Master 1 biochimie biotechnologies

Equipe pédagogique : C. Albenne, MP. Bousquet-Dubouch, F. Couderc, M. Ducoux-Petit, F. Dumas, N. Eynard, C. Lebrun, A. Lemassu, F. Létisse, L. Maveyraud, L. Nieto, L. Paquereau, JC. Portais, V. Puech, S. Tranier.

Heures

CM :30

TD :20

TDM : 10

Terrain (1/2 journée) :

Contenu : Rappel et approfondissement des principales méthodes biochimiques et biotechnologiques utiles pour produire et analyser une protéine : clonage, expression et purification de protéines. Analyse et caractérisation de molécules par RMN, cristallographie, et spectrométrie de masse.
Mots-clés : Méthodologies, biotechnologie, mutagenèse, PCR, biomembrane, production protéique, interaction protéine-ligand, RMN, cristallographie, spectrométrie de masse.
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu
	Partiel
Examen Terminal		80		20	100	80		20	100
TOTAL					100				100

EM8BTBM – Sciences de l’ingénieur – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Pierre GAVARD

8 impasse Saint-Jacques - 31 170 Tournefeuille

( 05 61 06 58 26 Fax : [phone] port : 06 78 64 07 48 : [e-mail]

Heures

CM : 24h

TD : 24h

TP : 12h

Présence en entreprise

Contenu :

L’objectif est de préparer les étudiants à intégrer une entreprise en leur fournissant :

Les éléments de législation et droit du travail, les ressources humaines, les types de management

Des principes généraux d’une démarche qualité dans l’entreprise

Des techniques de présentations et de communication dans l'entreprise (élaboration d’une synthèse et présentation sous forme de power point)

Basé sur des enseignements théoriques et des travaux pratiques ou dirigés pour des mises en situation

Mots-clés : Connaissance du droit et du management, des principes généraux de la qualité et des techniques de présentations et de communication dans l'entreprise.

Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu
	Partiel	40				40 (RS)
Examen Terminal		60				60			100
TOTAL		100			100	100			100

EM8BTCM – Initiation juridique – 3 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Jérôme FISCHER

Tél. + Email : 05 61 33 58 98, [e-mail]

Heures

CM :24

TD :

TDM :

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

Initiation juridique aux notions de base :

Organisation judiciaire

Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages),

L’instrument contractuel et les principaux types de contrats
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu
	Partiel
Examen Terminal		100			100	100			100
TOTAL		100			100	100			100

EM8BTDM – Co-évolution, exemples des interactions hôte pathogène – 3 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Alain VERCELLONE

Laboratoire : IPBS/CNRS - 205 route de Narbonne – 31077 TOULOUSE cedex

Tél. + Email : 05.61.17.55.56, [e-mail]

Heures

CM :24

TD :

TDM :

Terrain (1/2 journée) :

Contenu : L’enseignement a pour objectif de montrer au niveau moléculaire comment les interactions entre organismes procaryotes et eucaryotes ont permis l’évolution de ces organismes. Les différentes étapes de l’infection de l’homme par les bactéries pathogènes seront décrites (Pénétration, adhérence, invasion, résistance aux défenses de l’hôte, création de dommages) au travers d’exemples. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la génétique, de l’immunologie et de la microbiologie.

Mots-clés : Co-évolution, bactéries pathogènes, mécanismes moléculaires.
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu
	Partiel
Examen Terminal		100			100	100			100
TOTAL		100			100	100			100

EM8BBSFM – Introduction à la modélisation moléculaire – 3 ECTS (UE du M1 MABS)
Enseignant(s) responsable(s) :

Georges CZAPLICKI

Laboratoire : IPBS/CNRS – 205 route de Narbonne – 31077 TOULOUSE cedex

Tél. + Email : 05.61.17.54.04, [e-mail]

Heures

CM :10

TD : 10

TP : 4

Terrain (1/2 journée) :

Contenu : Présentation de concepts de base de la modélisation de structures biomoléculaires. Seront abordés les aspects théoriques et computationnels de la détermination de structures tridimensionnelles de molécules d'intérêt biologique par l'approche empirique, basée sur le champ de force et l'optimisation de géométrie. La partie pratique du module sera consacrée à la création, visualisation, modification et optimisation de structures moléculaires.
Mots-clés : visualisation de molécules, mécanique moléculaire, champ de force, minimisation d'énergie, algorithmes déterministes.
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		20		20		RS 20		20
	Partiel
Examen Terminal		80			80	80			80
TOTAL		80	20		100	80	20		100

EM8BBSGM – Modélisation moléculaire avancée – 3 ECTS (UE du M1 MABS)
Enseignant(s) responsable(s) :

Georges CZAPLICKI

Laboratoire : IPBS/CNRS – 205 route de Narbonne – 31077 TOULOUSE cedex

Tél. + Email : 05.61.17.54.04, [e-mail]

Heures

CM :10

TD : 10

TP: 4

Terrain (1/2 journée) :

Contenu : Approfondissement et développement des approches visant la détermination de structures biomoléculaires. Méthodes de prédiction de structures de complexes protéine-protéine et protéine-ligand. Discussion de problèmes associés avec le docking et le criblage virtuel.
Mots-clés : algorithmes stochastiques, dynamique moléculaire, complexe récepteur-ligand, pharmacophore, chimiothèque, docking, criblage virtuel.
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		20		20		RS 20		20
	Partiel
Examen Terminal		80			80	80			80
TOTAL		80	20		100	80	20		100

EM8BTGM – Biotechnologies 2 : Les stratégies en biologie moléculaire – 6 ECTS
Enseignant responsable :

Laurent PAQUEREAU

Laboratoire : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale –UMR 5089 - 205 route de Narbonne 31077 Toulouse

Tél.: [phone] Email : [e-mail]

Heures

CM :16

TD : 32

TP : 12

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

Chaque Cours/TD développera une ou plusieurs stratégies faisant appel à différentes techniques dont certaines auront déjà été introduites dans d’autres UE ou en L3. Ces stratégies couvrent différents domaines et différents modèles (animal, procaryote, végétal).

Expression génique et régulation (Micro/Macro array, quantification par PCR, pET Chip, IF gènes rapporteurs, SiRNA, ShRNA, miRNA, KO sur souris, système Tet on/Tet off…)

Biotechnologie (Gènes synthétiques et Evolution moléculaire in vitro, Stratégies et systèmes de production de protéines recombinantes, Domain Trapping, DNA shuffling, Split, Aptamères et stratégies de SELEX, stratégies de séquençage des génomes…)

Mots-clés : Biotechnologie moléculaire, Stratégies expérimentales
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		20		20
	Partiel			20	20
Examen Terminal		60			60	100
TOTAL		60	20	20	100	100			100

EM8BTHM – Du métabolisme au métabolome – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Jean-Charles PORTAIS

Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés – INSA – avenue de Rangueil

Tél. + Email : 05.61.55.96.89 [e-mail]

Heures

CM :22

TD : 20

TP : 18

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

L’étude du métabolisme connait un renouveau très important depuis quelques années et a été défini comme l’un des enjeux scientifiques majeur pour la décennie en cours, avec des domaines d’applications très larges qui vont des biotechnologies à la santé. Ce renouveau s’appuie sur des approches modernes qui ne visent pas à une description de voies métaboliques mais à comprendre comment fonctionne vraiment le métabolisme à l’échelle d’une cellule, d’un organe, ou d’un organisme. Ces approches « fonctionnelles » (métabolomique = analyse de l’ensemble des métabolites, fluxomique = analyse des flux métaboliques) s’appuient sur des outils analytiques comme la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire. Dans cet enseignement, qui ne visera pas à un apprentissage des voies métaboliques, nous appréhenderons d’une part, les notions d’analyse fonctionnelle du métabolisme et, d’autre part, l’apport des outils analytiques (RMN et MS) pour l’étude du métabolisme. Les thèmes traités en cours seront illustrés en Travaux Dirigés et en Travaux Pratiques. Une attention particulière est portée dans ce module aux Travaux Pratiques, pour que les concepts et outils vus en cours puissent être manipulés expérimentalement.

Mots-clés : métabolisme, métabolomique, réseaux métaboliques, RM, spectrométrie de masse
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		30		30
	Partiel
Examen Terminal		50		20	70			100	100
TOTAL					100				100

EM8BTIM – Biologie structurale des macromolécules – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Georges CZAPLICKI

Laboratoire : IPBS/CNRS – 205 route de Narbonne – 31077 TOULOUSE cedex

Tél. + Email : 05.61.17.54.04, [e-mail]

Heures

CM :40

TD : 10

TP : 10

Terrain (1/2 journée) :

Contenu : Elucidation de structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques et de complexes supramoléculaires. Seront abordés les fondements théoriques et applications pratiques des méthodes principales de la biologie structurale : la cristallographie, les méthodes de diffusion/diffraction des rayonnements et la résonance magnétique nucléaire. Les TP seront réalisés en laboratoire de recherche, en utilisant les équipements actuels.
Mots-clés : rayons X, diffusion de neutrons, RMN, structure 3D
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu
	Partiel
Examen Terminal		100			100	100			100
TOTAL		100			100	100			100

EM8BTJM – Analyse structurale des biomolécules – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Virginie PUECH

Laboratoire : LRSV, Pôle de biotechnologie végétale, 24 chemin de Borde Rouge 31326 AUZEVILLE

Tél. + Email : 05 34 32 38 38, [e-mail]

Heures

CM :22

TD : 22

TP : 16

Terrain (1/2 journée) :

Contenu:

Cet enseignement sera basé sur l’interprétation de données bibliographiques permettant l’analyse structurale de biomolécules. Un accent particulier sera porté sur la mise en œuvre de dégradations chimiques contrôlées, l’analyse structurale d’échantillons en spectrométrie de masse et en RMN.

Mots-clés : Biochimie structurale, spectrométrie de masse, RMN, dégradations chimiques, interprétations bibliographiques
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu	20			20	RS			20
	Partiel
Examen Terminal		60		20	80	60		20	80
TOTAL					100				100

EM8BTKM – Physiologie et pathogénie bactériennes – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Alain VERCELLONE

Laboratoire : IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne 31077 Toulouse

Tél. + Email : 05 61 17 55 56, [e-mail]

Heures

CM :30

TD : 14

TP : 16

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

L’enseignement a pour objectif de présenter la structure,la biosynthèse, l’organisation et rôles physiologiques des constituants bactériens ainsi que le métabolisme des bactéries. Pour ce dernier aspect, l’accent est mis sur le transport des nutriments, la régulation au niveau énergétique et les systèmes généraux d’adaptation des bactéries à leur environnement.

Seront développés les relations structure-fonction des principaux constituants bactériens pour la physiologie et la pathogénie bactériennes ainsi que les mécanismes moléculaires impliqués lors des différentes étapes d’une infection bactérienne.

Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de l’immunologie et de la microbiologie mais se veut accessible aux étudiants des masters 1 de biologie santé, de microbiologie agrobiosciences et de biochimie biotechnologies.

Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		20		20		RS		20
	Partiel
Examen Terminal		60		20	80	60		20	80
TOTAL					100				100

EM8BTLM - Relations structure fonction des lipides et des protéines dans les membranes biologiques – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Fabrice DUMAS

Laboratoire : IPBS/CNRS , 205 route de Narbonne – 31077 TOULOUSE cedex

Tél. + Email : 05 61 17 58 10 : [e-mail]

Heures

CM :22

TD : 24

TP : 14

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

Les membranes biologiques, outre leur rôle de compartimentation des cellules et des organites, jouent un rôle central dans la cellule. En effet, de nombreux processus cellulaires (transduction de signal, transport de molécules, production d’énergie…) se déroulent au niveau des membranes. Ces 10 dernières années, la vision des membranes a fortement évolué, il est notamment de plus en plus évident que ces sont des structures subtilement structurées et très dynamiques.

COURS : Le cours se partage en 2 grandes parties :

Composition et dynamique des membranes biologiques

Structure des lipides et des protéines membranaires

Dynamique latérale et transverse des lipides et des protéines

Synthèse et adressage des protéines membranaires

Systèmes intégrés : transmission des signaux à travers les membranes

Couplage énergétique

Transfert des électrons – Chaîne respiratoire – Système photosynthétique

TRAVAUX DIRIGES :

Ils seront axés sur la compréhension d’expériences tirées de publications et la résolution d’exercices en relation avec les différentes parties du cours.

TRAVAUX PRATIQUES :

Etude de la perméabilité des membranes par turbidimétrie

Etude de la fusion membranaire par fluorescence
Mots-clés : membrane, lipides
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		25
	Partiel
Examen Terminal		75				100
TOTAL		75	25		100	100			100

EM8BTMM – Projet de création d’entreprise en biotechnologies – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Hélène DOLGOPOLOFF

Laboratoire : Département de Gestion - UPS

Tél. + Email : [e-mail] ; 05 61 55 60 26

Heures

CM :36

TD : 4

TP : 20

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

Cet enseignement a pour objectif de donner l’opportunité aux étudiants scientifiques de mettre en pratique une démarche professionnelle structurée de valorisation de leurs compétences scientifiques. Les étudiants sont invités, au travers d’un brevet, à développer le modèle économique de produit ou service innovant de leur choix, et à contrôler la pertinence de leurs choix opérationnels et financiers en fonction des exigences économiques (rentabilité, …).

L’étudiant bénéficie d’un double accompagnement, scientifique et de gestion, tout au long du semestre.
Cet enseignement permet à l’étudiant intéressé par une insertion professionnelle au niveau master d’ouvrir son projet professionnel sur des postes de directeur ou de responsable d’unité (chef de produit, chef de service ou chef de projet de recherche-développement). Il s’adresse aussi à l’étudiant qui souhaite réaliser une thèse de doctorat, pour une possible valorisation future de sa recherche sur le marché. Enfin il permet d’élargir le spectre de carrière des étudiants sur la création ou reprise d’entreprise, à plus ou moins long terme.

• 
  Gestion de projet
  
• 
  Diagnostic stratégique : diagnostic concurrentiel, diagnostic de l’industrie, diagnostic technologique
  
• 
  Définition d’un modèle économique, commercial et opérationnel
  
• 
  Modalités de financement du projet
  
• 
  Synthèse économique, commerciale et financière
  

Mots-clés : statuts ; business-plan ; diagnostic stratégique ; marketing-mix ; gestion de projet
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu	50		50	100	100	RS		100
	Partiel
Examen Terminal
TOTAL		50		50	100	100			100

EM8BTNM – Biochimie analytique quantitative – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Jean-Daniel MARTY

Laboratoire de Chimie - 118, route de Narbonne 31062 Toulouse

Tél : [phone], Email : [e-mail]

Heures

CM :20

TD : 14

TP : 26

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant à la démarche analytique telle qu'elle est mise en œuvre dans les départements d'analyse et de contrôles des industries des secteurs biotechnologique, pharmaceutique, agro-alimentaire et biochimique.

- Bonnes pratiques de laboratoire et assurances de qualité

- Validation des méthodes d'Analyse

- Analyse des données et validation des résultats analytiques

- Mise en place des méthodologies d'analyse

- Techniques électrochimiques et biocapteurs (titrateurs automatiques, coulométriques, ampérométriques, ...)

- Techniques d'émission et d'absorption moléculaire

- Automates d'analyse, infralyseurs et analyses à distance
Mots-clés : contrôle qualité, validation de méthodes, électrochimie, chimie analytique
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		20		20		20 (RS)		20
	Partiel
Examen Terminal		80			80	80		80
TOTAL		80	20		100	20	20 (RS)	80	100

EM8BTRM – Immersion en entreprise – 3 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Marie-Pierre BOUSQUET DUBOUCH

Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS - 205 Route de Narbonne -31077 Toulouse Cedex

Tél : [phone], Email : [e-mail]

Valérie PACQUIT

Laboratoire Surfaces Cellulaires et Signalisation chez les Végétaux

UMR 5546 - BP 42617 - 31326 AUZEVILLE

Tél : [phone], Email : [e-mail]

Eric ESPINOSA

Centre de Physiopathologie Toulouse-Purpan

Bât A CHU Purpan BP3028 31024 Toulouse cedex

Tél : [phone], Email: [e-mail]

Heures

CM :

TD :

TP :

Présence en entreprise : 700h (20 semaines

Contenu :

L'étudiant appréhendera les structures et le fonctionnement de l’entreprise (acquisition des bonnes pratiques de laboratoire, qualité, hygiène et sécurité, suivi de projet…). Il effectuera un approfondissement thématique et pourra acquérir la maitrise des méthodologies spécifiques à son projet professionnel.

Mots-clés : Entreprise
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		30		30		30 (RS)		30 (RS)
	Partiel
Examen Terminal		35		35	70	35		35	70
TOTAL		35	30	35	100	35	30(RS)	35	100

EM8BTSM – Stage en entreprise – 18 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Marie-Pierre BOUSQUET DUBOUCH

Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS.

Adresse Postale : UMR – CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex

Tél : [phone], Email : [e-mail]
Valérie PACQUIT

Laboratoire Surfaces Cellulaires et Signalisation chez les Végétaux

UMR 5546 - BP 42617 - 31326 AUZEVILLE

Tél : [phone], Email : [e-mail]

Eric ESPINOSA

Centre de Physiopathologie Toulouse-Purpan

Bât A CHU Purpan BP3028 31024 Toulouse cedex

Tél : [phone], Email  : [e-mail]

Heures

CM :

TD :

TP :

Présence en entreprise : 700h (20 semaines

Contenu :

Réalisation d’une mission au sein de l’entreprise, proposée par le maître de stage et validée par l’équipe pédagogique. Suivi assuré par le tuteur universitaire

Mots-clés : Entreprise
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu		30		30		30 (RS)		30 (RS)
	Partiel
Examen Terminal		35		35	70	35		35	70
TOTAL		35	30	35	100	35	30(RS)	35	100

HM8MM2M–Biotechnologies et Ingénierie biomédicale – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Bettina COUDERC –Isabelle LAJOIE MAZENC

Laboratoire : EA4553 et U563, Institut Claudius Regaud et Faculté des Sciences pharmaceutiques

31052 Toulouse Cedex

Tél. + Email : 05 61 42 46 44/ 05 61 42 42 20

[e-mail] et [e-mail]

Heures

CM : 50

TD : 10

TP : 0

Contenu :

Tous les domaines de la biothérapie sont parcourus (biotechnologies dans la préparation de médicaments (conception, production, purification), anticorps utilisés en clinique humaine, thérapie cellulaire et génique, animaux transgéniques, plantes transgéniques, production de vaccins par génie génétique, nanotechnologies, utilisation de la génomique, valorisation et brevets …

L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant aux principales techniques utilisant des biotechnologies utilisées pour la synthèse et l’utilisation de molécules thérapeutiques.

Cet enseignement est réalisé à l’UFR des Sciences Pharmaceutiques. Il est ouvert aux étudiants de l’UFR de Sciences (50 % de l’auditoire) et aux étudiants des UFR corps de Santé (50 %) afin de favoriser les interactions entre les deux UFRs. Il est conseillé pour s’inscrire aux Masters 2R « Innovation pharmacologique », « Cancérologie » ou « Physiopathologie » ou aux Master 2PRO « Biotechnologie, option Pharmacologie » ou « Métiers du Médicament » de l’UPS ou formations équivalentes.