İNŞaat mühendiSLİĞİ anabiLİm dali

YÖRÜK Emre
Danışman : Doç. Dr. Gülruh ALBAYRAK

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Gülruh ALBAYRAK

Prof. Dr. Şule ARI

Prof. Dr. Kadir TURAN

Prof. Dr. Muhsin KONUK

Prof. Dr. Keriman GÜNAYDIN

Fusarium Türlerinde Trikotesen Üretiminin Durdurulması
Bu çalışmada Fusarium türlerinde trikotesen biyosentezi ile ilişkili tri4 ve tri5 genleri siRNA aracılı mekanizma ile susturuldu. RNAi, F. graminearum 4F ve F. culmorum 9F ve 20F izolatlarında genlerin ekzonik bölgelerine özgün olarak tasarlanan altı siRNA molekülü ile tetiklendi. Bu amaçla, 38 Fusarium izolatında farklı in vitro koşulların tri4 ve tri5 anlatımı üzerindeki etkileri incelendi. pH 5.6 ve 25°C’de üretilen Fusarium kültürleri kontrol grubu olarak kullanıldı. Sıcaklığın trikotesen üretimine etkisi, miselyumun pH değeri 5.6 olan besi ortamında, 8°C ve 15°C’de kültüre edilmesi ile test edildi. pH’nın etkisi ise, Fusarium türlerinin pH değeri 3.0 ve 7.0 olan besi ortamlarında, 25°C’de kültüre edilmesi ile araştırıldı. Trikotesen üretimine etkisi denenen bir diğer parametre ortama H₂O₂ (0.5 mM) eklenmesidir. En yüksek tri4 ve tri5 anlatım düzeyleri kontrol grubunda belirlendi. Taranan 14 izolat arasında en yüksek tri4 ve tri5 geni anlatım düzeyi F. graminearum 4F’de saptandı. En yüksek tri4 anlatımı 24 F. culmorum izolatı arasından 20F’te belirlenirken, maksimum tri5 anlatımı 9F’te bulundu. Dolayısıyla, bu üç izolat RNAi mekanizmasının indüksiyonu için seçildi. Tam boydaki tri4 ve tri5 fragmentleri, özgün siRNA moleküllerini tasarlamak için 4F, 9F ve 20F izolatlarından çoğaltıldı, dizilendi ve CLUSTALW analizine tabi tutuldu. Dizileme sonuçları referans genoma ait tri4/tri5 genleri ile 4F, 9F ve 20F izolatlarına ait gen dizilimleri arasında yüksek düzeyde (%94-99) benzerlik olduğunu ortaya koydu. Bu üç izolatın iki genine ait dizilim bilgileri aksesyon numaraları alınarak (KJ677970, KJ677971, KJ677972, KJ677973, KJ677974 ve KJ677975) veritabanına eklendi. Çalışmada kullanılan siRNA molekülleri bu dizilim bilgilerine göre biyoinformatik araçlarla tasarlandı. Kuramsal olarak belirlenen 60 ekzonik siRNA molekülü arasından tri4 için dört (Tri4E1:5'-ACAATACGGGCGTGAGTCATGTCAA-3', Tri4E2:5'-GAACCCTGAGAGAAGTTGGTGATGT-3', Tri4E3:5'-ACATGCTCCTTGTACTTCAAGTTCT-3', Tri4E4:5'-CATCTTGGAGATCTCCCAGAGAT-3'), tri5 için ise iki siRNA (Tri5E1:5'-AAGCGACTACAGGCTTCCCTCCAAA-3', Tri5E2:5'-CAGGATCTGATGACTACCCTCAATT-3') gen susturma çalışmalarında kullanılmak üzere seçildi. Bu altı çift iplikli siRNA, protoplast kültürlerine tekli ve çoklu olmak üzere tri4 için 30, tri5 için de altı farklı kombinasyonda yardımcı plazmidler (pEGFP75 ve pAN7-1) ile birlikte transfekte edildi. Transfeksiyon etkinliği 36 deneme grubunda 500.00 ile 99.3310.06/5x10⁴ arasında bulundu. Transfektantlar fluoresan mikroskopisi ve spektrofluorimetrik analizle seçildi. Hücrelerde GFP proteininin yayımlandığı fluoresan ışıma spektrofluorimetrik olarak ölçüldü. Transfektantların RFU (relatif fluoresan ünitesi) değerleri 1.37±0.07-2.89±0.06 arasında bulundu. Ayrıca pEGFP75 ve pAN7-1 plazmidlerinin aktarıldığı transfektantların seçiminde PZR da kullanıldı. Bu amaçla pAN7-1 plazmidindeki hph ve pEGFP75 plazmidindeki GFP genlerinin 0.7 kb’lik parçası çoğaltıldı. 30 deneme setinde tri4 geninin %100’e yakın düzeylerde baskılandığı gerçek zamanlı PZR analizi ile gösterildi. Geriye kalan altı deneme grubunda her iki tür için tri5 gen anlatımındaki azalma %65-95 olarak belirlendi. Aynı zamanda, tri4 ve tri5 susturulmuş Fusarium örneklerinde trikotesen biyosentezinin son ürünü olan DON mikotoksininin üretilmediği de ince tabaka kromatografisi ile de gösterildi. Sonuç olarak bu çalışmada tri4 ve tri5 genlerinin trikotesen biyosentez yolağının susturulmasında kullanılabileceği gösterildi. Bununla birlikte tri4 geninin tri5’e göre RNAi için daha kullanışlı bir hedef olabileceği sonucuna varıldı. Fusarium türlerinde siRNA transfeksiyonunun sonucu olarak gözlenen tri4 ve tri5 gen anlatımındaki belirgin düşmenin post-transkripsiyonel düzeyde gerçekleştiği düşünülmektedir. Bu çalışma Fusarium türlerinde siRNA aracılı gen susturma ile ilişkili ilk rapor olması yanı sıra, bitki patojeni olan türler ile mücadelede uygulanabilecek model olması bakımından da büyük önem taşımaktadır.

Quellıng Of Trıchothecene Productıon İn Fusarium Specıes
In this study, tri4 and tri5 genes associated with trichothecene biosynthesis in Fusarium species were quelled with siRNA mediated mechanism. RNAi was triggered by six siRNA molecules designed specific to exonic sites of the genes in F. graminearum 4F and F. culmorum 9F and 20F isolates. For this purpose, effects of different in vitro conditions on tri4 and tri5 expression were investigated in 38 Fusarium isolates. Fusarium cultures grown on pH 5.6 and at 25°C was used as control group. Effects of temperature on trichothecene production was tested by cultivating of mycelia on medium with pH value of 5.6 at 8°C and 15°C. Also, the effects of pH was investigated by cultivating the Fusarium species on medium with pH 3.0 and 7.0 at 25°C. Another factor effecting trichothecene production was addition of H₂O₂ (0.5 mM) to medium. Maximum tri4 and tri5 expression levels were determined in control groups. Maximum expression levels of tri4 and tri5 genes were detected in 4F among screened 14 F. graminearum isolates. While the highest tri4 expression was determined in 20F among 24 F. culmorum isolates, maximum tri5 expression was found in 9F. Consequently, these three isolates were selected for induction of RNAi mechanism. In order to design specific siRNA molecules, full length tri4 and tri5 fragments were amplified from 4F, 9F and 20F isolates, sequenced and subjected to CLUSTALW analysis. Sequencing results revealed that there was high levels of similarity (94-99%) between tri4/tri5 genes belonging to reference genome and gene sequences that of 4F, 9F and 20F isolates. Sequence data belonging to two genes of these three isolates were deposited under database by gaining accession numbers (KJ677970, KJ677971, KJ677972, KJ677973, KJ677974 and KJ677975). siRNA molecules used in study were generated according to these sequence data via bioinformatic tools. Among hypothetically identified 60 exonic siRNA molecules, four siRNA for tri4 (Tri4E1:5'-ACAATACGGGCGTGAGTCATGTCAA-3', Tri4E2:5'-GAACCCTGAGAGAAGTTGGTGATGT-3', Tri4E3:5'-ACATGCTCCTTGTACTTCAAGTTCT-3', Tri4E4:5'-CATCTTGGAGATCTCCCAGAGAT-3') and two siRNA for tri5 gene (Tri5E1:5'-AAGCGACTACAGGCTTCCCTCCAAA-3', Tri5E2:5'-CAGGATCTGATGACTACCCTCAATT-3') were selected for using in quelling. These six double stranded siRNA were co-transfected as a single or multiple together with helper plasmids (pEGFP75 and pAN7-1) into protoplast cultures with totally 30 combinations for tri4 and six for tri5. Transfection efficiency was found ranged from 500.00 to 99.3310.06/5x10⁴ in 36 experimental sets. Transfectants were selected by fluorescence microscopy and spectrofluorimetric analysis. Fluorescence emitting by GFP protein in cells was measured as spectrofluorimetrically. RFU (relative fluorescence unit) values of transfectants were found between 1.37±0.07 and 2.89±0.06. Besides, PCR was used in selection of transfectants with pAN7-1 and pEGFP75. For that purpose, 0.7 kb fragments of hph gene in pAN7-1 plasmid and GFP gene in pEGFP75 plasmid were amplified. Nearly a hundred per cent tri4 suppression in 30 experimental sets was shown by real time PCR analysis. Down regulation of tri5 gene for both of two species was detected as 65-95% in remaining 6 experiment groups. At the same time, it was shown that DON mycotoxin, final product of trichothecene biosynthesis, was not produced in tri4 and tri5 silenced Fusarium samples by thin layer chromatography. As a result, it was demonstrated that both tri4 and tri5 genes could be used in quelling of trichothecene biosynthesis pathway, in this study. Moreover, it was concluded that tri4 gene could be more useful target than tri5 for RNAi. It was thought that significant decreases in the expressions of tri4 and tri5 genes observed as a result of siRNA transfection were carried out in post-transcriptional level in Fusarium species. This study has a great importance in terms of being not only the first report related to siRNA mediated gene silencing in Fusarium species but also an applicable model in struggling with phytopathogenic species.
  
JAFARI GHODS Farinaz
Danışman : Prof. Dr. Nazlı ARDA

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nazlı ARDA

Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Prof. Dr. Ayşe ÖZER

Prof. Dr. Kadir TURAN

Prof. Dr. Selma YILMAZER

Sistemik Lupus Eritematozus Hastalarında Sitokinlerin Gen Anlatımı ve miRNA’lar Arasındaki İlişkinin Araştırılması
Bu çalışmada, miRNA’ların; moleküler tıpta yeni diagnostik, prognostik ve hedefe yönelik terapötik biyomarkırların belirlenmesinde umut verici unsurlar olabileceği fikrinden yola çıkarak, Sistemik Lupus Eritematozus (SLE)’da tanı için kullanılabilecek spesifik bir veya birden fazla biyomarkırın ortaya konulabilmesi için, hastaların sitokin genlerinin anlatım profilleri belirlenmesi, serumdaki sitokin miktarları ile karşılaştırıldı ve miRNA – sitokin ilişkileri araştırıldı.
Öncelikle 16’sı hasta (10 böbrek tutulumu olan ve 6 böbrek tutulumu olmayan) ve 8’i kontrol olmak üzere toplam 24 gönüllü bireylerden, kan örnekleri alındı ve serumlar ayrıştırıldı. Mikrodizilim deneylerinde kullanılmak amacıyla kan ve serum örneklerinden total RNA ve miRNA izolasyonu yapıldı ve örnekler, 8x60K v2 “SurePrint G3 Human Gene Expression” ve 8x60K v19 miRNA slaytları (Agilent) kullanılarak mikrodizilim ile analiz edildi. Verilerin ön-işleme ve diferansiyel ekspresyon analizi “GeneSpring” yazılımı (Agilent) (versiyon 12.6) ile gerçekleştirildi. SLE’li hasta grubu ve kontrol grubunun miRNA ve mRNA mikrodizilim sonuçları, böbrek tutulumu, kompleman yetersizliği, ANA ve anti-DNA varlığı gibi faktörlerin eşzamanlı bulunmaları dikkate alınarak değerlendirildi ve karşılaştırıldı. Transkripsiyon düzeyleri farklılık gösteren miRNA’lar için microRNAorg, TargetScan ve PITA programları kullanılarak tahmini potansiyel hedefler belirlendi. mRNA profillemesinden elde edilen veriler hedef genler için sorgulandı ve mRNA/miRNA dizi eşleşme analizleri yapıldı. Multipleks ELISA kiti (Bio-Rad) kullanılarak sitokinlerin miktarları tayin edildi.
Sağlıklı kontrollere göre SLE hastalarında transkripsiyonu farklı olan toplam 10 miRNA arasından hsa-mir-1825, hsa-mir-933, hsa-mir-149-5p, renal tutulumlu vakalarda belirlenen miRNA’lardan hsa-mir-766-3p ve renal tutumlu olmayıp ANA test sonucu pozitif olan hastalarda belirlenen hsa-miR-621’in PI3K-AKT-mTOR yolağında rolleri olabileceği gösterildi. Ayrıca IL-4, IL-6 ve TNF-α gibi pro-enflamatuvar sitokinlerin kandaki miktarının, hastalığın evresi ve şiddetine göre değişebilen miRNA’ların sentezini düzenleyerek nefropati, hipertansiyon, ciltteki koyu lekeler ve insülin direnci gibi bazı semptomların ortaya çıkmasında rolleri olabileceği yönünde veriler elde edildi.
Ayrıca hsa-miR-149-5p için yapılan biyoinformatik çalışmalar sonucu elde edilen tahmini hedef genlerden ERbB3 mRNA’sı deneysel olarak mRNA ekspresyon analiz aşamasında da onaylandı. NCBI dizi eşleşme analiz sonuçlarına dayanarak yaklaşık %90 düzeyindeki benzerlik, hsa-miR-149-5p’nin bu gene ait primer transkripti kırpılma öncesi yıkıma uğratarak düzenlediği gösterildi.
Örnek sayısının düşük olması ve SLE hastalığının klinik heterojenitesinden dolayı, çalışma kapsamında alınan sonuçların daha geniş çalışmalarla da teyit edilmesi gerekmektedir.
 

 
Investigation of Relationship between Cytokines Gene Expression and miRNA in Systemic Lupus Erythematosus Patients

miRNAs transpire as promising elements in molecular medicine for the identification of new diagnostic, prognostic and targeting therapeutic biomarkers. This being the case, we aimed to investigate a or a group of specific diagnostic biomarkers for Systemic Lupus Erythematosus (SLE) disease, to identify cytokines genes’ expression profiling, comparison between the profiles with related amounts in the serum and eventually to study target-gene-mediated functional roles of miRNAs, which have been correlated to disease development and progression.
First, blood and serum samples were obtained from a total of 24 volunteers, including 16 patients (10 with renal involvement and 6 without renal involvement), and eight healthy controls. In order to use in microarray assays total RNA and miRNAs samples that were isolated from PBMCs and serum samples respectively, were assessed by using 8x60K v2 “SurePrint G3 Human Gene Expression” and 8x60K v19 miRNA microarray slides (Agilent). Data processing and differential expression analysis were done by "GeneSpring" software (version 12.6) (Agilent). Taking coexistence of factors such as the renal involvement, complement deficiency, positive ANA and anti-DNA, into the account, miRNA and mRNA microarray analysis, was performed by comparison of SLE patients with the healthy controls. For each differentially expressed miRNA, potential target genes were predicted by microRNAorg, TargetScan and PITA prediction tools. Obtained mRNA profiling data were interrogated for the target genes and mRNA/miRNA binding site sequence analyses were done. Finally, the amounts of cytokines were measured by multiplex ELISA method (Bio-Rad).
The results of study showed that some differentially expressed miRNAs may play pivotal roles in PI3K-AKT-mTOR pathway. These included (hsa-miR-1825, hsa-miR-933 and hsa-miR-149-5p) of the 10 differentially expressed miRNAs in SLE ​​patients comparing to healthy controls, hsa-miR-766-3p from those which were differentially expressed in SLE patients with renal compared to without renal involvement, and hsa-miR-621 among those which were differentially expressed in SLE without renal involvement and positive ANA test compared to the others. In addition, according to the obtained data it is suggested that blood-borne proinflammatory cytokines such as IL-4, IL-6 and TNF-α alongside with stage and severity of disease may contribute to differential expression of these miRNAs which may also lead to much more serious complications such as nephropathy, hypertension, dark spots on the skin, and insulin resistance.
Furthermore, out of the target genes predicted for hsa-miR-149-5p through bioinformatics studies, ERbB3 was confirmed experimentally in the mRNA expression analysis. Based on NCBI sequence matching analysis results, with approximately 90% homology level, it was shown that hsa-miR-149-5p regulates gene expression via degradation of primer transcript prior to mRNA splicing.
Because of the smaller sample size and clinical heterogeneity of SLE, our results must be confirmed in larger studies.

  

ŞAHİN Kaniye
Danışman : Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Prof. Dr. Şule ARI

Prof. Dr. Ayhan DEVİREN

Doç. Dr. Ahu ALTINKUT UNCUOĞLU

Doç. Dr. İbrahim İlker ÖZYİĞİT

İnsanda SIRT6 Geninde Yaşlanmaya Bağlı Meydana Gelen Genetik ve Epigenetik Değişiklikler
Bu çalışmada, metabolizma ve hayat döngüsünde önemli işlevleri olan SIRT6 genindeki genetik ve epigenetik değişiklikler ile yaşlanma arasındaki ilişki araştırılmıştır. Toplam 56 bireye (34 kadın ve 22 erkek) ait kan örneklerinden elde edilen genomik DNA’lar SIRT6 geninin 7 eksonunu çoğaltan 7 çift primer ile tarandı. Nükleotit çeşitliliği analizleri için tek iplik konformasyon polimorfizmi tekniği (SSCA) kullanıldı. 1, 2 ve 5. ekson bölgeleri için polimorfik bantlar gözlenirken; 3, 4, 6 veya 7. ekson bölgelerinde hiçbir bireyde farklılık bulunmadı. Bireylerin %17.9’u en az bir eksonik bölge için polimorfik bant profili gösterdi. Bu örneklerin dizi analizi ile intron veya ekson dizilerinde 5 delesyon, 3 insersiyon ve 7 nükleotit çeşitliliği saptandı. Ancak, gözlenen tek nükleotit polimorfizmleri ile uzun yaşam arasında anlamlı bir ilişki bulunamadı. Epigenetik değişiklik olarak SIRT6 geninin promotöründeki metilasyon oranları, genomik DNA’nın bisülfit dönüşümü sonrası real-time PCR analizi ile belirlendi. Buna göre, 0-19 yaş grubundaki bireylerde metilasyon yüzdesi %43.21 iken 20-79 yaş grupları arasında bu oranın %65.63’e çıktığı, 80-99 yaşlarında ise %52.15’e indiği saptandı.

 

 

Aging-Dependent Genetic and Epigenetic Alterations on SIRT6 Gene in Human
In this study, we investigated the association between longevity and genetic and epigenetic alterations in SIRT6 gene which plays important roles in metabolism and life span. Isolated genomic DNAs from blood samples of 56 individuals (34 females and 22 males) were screened using 7 pairs of primers covering 7 exons of SIRT6 gene. Single-strand conformation polymorphism (SSCP) technique was performed for nucleotide variation analyses. We observed polymorphic band patterns for exonic regions 1, 2, and 5; but not for 3, 4, 6 or 7. 17.9% of the subjects retained a polymorphic band pattern for at least one of those exonic regions. The sequencing of those samples revealed 5 deletions, 3 insertions, and 7 single nucleotide variations (SNVs) on either the intronic or exonic sequence. However, we found no significant evidence of an association between observed single nucleotide polymorphisms and longevity. For epigenetic changes, the methylation levels of SIRT6 gene promoter were detected by real-time PCR analysis following bisulfite treatment of genomic DNA. While the results indicated 43.21% methylation in 0-19 age groups, this ratio is found to be increased up to 65.63% in 20-79 age groups, and decreased to %52.15 in 80-99 age groups.


Elif ÇEPNİ Fatma
Danışman : Prof. Dr. A. Filiz GÜREL

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. A. Filiz GÜREL

Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Prof. Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA

Prof. Dr. Gülaçtı TOPÇU

Doç. Dr. Yelda ÖZDEN ÇİFTÇİ


Bakteriyel Quorum-Sensing İnhibitörlerinin Araştırılması ve Biyokimyasal Olarak Tanımlanması

“Quorum sensing” (QS), moleküler sinyallere dayanan bakteriler arası bir iletişim mekanizmasıdır. Bu mekanizma patojenite gibi birçok bakteriyel fonksiyonu düzenler. Patojeniteyi baskılamak amacıyla bu mekanizmayı inhibe edebilen bileşikler bazı alglerden ve bitkilerden izole edilmiştir. Ancak Türkiye’de yetişen bitki türleri anti-QS aktivite açısından yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışmada, Rize ve İstanbul’da yetişen 26 bitki türünün anti-QS aktiviteleri Gram (-) bir bakteri olan Chromobacterium violaceum ‘a dayalı biyomonitör sistemler aracılığıyla test edilmiştir. Sonuç olarak, 22 bitkide anti-QS aktivite bulunmazken, Quercus robur L., Quercus frainetto Ten., Epilobium angustifolium L. ve Tanacetum balsamita L. subsp. balsamitoides’in metanolik ekstrelerinde % 31-62 arasında anti-QS aktivite bulunmuştur. Yüksek aktivite gösteren Quercus robur L.’nin etil asetat fraksiyonunda, viyolasin üretimi %92 oranında baskılanmıştır. İnce tabaka kromotografisi (İTK) ve yüksek performans sıvı kromotografisi (HPLC) analizlerine göre fraksiyondaki aktivitenin gallik asitten ileri geldiği düşünülmektedir.

Çalışmada ek olarak, bileşiklerin Gram (+) bakterideki QS sistemi üzerindeki etkilerini araştırmak amacıyla Lactococcus lactis’e dayalı bir agar biyodifüzyon belirlemesi test edilmiştir. Rosmarinik asit, ferulik asit, Quercus robur L. ve Quercus frainetto Ten. ekstrelerinin L. lactis’deki QS’e bağlı nisin üretimini baskıladığı gösterilmiştir. Bu hücrelerde ayrıca nisin sentezinden sorumlu nisA geninin anlatımı azalmıştır. Çalışmada L. lactis agar biyodifüzyon belirlemesinin Gram (+) bakterilerde anti-QS analizleri için etkili bir yöntem olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak, Q. robur L. ve Q. frainetto Ten. türlerinin Gram (-) ve Gram (+) bakterilerde QS’i baskıladığı saptanmıştır. Böylece, elde edilen bulgular yeni anti-QS bileşiklerin bulunmasına katkı sağlayacaktır.

  

Searching Bacterial Quorum –Sensing Inhibitors and Their Characterization by Biochemical Methods

Quorum-sensing (QS) is cell-cell communication mechanism based on molecular signaling. This mechanism regulates various function such as pathogenicity. In order to suppression of pathogenicity, compounds that inhibit this mechanism were isolated from some algae and plant species. However, plant species grown in Turkey was not investigated for anti-QS activity sufficiently. In this study, anti-QS activity was analysed in 26 plants originated from Rize and Istanbul by biomonitor systems depend on Chromobacterium violaceum as a Gram- negative bacterium. Twenty two plants did not show anti-QS activity while methanolic extract of Quercus robur L., Quercus frainetto Ten., Epilobium angustifolium L. and Tanacetum balsamita L. subsp. balsamitoides showed anti-QS activity between 31-62%. Violacein production was supressed in a ratio of 92% in the fraction of ethyl acetate of Quercus robur L. which was highly active. The activity in the fraction could be depend on gallic acid according to thin layer chromotography (TLC) and high performance liquid chromotography (HPLC) analyses.
In addition, an agar difussion bioassay based on Lactococcus lactis was tested to investigate effects of compounds on the QS system in Gram–positive bacteria. Suppression of QS-based nisin production in L. lactis was demonstrated by using rosmarinic acid, ferullic acid, Quercus robur L. and Quercus frainetto Ten. extracts. Expression of nisA gene which is responsible for nisin production was also decreased in these cells. Our study showed that L. lactis agar difussion bioassay is efficient to monitor anti-QS activity in Gram (+) bacteria. As a result, Q. robur L. and Q. frainetto Ten. have been found to supress QS in both Gram (-) and Gram (+) bacteria. Thus, the obtained findings will contribute to isolate new anti-QS compounds.

5. ORMAN MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI

  
DUYAR Ahmet

Danışman : Prof. Dr. Ender MAKİNECİ

Anabilim Dalı : Orman Mühendisliği

Programı : Toprak İlmi ve Ekoloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Ender MAKİNECİ

Prof. Dr. M. Ömer KARAÖZ

Prof. Dr. Oktay YILDIZ

Prof. Dr. Doğanay TOLUNAY

Prof. Dr. Ömer KARA

Toprak Eklembacaklılarının (Arthropoda) Bolu-Aladağ Göknar (Abies Bornmulleriana Mattf.) Ekosistemindeki Mevsimsel Değişimi
Orman ekosistemlerinde, besin döngüsünün en önemli bileşeni, ölü örtü ayrışmasıdır. Toprak eklembacaklıları, ölü örtünün parçalanması ve ayrışması sürecinde, birincil ve ikincil tüketiciler olarak rol almaktadır. Toprak ekosistemindeki eklembacaklıların miktarı, çeşitliliği ve toplum yapısı; yetişme ortamının fiziksel, kimyasal ve iklim özelliklerinin değişimine çok hızlı tepki vermektedir.
Bu çalışmada, ülkemizin önemli orman ağaç türlerinden olan, Uludağ Göknarı (Abies bornmulleriana Mattf.) ekosistemindeki, toprak eklembacaklılarının mevsimsel değişiminin ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışma, Bolu Aladağ ormanlarında, 1200-1600 metre yükseltiler arasındaki (4 yükselti basamağı halinde) saf göknar meşcerelerinde yürütülmüştür. Örnekler üst mineral toprak (0–5 cm), ölü örtü ve zemin üzerinden (çukur tuzak) ayrı ayrı alınmıştır. Ayrıca, örnek alanlara ait toprak, ölü örtü ve iklim özellikleri de incelenmiştir.
Toprak ekosisteminde, eklembacaklıların yaşama ortamına ait özellikleri ve ilişkileri tespit edilmiştir. Eklembacaklıların miktar ve çeşitliliğinin; mevsim ve yükseltiye bağlı değişimleri değerlendirilmiştir. Eklembacaklıların toprak katmanlarına dağılımı ve yaşama ortamı tercihleri ortaya konmuştur. Ayrıca, eklembacaklıların beslenme tiplerine dağılımları ve biyolojik çeşitlilikleri de saptanmıştır.
Çalışma sırasında, sıcaklık ve nem gibi iklim özelliklerine ek olarak, bazı toprak ve ölü örtü özellikleri mevsim ve yükseltiye bağlı olarak farklı bulunmuştur. Eklembacaklıların ortalama miktarı toprakta 90116, ölü örtüde 167716 ve çukur tuzakta 4437 olmak üzere toplam 262269 birey/m² dir. Yaşama ortamlarında, eklembacaklıların miktar ve çeşitliliği üzerine en etkili faktör, mevsime bağlı olarak değişen sıcaklık ve nemdir. Yaşama ortamlarına göre, Shannon-Wiener İndeksi (H′) ve Taksonomik Zenginlik (S′) değerleri ölü örtü (H′= 2,96; S′= 45), toprak (H′= 2,63; S′= 30) ve çukur tuzak (H′= 2,22; S′= 22) şeklinde sıralanmaktadır.