Septembre 2002 n°199

partielle où les Dnmts méthylent des CpGs, tandis que les HDAC (complexe histone désacétylase) liés aux Dnmts désacétylent les queues N-terminales des histones. Dans une seconde étape, les CpGs méthylés agrippent les MBDs (methyl-CpG-binding domain proteins ) qui permettent de recruter de nouvelles activités des HDAC assurant une répression complète.

Les ADN-méthyltransférases sont donc des protéines à plusieurs facettes qui ont un rôle bien plus large que la méthylation de l'ADN.***

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6. On trouvera dans DA Stendger et al.; Current Opinion in Biotechnology 13 (JUN02) 208 212, une analyse des apports potentiels des microréseaux d'ADNs à la détection des pathogènes et notamment des agents de guerre biologique. Comme pour toutes les applications de cette technique il y a des difficultés à résoudre, la réponse devant être rapide et sans ambiguité, compte tenu des conséquences. Les avantages par rapport aux techniques de cultures sont la rapidité de la détection et la possibilité de différencier simultanément les formes virulentes des autres, que l'on rencontrera partout.

Mais la fiabilité des méthodes à base de PCR repose entièrement sur les amorces choisies, et suppose une connaissance préalable des agents potentiels. Les réseaux permettent, de plus et moyennant des sondes adéquates, de faire un premier tri parmi les agents inconnus rencontrés.

Les avances récentes dans ce domaine sont discutées dans la revue.

Il existe quatre types principaux de microréseaux. Les plus répandus sont ceux à haute densité, comme ceux avec synthèse directe des sondes par photochimie sur une plaque (Affymetrix), les sondes ont alors usuellement 10 à 30 nucléotides. Les réseaux à haute densité réalisés par dépôts permettent d'utiliser des sondes synthétisées à part allant jusqu'à 500 nucléotides. Les réseaux en phase liquide par billes permettent d'identifier le ligand e chacune d'entre elles, marquées par une combinaison de marqueurs fluorescents différents,. On les trie par cytométrie de flux. On devrait pouvoir utiliser plus de 1 000 billes différentes à chaque essai. L'intérêt est de pouvoir mettre à jour régulièrement la collections des billes spécifiques sans avoir à tout reconstruire comme dans les réseaux planaires. Enfin on a construit des Electrically Addressable Arrays (EAAs), plaques recouvertes d'électrodes dont les propriétés électriques changent lorsqu'elles sont lestées par un ADN retenu. Il faut cependant charger l'ADN avec des groupements amplificateurs du signal électrique.

Le problème général est la petite quantité d'ADN dont on dispose au départ. Il faut donc obligatoirement utiliser une technique d'amplification. Mais la quantité de produit issue de ces amplifications n'est souvent pas à l'échelle des réseaux que l'on utilise ensuite. Une PCR multiplex et limite à quelques dizaines de paires d'amorces, pas des dizaines de milliers.

Une approche intéressante pour l'identification de pathogènes est l'examen des lymphocytes circulants chez l'animal infecté. On peut en collecter suffisamment pour disposer d'une quantité appréciable de messagers pour détecter des réactions de ces cellules immunes à la collecte d'antigènes d'un pathogène donné. Les réactions peuvent être typées face à un agresseur connu et les réactions servir de révélateur d'une infection par une bactérie donnée. Le problème, dans ce cas, est la caractérisation d'un niveau de base de l'expression, hors toute infection.***

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7. On trouvera dans T Maniatis et al.; Nature 418 (11JUL02) 236-243, une revue sur l'expansion du protéome par rapport au génome, grâce aux épissages alternatifs. Elle analyse plus particulièrement la régulation des épissages et les effets de ce processus sur le contenu du protéome.

Un problème essentiel de l'épissage est la reconnaissance précise des jonctions exon-intron. Ce n'est, ni simple, ni franchement résolu (quoiqu'en disent certains de mes interlocuteurs industriels). Il faut réaliser que la taille moyenne d'un intron humain est de 3 500 nucléotides et peut atteindre 500 000 nucléotides contre 150 en moyenne pour un intron. Les complexes d'épissages doivent donc reconnaîtrent les sites d'épissage (de plus peu conservés) au milieu de cet océan. Enfin ils doivent distinguer, enfin les "bons" sites des sites cryptiques qui ne deviennent fonctionnels, que si le site principal est altéré.

En fait ce sont plutôt les exons qui sont reconnus, et les sites d'épissage par déduction. ***

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