleben ont fait simuler à l’ordinateur la morphologie finale d’un épi d’orge en lien avec des génotypes connus faisant intervenir des QTL. Il ne s’agit de la simulation que d’une partie d’une plante herbacée, mais déjà « les interactions entre gènes et entre allèles sont calculées en utilisant les connaissances fournies par les études génétiques expérimentales et permettent la prédiction des valeurs de variables morphologiques », [Buck-Sorlin, G. H. et Bachmann, K., 2000], p. 691. Ces prédictions se font par interpolation. Les auteurs utilisent le formalisme du « laboratoire virtuel » de Prusinkiewicz. Ils s’appuient sur un L-système paramétrique semblable à celui de Fournier et Andrieu.

2 Les différents articles de la publication collective de [Fleury, V. et Bouligand, Y., 2004] en témoignent encore.

3 Voir [Niklas, K. J., 1986] et [Niklas, K. J., 2000].

1 Voir [Sachs, T. et Novoplansky, A., 1995].

2 [Sachs, T. et Novoplansky, A., 1995], p. 209.

3 À l’époque, ils ne connaissent pas l’approche d’AMAP et notamment les travaux de Frédéric Blaise.

4 Voir [Fleury, V., 1998], pp. 107-125, [Stewart, I., 1989, 1997, 1998], pp. 319-321

5 Voir [Jean, R. V., 1994, 1995], pp. 262-265.

6 [Jean, R. V., 1994, 1995], p. 264.

1 Numéro hors-série de Pour la science, n°44, juillet-septembre 2004 : [Fleury, V. et Bouligand, Y., 2004].

2 [Fleury, V. et Bouligand, Y., 2004], p. 87.

3 Voir l’aveu récent du physicien de la matière condensée, Vincent Fleury lui-même, in [Fleury, V. et Bouligand, Y., 2004], p. 3 : « De tels systèmes dépassent un seuil de complexité (‘algorithmique’) qui n’est pas réductible, et ils ne sont pas mathématisables individuellement : l’information est trop dispersée dans l’espace et dans le temps de sa construction […] On ne peut décrire aucune arborescence particulière, mais on peut engendrer une arborescence de la même famille, par simulation numérique, sans qu’il soit possible de rentrer dans la ‘pensée’ de l’ordinateur : l’apparition de cette arborisation par simulation n’est pas formalisable. » Voici donc ce versant classique (physicaliste) de la biologie théorique qui, lui aussi enfin, semble converger vers cet outil de convergence, par excellence, qu’est la simulation informatique (et non numérique). Actuellement (2004), en travaillant avec des collègues biologistes, Vincent Fleury apprend en effet à fragmenter et à pluriformaliser ses modèles, pour en faire un traitement par simulation. Ainsi en est-il des simulations de ce qu’il appelle significativement le « façonnage » des vaisseaux sanguins, ibid., p. 113. A cette même page, on retrouve même un style qui fait un troublant écho aux propos de de Reffye de 1976 : « Pour obtenir l’image des vaisseaux, nous devons suivre ‘le film’ complet de la ‘croissance’ qui consiste en un remplacement de proche en proche d’un petit tuyau par un gros : à chaque étape, on recalcule toutes les modifications de l’écoulement. »

1 En particulier [Varenne, F., 2003a] et [Varenne, F., 2004a].

1 Voir notre proposition d’une « triade épistémologique » dans les dernières pages de [Varenne, F., 2004a].

1 Cette approche peut également rappeler, quoique très grossièrement, celle du philosophe Imre Lakatos. Ce dernier n’hésite pas en effet à prôner une reconstruction a posteriori des filiations techniques et intellectuelles : voir par exemple [Lakatos, I., 1978, 1986, 1994].

2 Voir [Kingsland, S. E., 1985, 1995], pp. 235-236.

3 On peut se référer à la tradition de décryptage sociologique de la logique telle qu’elle fut initiée, entre autres, par Jack Goody puis David Bloor, à la fin des années 1970. Sur le cas particulier de l’histoire de la logique floue, voir les travaux récents menés par Claude Rosenthal [Rosenthal, C., 1998]. Par ailleurs, la notion sociologique de « recrutement » est longuement thématisée dans [Latour, B., 1989, 1995].

1 Michel Fichant indique ainsi que, dans une perspective bachelardienne, la philosophie des sciences propre aux scientifiques – philosophie tiraillée entre un empirisme grossier et un souci éthique hors de propos – ne les autorise pas à produire une épistémologie historique valable, [Fichant, M., 1973, 2000], p. 143.

2 Selon l’interprétation unilinéaire d’Althusser (1967) par exemple, qui, dans la dynamique de la science, ne veut voir à l’œuvre que deux tendances antagonistes : le matérialisme et l’idéalisme.

3 Voir [Bachelard, G., 1949, 1962], pp. 5-7.

4 Voir, par exemple, les réflexions épistémologiques de valeur menées par Pierre Delattre sur un cas scientifique précis à partir du problème de la pluralité des modèles. Parlant de deux modèles d’interprétation de certaines maladies, il précise : « La difficulté [à conjoindre les deux modèles concurrents] vient essentiellement, à mon avis, d’une part des contextes épistémologiques différents dans lesquels nous nous sommes placés respectivement […], d’autre part des objectifs différents que nous avions. Pour des raisons pratiques – thérapeutiques – précises. E. Bernard-Weil devait élaborer un modèle qui ‘colle’ au plus près des données cliniques nombreuses qu’il avait relevées, avec toutes les contraintes que cela suppose. De mon côté, je n’avais pour objectif que de montrer la possibilité théorique du phénomène de régulation inverse, en me plaçant dans le cadre d’un formalisme cohérent et d’applicabilité assez large - celui des systèmes de transformations », [Delattre, P. et Thellier, M., 1979], Tome 1, p. 369.

5 C’est par exemple en ces termes que le mathématicien et historien de la modélisation mathématique, Giorgio Israel décrit une des deux propriétés qui, selon lui, caractérisent la modélisation mathématique : « le renoncement à toute tentative d’aboutir à une image unifiée de la nature : un modèle mathématique est un fragment de mathématique appliqué à un fragment de réalité », [Israel, G., 1996], p. 11.

me Ainsi, selon Georges Canguilhem, dans la perspective d’une épistémologie historique des sciences, il s’agit au contraire de faire prévaloir les « droits de la logique de l’histoire » sur les « droits de la logique », [Canguilhem, G., 1955], p. 5.

1 Dans « Modeling Nature » [Kingsland, S. E., 1985, 1995], l’auteur retrace l’histoire de l’écologie des populations dans une approche centrée sur les principales figures qui l’ont illustrée et sur leurs apports respectifs.

2 [Galison, P., 1997].

3 Sur le conflit des approches à la fin du « règne » de Koyré, chez les philosophes et sociologues français intéressés à l’histoire des sciences et des idées, on peut consulter les articles réunis dans le numéro spécial de la Revue de synthèse consacré à Henri Berr : [Biard, A., Bourel, D. et Brian, E., 1997], en particulier la contribution de Pietro Redondi, pp. 139-155.

me Voir [Lévi-Strauss, C., 1962, 1985], p. 39 : « Autrement dit, la vertu intrinsèque du modèle réduit est qu’il compense la renonciation à des dimensions sensibles par l’acquisition de dimensions intelligibles. » On sait par ailleurs combien Claude Lévi-Strauss a su rendre plausible, avec son analyse du bricolage comme pensée scientifique « première » (ibid., p. 30) – exercée à l’aide d’images qui font signes sans être encore des concepts -, l’idée d’une anthropologie voire d’une préhistoire des sciences. Par ailleurs, le recours aux concepts de l’anthropologie des sciences en préhistoire des sciences fait l’objet d’un vif débat actuellement, débat dans lequel nous ne rentrerons pas. Voir, sur ce débat, [Keller, O., 1998].

1 Voir [Monod, J., 1970b], p. 23 : « C’est le puissant développement et l’usage intensif de la fonction de simulation qui me paraissent caractériser les propriétés uniques du cerveau de l’homme […] Je ne crois pas en effet qu’il faille considérer les images non visuelles sur lesquelles opère la simulation comme des symboles, mais plutôt, si j’ose ainsi dire, comme la ‘réalité’ subjective et abstraite, directement offerte à l’expérience imaginaire. » Voir également [Jeannerod, M., 2002], chapitre VIII, pp. 141-167, intitulé « La simulation mentale ». L’approche de cet auteur insiste sur le fait qu’il y a chez l’homme moins d’empathie avec le non-biologique ou le non-humain qu’avec nos semblables. Le rapport empathique à autrui engagerait notre esprit dans une sorte de simulation de ses états mentaux par les nôtres.

2 Nous ne nous prononcerons pas ici sur la question de savoir s’il y a eu rupture ou continuité dans cette préhistoire des modèles par rapport à la « mentalité primitive » - lecture discontinuiste de Lévy-Bruhl – ou par rapport à la « pensée sauvage ou mythique » - lecture continuiste de Lévi-Strauss.

3 La métonymie est la figure de style par laquelle on désigne la partie par le tout, l’effet par la cause, etc. Sur la fréquence de tels glissements sémantiques dans l’évolution des langues, voir [Zinc, G., 2000].

me [Vérin, H., 1993], p. 45.

1 Pour ce passage, nous nous appuyons sur la synthèse rapide qu’en fait Anne Fagot-Largeault dans [Andler, D., Fagot-Largeault, A. et Saint-Sernin, B., 2002], pp. 162-164.

1 [Canguilhem, G., 1963, 1968], p. 306.

me Pour une analyse fouillée des transactions complexes entre mécanisme et vitalisme au cours du 17^è siècle, voir [Duchesneau, F., 1998].

2 [Canguilhem, G., 1955].

3 [Beaune, J.-C., 1979].

me [Beaune, J.-C., 1979].

me [Canguilhem, G., 1963, 1968].

me [Dhombres, J. et Robert, J.-B., 1998].

1 C’est encore par cette propriété de se prêter à une mathématisation directe – donc sans passage par une théorie - que Nicolas Bouleau caractérise la modélisation dans les sciences et les sciences de l’ingénieur. Voir [Bouleau, N., 1999], p. 320.

2 [Dhombres, J. et Robert, J.-B., 1998], p. 472.

me Pour ces réflexions sur Maxwell, nous nous inspirons grandement des analyses très précises de [Harman, P. M., 1998].

1 [Harman, P. M., 1998], p. 71.

2 [Harman, P. M., 1998], p. 71.

3 [Harman, P. M., 1998], p. 88.

4Notamment [Canguilhem, G., 1963, 1968], [Bachelard, S., 1979] et [Parrochia, D., 1990].

5 [Harman, P. M., 1998], p. 79.

6 [Harman, P. M., 1998], p. 73.

7 [Harman, P. M., 1998], p. 88.

8 [Harman, P. M., 1998], p. 92.

1 [Harman, P. M., 1998], p. 90.

me Nous remercions ici Girolamo Ramunni et Pierre Matarasso de nous avoir fait remarquer l’importance de cet article.

2 Le texte dit exactement : “Yet as the facts of science increased in number, the greatest economy of effort had to be observed in comprehending them and in conveying them to others ; and the firm establishment of ocular demonstration was inevitable in view of its enormous superiority over purely abstract symbolism for the rapid and complete exhibition of complicated relations”, [Boltzmann, L., 1902], p. 215.

1 Argument à comparer avec ceux de Pierre Duhem dont il est question dans l’annexe B. Pour le texte intégral et originel de ce passage, voir la note précédente.

2 “Long ago philosophy perceived the essence of our process of thought to lie in the fact that we attach to the various real objects around us particular physical attributes – our concepts – and by means of these to try to represent the objects to our minds […] On this view our thoughts stand to things in the same relation as models to the objects the represent. The essence of the process is the attachment of one concept having a definite content to each thing, but without implying complete similarity between thing and thought ; for naturally we can know but little of the resemblance of our thoughts to the things to which we attach them”, [Boltzmann, L., 1902], pp. 213-214.

1 “What resemblance there is lies principally in the nature of the connection, the correlation being analogous to that which obtains between thought and language, language and writing, the notes on the stave and musical sounds, &c. Here, of course, the symbolization of the thing is the important point, though, where feasible, the utmost possible correspondence is sought between the two – the musical scale, for example, being imitated by placing the notes higher or lower. When therefore, we endeavour to assist our conceptions of space by figures, by the methods of descriptive geometry, and by various thread and object models ; our topography by plans, charts and globes ; and our mechanical and physical ideas by kinematic models – we are simply extending and continuing the principle by means of which we comprehend objects in thought and represent them in language or writing. In precisely the same way the microscope or telescope forms a continuation and multiplication of the lenses of the eye ; and the notebook represents an external expansion of the same process which the memory brings about by purely internal means”, [Boltzmann, L., 1902], p. 214.

2 Comme l’a vu Jacques Bouveresse,