Universităţile slovace procedează la o autoevaluare în fiecare an. Evaluarea externă se face de către Comisia de Acreditare la fiecare 6 ani. Propunerile Comisiei sunt înaintate ministerului. Universităţile care au programe de nivel foarte bun la licenţă, master şi doctorat pot primi apelativul de „universităţi de cercetare”.
Asigurarea calităţii, prin autoevaluare, este responsabilitatea universităţilor, care primesc asistenţă în acest sens de la Comisia Naţională de Evaluare a Învăţămîntului Superior. Instituţiile au comisii de calitate, care pregătesc rapoarte de autoevaluare anuale, discutate în Senat şi publicate. Comisia sintetizează aceste rapoarte într-un raport naţional. Evaluările studenţilor au fost introduse la Universitatea din Ljubljana încă din 1996. Evaluările externe sunt decise de universităţi, şi au loc după reguli şi criterii publicate în octombrie 2004 de către Comisie. Universităţilor li se cere să-şi compare programele cu cel puţin 3 programe din ţări străine europene, şi să demonstreze că sunt compatibile cu funcţionarea în Aria Europeană a Învăţămîntului Superior. De asemenea, se urmăreşte aplicarea îmbunătăţirilor propuse în rapoartele de calitate.
În 1996 s-a creat Asociaţia Slovenă pentru Predarea în Învăţămîntul Superior72, care se preocupă şi de asigurarea calităţii în predare-învăţare.
