Harun özü hakimiyyətdə olarkən (anası Zübeydə olan) Məhəmməd Əmini öz vəliəhdi seçib camaatdan onun üçün beyət alır və (anası iranlı qızı olan) Abdullah Əl-Məmunu isə özünün ikinci vəliəhdi təyin edir. Hicrətin yüz doxsan üçüncü ilində Haruna xəbər verirlər ki Xorasan əyalətinin şəhərlərində camaat qiyam etmiş ordu başçıları nə qədər çalışsalar da, qiyamı yatıra bilməmişlər. Harun öz vəzir-vəkili müşavirləri ilə məsləhətləşdikdən sonra bu qərara gəlir ki özü şəxsən qiyam qaldırılmış məntəqəyə gedib xilafət ordusunu qiyamı yatırtmaq üçün xorasanlıların canına salsın. Bu məqsədlə oğlu Əmini Bağdadda öz yerində saxlayıb Xorasana vali təyin etdiyi oğlu Məmunu isə özü ilə qiyam məntəqəsinə aparır.
Harun qiyamı yatırda bilir və necə deyərlər səs-küyün qarşısını alır. Ancaq o, bir daha xilafətin mərkəzi olan Bağdada qayıda bilmir. Hicrətin yüz doxsan üçüncü ili cəmadil-uxra (cəmadis-saniyə) ayının üçündə (Məşhəd şəhərinin yaxınlığındakı) Tus şəhərində vəfat edir və iki qardaşı rəqabət səhnəsində yalqız buraxır.4