Istoria patriarhilor Ierusalimului (Bucureşti, 1718). Care de fapt a fost o istorie a Bisericii Ortodoxe, la fel ca şi multe alte ediţii al Părinţilor Bisericii, cu care a fost deplin familiar. Ca şi polemist, principala sa lucrare a fost
Enchiridion împotriva greşelilor calvinismului (Bucureşti, 1690). Deşi el a fost opus influenţelor catolice din Biserică, opoziţia lui faţă de protestanţi l-a dus la susţinerea
Mărturisirii lui Movilă, pentru care a scris un cuvânt înainte la ediţia greacă din 1699. Dositei şi-a produs propria lui
Mărturisire (care de fapt a fost scrisă de câţiva prelaţi contemporani, cu o editare finală făcută de Dositei) care a fost aprobată de un Sinod în Ierusalim în 1672 şi publicată câţiva ani mai apoi la celebra tipografie pe care a finanţat-o el la Iaşi. Pe de-a întregul, această mărturisire a fost liberă de orice fel de influenţe latine evidente în afirmaţiile lui Movilă şi care a restaurat terminologia catolică numai când a apărat doctrina ortodoxă a euharistiei împotriva protestanţilor. A se vedea S. Runciman,
Marea Biserica în captivitate, pp. 347-353.