Səfəvilər sülaləsinin tarixinin araşdırıcısı Petruşevski onların tarixini 4 dövrə bölmüşdür:
I dövr – XIII əsrin ikinci yarısından 1447-ci ilə qədər;
II dövr – 1447-ci ildən 1501-ci ilədək;
III dövr – 1501 – 1576 –cı illər;
IV dövr – 1576 – 1736 –cı illər.
Bu dövrlər bir-birindən baş verən proseslərin məzmununa və miqyasına görə fərqlənir.
I dövr – Səfəvilər ordeninin yaranması, təşəkkülü dövrüdür. Bu dövrdə Səfəvilər hərbi qüvvəyə və əhali dəstəyinə malik olmadıqlarından ordenin bütün fəaliyyəti səfəvilər təriqətinin mövqeyinin möhkəmlənməsinə yönəlmişdi.
Səfəvilər təriqətinin və Səfəvilər sülaləsinin əsasını Şeyx Səfiəddin Musəvi qoymuşdur (1252-1334) və təriqət də öz adını “Səfiəddin” adından götürmüşdür. Səfiəddinin ata-babaları Səlcuqlu sultanlarının soyundan və Qınıq boyundan olmuşlar.Səlcuqlar dönəmində yaşamış səfəvilərin əcdadı “şah” ləqəbli Firuz Zərrinkulah olmuşdur. Səfəvilərin sülalə əşirəti, doğma el-obası Şeyxavəndlər idi. Səfəvi dövrünün tanınmış tarixçisi İskəndər bəy Münşi Şeyxavəndləri ayrıca el kimi qeyd etmiş və o zaman “taçik” adlandırılan farslardan və kürd qəbilələrindən tam fərqli olduğunu göstərmişdir. Səfəvilər Səlcuqlu soyundan gəldiyini gizlətməli olmuşlar. Sultan Səncərdən sonra Böyük Səlcuqlu dövləti dağılmışdı və Əmir Firuzun davamçıları əllərində olan mülklərini və ümumiyyətlə öz canlarını qorumaq üçün səlcuqlulara mənsubluğu gizlətməli olmuşlar.Lakin bəzi mənbələrdə onların öz türk mənşəyini vurğuladığı üzə çıxır.Belə ki, XIV əsrdə Səfəvi dərviş təriqətinin banisi Şeyx Səfiəddin İshaqın (1252-1334) tərcümeyi-halını yazmış Səfəvi dərvişlərindən biri olan Təvəkkül ibn İsmayıl ibn Hacı əl-Ərdəbili (ləqəbi İbn Bəzzaz) məşhur “Səfvət əs-səfa” əsərində belə bir məlumat verir: “İbn Bəzzaz belə yazır: “Şeyx Səfiəddin bu ləfz ilə buyurdu: “Ey xülafə camaatı, Xacə Sədrəddinə dua edin ki, rəhmətlik Şeyx Zahidin və mən türkzadənin (türk oğlunun) taxtını aparmışdır”. (Bax: “Səfvət əs-Səfa”. Leninqrad nüsxəsi. səh. 524).
Səfəvi dövləti yarandıqdan sonra isə “səlcuqluyam” demək türk boyları içərisində mərkəzdənqaçma meyillərini gücləndirə bilərdi. Daha sonrakı dövrdə isə səfəvilərin şəcərəsini Məhəmməd peyğəmbərə bağladılar və beləliklə Səlcuqlu mənsubiyyətinə ehtiyac qalmadı.
Səfəvilərin Əmir Firuzdan Şeyx Səfiəddinə qədər olan nümayəndələri hərblə məşğul olublar. Sülalənin dini işlərə meyllənməsi Şeyx Səfiəddindən başlamışdır.
Dövlət qulluğuna görə İbrahim Şeyxşahın dövründə Ərdəbil şəhəri onlara daimi iqtaya verilmişdi. Beləliklə, Səfəvi şeyxləri malik olduqları Ərdəbil şəhərində dini təşkilat – Səfəvi ordeni yaratdılar. Ordendə şagirdlər (müridlər) rəhbərlərindən (mürşidlərdən) dərs alırdılar. Səfəvi ordenində şiəlik təbliğ edilirdi.
Səfəvi təriqətinin təbliğ olunub yayılması, sufiliyin başqa qollarının tarixində olduğu kimi, şiəlik bidəti ilə çuğlaşaraq kəndli çıxışlarının bir növ ideoloji əsasını təşkil etmişdir. XIII yüzilin sonunda Şirvanşah II Axsitanın Səfəvilər təşkilatını ittiham etməsi, kəndliləri öz mükəlləfiyyətlərini yerinə yetirməkdən çəkindirməkdə günahlandırması təsadüfi deyildi. Hərəkatın o çağında Səfəvi müridləri içərisində çox sayda əkinçi-kəndlilər vardı. Müridlər hökmdarı göyün elçisi kimi tanımayaraq, onun öldürülməsini məqbul sayırdılar.
XIV yüzilin ikinci yarısında Səfəvi təriqət qurumunun ictimai siması dəyişikliyə uğradı, təriqət başçısı şeyx böyük torpaq sahibinə çevrildi. Şeyx Səfiəddinin oğlu Şeyx Sədrəddin (1392-ci ildə ölmüşdür) böyük torpaq sahiblərindən idi.
Səfəvilərin bir təriqət kimi genişlənməsinin və gələcəkdə siyasi iddialara düşəcək qədər iri miqyas almasının arxasında Əmir Teymurun Ərdəbil ocağına göstərdiyi diqqət və qayğının da böyük rolu olmuşdur. Teymur Şeyx Səfi ocağının piri ilə Ərdəbildə hörmət-izzətlə görüşmüş, onun xahişi ilə Anadoludan əsir götürdüyü türklərin hamısını azad etmiş, təmənnası olmamasına rəğmən mürşüdə xeyli pul və yeni ərazilər bağışlamışdı. Sonradan “rumilər” adlanan və ətraf qəsəbələrdə, şəhərlərdə məskunlaşan həmin Anadolu türkləri və Teymurun bağışladığı ərazilərin gəlirləri Səfəvilərin sosial və iqtisadi dayaqlarını daha da artırmışdı.
XV yüzilin birinci yarısının sonuna yaxın təriqətin başçısı Şeyx İbrahim Şeyxşah (1447-ci ildə ölmüşdür) Ərdəbil vilayətinin artıq irsi feodal hakimi kimi çıxış edirdi. Bu zamandan təriqətin hərbi-siyasi təşkilat olan Səfəvi ordeni bir ruhani dövlətə çevrilməyə başladı. Yəni, bu təriqət qurumu öz ideologiyasını yaymaqla yanaşı, ölkənin ayrıca bir vilayətində - Ərdəbildə siyasi hakimiyyəti ələ aldı, ruhani və dünyəvi hakimiyyət onun əlində birləşdi. Ərdəbil şeyxləri təriqət üçün mürid və qazilər toplayaraq onlardan əsgəri birləşmələr yaradır, onları Səfəvi ordeninin dayağına çevirirdilər. Səfəvilər xalqın ağır vəziyyətindən istifadə edərək bütün bunların günahını sünnü hökmdarlarda görürdülər və bu yolla sadə kəndlilərin, sənətkarların, tacirlərin şüuruna yeridilirdilər ki, müsəlman, əslində bir növ vergi – sədəqə ödəməlidir və əgər şiələr hakimiyyətə gələrsə, xalq yalnız şəriətə uyğun olaraq sədəqə vergisi ödəyəcəkdir.
Orta əsrlərdə kəndli hərəkatının ideologiyası mistika və təriqətçilik olmuşdur. Azərbaycanda da mövcud hökmdarların zülmünə qarşı sosial narazılıq təriqətçilik və bidətçi cərəyanların mübarizəsi kimi ortaya çıxırdı. Şiəlik, əslində, bidətçi cərəyan olduğundan yoxsul kütlələr arasında sürətlə yayılırdı. Bəzən yoxsullar bu cərəyanın dini ehkamlarını o qədər də başa düşmür və mahiyyətinə varmırdılar. Hökmdarlara qarşı qəzəb dini forma alır, sünnülərə nifrət kimi ortaya çıxırdı. Səfəvi şeyxləri bu amildən məharətlə istifadə edirdilər. Səfəvi ordeninin təbliğatı ildən ilə güclənirdi və Kiçik Asiyanın, Farsın, İraqın, Gilanın, Talışın məzlum əhalisi arasında artıq onların minlərlə tərəfdarı var idi.
Tərəfdarlarının artması XV əsrin ortalarından səfəvilərə siyasi hakimiyyət uğrunda mübarizə aparmağa imkan verdi və bu vaxtdan onların tarixinin II dövrü (1447 -1501) başlayır. İlk dəfə açıq-açığına siyasi hakimiyyət uğrunda mübarizəyə başlayan Şeyx Cüneyd (1447-1460) olmuşdur. Səfəvilərin nüfuzunun artmasına görə Qaraqoyunlu hökmdarı Cahanşah özü sufizmə meyl etmiş, hətta şiəliyi dövlət səviyyəsində dəstəkləməyə başlamışdı. Ancaq Şeyx Cüneydə dini təəssübkeşlik lazım deyildi. Onu maraqlandıran siyasi hakimiyyət idi. Səfəvilərin siyasi fəallığı Cahanşahı narahat etməyə başladı və Cahanşah Şeyx Cüneydin Ərdəbildən çıxmasını tələb etdi. 1449-cu ildə Şeyx Cüneyd tərəfdarları ilə bir müddət Suriyada fəaliyyət göstərdi və 1456-cı ildə Diyarbəkirə, Qaraqoyunlunun düşməni Uzun Həsənin yanına gəldi. Öz çıxışlarında daim sünnülərə nifrət ifadə edən Şeyx Cüneyd bu dəfə sünnü hökmdara sığınmaqdan çəkinmədi. Hətta Uzun Həsənin bacısı Xədicə Bəyimlə evləndi. 1459-cu ildə Şeyx Cüneyd Ərdəbilə qayıtmağa cəhd etdi, amma Şeyx İbrahimin oğlu Şeyx Cəfər tərəfindən Ərdəbilə buraxılmadı.
Fəal siyasət yeritmək və söz sahibi olmaq üçün səfəvilərə hərbi qüvvə və maliyyə vəsaiti lazım idi. Şeyx Cüneyd Cənubi – Şərqi Anadoluda öz sıralarını türk mənşəli varsaq və zülqədər tayfaları hesabına gücləndirdi. Maliyyə vəsaiti əldə etməyin ən tez yolunun qarət olduğunu yəqin edən səfəviər “çərkəzlər arasında din yaymaq” pərdəsi altında Azərbaycanın şimal bölgələrinə və Dağıstana yürüşlərə başladılar. “Qəzavət” bayrağı altında təşkil olunan bu yürüşlər Şirvanşah II Xəlilullahın razılığı ilə həyata keçirilirdi. Əslində Şeyx Cüneydin əsas məqsədi səfəvilərin əzəli düşməni Şirvanın ələ keçirmək idi. Səfəvilər nəinki bütpərəst əhalini, həmçinin yerli sünnüləri qarət edir, müqavimət göstərənləri qılıncdan keçirirdilər. Şeyx Cüneydin yürüşünün əsas məqsədini başa düşən II Xəlilullah ona qarşı qoşunla çıxdı və 1460-cı il 3 mart tarixində Samur çayı yaxınlığında baş verən döyüşdə səfəviləri məğlub etdi və Şeyx Cüneydi öldürdü.
Şeyx Heydər (1460-1488) atası Şeyx Cüneydin siyasətini davam etdirirdi. 0, təriqətin əsgəri gücünü böyütdü. Azərbaycan, Anadolu və Şamda yaşayan Əfşar, Qacar, Zülqədər, Təkəli, Ustaclı, Şamlı, Rumlu kimi türk tayfalarına arxalanmağa başladı.
Əsgəri təşkilat baxımından güclənmiş olan Şeyx Heydər tarixə ayrıca bir təriqət atributu gətirdi. “Qazi” və “sufi” dəstələrini “qızılbaş” adı altında birləşdirdi. (12 imamın şərəfinə başlarına 12 zolaqdan ibarət çalma bağladıqlarından avropalılar tərəfindən bütün Səfəvi təriqət adamları "qızılbaşlar", təriqətin sonra yaratdığı dövlət isə bəzi hallarda "Qızılbaş dövləti" adlandırılmışlar).
Şeyx Heydər ilk növbədə Ağqoyunlu dövləti ilə münasibətləri yaxşılaşdırdı, dayısı Uzun Həsənin qızı Marta (Aləmşah bəyim) ilə evləndi. 1470-ci ildə Şeyx Heydər Uzun Həsənlə birlikdə Ərdəbilə qayıtdı və Uzun Həsən onu Səfəvi təriqətinin başçısı təyin etdi. Şeyx Heydər də ata-babalarının siyasətini davam etdirərək Şimali Qafqaza yürüşlər təşkil etdi. Bu yürüşlər, təbii ki, Ağqoyunlu hökmdarı Sultan Yaqub Mirzənin icazəsi ilə həyata keçirilirdi. Səfəvi dəstələrinin Şirvandan keçirilməsi isə Şirvanşah Fərrux Yasarla razılaşdırılırdı. Şeyx Heydər 1483-1487 – ci illərdə Dərbəndən Kabardaya qədər ərazilərə yürüş etdi və çoxlu qənimətlə geri döndü. Bu yürüşlər Fərrux Yasarda narahatlıq yaratdı. Sultan Yaqub da hərbi gücü artan Şeyx Heydərə təhlükə mənbəyi kimi baxırdı. 1488-ci ildə Şeyx Heydər yenə anası Xədicə bəyimi işə qatıb Sultan Yaqubdan 3-cü yürüşə icazə aldı. Bu dəfə Şeyx Heydər Şimali Qafqaz ərazisinə deyil, Qarabağa hücum edib Çiləbird (indiki-Ağdərə) nahiyəsində yaşayan zimmiləri (cizyə ödəyən xaçpərəst albanları) qarət etdi. Ağqoyunlu dövlətinin təbəələrinə qarşı bu hərəkətlər Təbrizdə narazılığa səbəb oldu. Qarabağdan sonra Şeyx Heydərin əsgərləri Şamaxıya hücum edib yerli əhalini qılıncdan keçirdilər.
Şeyx Heydərin hərəkətlərini Fərrux Yasarla Sultan Yaqub qiyam, təcavüz və quldurluq kimi qarşıladılar. Süleyman bəy Bicanoğlunun başçılığı altında göndərilən 4 minlik Ağqoyunlu atlı qoşunu ilə Şeyx Heydərin qoşunu arasında 9 iyul 1488-ci ildə qanlı toqquşma oldu. Tabasaranda baş verən bu döyüşdə (Şahdağ döyüşü) Ağqoyunlu tərəfində Sirvan qoşunları da iştirak edirdilər. Boğazından oxla vurulan Şeyx Heydər öldürüldü, başı kəsilib Sultan Yaquba, sonra isə anası Xədicə bəyimə göndərildi.
Səfəvilərin bu uğursuzluğundan sonra Sultan Yaqub Ərdəbili tutdu, Şirvandan canını qurtarıb qayıdan təriqət qazilərinin qalıqlarını dağıdıb məhv etdi. Şeyx Heydərin oğlanları – Sultanəli, İbrahim və İsmayılı həbs etdirib Şirazda İstəxr qalasına saldırdı.
1490-cı ildə Sultan Yaqub öldü, hakimiyyətə oğlu Baysunqur gəldi.1490-1492-ci illərdə hakimiyyətdə olan Baysunqur da səfəvilərə qarşı sərt mövqe tutmuşdu. Uzun Həsənin başqa bir nəvəsi Rüstəm Mirzə 1492-ci ildə Baysunquru yıxaraq hakimiyyətə gəldi və Səfəvi şeyxlərini həbsdən azad etdi ki, Baysunqurla mübarizədə onlardan istifadə etsin. Rüstəm Mirzə Ərdəbil hakimliyini səfəvilərə qaytardı, hətta Sultanəlini “padşah” adlandırmağa başladı. Sultanəli Rüstəm Mirzə ilə ittifaq qurdu və Baysunqura qarşı mübarizəyə qoşuldu.
Fərrux Yasar bacısı oğlu Baysunquru Rüstəm Mirzə ilə mübarizədə dəstəkləyirdi. 1493-cü ildə Sultanəlinin və Ağqoyunlu Əmir Əbih Sultanın birləşmiş qoşunları Əhər- Meşkin yaxınlığında baş verən döyüşdə Baysunqurun qoşunlarını darmadağın edib özünü də öldürdülər. Öz əli ilə siyasət meydanına çıxardığı Sultanəlinin nüfuzunun artması Rüstəm Mirzəni narahat etməyə başladı. Sultanəli bu təhlükəni hiss edərək 1494-cü ildə, müridlərin Sarıqamış yığıncağında azyaşlı İsmayılı Səfəvi təriqətinin başçısı elan etdi və Ərdəbilə göndərdi. Özü isə Ağqoyunlu ilə döyüşə hazırlaşmağa başladı. 1494-cü ildə Ərdəbil yaxınlığında, Şəməsi döyüşündə Sultanəlinin dəstələri Rüstəm Mirzənin qoşunları ilə üz-üzə gəldi və Sultanəli döyüşdə öldürüldü. Rüstəm Mirzə Ərdəbili ələ keçirdi, İsmayılın axtarışını elan etdi. Bundan sonra səfəvi ailəsi yenə gizlənməyə məcbur oldu.
Müridlər İsmayılı bir müddət Ərdəbildə gizlətsələr də, sonra daha etibarlı yerə - Gilanın (Lahican) Biyəriş vilayətinin hakimi Mirzə Əlinin yanına apardılar.
Beləliklə, 1447-1500-cü illərdə Səfəvilər üç dəfə siyasi hakimiyyət uğrunda mübarizəyə qoşuldular və hamısı uğursuzluqla başa çatdı.