Princip: Absorpcí mikrovln – tedy elektromagnetického záření o vlnové délce řádu giga Hertz (2,45 GHz konkrétně) dochází k prohřívání tkáně. Na rozdíl od RFA, kde je tepelná efekt dán průchodem elektrického proudu tkání, je tepelný efekt mikrovln dán absorpcí elektromagnetického záření na elektronech molekul. Interakce mikrovln se tkání je tak dána nikoliv elektrickými ale optickými vlastnostmi tkáně. Aplikuje se zavedením antén do ložiska. Není potřeba žádná referenční elektroda neboť v principu každá taková anténa je bipolární – dipólová anténa.
Výsledky: Současné přístroje jsou schopny dodat kontinuálně zářivý výkon kolem 60W (10-80W). Vzhledem k rozšířenosti RFA a limitaci mikrovln jsou dnes pomocí mikrovln ošetřovány především leze HCC. Zde lze očekávat při ošetření lézí 12-50mm velkých v několika sezeních 1 leté přežití 83% a 2 leté 69% (Dodd 2002). Ve srovnání s RFA v léčbě HCC lézí s průměrnou velikostí 22mm jsou obě techniky stejně účinné, nicméně v případě RFA lze téhož výsledku dosáhnout v méně sezeních (Shibata 2002).
Diskuse: Vzhledem k relativně vysoké absorpci mikrovln tkání je efektivní objem ošetřené tkáně nižší než v případě RFA. Při zvýšení výkonu dojde ke karbonizaci v oblasti elektrody, v případě snížení výkonu pak bude teplo odváděné ze tkáně účinně odebírat energii dodanou tkáni a výsledná teplota nebude dostatečná. Velikost koagulační nekrózy je tak v případě jater a mikrovln limitována na asi 2cm v průměru. Ablace větších ložisek vyžaduje několik sezení, nebo jako u ostatních metod termální ablace použití více sond, snížení krevního průtoku danou oblastí. Tvar záleží na vyzařovacích charakteristikách antény. Obvykle bývá dosaženo elipsoidní nekrózy s delší osou v ose elektrody. Pokud se ještě zvlášť neměří například impedance tkáně, nebo alespoň teplota v místě antény je velmi těžké odhadnout stupeň ošetření ložiska. Zatímco u RF proudu závisí impedance tkáně především na obsahu vody a tuku, jsou optické vlastnosti tkáně daleko nehomogennější. Výhodou mikrovln je však rychlost. Při použití výkonu antény 60W je již za 120 s průměr koagulované tkáně 1,6cm (Seki 1994). Nevýhodou je pak nutnost několika sezení k dosažení kompletní nekrózy jak u větších lézí, tak u lézí s průměrem kolem 2cm (Dodd 2000).