Ekolojik tarımda farklı bitkisel ve hayvansal ürünler için farklı üretim yöntemleri mevcut olup bunların bir çok ortak ilkesi bulunmaktadır. Toprak işlemeye yönelik olanları aşağıda verilmiştir (Altındişli ve İlter, 1998).
Toprağın iyileştirilmesi ve içindeki organizmaların korunması ve beslenmesi sağlanmalı; toprak sömürülmemeli; tersine doğal verimlilik arttırılmalıdır. Bunu sağlamak için ekim nöbeti, organik gübreleme yapılmalı ayrıca uygun toprak işleme yöntemleri kullanılmalıdır.
Toprak strüktürünü iyileştirici ve humus miktarını arttırıcı önlemlerle beraber toprağı koruyucu, enerji tasarrufu sağlayan, çalışılan yerin koşullarına uygun toprak işleme yöntemleri uygulanmalıdır. Bunun için, toprağın yapısı ve koşullarına dikkat edilmeli, çizici aletlerle çalışılmalı, pulluk gibi toprağı devirerek işleyen aletlere mümkün olduğunca az yer verilmeli ve temel kural olarak gereğinden fazla sayıda toprak işlemeden kaçınılmalıdır.
Bilindiği gibi tarımsal üretimde, verim ve kalite arasında ters bir orantı mevcuttur. Genel kural olarak ikisi arasında denge kurulmalıdır. Ancak ekolojik tarımda bu denge oluşturulurken kalitenin, ürün miktarına göre öncelik aldığı unutulmamalıdır.
Ekolojik üretim yapan tarım işletmesinde başta petrol olmak üzere fosil yakıtlar ve diğer enerji kaynakları optimum verimi sağlayacak düzeyde azami tasarruf kuralına uyularak kullanılmalıdır. Enerji kullanımında güneş enerjisi ve rüzgar enerjisi gibi doğal enerji kaynakları olabildiğince tercih edilmelidir.
Yukarıdaki ilkeler a) Toprağı organik madde ve bitki besin elementleri yönünden zengin tutma, b) Gerektiği kadar toprağı işleme, c) Yüksek verim yerine kaliteyi tercih etme, d) Enerji kaynaklarının kullanımında olabildiğince tasarruf ana başlıkları altında özetlenebilir. Buna göre, ekolojik tarımda toprak işlemeden beklenenler de aşağıdaki şekilde sıralanabilir (Gülsoylu, 1999);
Toprak işleme, toprakta su ve rüzgar erozyonuna yol açmamalı,
Toprak içindeki organizmaların yaşamalarına uygun en iyi ortamı hazırlamalı,
Topraktaki makro ve mikro besin elementlerinin kaybolmasını önlemeli,
Toprakta sıkışmayı önlemeli, bitkinin kök gelişimine uygun ortamı hazırlamalı,
Toprağa verilecek materyalin toprak altına ve özellikle kök bölgesine verilmesini sağlamalı ve
Pulluk gibi toprağı devirerek işleyen aletler mümkün olduğunca az kullanılmalı, bunun yerine çizel, kültivatör gibi toprağı devirmeden işleyen aletler tercih edilmelidir.
Tarımsal üretimde kullanılan toprak işleme tekniklerinin bazıları ekolojik tarımın isteklerine cevap verecek durumdadır. Ancak bu tekniklerin hangisinin kullanılması gerektiği konusunda verilecek kararda üretimi yapılacak bitkinin cinsi ve agroteknik özellikleri, arazinin konumu ve erozyon etkisinde olup olmadığı, toprak yapısı ve nem durumu vb. gibi kriterler etkili olmaktadır (Gülsoylu, 1999). Buna göre de, uygun toprak işleme sisteminin seçilmesi önem taşımaktadır.