Ibrohimov mirjalol bioinformatika fanidan

Inson tanasida sintez qilingan oqsillarning genotipi va konformatsiyasi o'rtasidagi bog'liqlik
Inson tanasidagi 100 000 ga yaqin individual oqsillarning har birida mavjud noyob asosiy tuzilma. Bir turdagi oqsil molekulalari (masalan, albumin) aminokislotalar qoldiqlarining bir xil almashinishiga ega, bu albuminni boshqa har qanday individual oqsildan ajratib turadi.

Peptid zanjiridagi aminokislotalar qoldiqlarining ketma-ketligini axborotni qayd etish shakli sifatida ko'rib chiqish mumkin. Ushbu ma'lumot chiziqli peptid zanjirining fazoviy katlanmasini aniqlaydi, deb nomlangan yanada ixcham uch o'lchovli tuzilishga. moslashuv sincap. Funktsional faol oqsil konformatsiyasini hosil qilish jarayoni deyiladi katlama.
4. Oqsillarning konformatsiyasi. Peptid magistralida erkin aylanish peptid guruhining azot atomi va qo'shni a-uglerod atomi, shuningdek, a-uglerod atomi va karbonil guruhi uglerod o'rtasida mumkin. Aminokislota qoldiqlarining funktsional guruhlarining o'zaro ta'siri tufayli oqsillarning birlamchi tuzilishi yanada murakkab fazoviy tuzilmalarga ega bo'lishi mumkin. Globulyar oqsillarda peptid zanjirlari konformatsiyasining ikki asosiy darajasi ajralib turadi: ikkinchi darajali Va uchinchi darajali tuzilish.
Oqsillarning ikkilamchi tuzilishi- bu peptid magistralining -C=O va -NH- funktsional guruhlari o'rtasida vodorod bog'larining hosil bo'lishi natijasida hosil bo'lgan fazoviy strukturadir. Bunday holda, peptid zanjiri ikki turdagi muntazam tuzilmalarni olishi mumkin: a-spirallar Va b tuzilmalar.
IN a-spirallar karbonil guruhining kislorod atomi va undan 4-aminokislota amid azotining vodorodi o'rtasida vodorod bog'lari hosil bo'ladi; aminokislotalar qoldiqlarining yon zanjirlari
spiralning periferiyasi bo'ylab joylashgan, ikkilamchi strukturaning shakllanishida ishtirok etmaydi (1.3-rasm).
Katta hajmli radikallar yoki bir xil zaryadga ega bo'lgan radikallar a-spiral hosil bo'lishiga to'sqinlik qiladi. Halqali tuzilishga ega bo'lgan prolin qoldig'i a-spiralni to'xtatadi, chunki peptid zanjiridagi azot atomida vodorod yo'qligi sababli vodorod bog'ini hosil qilish mumkin emas. Azot va a-uglerod atomi o'rtasidagi bog'lanish prolin siklining bir qismidir, shuning uchun peptid magistral bu joyda egilish hosil qiladi.

b-tuzilmasi bitta polipeptid zanjirining peptid magistralining chiziqli hududlari o'rtasida hosil bo'ladi va shu bilan buklangan tuzilmalarni hosil qiladi. Polipeptid zanjirlari yoki ularning qismlari hosil bo'lishi mumkin parallel yoki antiparallel b-tuzilmalar. Birinchi holda, o'zaro ta'sir qiluvchi peptid zanjirlarining N- va C-terminallari bir-biriga to'g'ri keladi va ikkinchi holda, ular teskari yo'nalishga ega Ba'zi oqsillarda turli polipeptid zanjirlarining peptid magistralining atomlari o'rtasida vodorod bog'lari hosil bo'lishi tufayli b-tuzilmalar hosil bo'lishi mumkin.
Proteinlarda ham mavjud tartibsiz ikkinchi darajali joylar polipeptid magistralining burmalari, halqalari, burilishlarini o'z ichiga olgan tuzilish. Ular ko'pincha peptid zanjirining yo'nalishi o'zgarib turadigan joylarda, masalan, parallel b-varaq strukturasining shakllanishi paytida joylashgan.
a-spirallar va b-tuzilmalarning mavjudligi bo'yicha globulyar oqsillarni to'rt toifaga bo'lish mumkin.
IN to'rtinchi toifa tarkibida oz miqdorda muntazam ikkilamchi tuzilmalarga ega bo'lgan oqsillarni o'z ichiga oladi. Bu oqsillarga kichik, sisteinga boy oqsillar yoki metalloproteinlar kiradi.