Master 1 biochimie biotechnologies

Syllabus Master Biochimie Biotechnologie (BBT)

2011-2016

UNIVERSITE PAUL SABATIER –TOULOUSE 3

SYLLABUS
MASTER
BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES


Année Universitaire 2012-2013
Le Master de Biochimie-Biotechnologies (BBT) propose une association de formations professionnelles et de recherche sur les aspects moléculaires de la biologie et des biotechnologies. Après un M1 où vous aurez la possibilité de vous familiariser avec le monde de la recherche, vous pourrez en M2 choisir une orientation vers la recherche, (M2 Biologie Structurale et Fonctionnelle) ou vers la professionnalisation scientifique (M2 Expression Génique et Protéines Recombinantes, M2 Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique, M2 BioIngénierie) ou encore vers une double compétence (M2 Propriété Intellectuelle en Biotechnologies). Le choix de la répartition des M2 en 3 Masters Professionnels pour un Master Recherche, associé à la possibilité d’incorporer des formations de double compétence (un master Pro) s’appuie sur notre expérience du devenir des étudiants précédents mais aussi sur les impératifs du tissu économique actuel.

L’objectif scientifique du master Biochimie Biotechnologie est la maîtrise des fondamentaux scientifiques et techniques dans le domaine de la biochimie et des biotechnologies. Nous voulons en particulier 1) vous permettre d’acquérir des connaissances concernant le décryptage des bases et des mécanismes moléculaires du vivant. 2) faire de vous des scientifiques capables de maîtriser les concepts et les outils nécessaires à l’exploitation des développements récents dans les domaines de la biochimie, de la biologie moléculaire et des biotechnologies.

Il s'agit d'un enseignement large abordant, au niveau moléculaire et supramoléculaire, les structures, les mécanismes d'action et l'évolution du vivant et notre capacité à intervenir sur son fonctionnement dans des conditions normales ou pathologiques. La conception de molécules destinées à la pharmacologie ou la thérapeutique et le développement de stratégies innovantes dans le domaine des biotechnologies est un puissant thème fédérateur des enseignements de la mention.

Le but pédagogique de la formation est :

• 
  De compléter les connaissances scientifiques dans les domaines de la biochimie et des biotechnologies.
  
• 
  De s’initier à la vie en laboratoire d’un chercheur ou d’un ingénieur.
  
• 
  D’apprendre et expérimenter des compétences transversales qui aideront à l’insertion professionnelle et/ou permettra d’acquérir une « double compétence », en particulier sur la valorisation de la recherche et le transfert de technologie.
  

L'ensemble des compétences acquises permet de former des cadres qui s'intégreront dans les domaines de la recherche ou au sein des départements de recherche et développement, aussi bien dans le service public que dans les entreprises du secteur privé, mais également de préparer par la suite un doctorat menant à un recrutement en tant que chercheur, enseignant-chercheur, ingénieur, dans le service public (Universités, CNRS, INSERM, CEA, INRA, …) ou sur des postes de niveau équivalent dans le secteur privé.

Cette formation convient également aux étudiants qui envisagent une carrière d’ingénieur de recherche ou de développement dans le secteur industriel des biotechnologies, de l’agroalimentaire et de la santé ou qui envisagent un métier dans le Contrôle de la Qualité, la Certification d’entreprise (consultant, normes ISO et analyse du risque), la Veille technologique et concurrentielle (consultant, PME), le Marketing (produits de haute technologie, IAA), le Management de la recherche (gestion de projets multi-sites, multi-culturels), l’entrée dans des Agences (AFSSA, AFSSE, IVS) et  des Structures de Contrôle (DRIRE, DRASS…) et la propriété intellectuelle.

Enseignant responsable : Maryelle TROPIS – Rémy POUPOT 

Tél. [phone] [e-mail] , 05 62 74 86 61 [e-mail]

Secrétariat pédagogique : bât.IBCG/CNRS – 118 route de Narbonne – 31062 TOULOUSE cedex

Tél. [phone] - [e-mail]

Conditions d’admission :

Accès de plein droit aux étudiants titulaires d’une licence de Biochimie et Biochimie Moléculaire.

Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l’équipe de formation (préinscription sur le site web de l’UPS).
SCHEMA des ETUDES : 3 parcours
Parcours 1 SCIENTIFIQUE Parcours 2 DOUBLE COMPETENCE Parcours 3 BIOINGENIERIE

SEMESTRE 7

UE obligatoire aux 3 parcours Analyse et traitement de données EM7BTBM 6 ECTS

PARCOURS 1

Avec stage (2 UE obligatoires)

Sans stage (3 UE obligatoires + 1 UE libre)

Mémoire bibliographique

EM7BTAM

6 ECTS

Mémoire bibliographique

EM7BTAM

6 ECTS

Projet expérimental en bioch. et biotech.

EM7BTCM

9 ECTS

Initiation à la recherche

EM7BTCH1

18 ECTS

Bonnes pratiques de labo. et qualité

EM7BTDM

3 ECTS

+ 1 UE libre scientifique

6 ECTS

PARCOURS 2 (4 UE obligatoires)

PARCOURS 3 (2 UE obligatoires)

Projet expérimental en bioch. et biotech.

EM7BTCM

9 ECTS

Mémoire bibliographique

EM7BTAM

6 ECTS

Bonnes pratiques de laboratoire et qualité

EM7BTDM

3 ECTS

Projet expérimental en bioch. et biotech.

EM7BTCM

9 ECTS

2 UE obligatoires parmi les 3 binômes ci-dessous :

Bonnes pratiques de lab. et qualité

EM7BTDM

3 ECTS

Toxicologie sécurité des aliments Contrôle microb. dans l’agroalimen

EM7BTHM EM7BTKM

6 ECTS 6 ECTS

Marketing

EM7BTFM

6 ECTS

Génétique moléculaire végétale Santé végétale en environne. biotique

EM7BTIM EM7BTMM

6 ECTS 6 ECTS

Pharmacologie moléculaire et appliquée ADN : du nano-objet à la cible pharmacol

EM7BTJM EM7BTLM

6 ECTS 6 ECTS

SEMESTRE 8

PARCOURS 1 PARCOURS 2 PARCOURS 3

1 UE de langue EM8BTLM (obligatoires aux 3 parcours) 3 ECTS

U.E. obligatoires aux parcours 1 et 2

Méthodologies en bioch. et biotech) EM8BTAM

6 ECTS

1 UE d'ouverture

3 ECTS

1 UE à choix libre

6 ECTS

2 UE de 6 ECTS parmi

1 UE obligatoire 6 ECTS

3 UE obligatoires

Biotechnologies

EM8BTGM

Projet de création d'entreprise

EM8BTMM

Du métabol. au métabolo.

EM8BTHM

1 UE de 6 ECTS parmi

Sciences de l’ingénieur EM8BTBM

6 ECTS

Biologie struct. des macromo.

EM8BTIM

Biotechnologies

EM8BTGM

Immersion en entreprise

3 ECTS

Du métabolisme au métabolome

EM8BTHM

EM8BTRM

Analyse struct. biomolécules

EM8BTJM

Biologie struct. des macromolécules.

EM8BTIM

Stage EM8BTSM 18 ECTS

Analyse struct. des biomolécules

EM8BTJM

Biochimie analytique quantitative

EM8BTNM

EM7BTAM - Mémoire de recherche bibliographique - 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Eric CLOTTES

Laboratoire : IPBS/CNRS - 205 rte de Narbonne 31077 Toulouse cedex

: 05 61 17 55 40  : [e-mail]

Heures

CM :

TD :

TP : 60

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

A partir d’un article scientifique rédigé en anglais sur un sujet d'actualité (cancer, maladie infectieuses, HIV, Alzheimer…), les étudiants (1) effectuent une recherche bibliographique (sujet scientifique, techniques utilisées dans l’étude, résultats obtenus, conclusions tirées), (2) rédigent en français un rapport synthétique présentant une analyse de la publication (3) exposent ce travail oralement en un temps court (4) répondre à des questions ayant trait à la publication étudiée.

Chaque étudiant est encadré par un tuteur qui, au cours de réunions personnalisées périodiques accompagne l'étudiant dans sa recherche. Il s’agit pour chaque étudiant, au terme de l’analyse de la publication, de pouvoir répondre à un certain nombre de questions : quel est le sujet ? quelle est la problématique explorée ? quelles sont les techniques utilisées dans cette étude ? quel est leur principe? etc…
Au cours du semestre, les étudiants sont conviés à assister à 2 ou 3 conférences scientifiques sur le contenu desquelles ils sont également amenés à être évalués par écrit.
Mots-clés : analyse d'articles scientifique, outils bibliographiques, expression écrite, expression orale.
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu	25				20
	Partiel
Examen Terminal			40	35		40		40
TOTAL		25	40	35	100	60		40	100

EM7BTBM – Analyse et traitement de données – 6 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Catherine MATHE

Laboratoire : LRSV, UMR 5546 – pôle de biotechnologie végétale - 24 chemin de Borde Rouge 31326 AUZEVILLE

Tél. + Email : 05 34 32 38 57, [e-mail]

Heures

CM :22

TD : 42

TP :

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

Traitement de données expérimentales :

L’objectif proposé par cet enseignement est d’être capable de :

• 
  poser en termes de biochimiste les questions nécessaires à une approche expérimentale et à l’interprétation de ses résultats,
  
• 
  choisir les méthodes d’analyse appropriées pour y répondre : représentations graphiques, intervalles de confiance, tests, analyse de variance, corrélation, analyse de régression, analyse et modélisation multidimensionnelles…
  

La mise en œuvre de ces méthodes à l’aide d’un logiciel convivial sera réalisée avec des exemples spécifiques de biochimie et de biotechnologie.

Bioanalyse :

• 
  présentation et interrogation des principales banques de données biologiques : banques de séquences, d’expression, de données métaboliques…
  
• 
  principes et objectifs des différents types d’alignement de séquences : alignement local ou global, par paire ou multiple
  
• 
  recherche d’homologies dans les banques de séquences : principe et limites du programme BLAST ; analyse de familles protéiques et recherche de domaines ; application à l’annotation des génomes et à la reconstruction métabolique.
  
• 
  Exploitation de lots de gènes issus d’analyses à grande échelle (génomique, transcriptomique…) : corrélation avec des signaux de régulation, des voies métaboliques, des catégories fonctionnelles
  

Mots-clés : analyse de données, comparaison de séquences, voies métaboliques
Modalités de contrôle des connaissances :

		1^ère Session				2^èmeSession
		Ecrit	T. P.	Oral	Total	Ecrit	T. P.	Oral	Total
Contrôle	Continu	20					RS
	Partiel
Examen Terminal		60		20		100
TOTAL					100				100

EM7BTEM – Initiation à la recherche – 18 ECTS
Enseignant(s) responsable(s) :

Laurence NIETO

Laboratoire : IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne, 31077 Toulouse Cedex

Tél. + Email  : 05 31 17 55 09 [e-mail]

Heures

CM : 20

TD :

TP : 160

Terrain (1/2 journée) :

Contenu :

Formation pratique approfondie des méthodes modernes de la biochimie et des biotechnologies ; Formation « à et par » la recherche. Suite à des enseignements généraux théoriques sur la recherche bibliographique, les bonnes pratiques de laboratoire, la biochimie et les biotechnologies, les étudiants effectuent un stage d’un semestre dans un laboratoire de recherche. Ils y conduisent une activité de recherche, sous l’encadrement étroit d’un chercheur appartenant à une équipe de recherche reconnue par une Ecole Doctorale de l’UPS, ainsi que sous l’encadrement de l’équipe pédagogique du module. Les étudiants présentent régulièrement devant l’équipe pédagogique les avancées de leurs travaux, avec des points précis effectués sur les aspects bibliographiques et théoriques de leur sujet, sur les méthodes mises en œuvre, et sur les résultats (obtention et analyse de données). Ils assistent régulièrement à des conférences de recherche en français et en anglais ainsi qu’à des cours complémentaires organisés par l’équipe pédagogique.

A l’issue du module l’étudiant rédigera un rapport écrit sur ses réalisations et les présentera oralement devant le jury du module. Ces deux épreuves seront notées. Par ailleurs, le correspondant de stage rédigera un rapport sur les qualités de l’étudiant. Ces trois évaluations constitueront la base de la notation du module.