Anatomi ve fizyoloji: Teşrih (insan bedeninin açılması, disseksiyon) hakkında konulan yasak çağlar boyu Müslüman din adamlarınca tartışma konusu yapılmışsa da İslam hukuku insan bedeninin teşrih edilmesine onay vermedi. Teşrih, Allah’ın “Eşref-i Mahlukat” (en şerefli varlık) olarak yarattığı varlığa saygısızlık olarak yorumlandı. Sonuç olarak pratikte insan bedeni açılamadı ve Müslümanlar ağırlıklı olarak Galenci anatomi ve fizyolojiye dayandılar. Teşrih yapılamadığı için de doğal olarak Galen anatomisindeki yanlışları devam ettirdiler. Müslümanların Galenci anatomi ve fizyolojiden ayrılışı büyük ölçüde İbn Nefis’in küçük kan dolaşımını keşfiyle mümkün oldu. Bu konularda yazılmış eserler bedenin özellikle kemikler, sinirler ve kaslar gibi çeşitli kısımlarının tasvir ve dökümüyle ilgiliydi. Kasların anatomi ve fizyolojisine nadiren rastlanmasına karşın sinirler vücudun en net tanımlanmış bölümüydü.
Dahiliye: Bu devir tıbbının büyük kısmı dahiliyeye ilişkindir. Hekimler büyük ölçüde nabız, ten rengi gibi dış belirtilere dayandılar ve bu faktörler aracılığıyla hastalıkları teşhis ettiler. İç hastalıklarında sindirim sisteminin öneminin özellikle farkındaydılar ve bu organların yeniden düzenli çalışmasını sağlamak için müshile başvurdular. Ayrıca gerek vücuttan toksinleri atmak, gerekse mevsim değişiklikleri ile gelen yeni iklim şartlarıyla bedeni uyumlu hale getirmek için kan alma işlemini uyguladılar (Hacamat ve sülükler aracılığıyla).
Oftalmoloji: İslam dünyasının her yanında oftalmologlar (kehhal) öteki hekim grupları arasında ayrı bir kimliğe sahipti. İslam hekimleri konuyla ilgili bütün Yunan ve İskenderiye mirasını elde etmişlerdi. Buna yavaş yavaş çeşitli Müslüman göz hekimlerinin bilgi ve deneyimleri de ekledi.
Cerrahi: İslami devir hekimleri zorunlu durumlar dışında cerrahi girişime başvurmadılar. Bununla birlikte sezaryen ve göz ameliyatları gibi birçok cerrahi müdahaleyi de resimleyip tanımladılar. Amputasyon ve bazı tümörlerin yok edilmesi için dağlamayı (koterizasyon) kullandılar. Bugünkü ortopedi ve cerrahinin konusuna giren kırık ve çıkıklarda ise cerrahi müdahaleye başvurmadan dış tespit araçlarını uygulamaya önem verdiler. İşte belki de bu nedenle kırık-çıkıkçılar İslam ülkelerinde kendilerine günümüze dek uzanan bir uygulama alanı bulabildiler.