Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı

TURGAY Emre

Danışman : Prof. Dr. Akın CANDAN

Anabilim Dalı : Su Ürünleri Yetiştiriciliği

Programı : Hastalıklar

Mezuniyet Yılı : 2009

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Akın CANDAN

Prof. Dr. Gülşen TİMUR

Prof. Dr. Mine ANĞ KÜÇÜKER

Doç. Dr. Süheyla KARATAŞ STEINUM

Yard. Doç. Dr. Tülay AKAYLI

Kültür Balıklarında Görülen Stafilokokkal Enfeksiyonlar Üzerine Bir Araştırma

Birçok Gram pozitif bakteri balık patojeni olarak bilinmekte ve bunların içinde Staphylococcus cinsine ait bakterilerin de hasta balıklardan hastalık etkeni olarak izole edildiği çeşitli dönemlerde rapor edilmektedir.

Ülkemizde de bildirimlerin yapıldığı stafilokokkal enfeksiyonlara neden olan patojenler genellikle fırsatçı patojenler olarak tanımlanmıştır ve hastalık çıkışı büyük ölçüde stres yapıcı faktörlerle birlikte ilişkilendirilmiştir.

Bu çalışmada, kültür balıklarında görülen stafilokok enfeksiyonlarına neden olan patojen Staphylococcus cinsine ait bakterilerin örnekleme yapılan balıklardan izole edilerek tür düzeyinde belirlenmesi, karşılaştırılması ve çeşitli anti-mikrobiyal maddelere karşı duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır.

Çeşitli biyokimyasal testlerin ve API-Staph ve API-Zym tanı kitlerinin kullanıldığı testler sonucunda, hasta gökkuşağı alabalıklarından izole edilen suşun Staphylococcus hominis subsp. hominis olduğu saptanmıştır.

Yoğun mortalitenin görüldüğü hasta balıklarda iç ve dış bulgular; renkte koyulaşma, letarji, gözlerde ekzoftalmus ve hemoraji, ventral yüzgeçlerin dibinde hemoraji, abdominal boşlukta sıvı birikimi ve buna bağlı olarak şişkin karın, hemorajik anüs, splenomegali ve vişne kırmızısı renkte dalak, solgun veya kırmızımsı renge sahip karaciğer ve bağırsaklarda sarımsı mukoid sıvı toplanması gözlenmiştir.

Antibiyotik duyarlılık testinde tanımlanan suşun: ampisilin 10 µg, basitrasin 10 µg, kanamisin 30 µg, neomisin 30 µg, oksitetrasiklin 30 µg, polimiksin B 300 µg, streptomisin 10 µg, sülfametoksazol/trimetoprim 19:1 25µg antibiyotiklerine duyarlı; sefotaksim 30 µg, kloramfenikol 30 µg, eritromisin 5 µg, flumekuin 30 µg, furazolidon 100 µg antibiyotiklerine dirençli olduğu bulunmuştur.
  
A Research on the Staphylococcal Infections in Cultured Fish Species

There are numerous Gram positive bacteria known as pathogenic for fish and the members of the genus Staphylococcus have been isolated occasionally from the moribund fish as the aetiological agent of disease.

The pathogenic Staphylococcus species have been considered as opportunistic pathogens and the outbreak of the disease which have also been reported in Turkey has been linked usually with stressor factors.

The aim of this study was to identify pathogenic members of the genus Staphyloccoccus which cause staphylococcal infections in fish, on species-level and to determine antibiotic susceptibility of the isolated strains.

After performing various biochemical tests and using API-Staph identification system, the isolated strain was identified as Staphyloccoccus hominis subsp. hominis.

Moribund fish showed at least one of the symptoms such as darkening color, lethargy, exophthalmos and focal hemorrhages in the eyes, hemorrhages at the base of the fins, abdominal distension due to ascitic fluid, hemorrhagic anus, splenomegaly and cherry reddish spleen, pale or reddish liver and yellowish mucoid liquid in the intestine.

Antibiotic susceptibility test showed that identified strain was sensitive to ampicillin 10 µg, bacitracin10 µg, kanamycin 30 µg, neomycin 30 µg, oxytetracycline 30 µg, polymyxin B 300 µg, streptomycin 10 µg, sulphamethoxazole/trimethoprim 19:1 25µg and was resistant to cefotaxime 30 µg, chloramphenicol 30 µg, erythromycin 5 µg, flumequine 30 µg, furazolidone 100 µg antibiotics.

SU ÜRÜNLERİ TEMEL BİLİMLERİ ANABİLİM DALI

SEVER KAYA Dilek
Danışman : Doç. Dr. Meriç ALBAY

Anabilim Dalı : Su Ürünleri Temel Bilimleri

Programı : İçsular Biyolojisi

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Meriç ALBAY

Prof. Dr. Nuran ÜNSAL

Prof. Dr. Mustafa TEMEL

Yard.Doç.Dr. Duran ÜSTEK

Yard.Doç.Dr. Ayten ERDEM

Microcystis spp. de microcystin üretiminden sorumlu genlerin tespiti

Microcystinler (mikrosistin) mavi yeşil algler tarafından üretilen, insanlar ve diğer canlılar üzerinde çeşitli olumsuz etkilere yol açan ve sekonder metabolitler olarak adlandırılan gruba dahil olan biyotoksinlerdir. Microcystinin en önemli üreticileri başta Microcystis olmak üzere Planktothrix, Anabaenopsis, Anabaena, Oscillatoria’ya ait türlerdir. Özellikle Akdeniz iklimine sahip ülkelerde yaz aylarından sonbahar ortalarına kadar devam eden Microcystis spp. de görülen aşırı çoğalmalarla birlikte microcystin miktarında önemli artışlar tespit edilmiştir. Suyun ekolojik ve ekonomik değerini önemli ölçüde düşüren bu durum bir yandan habitat kayıplarına yol açarken bir yandan da insanlarda ve diğer canlılarda ölüm olaylarına kadar varabilen sorunlara neden olabilmektedir. Daha çok içme suyu rezervuarları, göller ve lagünar alanlarda görülen cyanotoksinlerin ortaya çıkış mekanizmasını düzenleyen hücre içi organizasyonun moleküler ve genetik düzeyde incelenmesi, cyanobacteria aşırı çoğalmaları gerçekleşmeden erken uyarı sistemlerinin oluşturulmasını ve bu duruma özgü etkin ve sürdürülebilir önlem alınmasını kolaylaştıracaktır. Bu nedenle microcystin üretiminde rol alan genlerin moleküler belirteç olarak kullanılıp toksik türlerin tespit edilmesi erken uyarı sistemlerinin oluşturulmasına en büyük katkıyı sağlayacaktır.

Toksin üretiminden sorumlu genlerin amplifiye edilmesi ve olası varyasyonların incelenmesi amacıyla hazırlanan bu araştırma kapsamında sadece toksik türlerin varlığının tespit edilmesi değil aynı zamanda moleküler belirteç olarak kullanılan mcyB geninde oluşabilecek varyasyonların da belirlenmesi hedeflenmiştir. Çünkü bu gende meydana gelebilecek varyasyonlar microcystinde de varyasyonlara sebep olabilmekte ve toksisiteyi etkileyebilmektedir. Mevcut çalışmada mcyB geni PCR temelli yöntemlerle amplifiye edildikten sonra enzim kesimi, SSCP ve dizileme analizleriyle incelenmiş ve analizlerin sonucunda mcyB geninin bir çok bölgesinde varyasyonlarla karşılaşılmıştır. Bu varyasyonlar genellikle tek nükleotid değişimleridir ve sessiz mutasyonlara yol açmaktadır. Bununla birlikte amino asit değişikliklerine de rastlanmıştır. Amino asit değişiklikleri korunmuş dizi motiflerine denk gelmediğinden microcystin toksisitesinde herhangi bir değişime neden olmadıkları düşünülmüştür. Bununla birlikte korunmuş dizi motiflerinin dışındaki amino asit değişimlerinin etkisini anlayabilmek için çalışmanın daha ayrıntılı araştırmalarla yürütülmesi gerekmektedir.

The determination of microcystin producing gene in Microcystis spp.

Microcystins are biotoxins, also called seconder metobolites, produced by cyanobacteria and caused various problems in human health and other living organisms. The main producers of microcystin are Microcystis, Planktothrix, Anabaenopsis, Anabaena, Oscillatoria. Countries with Mediterranean climate have intensive blooms of Microcystis spp., and therefore microcystin accumulation, particularly in summer to mid autumn. As a result, ecologic and economic value reduction, habitat losses and deaths of several organisms can be seen in aquatic ecosystems.

The investigation of mechanisms of cyanotoxin production in the cell in molecular and genetic grade will help us to develop early warning systems and take precautions for blooms which are especially present in drinking water reservoirs, lakes and lagunar sites.

In this study, not only the determination of toxin genes but also the investigation of variations in mcyB genes, as a molecular indicator, are aimed. Because, variations in mcyB genes can alter microcystin structure and increase toxicity.

mcyB gene amplified by PCR-base methods. Then enzyme cutting, SSCP (Single-Strand Conformation Polymorphism) and sequence analysis studied. As a result, it was found that many parts of the mcyB gene has many variations. These variations especially are single nucleotid mutations and they caused silent mutations. At the same time amino acid changes were seen, however, not in conserved sequence motifs. Therefore, it has been thought that they have no effect on microcystin toxicity. However, to understand roles of amino acid changes and single nucleotid mutations, which are excepting of conserved sequence motifs, more detailed investigations should be done.

ÇİFTÇİ Pelin Saliha
Danışman : Doç. Dr. Gülşen ALTUĞ

Anabilim Dalı : Su Ürünleri Temel Bilimler

Programı : Deniz Biyolojisi

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Gülşen ALTUĞ (Danışman)

Prof. Dr. Nuran ÜNSAL

Prof. Dr. Ayşe OGAN

Doç. Dr. Süheyla KARATAŞ

Doç. Dr. Barış ÇALLI

Marmara Denizi’nden İzole Edilen Bakterilerin Polisiklik Aromatik Hidrokarbonları (Pah) Parçalama Yeteneklerinin Araştırılması

Bu çalışmada, Marmara Denizi kıyısal alanında marina, petrol istasyonu, balıkçı barınağı ve limanlar arasından seçilen dört istasyondan alınan örneklerden izole edilen bakterilerin petrol hidrokarbonlarını parçalama yeteneğini belirlemek ve ortamın su kalitesini ile ilişkilendirmek amaçlanmıştır. Seçilen istasyonlarda bakteriyolojik kirlilik yükünü belirlemek için indikatör bakteri, bakteri bolluğunu belirlemek için, kültür edilebilir toplam mezofilik aerobik bakteri, kimyasal ve biyolojik su kalitesini belirlemek için nitrit azotu, nitrat azotu, fosfor ve klorofil-a analizleri yapılmıştır.

Temmuz 2007-Haziran 2008 tarihleri arasında aylık olarak alınan yüzey suyu örneklerinde, fekal ve toplam koliform analizleri için membran filtrasyon tekniği kullanılmıştır. Toplam kültür edilebilir bakteri bolluğunu belirlemek için Marine Agar’a yayma ekim metodu kullanılmış, besin tuzu ve klorofil-a analizleri spektrofotometrik yöntemle yapılmıştır. API 20 E ve API 50 CHB ile tanısı yapılan toplam 122 adet izolattan Bacillus subtilis, Serratia marcescens, Enterococcus faecalis, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas oryzihabitans, Vibrio fluvialis, Esherichia coli, Burkholderia cepacea, Aeromonas hydrophila, Citrobacter frenduii, Providencia sp., Klebsiella ornitholytica, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, Enterobacter sakazakii, Eikenella corrodens türleri seçilerek Batman petrol rafinerisinden sağlanan Batman ham petrolü ile Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MIC) testleri yapılmıştır. MIC değerleri belirlenen izolatlar ve bu izolatların karışık kültürleri 30 gün boyunca çalkalamalı etüvde 150 rpm de inkübe edilmiş 72 saat aralıklarla petrol katmanı kalınlığı ve pH değerleri kaydedilerek izolatların petrol hidrokarbonlarını kullanma yetenekleri incelenmiştir.

Sonuç olarak çalışma alanının yıl boyunca fekal ve toplam koliform bakımından ulusal ve uluslar arası limit değerlerin üstünde olduğu, besin tuzu ve klorofil-a değerlerinin yüksek olduğu tespit edilmiştir. Çalışma alanından izole edilen bakteriler arasından E. sakazakii biyolojik iyileştirme çalışmalarında kullanılabilecek aday tür olarak birinci sırada kaydedilirken, bunu sırasıyla E. feacalis, E. corrodens ve P. aeruginosa’nın tekli kültürleri ve P. aeruginosa+ B. subtilis+E. coli’nin bulunduğu karışık kültür, P. aeruginosa+B. subtilis+V. fluvialis’ in bulunduğu karışık kültür, K. oxytoca+P. oryzihabitans+ P. mirabilis+E. sakazakii+E. corrodens‘ in bulunduğu karışık kültür izlemiştir. K. oxytoca, A. hydrophila, C. frenduii, Providencia sp., B. cepacea’nın ise petrol parçalama yeteneklerinin düşük olduğu bulunmuştur. Petrol hidrokarbonlarını kullanma özelliği gösteren bakterilerin petrolü hangi fraksiyonlarına parçaladıklarının analitik tespitinin yapılacağı ileri analizlerde kullanılmak üzere stoklanması bu yönde gelecekteki çalışmalarımız için temel veri oluşturmuştur.

A Study on The Degradation Ability of The Bacteria Isolated from The Sea of Marmara in Polycyclıc Aromatıc Hydrocarbons (Pah)

In this study, the aim was to determine the ability of bacteria isolated from seawater samples collected in 4 stations selected between ports, fishing harbors, oil stations and marinas of Marmara Sea coastal area. Indicator bacteria, total mesophilic aerobic culturable bacteria, nutrients and chlorophyll a analyses were also realized in order to determine bacteriological pollution bacteria abundance and chemical and biological water quality of the stations respectively.

Membrane filtration technique was used for feacal and total coliform analyses of surface seawater samples that were monthly sampled between July 2007 and June 2008. Marine agar and spread culture method was used in order to determine total culturable bacteria abundance. Nutrients and chlorophyll a analyses were carried out by spectrophotometric method. Bacillus subtilis, Serratia marcescens, Enterococcus faecalis, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas oryzihabitans, Vibrio fluvialis, Esherichia coli, Burkholderia cepacea, Aeromonas hydrophila, Citrobacter frenduii, Providencia sp., Klebsiella ornitholytica, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, Enterobacter sakazakii, Eikenella corrodens were selected between a total of 122 isolates were identified by API 20 E and API 50 CHB.. Minimum Inhibition Concentration (MIC) tests were effected on selected species with Batman crude oil obtained from Batman oil refinery. Isolates for which MIC values were determined and mixed cultures of these isolates were incubated in a shaking incubator at 150 rpm during 30 days and the ability of the isolates to degrade oil hydrocarbons was investigated by recording the oil layer thickness and the pH values in 72 hours intervals.

The results show that the studied areas have feacal and total coliform bacteria values higher than national and international limit values. The species E. sakazakii was recorded as the best candidate species between bacteria isolated from the studied area for bioremediation studies followed by single cultures of E. feacalis, E. corrodens and P. aeruginosa and mixed culture of P. aeruginosa+ B. subtilis+E. coli, mixed culture of P. aeruginosa+B. subtilis+V. fluvialis, and mixed culture of K. oxytoca+P. oryzihabitans+ P. mirabilis+E. sakazakii+E. corrodens. Low oil degradation abilities were found for K. oxytoca, A. hydrophila, C. frenduii, Providencia sp., B. cepacea The stocking of bacteria able to degrade oil hydrocarbons constitute basic data for our further studies intended to analytically determine which fractions of the oil was degraded by these bacteria.